-
Fullängds mRNA-sekvensering-Nanopore
RNA-sekvensering har varit ett ovärderligt verktyg för omfattande transkriptomanalys.Utan tvivel har traditionell kortläst sekvensering uppnått många viktiga utvecklingar här.Ändå stöter det ofta på begränsningar i fullängds isoformidentifikationer, kvantifiering, PCR-bias.
Nanopore-sekvensering skiljer sig från andra sekvenseringsplattformar genom att nukleotiderna läses direkt utan DNA-syntes och genererar långa avläsningar vid tiotals kilobaser.Detta möjliggör direkt läsning som korsar fullängdsutskrifter och tar itu med utmaningarna i studier på isoformnivå.
Plattform:Nanopore PromethION
Bibliotek:cDNA-PCR
-
De novo Fullängds transkriptomsekvensering -PacBio
De novofullängds transkriptomsekvensering, även känd somDe novoIso-Seq utnyttjar fördelarna med PacBio-sequencer i läslängd, vilket möjliggör sekvensering av cDNA-molekyler i full längd utan några avbrott.Detta undviker helt alla fel som genereras i transkriptmonteringssteg och konstruerar unigenuppsättningar med upplösning på isoformnivå.Dessa unigenuppsättningar ger kraftfull genetisk information som "referensgenom" på transkriptomnivå.Dessutom, i kombination med nästa generations sekvenseringsdata, möjliggör denna tjänst en korrekt kvantifiering av uttryck på isoformnivå.
Plattform: PacBio Sequel IIBibliotek: SMRT bell library -
Eukaryot mRNA-sekvensering-Illumina
mRNA-sekvensering möjliggör profilering av alla mRNA som transkriberats från celler under specifika förhållanden.Det är en kraftfull teknologi för att avslöja genuttrycksprofil, genstrukturer och molekylära mekanismer för vissa biologiska processer.Hittills har mRNA-sekvensering använts i stor utsträckning inom grundforskning, klinisk diagnostik, läkemedelsutveckling, etc.
Plattform: Illumina NovaSeq 6000
-
Icke-referensbaserad mRNA-sekvensering-Illumina
mRNA-sekvensering använder nästa generations sekvenseringsteknik (NGS) för att fånga budbärar-RNA (mRNA) från eukaryot vid en viss period som vissa speciella funktioner aktiveras.Det längsta transkriptet splitsade kallades "Unigene" och användes som referenssekvens för efterföljande analys, vilket är ett effektivt sätt att studera artens molekylära mekanism och reglerande nätverk utan referens.
Efter transkriptomdatasammansättning och unigen funktionell annotering
(1)SNP-analys, SSR-analys, CDS-prediktion och genstruktur kommer att utföras.
(2) Kvantifiering av unigenexpression i varje prov kommer att utföras.
(3) Differentiellt uttryckta unigener mellan prover (eller grupper) kommer att upptäckas baserat på unigenexpression
(4) Klustring, funktionell annotering och anrikningsanalys av differentiellt uttryckta unigener kommer att utföras
-
Lång icke-kodande sekvensering-Illumina
Långa icke-kodande RNA (lncRNA) är en typ av RNA-molekyler med en längd som överstiger 200 nt, som kännetecknas av extremt låg kodningspotential.LncRNA, som en nyckelmedlem i icke-kodande RNA, finns huvudsakligen i kärna och plasma.Utvecklingen inom sekvenseringsteknologi och bioinformtik möjliggör identifiering av många nya lncRNA och associerar dem med biologiska funktioner.Ackumulativa bevis tyder på att lncRNA är brett involverat i epigenetisk reglering, transkriptionsreglering och post-transkriptionsreglering.
-
Liten RNA-sekvensering-Illumina
Litet RNA hänvisar till en klass av icke-kodande RNA-molekyler som vanligtvis är mindre än 200 nt i längd, inklusive mikro-RNA (miRNA), litet interferens-RNA (siRNA) och piwi-interagerande RNA (piRNA).
MikroRNA (miRNA) är en klass av endogent litet RNA med en längd på cirka 20-24nt, som spelar en mängd viktiga regulatoriska roller i celler.miRNA involverat i många livsprocesser som avslöjar vävnad – specifik och stadiespecifik uttryck och mycket konserverad i olika arter.
-
circRNA-sekvensering-Illumina
Hela transkriptomsekvensering är utformad för att profilera alla typer av RNA-molekyler, inklusive kodande (mRNA) och icke-kodande RNA (inklusive lncRNA, circRNA och miRNA) som transkriberas av specifika celler vid en viss tidpunkt.Hela transkriptomsekvensering, även känd som "total RNA-sekvensering" syftar till att avslöja omfattande regulatoriska nätverk på transkriptomnivå.Genom att dra nytta av NGS-teknologin finns sekvenser av hela transkriptomprodukter tillgängliga för ceRNA-analys och gemensam RNA-analys, vilket ger det första steget mot funktionell karakterisering.Avslöjande regulatoriskt nätverk av circRNA-miRNA-mRNA-baserat ceRNA.
-
Hela transkriptomsekvensering – Illumina
Hela transkriptomsekvensering är utformad för att profilera alla typer av RNA-molekyler, inklusive kodande (mRNA) och icke-kodande RNA (inklusive lncRNA, circRNA och miRNA) som transkriberas av specifika celler vid en viss tidpunkt.Hela transkriptomsekvensering, även känd som "total RNA-sekvensering" syftar till att avslöja omfattande regulatoriska nätverk på transkriptomnivå.Genom att dra nytta av NGS-teknologin finns sekvenser av hela transkriptomprodukter tillgängliga för ceRNA-analys och gemensam RNA-analys, vilket ger det första steget mot funktionell karakterisering.Avslöjande regulatoriskt nätverk av circRNA-miRNA-mRNA-baserat ceRNA.
-
Prokaryotisk RNA-sekvensering
Prokaryotisk RNA-sekvensering använder nästa generations sekvensering (NGS) för att avslöja närvaron och kvantiteten av RNA vid ett givet ögonblick, genom att analysera det föränderliga cellulära transkriptomet.Vårt företags prokaryota RNA-sekvensering, syftar specifikt till prokaryoter med referensgenom, vilket ger dig transkriptomprofilering, genstrukturanalys, etc. Den har använts i stor utsträckning för grundläggande vetenskaplig forskning, läkemedelsforskning och utveckling med mera.
Plattform: Illumina NovaSeq 6000
-
Metatranskriptomsekvensering
Metatranskriptomsekvensering identifierar genuttryck av mikrober (både eukaryoter och prokaryoter) i naturliga miljöer (dvs. jord, vatten, hav, avföring och tarm). Specifikt låter dessa tjänster dig få hela genuttrycksprofilering av komplexa mikrobiella samhällen, taxonomisk analys av arter, funktionell anrikningsanalys av olika uttryckta gener med mera.
Plattform: Illumina NovaSeq 6000
