16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Vipengele vya Huduma
● Jukwaa la mpangilio: PacBio Revio
● Hali ya mpangilio: CCS (HiFi inasomeka)
● Upanuzi wa eneo lengwa ukifuatiwa na uunganishaji wa amplikoni sanjari kabla ya maandalizi ya maktaba ya kengele ya HiFi SMRT
Faida za Huduma
●Azimio la juu la taksonomia: Tmpangilio mfupi wa amplikoni ya han,kuwezesha viwango vya juu vya uainishaji wa OTU katika kiwango cha spishi.
●Simu sahihi sana ya msingi: Mfuatano wa hali ya PacBio CCS (HiFi inasomeka).
●Haina kutengwa: Utambuzi wa haraka wa muundo wa vijidudu katika sampuli za mazingira.
●Inatumika sana: Tafiti mbalimbali za jamii kuhusu vijidudu.
●Uchambuzi kamili wa kibiolojia: Kifurushi kipya cha QIIME2 (ufahamu wa kiasi kuhusu ikolojia ya vijidudu) chenye uchambuzi mbalimbali katika suala la hifadhidata, maelezo, OTU/ASV.
●Utaalamu wa Kina: Kwa maelfu ya miradi ya mpangilio wa amplicon inayofanywa kila mwaka, BMKGENE inaleta uzoefu wa zaidi ya muongo mmoja, timu ya uchambuzi yenye ujuzi wa hali ya juu, maudhui kamili, na usaidizi bora wa baada ya mauzo.
Vipimo vya Huduma
| Maktaba | Mkakati wa Mfuatano | Data iliyopendekezwa |
| Amplikoni | Tathmini ya PacBio | Lebo za 10/30/50 K (CCS) |
Mahitaji ya Sampuli
| Mkusanyiko (ng/µL) | Jumla ya kiasi (µg) | Kiasi (µL) |
| ≥5 | ≥0.3 | ≥20 |
Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa
Gandisha sampuli kwenye nitrojeni kioevu kwa saa 3-4 na uhifadhi kwenye nitrojeni kioevu au digrii -80 kwa muda mrefu. Usafirishaji wa sampuli na barafu kavu unahitajika.
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Uwasilishaji wa sampuli
Ujenzi wa maktaba
Mfuatano
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya mauzo
Inajumuisha uchambuzi ufuatao:
●Udhibiti wa ubora wa data ghafi
●Ukusanyaji wa OTU/Kuondoa kelele (ASV)
● Maelezo ya OTU
●Uchambuzi wa utofauti wa alfa: faharasa nyingi, ikiwa ni pamoja na Shannon, Simpson na ACE.
●Uchambuzi wa utofauti wa Beta
●Uchambuzi wa vikundi
●Uchambuzi wa uhusiano: kati ya vipengele vya mazingira na muundo na utofauti wa OUT
●Utabiri wa jeni unaofanya kazi wa 16S
Histogramu ya usambazaji wa taksonomia
Mti wa fiziolojia wa usambazaji wa jamii
Uchambuzi wa utofauti wa Alpha: ACE
faharasa
Uchambuzi wa utofauti wa beta: PCoA
Uchambuzi wa makundi: ANOVA
Gundua maendeleo yaliyowezeshwa na huduma za mpangilio wa amplicon za BMKGene na PacBio kupitia mkusanyiko wa machapisho ulioratibiwa.
Gao, X. na Wang, H. (2023) 'Uchambuzi wa Ulinganisho wa Wasifu na Kazi za Bakteria ya Rumen Wakati wa Kubadilika kwa Fonolojia Tofauti (Regreen vs. Grassy) katika Kondoo wa Alpine Merino wenye Hatua Mbili za Kukua kwenye Meadow ya Alpine', Uchachushaji, 9(1), uk. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Li, S. et al. (2023) 'Kukamata vitu vyeusi vya vijidudu katika udongo wa jangwa kwa kutumia metagenomics inayotegemea culturomics na uchambuzi wa ubora wa juu', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), uk. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. et al. (2022) 'Athari za chumvi ya asidi ya mafuta kwenye sifa za uchachushaji, utofauti wa bakteria na uthabiti wa aerobic wa silaji mchanganyiko iliyoandaliwa na alfalfa, majani ya mchele na pumba za ngano', Jarida la Sayansi ya Chakula na Kilimo, 102(4), uk. 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. et al. (2023) 'Mwingiliano kati ya Viashiria vya Mkazo wa Oksidanti na Mikrobiota ya Utumbo katika Athari za Kizuia Oksidanti za Dondoo kutoka Sonchus brachyotus DC. katika Mkazo wa Oksidanti wa Utumbo Unaosababishwa na Oxazolone kwa Samaki wa Zebra wa Watu Wazima', Vizuia Oksidanti 2023, Juz. 12, Ukurasa wa 192, 12(1), uk. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
