Bidhaa

Jenetiki ya Mageuzi

Jenetiki za Mageuko ni huduma kamili ya mpangilio iliyoundwa kutoa tafsiri yenye ufahamu wa mageuko ndani ya kundi kubwa la watu binafsi, kulingana na tofauti za kijenetiki, ikiwa ni pamoja na SNPs, InDels, SVs, na CNVs. Huduma hii inajumuisha uchambuzi wote muhimu unaohitajika ili kufafanua mabadiliko ya mageuko na sifa za kijenetiki za idadi ya watu, ikiwa ni pamoja na tathmini ya muundo wa idadi ya watu, utofauti wa kijenetiki, na uhusiano wa fiziolojia. Zaidi ya hayo, inachunguza tafiti kuhusu mtiririko wa jeni, na kuwezesha makadirio ya ukubwa wa idadi ya watu unaofaa na muda wa utofauti. Masomo ya kijenetiki za mageuko hutoa ufahamu muhimu kuhusu asili na marekebisho ya spishi.

Katika BMKGENE, tunatoa njia mbili za kufanya tafiti za kijenetiki za mageuko kwenye idadi kubwa ya watu: kutumia mpangilio wa jenomu nzima (WGS) au kuchagua mbinu ya mpangilio wa jenomu iliyopunguzwa uwakilishi, Kipande Kilichoongezwa cha Mahali Maalum (SLAF) kilichotengenezwa ndani. Ingawa WGS inafaa jenomu ndogo, SLAF inajitokeza kama njia mbadala yenye gharama nafuu ya kusoma idadi kubwa ya watu wenye jenomu ndefu, na hivyo kupunguza kwa ufanisi gharama za mpangilio.

Wasiliana Nasi

Maelezo ya Huduma

Bioinformatiki

Matokeo ya Onyesho

Machapisho yaliyoangaziwa

Faida za Huduma

Takagi na wenzake,Jarida la mimea, 2013

●Uchambuzi kamili wa kibiolojia:kuwezesha makadirio ya utofauti wa kijenetiki, ambayo yanaonyesha uwezo wa mageuzi wa spishi, na kufichua uhusiano wa kuaminika wa fiziolojia kati ya spishi zenye ushawishi mdogo wa mageuzi yanayolingana na mageuzi sambamba.

●Uchambuzi wa hiari uliobinafsishwa: kama vile makadirio ya muda na kasi ya tofauti kulingana na tofauti katika kiwango cha nyukleotidi na amino asidi.

●Utaalamu wa Kina na rekodi za uchapishaji: BMKGene imekusanya uzoefu mkubwa katika miradi ya kijenetiki ya idadi ya watu na mageuko kwa zaidi ya miaka 15, ikijumuisha maelfu ya spishi, n.k. na imechangia katika miradi zaidi ya 1000 ya kiwango cha juu iliyochapishwa katika Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, n.k.

● Timu ya bioinformatiki yenye ujuzi wa hali ya juu na mzunguko mfupi wa uchambuzi: ikiwa na uzoefu mkubwa katika uchambuzi wa kina wa jenomu, timu ya BMKGene hutoa uchambuzi kamili kwa wakati wa haraka.

● Usaidizi wa Baada ya Mauzo:Ahadi yetu inaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi kwa kipindi cha miezi 3 baada ya mauzo. Wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, usaidizi wa utatuzi wa matatizo, na vipindi vya Maswali na Majibu ili kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.

Vipimo na mahitaji ya Huduma

Aina ya mpangilio

Kiwango cha idadi ya watu kinachopendekezwa

Mkakati wa mpangilio

Mahitaji ya nyuklia

Mpangilio Mzima wa Jenomu

≥ watu 30, huku ≥ watu 10 kutoka kila kundi dogo

10x

Mkusanyiko: ≥ 1 ng/µL

Jumla ya kiasi ≥ 30ng

Uharibifu au uchafuzi mdogo au hakuna kabisa

Kipande Kilichokuzwa cha Eneo Maalum (SLAF)

Kina cha lebo:

10x

Idadi ya lebo:

<400 Mb: WGS inapendekezwa

<1Gb: lebo 100K

1Gb

>2Gb: lebo 300K

Lebo za juu zaidi za 500k

Mkusanyiko ≥ 5 ng/µL

Jumla ya kiasi ≥ 80 ng

Jeli ya agarose: hakuna uharibifu au uchafuzi mdogo

Mtiririko wa Kazi ya Huduma

Ubunifu wa majaribio

Uwasilishaji wa sampuli

Ujenzi wa maktaba

Mfuatano

Uchambuzi wa data

Huduma za baada ya mauzo

Iliyotangulia: Uchambuzi wa Ugawaji wa Wingi

Inayofuata: Metabolomiki

Huduma inajumuisha uchambuzi wa muundo wa idadi ya watu (mti wa phylogenetic, PCA, chati ya uainishaji wa idadi ya watu), utofauti wa idadi ya watu, na uteuzi wa idadi ya watu (ukosefu wa usawa wa uhusiano, uteuzi wa kuchagua wa maeneo yenye faida). Huduma inaweza pia kujumuisha uchambuzi maalum (km muda wa tofauti, mtiririko wa jeni).

*Matokeo ya majaribio yanayoonyeshwa hapa yote yanatokana na jenomu zilizochapishwa na BMKGENE

1. Uchambuzi wa mageuko unajumuisha ujenzi wa mti wa phylogenetic, muundo wa idadi ya watu na PCA kulingana na tofauti za kijenetiki.

Mti wa fiziolojia unawakilisha uhusiano wa kiteknoniki na mageuko miongoni mwa spishi zenye babu mmoja.
PCA inalenga kuibua ukaribu kati ya makundi madogo.
Muundo wa idadi ya watu unaonyesha uwepo wa idadi ndogo ya watu tofauti kijeni kulingana na masafa ya aleli.

3-1Mti wa Filojenetiki 3-2PCA 3-3Muundo wa idadi ya watu

Chen, na wengine,PNAS, 2020

2. Kufagia kwa kuchagua

Kutafuta kwa kuchagua hurejelea mchakato ambao tovuti yenye faida huchaguliwa na masafa ya tovuti zisizo na uhusiano wowote huongezeka na zile za tovuti zisizo na uhusiano hupunguzwa, na kusababisha kupungua kwa maeneo ya kikanda.

Ugunduzi wa jeni nzima katika maeneo teule ya kuvinjari husindikwa kwa kuhesabu faharisi ya kijenetiki ya idadi ya watu (π，Fst, Tajima's D) ya SNP zote ndani ya dirisha linaloteleza (100 Kb) katika hatua fulani (10 Kb).

Utofauti wa nyuklia (π）
4 Utofauti wa nyuklia (π）

D ya Tajima
5Tajima's-D

Kielezo cha urekebishaji (Fst)

6Kielezo cha Urekebishaji (Fst)

Wu, na wengine,Mmea wa Masi, 2018

3. Mtiririko wa Jeni

7Mtiririko wa jeni

Wu, na wengine,Mmea wa Masi, 2018

4. Historia ya idadi ya watu

8 Historia ya idadi ya watu

Zhang, na wengine,Ikolojia na Mageuzi ya Asili, 2021

5. Muda wa mseto

9 Wakati wa mseto

Zhang, na wengine,Ikolojia na Mageuzi ya Asili, 2021

Chunguza maendeleo yaliyowezeshwa na huduma za kijenetiki za mageuko za BMKGene kupitia mkusanyiko wa machapisho yaliyochaguliwa:

Hassanyar, AK et al. (2023) 'Ugunduzi wa Alama za Masi za SNP na Jeni Kabambe Zinazohusiana na Upinzani wa Virusi vya Sacbrood katika Mabuu ya Apis cerana cerana kwa Ufuatiliaji wa Jenomu Nzima',Jarida la kimataifa la sayansi ya molekuli, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.

Chai, J. et al. (2022) 'Ugunduzi wa salamander mkubwa wa Kichina wa porini na safi kijenetiki huunda fursa mpya za uhifadhi',Utafiti wa Wanyama, 2022, Juz. 43, Toleo la 3, Kurasa: 469-480, 43(3), uk. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.

Han, M. et al. (2022) 'Muundo wa Filojiografia na Historia ya Mageuko ya Idadi ya Watu wa Asili Elymus sibiricus L. kwenye Uwanda wa Qinghai-Tibet',Mipaka katika Sayansi ya Mimea, 13, uk. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.

Wang, J. et al. (2022) 'Ufahamu wa kijiolojia kuhusu mageuko ya longan kutoka kwa mkusanyiko wa jenomu ya kiwango cha kromosomu na jenomu ya idadi ya viambatisho vya longan',Utafiti wa Kilimo cha Bustani, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.