Specifikt lokusamplifierad fragmentsekvensering (SLAF-Seq)
Arbetsflöde
Tjänsten har viss fördesign in silico för att garantera optimalt enzymval vid beredning av biblioteket.
Tekniskt system
Servicefunktioner
● Sekvensering på NovaSeq med PE150.
● Biblioteksförberedelse med dubbel streckkodning, vilket möjliggör poolning av över 1000 prover.
● Oberoende av referensgenomet:
Med referensgenom: SNP- och InDel-upptäckt
Utan referensgenom: provklustring och SNP-upptäckt
● Iin-silicoFördesignfasen screenas flera restriktionsenzymkombinationer för att hitta de som genererar en enhetlig fördelning av SLAF-taggar längs genomet.
● Under förexperimentet testas tre enzymkombinationer i 3 prover för att generera 9 SLAF-bibliotek, och denna information används för att välja den optimala restriktionsenzymkombinationen för projektet.
Servicefördelar
●Upptäckt av hög genetisk markörVi integrerar ett högkapacitetssystem med dubbelt streckkod som möjliggör samtidig sekvensering av stora populationer och lokusspecifik amplifiering som förbättrar effektiviteten, vilket säkerställer att taggnumren uppfyller de olika kraven i olika forskningsfrågor.
● Lågt beroende av genometDen kan tillämpas på arter med eller utan referensgenom.
●Flexibel schemadesignEnzymdigestion med ett enda enzym, ett dubbelt enzym, ett flerenzymdigestion och olika typer av enzymer kan alla väljas för att tillgodose olika forskningsmål eller arter.
● Hög effektivitet vid enzymatisk nedbrytningGenomförandet av enin-silicoFördesign och ett förexperiment säkerställer optimal design med jämn fördelning av SLAF-taggar på kromosomen (1 SLAF-tagg/4 Kb) och minskad repetitiv sekvens (<5 %).
●Omfattande expertisVi bidrar med en mängd erfarenhet till varje projekt, med en meritlista av att ha avslutat över 5000 SLAF-Seq-projekt på hundratals arter, inklusive växter, däggdjur, fåglar, insekter och vattenlevande organismer.
● Egenutvecklat bioinformatiskt arbetsflödeVi utvecklade ett integrerat bioinformatiskt arbetsflöde för SLAF-Seq för att säkerställa tillförlitligheten och noggrannheten i den slutliga utdata.
Servicespecifikationer
| Typ av analys | Rekommenderad populationsskala | Sekvenseringsstrategi | |
| Djup av taggsekvensering | Taggnummer | ||
| Genetiska kartor | 2 föräldrar och >150 avkommor | Föräldrar: 20x WGS Avstängning: 10x | Genomstorlek: <400 Mb: WGS rekommenderas <1 Gb: 100 000 taggar 1–2 Gb: 200 000 taggar >2 Gb: 300 000 taggar Max 500 000 taggar |
| Genomomfattande associationsstudier (GWAS) | ≥200 prover | 10 gånger | |
| Genetisk evolution | ≥30 prover, med >10 prover från varje undergrupp | 10 gånger | |
Servicekrav
Koncentration ≥ 5 ng/µL
Total mängd ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1,6–2,5
Agarosgel: ingen eller begränsad nedbrytning eller kontaminering
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör
(För de flesta proverna rekommenderar vi att de inte konserveras i etanol)
Märkning av prover: Prover måste vara tydligt märkta och identiska med det inskickade provinformationsformuläret.
Leverans: Torris: Prover måste först packas i påsar och begravas i torris.
Servicearbetsflöde
Provkvalitetskontroll
Pilotexperiment
SLAF-experimentet
Biblioteksförberedelser
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
Vår bioinformatiska analys omfattar:
Datakvalitetskontroll och datatrimning för att ta bort N-rika avläsningar, adapteravläsningar eller avläsningar av låg kvalitet.
En andra kvalitetskontroll av de rena avläsningarna för att kontrollera basfördelning, sekvenskvalitet och en databedömning, men också för att kontrollera digestionseffektiviteten och de erhållna insatserna.
När avläsningarna är kontrollerade finns det två alternativ:
- Mappning till referensgenom
- Utan referensgenom: klusterbildning
Efter det används analysen av SLAF-taggar för att göra några variantanrop för att hjälpa till med markörupptäckten: SNP, InDel, SNV, CV-anrop och annotering.
Distribution av SLAF-taggar på kromosomer:
Fördelning av SNP på kromosomer:
SNP-annotering
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X och Shi C (2023) QTL-kartläggning och transkriptomanalys av sockerhalt under fruktmognad hosPyrus pyrifolia.Framsida. Växtvetenskap.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Identifiering av st1 avslöjar ett urval som involverar liftande av frömorfologi och oljeinnehåll under domesticering av sojabönor.Tidskrift för växtbioteknik, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.m.fl.Genomsekvens och genetisk mångfald hos vanlig karp,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.m.fl.Genomet hos odlade jordnötter ger insikt i baljväxters karyotyper, polyploid evolution och domesticering av grödor.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| År | Tidning | IF | Titel | Applikationer |
| 2022 | Naturkommunikation | 17,694 | Genomisk grund för giga-kromosomerna och giga-genomet hos trädpion Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Ny fytolog | 7,433 | Domesticeringsavtryck förankrar genomiska regioner av agronomisk betydelse i sojabönor | SLAF-GWAS |
| 2022 | Tidskrift för avancerad forskning | 12,822 | Genomövergripande artificiella introgressioner av Gossypium barbadense i G. hirsutum avslöjar överlägsna loci för samtidig förbättring av bomullsfiberkvalitet och utbyte egenskaper | SLAF-Evolutionär genetik |
| 2019 | Molekylär växt | 10,81 | Populationsgenomisk analys och De Novo-assemblage avslöjar Weedys ursprung Ris som ett evolutionärt spel | SLAF-Evolutionär genetik |
| 2019 | Naturgenetik | 31,616 | Genomsekvens och genetisk mångfald hos vanlig karp, Cyprinus carpio | SLAF-Linkage-karta |
| 2014 | Naturgenetik | 25,455 | Genomet hos odlade jordnötter ger insikt i baljväxtkaryotyper, polyploid evolution och domesticering av grödor. | SLAF-Linkage-karta |
| 2022 | Tidskrift för växtbioteknik | 9,803 | Identifiering av ST1 avslöjar ett urval som involverar liftning av frömorfologi och oljeinnehåll under domesticering av sojabönor | SLAF-markörutveckling |
| 2022 | Internationell tidskrift för molekylära vetenskaper | 6.208 | Identifiering och DNA-markörutveckling för en vete-Leymus mollis 2N (2D) Disomisk kromosomsubstitution | SLAF-markörutveckling |
| År | Tidning | IF | Titel | Applikationer |
| 2023 | Gränser inom växtvetenskap | 6,735 | QTL-kartläggning och transkriptomanalys av sockerhalt under fruktmognad hos Pyrus pyrifolia | Genetisk karta |
| 2022 | Tidskrift för växtbioteknik | 8,154 | Identifiering av ST1 avslöjar ett urval som involverar liftande av frömorfologi och oljeinnehåll under domesticering av sojabönor
| SNP-anrop |
| 2022 | Gränser inom växtvetenskap | 6,623 | Genomomfattande associeringskartläggning av Hulless Barely-fenotyper i torka miljöer.
| GWAS |
