Ingia kwenye BMKCloud

Bidhaa

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Mpangilio wa Amplicon kwa kutumia teknolojia ya Illumina, hasa inayolenga alama za kijenetiki za 16S, 18S, na ITS, ni njia yenye nguvu ya kufichua fiziolojia, taksonomia, na wingi wa spishi ndani ya jamii za vijidudu. Mbinu hii inahusisha mpangilio wa maeneo yanayobadilika-badilika ya alama za kijenetiki za utunzaji wa nyumba. Hapo awali ilianzishwa kama alama ya kidole ya molekuli naWoeses na wenzakeMnamo 1977, mbinu hii imebadilisha uainishaji wa vijidudu kwa kuwezesha uchambuzi usiotenganisha. Kupitia mpangilio wa 16S (bakteria), 18S (fungi), na Internal Transcribed Spacer (ITS, fungi), watafiti wanaweza kutambua sio tu spishi nyingi bali pia zile adimu na zisizotambuliwa. Ikitumiwa sana kama zana muhimu, mpangilio wa amplicon umekuwa muhimu katika kutambua utunzi tofauti wa vijidudu katika mazingira mbalimbali, ikiwa ni pamoja na mdomo wa binadamu, matumbo, kinyesi, na zaidi.

Wasiliana Nasi

Maelezo ya Huduma

Bioinformatiki

Matokeo ya Onyesho

Machapisho yaliyoangaziwa

Vipengele vya Huduma

● Jukwaa la mpangilio: Illumina NovaSeq.

● Upanuzi wa maeneo mafupi ya 16S, 18S na ITS, miongoni mwa malengo mengine ya upanuzi.

● Chaguo rahisi za amplikoni.

● Uzoefu wa awali wa mradi wenye malengo mengi ya ukuzaji.

Faida za Huduma

●Haina kutengwa:Utambuzi wa haraka wa muundo wa vijidudu katika sampuli za mazingira.

●Ubora wa Juu: Katika vipengele vyenye wingi mdogo katika sampuli za mazingira.

●Inatumika Sana: Tafiti mbalimbali za jamii kuhusu vijidudu.

●Uchambuzi Kamili wa Bioinformatiki: Kifurushi kipya cha QIIME2 (ufahamu wa kiasi kuhusu ikolojia ya vijidudu) chenye uchanganuzi mbalimbali katika suala la hifadhidata, maelezo, OTU/ASV.

●Utaalamu wa Kina: Kwa miradi elfu 150 ya mpangilio wa amplikoni inayofanywa kila mwaka, BMKGENE inaleta uzoefu wa zaidi ya muongo mmoja, timu ya uchambuzi yenye ujuzi wa hali ya juu, maudhui kamili, na usaidizi bora wa baada ya mauzo.

Vipimo vya Huduma

Maktaba	Mkakati wa Mfuatano	Data iliyopendekezwa
Amplikoni	Illumina PE250	Lebo 50/100/300K (Soma Jozi)

Mahitaji ya Huduma

Mkusanyiko (ng/µL)	Jumla ya kiasi (ng)	Kiasi (µL)
≥1	≥200	≥20

● Udongo/matope: 1-2g
● Kiasi cha matumbo - mnyama: 0.5-2g
● Yaliyomo kwenye utumbo - wadudu: 0.1-0.25g
● Uso wa mmea (mashapo yaliyorutubishwa): 0.1-0.5g
● Mchuzi wa kuchachusha ulioongezewa mashapo): 0.1-0.5g
● Kinyesi (wanyama wakubwa): 0.5-2g
● Kinyesi (panya): chembe 3-5
● Kioevu cha kufulia cha mapafu: karatasi ya kuchuja
● Kitambaa cha uke: vitambaa 5-6
● Kitambaa cha ngozi/sehemu ya siri/mate/tishu laini ya mdomo/kitambaa cha koromeo/kitambaa cha rektamu: vitambaa 2-3
● Vijidudu vya juu: karatasi ya kuchuja
● Maji/hewa/biofilm: karatasi ya kuchuja
● Endofiti: 1-2g
● Bamba la Meno: 0.5-1g

Mtiririko wa Kazi ya Huduma

Uwasilishaji wa sampuli

Ujenzi wa maktaba

Mfuatano

Uchambuzi wa data

Huduma za baada ya mauzo

Iliyotangulia: Upangaji Upya wa Jenomu Nzima ya Bakteria na Fangasi

Inayofuata: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Inajumuisha uchambuzi ufuatao:

Udhibiti wa ubora wa data ghafi
Kundi la OTU / Kuondoa kelele (ASV)
Maelezo ya OTU
Uchambuzi wa utofauti wa alfa: fahirisi nyingi, ikiwa ni pamoja na Shannon, Simpson na ACE.
Uchambuzi wa utofauti wa beta
Uchambuzi wa vikundi
Uchambuzi wa uhusiano: kati ya vipengele vya mazingira na muundo na utofauti wa OUT
Utabiri wa jeni la utendaji kazi wa 16S

Histogramu ya usambazaji wa taksonomia

ramani ya joto ya mkusanyiko wa wingi wa taksonomiki

Uchambuzi wa utofauti wa alfa: mkunjo wa nadra

Uchambuzi wa utofauti wa beta: NMDS

Uchambuzi wa vikundi: Ugunduzi wa alama ya kibayokrasia ya LEFSE

Gundua maendeleo yaliyowezeshwa na huduma za mpangilio wa amplicon za BMKGene na Illumina kupitia mkusanyiko wa machapisho yaliyochaguliwa.

Dong, C. et al. (2022) 'Mkusanyiko, Microbiota ya Msingi, na Kazi ya Udongo wa Rhizosphere na Microbiota ya Magome katika Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.

Li, Y. et al. (2023) 'Upandikizaji wa bakteria bandia kwa ajili ya matibabu ya vaginosis ya bakteria inayosababishwa na Gardnerella vaginalis katika panya', Microbiome, 11(1), uk. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y

Yang, J., Fu, Y. na Liu, H. (2022) 'Vijidudu vya vumbi la hewa vilivyokusanywa wakati wa jaribio la usaidizi wa uhai wa kibiolojia lililofungwa ardhini “Lunar Palace 365”’, Environmental Microbiomes, 17(1), uk. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.

Yin, S. et al. (2022) 'Wingi wa jeni zinazofanya kazi zinazotegemea malisho zinazohusiana na mabadiliko ya nitrojeni, upotevu wa nitrojeni unaodhibitiwa katika utengenezaji wa mbolea', Bioresource Technology, 361, uk. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.