Mpangilio kamili wa mRNA -PacBio
Vipengele
● usanisi wa cDNA kutoka kwa mRNA ya poli-A ikifuatiwa na utayarishaji wa maktaba
● Mfuatano katika hali ya CCS, na kutoa usomaji wa HiFi
● Mfuatano wa nakala kamili
● Uchambuzi hauhitaji jenomu ya marejeleo; hata hivyo, inaweza kutumika
● Uchambuzi wa kibiolojia huwezesha uchanganuzi wa nakala za isoform lncRNA, miunganiko ya jeni, poli-adenylation, na muundo wa jeni
Faida za Huduma
●Usahihi wa JuuHiFi inasoma kwa usahihi >99.9% (Q30), sawa na NGS
● Uchambuzi Mbadala wa Kuunganisha: mpangilio wa nakala zote huwezesha utambuzi na uainishaji wa isoform
●Utaalamu wa Kina: ikiwa na rekodi ya kukamilisha zaidi ya miradi 1100 ya nakala kamili ya PacBio na kusindika zaidi ya sampuli 2300, timu yetu huleta uzoefu mwingi kwa kila mradi.
●Usaidizi wa Baada ya Mauzo: ahadi yetu inaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi kwa kipindi cha miezi 3 baada ya mauzo. Wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, usaidizi wa utatuzi wa matatizo, na vipindi vya Maswali na Majibu ili kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.
Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji
| Maktaba | Mkakati wa mpangilio | Data iliyopendekezwa | Udhibiti wa Ubora |
| Maktaba ya mRNA CCS iliyoimarishwa na PolyA | Mfuatano wa PacBio II Tathmini ya PacBio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Mahitaji ya Mfano:
Nyukleotidi:
● Mimea:
Mzizi, Shina au Petali: 450 mg
Jani au Mbegu: 300 mg
Matunda: 1.2 g
● Mnyama:
Moyo au Utumbo: 300 mg
Viscera au Ubongo: 240 mg
Misuli: 450 mg
Mifupa, Nywele au Ngozi: 1g
● Arthropodi:
Wadudu: 6g
Krustasia: 300 mg
● Damu nzima: Mrija 1
● Seli: 106 seli
| Kikomo (ng/μl) | Kiasi (μg) | Usafi | Uadilifu |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Uchafuzi mdogo au hakuna protini au DNA unaoonyeshwa kwenye jeli. | Kwa mimea: RIN≥7.5; Kwa wanyama: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; mwinuko mdogo au hakuna msingi |
Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa
Chombo: Mrija wa sentrifuge wa mililita 2 (Foili ya bati haipendekezwi)
Uwekaji lebo wa sampuli: Kundi+nakili k.m. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Usafirishaji:
1. Barafu kavu: Sampuli zinahitaji kupakiwa kwenye mifuko na kuzikwa kwenye barafu kavu.
2. Mirija ya RNAstable: Sampuli za RNA zinaweza kukaushwa kwenye mrija wa uthabiti wa RNA (km RNAstable®) na kusafirishwa kwenye halijoto ya kawaida.
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Ubunifu wa majaribio
Uwasilishaji wa sampuli
Uchimbaji wa RNA
Ujenzi wa maktaba
Mfuatano
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya mauzo
Inajumuisha uchambuzi ufuatao:
● Udhibiti wa ubora wa data ghafi
● Uchambuzi Mbadala wa Poliadenili (APA)
● Uchambuzi wa nakala mchanganyiko
● Uchambuzi Mbadala wa Kuunganisha
● Uchambuzi wa Vipimo vya Orthologs za Nakala Moja za Ulimwenguni (BUSCO)
● Uchambuzi mpya wa nakala: utabiri wa mfuatano wa usimbaji (CDS) na maelezo ya kiutendaji
● Uchambuzi wa lncRNA: utabiri wa lncRNA na malengo
● Utambulisho wa MicroSatelite (SSR)
Uchambuzi wa BUSCO
Uchambuzi Mbadala wa Kuunganisha
Uchambuzi Mbadala wa Poliadenili (APA)
Maelezo ya kiutendaji ya nakala mpya
Chunguza maendeleo yaliyowezeshwa na huduma za mpangilio kamili wa mRNA za BMKGene za Nanopore katika chapisho hili lililoangaziwa.
Ma, Y. et al. (2023) 'Uchambuzi wa kulinganisha wa mbinu za mpangilio wa PacBio na ONT RNA kwa ajili ya utambuzi wa sumu ya Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), uk. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) 'Mienendo ya maendeleo ya nakala ya shina la Populus', Jarida la Bioteknolojia ya Mimea, 17(1), uk. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Mabadiliko Yanayobadilika katika Kiwango cha Asidi ya Askobiki Wakati wa Ukuaji na Ukomavu wa Matunda ya Actinidia latifolia (Zao la Matunda Lililojaa Askobiti) na Mifumo ya Masi Inayohusiana', Jarida la Kimataifa la Sayansi ya Masi, 23(10), uk. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Utabiri mzuri wa jeni za njia ya kibiolojia zinazohusika katika polifilini hai katika polifilila ya Paris', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), uk. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Uchambuzi wa Mchanganyiko wa PacBio Iso-Seq na Illumina RNA-Seq wa Jeni za Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome na Cytochrome P450', Wadudu, 14(4), uk. 363. doi: 10.3390/INSETS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Utafiti wa ugumu wa transcriptome kwa kutumia uchambuzi wa muda halisi wa molekuli moja ya PacBio pamoja na mpangilio wa Illumina RNA kwa uelewa bora wa usanisinuru wa asidi ya ricinoleiki katika Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), uk. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
