Kipimo cha Kromatini Inayopatikana kwa Transposase yenye Mfuatano wa Kiwango cha Juu cha Utiririshaji (ATAC-seq)
Vipengele vya Huduma
● Huduma inahitaji sampuli za tishu, badala ya asidi za kiini zilizotolewa, ili kuhifadhi mwingiliano wa DNA na protini.
● Mbinu ya ATAC inajumuisha kutenganisha tishu, ikifuatiwa na kutenganisha viini, matibabu na utakaso wa Tn5, ukuzaji wa PCR, uteuzi wa ukubwa na mpangilio.
● Mfuatano katika Illumina NovaSeq
Faida za Huduma
●Unyeti wa Juu:Kiasi kidogo cha seli za kuanzia kinatosha kwa ajili ya maandalizi na mpangilio wa maktaba.
●Mbinu Yenye Taarifa Nyingi: huonyesha wakati huo huo maeneo ya jenomu ya kromatini wazi na vipengele vya udhibiti vinavyofanya kazi kama vile maeneo ya kufungamana na vipengele vya unakili.
●Uzazi Bora wa Majaribio: nakala za kiufundi zinaonyesha uwezo bora wa kurudia.
●Utaalamu wa Kina: Kwa mamia ya miradi ya ufuatiliaji wa ATAC iliyokamilishwa kwa mafanikio, BMKGENE inaleta uzoefu wa zaidi ya muongo mmoja, timu ya uchambuzi yenye ujuzi wa hali ya juu, maudhui kamili, na usaidizi bora wa baada ya mauzo.
●Uwezekano wa Kujiunga na Uchambuzi wa Transcriptomics: kuruhusu uchanganuzi jumuishi wa mfuatano wa ATAC na data nyingine za omics kama vile RNA-seq.
● Uchambuzi Kamili wa Bioinformatiki: kuwezesha sio tu utambuzi wa maeneo wazi ya kromatini na utendaji kazi wao unaolingana (vipandishaji, UT, eksoni, intron) lakini pia uchambuzi wa tofauti kati ya maeneo wazi ya kromatini miongoni mwa sampuli.
Vipimo vya Huduma
| Maktaba | Mkakati wa Mfuatano | Matokeo ya data yaliyopendekezwa | Udhibiti wa ubora |
| Mfuatano wa ATAC | Illumina PE150 | > Usomaji wa milioni 20 Kulingana na ukubwa wa jenomu (Binadamu: 50 M inasomeka) | Q30≥85% |
Mahitaji ya Sampuli
Aina ya sampuli: Tishu, seli hai au zilizogandishwa, damu
● Nambari ya simu: ≥ 106seli
● Uzito wa tishu: ≥ 200mg tishu mpya
● Damu: ≥ 4 mL
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Ubunifu wa majaribio
Uwasilishaji wa sampuli
Uchimbaji wa DNA
Ujenzi wa maktaba
Mfuatano
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya mauzo
Inajumuisha Uchambuzi Ufuatao:
● Udhibiti wa ubora wa data ghafi;
● Wito wa kilele kulingana na ramani ya jenomu ya marejeleo;
● Maelezo ya jeni kuhusu eneo la kilele;
● Uchambuzi wa Motif: utambuzi wa maeneo ya kuunganisha vipengele vya unukuzi (TFBS);
● Uchambuzi na ufafanuzi wa kilele tofauti.
1. Ramani ya joto kwenye ATAC inasoma usambazaji katika TSS na maeneo ya karibu (±3 kb)
2. Usambazaji wa eneo wazi la kromatini katika vipengele tofauti vya jenomu
3. Tofauti ya kilele cha wito kati ya vikundi
Chunguza maendeleo ya utafiti yaliyowezeshwa na huduma za ufuatiliaji wa ATAC za BMKGene kupitia mkusanyiko wa machapisho yaliyochaguliwa.
Fu, A.na wengine.(2023) 'Mkusanyiko wa jenomu ya telomere-hadi-telomere ya tikitimaji chungu (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) unaonyesha ukuaji wa matunda, muundo na sifa za kijenetiki zinazoiva',Utafiti wa Kilimo cha Bustani, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Gong, B.na wengine.(2023) 'Uanzishaji wa epigenetic na unukuzi wa kinasi ya siri ya FAM20C kama onkojeni katika glioma',Jarida la Jenetiki na Jenomiki, 50(6), ukurasa wa 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Yeye, Y.na wengine.(2023) 'Butyrate hubadilisha upinzani wa ferroptosis katika saratani ya utumbo mpana kwa kuchochea ukandamizaji wa xCT unaotegemea c-Fos',Biolojia ya Redoksi, 65, uk. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
