Jenomiki Linganishi
Faida za Huduma
●Utaalamu wa Kina na rekodi za uchapishaji: Kwa mkusanyiko, BMKGene imekamilisha zaidi ya miradi 90 ya jenomu linganishi, huku kipengele cha athari cha jumla kikifikia 900.
●Uchambuzi kamili wa bioinformatiki: kifurushi cha uchambuzi kina uchanganuzi nane unaohitajika zaidi, unaotoa takwimu zilizoundwa vizuri tayari kuchapishwa na kuruhusu tafsiri rahisi ya matokeo
●Timu ya bioinformatiki yenye ujuzi wa hali ya juu na mzunguko mfupi wa uchambuzi: ikiwa na uzoefu mkubwa katika uchambuzi wa jenomu linganishi, timu ya BMKGene inatimiza mahitaji mbalimbali ya uchambuzi yaliyobinafsishwa kwa muda mfupi.
●Usaidizi wa Baada ya Mauzo:Ahadi yetu inaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi kwa kipindi cha miezi 3 baada ya mauzo. Wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, usaidizi wa utatuzi wa matatizo, na vipindi vya Maswali na Majibu ili kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.
Vipimo vya Huduma
| Muda unaokadiriwa wa kugeuka | Idadi ya spishi | Uchambuzi |
| Siku 30 za kazi | 6 - 12 | Kundi la familia za jeni Upanuzi na upunguzaji wa familia ya jeni Ujenzi wa mti wa fiziolojia Makadirio ya muda wa tofauti (Urekebishaji wa visukuku unahitajika) Muda wa kuingiza LTR (Kwa mimea) Urudiaji wa jenomu nzima (Kwa mimea) Shinikizo teule Uchambuzi wa sinteni |
Uchambuzi wa bioinformatiki
● Familia ya jeni
● Filojenetiki
● Muda wa tofauti
● Shinikizo teule
● Uchambuzi wa sinteni
Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji
Mahitaji ya Mfano:
Tishu au DNA kwa ajili ya mpangilio na mkusanyiko wa jenomu
Kwa Tishu
| Spishi | Tishu | Utafiti | PacBio CCS |
| Mnyama | Tishu ya ndani | 0.5 ~ 1 g | ≥ 3.5 g |
| Misuli ya tishu | |||
| ≥ 5.0 g | |||
| ≥ 5.0 mL | |||
| Damu ya mamalia | |||
| ≥ 0.5 mL | |||
| Kuku/Damu ya samaki | |||
| Mmea | Jani Jipya | 1 ~ 2 g | ≥ 5.0 g |
| Petali/Shina | 1 ~ 2 g | ≥ 10.0 g | |
| Mzizi/Mbegu | 1 ~ 2 g | ≥ 20.0 g | |
| Seli | Seli iliyokuzwa | - | ≥ 1 x 108 |
Data
Faili za mfuatano wa jenomu (.fasta) na faili za maelezo (.gff3) za spishi zinazohusiana kwa karibu
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Ubunifu wa majaribio
Uwasilishaji wa sampuli
Ujenzi wa maktaba
Mfuatano
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya mauzo
*Matokeo ya onyesho yanayoonyeshwa hapa yote yanatokana na jenomu zilizochapishwa na Biomarker Technologies
1. Makadirio ya muda wa kuingiza LTR: Kielelezo kilionyesha usambazaji wa kipekee wa bimodal katika muda wa kuingiza LTR-RTs katika jenomu ya rai ya Weining, ikilinganishwa na spishi zingine. Kilele cha hivi karibuni kilionekana karibu miaka milioni 0.5 iliyopita.
Li Guang na wenzake,Jenetiki ya Asili, 2021
2. Uchambuzi wa familia ya fiziolojia na jeni kwenye chayote (Sechium edule): Kwa kuchanganua chayote na spishi zingine 13 zinazohusiana katika familia ya jeni, Chayote iligundulika kuwa na uhusiano wa karibu zaidi na nyoka aina ya nyoka (Trichosanthes anguina). Chayote inayotokana na nyoka aina ya nyoka katika takriban Mya 27-45 na kurudia jenomu nzima (WGD) ilionekana katika chayote katika Mya 25±4, ambayo ni tukio la tatu la WGD katika cucuibitaceae.
Fu A na wenzake,Utafiti wa Kilimo cha Bustani, 2021
3. Uchambuzi wa sinteni: Baadhi ya jeni zinazohusiana na homoni za phyto katika ukuaji wa matunda zilipatikana katika chayote, nyoka na boga. Uhusiano kati ya chayote na boga ni mkubwa kidogo kuliko ule kati ya chayote na nyoka.
Fu A na wenzake,Utafiti wa Kilimo cha Bustani, 2021
4. Uchambuzi wa familia ya jeni: Uboreshaji wa KEGG kwenye upanuzi na upunguzaji wa familia ya jeni katika jenomu za G.thurberi na G.davidsonii ulionyesha kuwa jeni zinazohusiana na usanisinuru wa steroidi na usanisinuru wa brassinosteroidi zilipanuliwa.
Yang Z na wenzake,Biolojia ya BMC, 2021
5. Uchambuzi wa kurudia jenomu nzima: Uchambuzi wa usambazaji wa 4DTV na Ks ulionyesha tukio zima la kurudia jenomu. Vilele vya spishi ndani vilionyesha matukio ya kurudia. Vilele vya spishi ndani vilionyesha matukio ya utaalamu. Uchambuzi ulionyesha kwamba ikilinganishwa na spishi zingine tatu zinazohusiana kwa karibu, O. europaea ilipitia kurudia jeni kwa kiwango kikubwa hivi karibuni.
Rao G na wenzake,Utafiti wa Kilimo cha Bustani, 2021
Kesi ya BMK
Waridi bila miiba: maarifa ya kijeni yanayohusiana na urekebishaji wa unyevu
Imechapishwa: Mapitio ya Sayansi ya Kitaifa, 2021
Mkakati wa mpangilio:
'Basye'sIsiyo na Miiba'(R.Wichurain) jenomu:
Takriban 93 X PacBio + takriban 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Matokeo muhimu
1. Jenomu ya R.wichuraiana yenye ubora wa hali ya juu ilijengwa kwa kutumia mbinu za mfuatano zilizosomwa kwa muda mrefu, ambazo hutoa mkusanyiko wa 530.07 Mb (Ukubwa wa jenomu uliokadiriwa ulikuwa takriban 525.9 Mb kwa kutumia saitometri ya mtiririko na 525.5 kwa kutumia utafiti wa jenomu ； Heterozygosity ilikuwa karibu 1.03%). Alama iliyokadiriwa ya BUSCO ilikuwa 93.9%. Ikilinganishwa na "Old blush" (haploOB), ubora na ukamilifu wa jenomu hii ulithibitishwa na usahihi wa besi moja na faharisi ya mkusanyiko wa LTR (LAI=20.03). Jenomu ya R.wichuraiana ina jeni 32,674 za usimbaji wa protini.
2. Uchambuzi wa viungo vya multi-omics, unaojumuisha jenomu linganishi, transcriptomics, uchambuzi wa QTL wa idadi ya kijenetiki, ulifichua upekee muhimu kati ya R. wichuraiana na Rosa chinensis. Pia, tofauti za usemi wa jeni zinazohusiana katika QTL zilikuwa na uwezekano wa kuhusishwa na mpangilio wa miiba ya shina.
Uchambuzi wa kulinganisha wa jenomu kati ya Thornless ya Basye na Rosa chinensis ikijumuisha uchanganuzi wa sinteni, kundi la familia ya jeni, uchanganuzi wa upanuzi na mnyweo, ulifichua idadi kubwa ya tofauti, ambazo zilihusiana na sifa muhimu katika waridi. Upanuzi wa kipekee katika familia ya jeni ya NAC na FAR1/FRS ulikuwa na uwezekano mkubwa wa kuhusishwa na upinzani dhidi ya doa jeusi.
Uchambuzi wa jenomu kulinganisha kati ya jenomu za BT na haploOB.
Zhong, M., et al. "Rose bila miiba: maarifa ya kijiolojia yanayohusiana na urekebishaji wa unyevu"Mapitio ya Sayansi ya Kitaifa, 2021;, nwab092.
