T2T-genomsamling | Ultralång sekvensering
Servicefunktioner
•Levererar telomer-till-telomer-genomsammansättningar med hög noggrannhet, hög kontiguitet och hög fullständighet.
•Övervinner monteringsutmaningar i centromera och mycket repetitiva regioner.
•Analyserar strukturella variationer i komplexa regioner såsom centromerer och telomerer.
•Utforskar kromosomers ursprung och domesticering, och identifierar viktiga könsbestämmande gener.
Servicefördelar
•Professionellt ultralångt team som täcker allt från extraktion till sekvensering, med framgångsrik erfarenhet av flera arter.
•Tillgång till både PacBio- och Nanopore-plattformar för långtidsläsning med hög genomströmning och flexibla sekvenseringsstrategier.
•Erfaret team inom genomassemblering och skräddarsydd bioinformatisk analys, skickligt inom T2T-genomprojekt.
•Mer än 200 framgångsrika genomprojekt och över 2000 ackumulerade påverkansfaktorer.
•Integrerade experimentella och bioinformatiska lösningar som stöds av upphovsrätt och patent.
Servicespecifikationer
| Genomundersökning | Genommontering | Kromosomnivå | fyllning av springor | Genomannotering |
| 50X Illumina NovaSeq PE150 | 30X PacBio CCS HiFi-avläsningar | 100X Hi-C | 40-100X ONT Ultralånga läsningar | RNA-sekvensering Illumina PE150 10 Gb + (valfritt) Fullängds-RNA-sekvensering PacBio 40 Gb eller Nanopore 12 Gb |
Servicekrav
För Survey-, PacBio CCS-, Hi-C- och transkriptomsekvenseringsprover (för annotering), vänligen se “kromosomnivåkrav på prov av genommontering”.
För ONT ultralång sekvensering rekommenderas vävnadsprover, med högre kvalitetsstandarder för att stödja extraktion av ultra-HMW-DNA.
För detaljerade instruktioner och krav för provberedning, vänligen kontakta vårt säljteam för en anpassad lösning baserad på arten.
Servicearbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
DNA-extraktion
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
Huvudanalyserna inkluderar:
1) T2T-genomsamling
● T2T-genomet avser ett genom med ”0 luckor” där minst en kromosom är fullständigt sammansatt från telomer till telomer.
● Användning av högprecision CCS-avläsningar och ultralånga ONT-avläsningar:
* Generera contig v1-genomet via hybridassemblering med hjälp av hifiasm (v0.25.0).
* Avlägsna plastid- och kontaminerade sekvenser med BLAST mot NT-databasen.
* Bygger samman kontiger till kromosomskalig sammansättning med hjälp av Hi-C-data med 3D-DNA.
* Fyll i saknade telomerer genom lokal assemblering med ONT-avläsningar för att erhålla det slutliga T2T-genomet.
2) Monteringsutvärdering
● BUSCO-utvärdering
BUSCO v5.2.1 (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) konstruerar enkopierade genuppsättningar för större evolutionära linjer baserat på OrthoDB 10-databasen. Det sammansatta genomet utvärderas genom jämförelse mot denna genuppsättning, baserat på matchningsförhållandet och integriteten.
En högre andel "kompletta BUSCO:er" indikerar högre fullständighet i genomsammansättningen.
● Läser mappning
Anpassa korta avläsningar från nästa generations sekvensering (t.ex. Illumina) till det sammansatta genomet med hjälp av bwa. Anpassa tredje generationens långa avläsningar till det sammansatta genomet med hjälp av Minimap2.
Fullständigheten hos det sammansatta genomet och enhetligheten i sekvenseringstäckningen utvärderas baserat på kartläggningshastighet, genomtäckningsförhållande och djupfördelning.
● Genom QC-utvärdering
Utvärdera sammansättningen med hjälp av Merqury genom att jämföra högexakta sekvenseringsläsningar av k-merer med genomsammansättningen för att erhålla konsensuskvalitet (QV).
Högre kvalitetsvärden indikerar högre noggrannhet hos det sammansatta genomet.
● Genom LAI-utvärdering
LAI (LTR Assembly Index) bedömer genomassembleringsintegriteten som förhållandet mellan intakta LTR-retrotransposonsekvenser och totala LTR-sekvenser. Kandidat-LTR-RT-sekvenser identifieras med hjälp av LTR_FINDER (v1.0.7) och LTRharvest (v1.5.9), filtreras sedan och integreras med LTR_retriever (v2.8) för att erhålla högkonfidensiga LTR-retrotransposoner och beräkna LAI.
Enligt LAI-utvecklarens publikation klassificeras LAI-värden i tre nivåer:
Utkast (0 ≤ LAI < 10), Referens (10 ≤ LAI < 20) och Guld (LAI ≥ 20).
● Identifiering av telomerer och centromerer
Identifiera potentiella telomerupprepningsenheter i genomet med hjälp av TIDK. Detektera telomersekvenser och erhåll positionsinformation med hjälp av FindTelomeres baserat på upprepningsmotiv.
Identifiera potentiella centromera upprepningar med hjälp av Centromics med tredje generationens långa avläsningar, mappa sedan om till genomet för att erhålla centromerpositioner och sekvenser.
1) Genomkromosomkarta
2)Telomerpositioner i genomet
| Chr | Chr-längd (bp) | Uppströms_Start(bp) | Uppströms_slut(bp) | Uppströms_längd(bp) | Nedströms_Start(bp) | Nedströms_slut(bp) | Nedströms_längd(bp) |
| Chr01 | 55 340 768 | 53 | 2 036 | 1 984 | 55 338 794 | 55 340 768 | 1 975 |
| Chr02 | 56 588 289 | 1 | 2 760 | 2 760 | 56 584 191 | 56 588 289 | 4 099 |
| Chr03 | 46 886 733 | 20 | 3 001 | 2 982 | 46 881 994 | 46 886 733 | 4 740 |
| Chr04 | 49 401 798 | 1 | 2 143 | 2 143 | 49 399 160 | 49 401 798 | 2 639 |
| Chr05 | 45 855 317 | 10 | 3 043 | 3 034 | 45 852 809 | 45 855 317 | 2 509 |
| Chr06 | 45 285 625 | 1 | 3 268 | 3 268 | 45 283 427 | 45 285 625 | 2 199 |
| Chr07 | 48 122 726 | 1 | 2 317 | 2 317 | 48 120 519 | 48 122 726 | 2 208 |
Note:
Chr: Kromosom-ID
Chr_Length (bp): Kromosomlängd
Upstream_Start (bp): Startpositionen för den uppströms belägna telomeren på kromosomen
Upstream_End (bp): Slutpositionen för den uppströms belägna telomeren på kromosomen
Uppströmslängd (bp): Längden på uppströmstelomeren på kromosomen
Downstream_Start (bp): Startposition för den nedströms telomeren på kromosomen
Downstream_End (bp): Slutpositionen för den nedströms belägna telomeren på kromosomen
Nedströmslängd (bp): Längden på den nedströms telomeren på kromosomen
3)Centromerpositioner i genomet
| Chr | Chr_Length(bp) | Centromics_Start(bp) | Centromics_End(bp) |
| Chr01 | 55 340 768 | 18 943 204 | 23 005 555 |
| Chr02 | 56 588 289 | 28 114 720 | 30 677 916 |
| Chr03 | 46 886 733 | 24 487 558 | 24 929 326 |
| Chr04 | 49 401 798 | 20 976 875 | 22 563 388 |
| Chr05 | 45 855 317 | 18 578 095 | 19 715 924 |
| Chr06 | 45 285 625 | 19 398 436 | 19 950 173 |
| Chr07 | 48 122 726 | 26 390 720 | 27 913 284 |
Notera:
Chr: Kromosom-ID
Chr_Length (bp): Kromosomlängd
Centromer_Start (bp): Centromerens startposition på kromosomen
Centromerände (bp): Centromerens ändposition på kromosomen
4) Gapstatistik över monteringsresultat
| Grupp | Gap_Number | Len |
| Chr01 | 0 | 55 340 768 |
| Chr02 | 0 | 56 588 289 |
| Chr03 | 0 | 46 886 733 |
| Chr04 | 0 | 49 401 798 |
| Chr05 | 0 | 45 855 317 |
| Chr06 | 0 | 45 285 625 |
| Chr07 | 0 | 48 122 726 |
| Totalt (förhållande %) | 0 | 347 481 256 (100,00) |
Note:
Grupp: Kromosom-ID
Gap_Number: Antal luckor på kromosomen
Längd (bp): Kromosomlängd
5) Genom-LAI-utvärdering
| Chr | Chr-längd (bp) | Intakt | Total | raw_LAI | LAI |
| hela_genomet | 347 481 256 | 0,046 | 0,36 | 12,94 | 15.18 |
Obs: Enligt publikationen från LAI-utvecklarna klassificeras LAI-värden i tre kategorier: Utkast (0 ≤ LAI < 10), Referens (10 ≤ LAI < 20) och Guld (LAI ≥ 20).
Chr-längd (bp): Kromosomlängd
Intakt: Andel intakta LTR-RT i genomet
Totalt: Andel av totala LTR:er i genomet
raw_LAI = Intakt / Totalt × 100
LAI: Korrigerat LAI-värde
Utforska de framsteg som möjliggjorts av BMKGenes de novo genomassembleringstjänster genom en kuraterad samling publikationer:
T2T Genome
Liu, Shoucheng et al."En telomer-till-telomer-genomsammansättning i kombination med multiomiska data ger insikter i utvecklingen av hexaploid brödvete."Naturgenetik vol. 57,4 (2025): 1008-1020. doi:10.1038/s41588-025-02137-x
Yao, Xue-Feng et al."Komplett genomsammansättning av japonica-rissorten Zhonghua 11."Växtkommunikation vol. 6,10 (2025): 101463. doi:10.1016/j.xplc.2025.101463
Lv, Zhiyuan m.fl."Nära telomer-till-telomer-genomsamling av Camellia pitardii."Vetenskapliga data vol. 12,1 1422. 14 augusti 2025, doi:10.1038/s41597-025-05764-5
Du, Haiyuan m.fl."En nästan komplett genomsammansättning av Fragaria iinumae."BMC-genomik vol. 26,1 253. 14 mars 2025, doi:10.1186/s12864-025-11440-0
Chen, Weikai et al."Den kompletta genomsammansättningen av Nicotiana benthamiana avslöjar det genetiska och epigenetiska landskapet hos centromerer."Naturväxter vol. 10,12 (2024): 1928-1943. doi:10.1038/s41477-024-01849-y
Haplotyp-upplöst T2T-genom
Khan, Falak Sher et al. “Haplotypupplösta gapfria T2T-genom hos vindruvssorten Cabernet Sauvignon.”Vetenskapliga data, 10.1038/s41597-026-06910-3. 26 februari 2026, doi:10.1038/s41597-026-06910-3
T2T-genom + jämförande genom
Hong, Lin et al. ”Konstruktion och analys av telomer-till-telomer-genom för två söta apelsiner: Longhuihong och Newhall (Citrus sinensis).”GigaSciencevol. 13 (2024): giae084. doi:10.1093/gigascience/giae084
Li, Xiao-Jie et al. ”Analys av telomer-till-telomer-genomet hos röd morot TXH4 belyser rollen för DcLCYE och DcLCYB1 i lykopenackumulering i morot.”Trädgårdsforskningvol. 12,11 uhaf192. 29 juli 2025, doi:10.1093/hr/uhaf192
T2T-genom + pangenom
Wang, Xiaojing et al. ”T2T-genom, pan-genomanalys och värmestressresponsgener hos Rhododendron-arter.”iMetavol. 4,2 e70010. 5 mars 2025, doi:10.1002/imt2.70010
