Liten RNA-sekvensering - Illumina
Drag
● Förberedelse av storleksvalsbibliotek.
● Bioinformatisk analys centrerad kring miRNA-prediktion och måltavlor.
Servicefördelar
●Omfattande expertisVi har bearbetat över 300 prover, från olika typer av prover. Vi bidrar med vår breda expertis till varje projekt.
●Rigorös kvalitetskontrollVi implementerar centrala kontrollpunkter i alla steg, från provberedning till biblioteksberedning, sekvensering och bioinformatik. Vår noggranna övervakning säkerställer leverans av resultat av genomgående hög kvalitet.
●Omfattande bioinformatisk analys:Det möjliggör identifiering av både kända och nya miRNA, identifiering av miRNA-mål och motsvarande funktionell annotering och berikning med flera databaser (KEGG, GO).
●Support efter försäljningVi förstår hur viktigt det är att vara närvarande, därför sträcker sig vårt engagemang bortom projektets slutförande med en 3-månaders eftermarknadsservice. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att besvara eventuella frågor relaterade till resultaten.
Provkrav och leverans
| Bibliotek | Plattform | Rekommenderade uppgifter | Datakvalitetskontroll |
| Storlek vald | Illumina SE50 | 10–20 miljoner läsningar | Q30≥85% |
Exempelkrav:
Nukleotider:
| Konc. (ng/μl) | Mängd (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7–2,5 OD260/230=0,5–2,5 Begränsad eller ingen protein- eller DNA-kontaminering påvisad på gelen. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; begränsad eller ingen baslinjehöjd |
● Växter:
Rot, stjälk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frö: 300 mg
Frukt: 1,2 g
● Djur:
Hjärta eller tarm: 450 mg
Inälvor eller hjärna: 240 mg
Muskel: 600 mg
Ben, hår eller hud: 1,5 g
● Leddjur:
Insekter: 9 g
Kräftdjur: 450 mg
● Helblod2 rör
● Celler: 106 celler
● Serum och plasma:6 ml
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör (Folie rekommenderas inte)
Exempelmärkning: Grupp+replikera t.ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Transport:
1. Torris: Proverna måste packas i påsar och begravas i torris.
2. RNAstable-rör: RNA-prover kan torkas i RNA-stabiliseringsrör (t.ex. RNAstable®) och transporteras i rumstemperatur.
Servicearbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
RNA-extraktion
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
Bioinformatik
● Kvalitetskontroll av rådata
● Klassificering av små RNA
● miRNA-uttryck och differentiell expressionsanalys
● miRNA-målgen och annotering av differentiellt uttryckta miRNA-målgener
● Annotering av målgen och anrikning av genfunktioner med differentiellt uttryckt miRNA
Identifiering av miRNA: struktur och djup
Differentiell expression av miRNA – hierarkisk klustring
Funktionell annotering av målet för differentiellt uttryckta miRNA
Utforska de forskningsframsteg som möjliggörs av BMKGene sRNA-sekvenseringstjänster genom en kuraterad samling publikationer.
Chen, H. et al. (2023) 'Virusinfektioner hämmar saponinbiosyntes och fotosyntes i Panax notoginseng',Växtfysiologi och biokemi, 203, s. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al. (2023) 'Det växtbaserade FYVE-domäninnehållande proteinet FREE1 associerar med mikroprocessorkomponenter för att undertrycka miRNA-biogenes',EMBO-rapporter24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al. (2023) 'MikroRNA Ame-Bantam-3p kontrollerar larvpuppans utveckling genom att rikta in sig på genen 8 (megf8) med flera epidermala tillväxtfaktorliknande domäner hos honungsbiet, Apis mellifera'.Internationell tidskrift för molekylära vetenskaper, 24(6), s. 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al. (2018) 'Integrerad analys av MiRNA och gener associerade med köttkvalitet avslöjar att Gga-MiR-140-5p påverkar intramuskulär fettdeponering hos kycklingar',Cellfysiologi och biokemi, 46(6), s. 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
