Mpangilio wa mRNA wa Urefu Kamili-Nanopore
Vipengele
● Ukamataji wa mRNA ya poli-A ikifuatiwa na usanisi wa cDNA na utayarishaji wa maktaba
● Mfuatano wa nakala kamili
● Uchambuzi wa kibiolojia kulingana na mpangilio wa jenomu ya marejeleo
● Uchambuzi wa kibiolojia haujumuishi tu usemi katika kiwango cha jeni na isoform lakini pia uchanganuzi wa lncRNA, miunganiko ya jeni, poli-adenylation na muundo wa jeni
Faida za Huduma
●Upimaji wa usemi katika kiwango cha isoform: kuwezesha uchanganuzi wa kina na sahihi wa usemi, kufichua mabadiliko ambayo yanaweza kufichwa wakati wa kuchanganua usemi mzima wa jeni
●Mahitaji ya Data Yaliyopunguzwa:Ikilinganishwa na Mfuatano wa Kizazi Kijacho (NGS), Mfuatano wa Nanopore huonyesha mahitaji ya chini ya data, ikiruhusu viwango sawa vya kueneza kwa upimaji wa usemi wa jeni na data ndogo.
●Usahihi wa juu wa upimaji wa usemi: katika kiwango cha jeni na isoform
●Utambuzi wa taarifa za ziada za maandishi: poliadenili mbadala, jeni za muunganiko na lcnRNA na jeni zao lengwa
●Utaalamu wa KinaTimu yetu huleta uzoefu mwingi kwa kila mradi, ikiwa imekamilisha zaidi ya miradi 850 ya nakala kamili ya Nanopore na kusindika zaidi ya sampuli 8,000.
●Usaidizi wa Baada ya Mauzo: ahadi yetu inaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi kwa kipindi cha miezi 3 baada ya mauzo. Wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, usaidizi wa utatuzi wa matatizo, na vipindi vya Maswali na Majibu ili kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.
Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji
| Maktaba | Mkakati wa mpangilio | Data iliyopendekezwa | Udhibiti wa Ubora |
| Poly A iliyoboreshwa | Prometh ya NanoporeION 48 | 6/12 Gb | Alama ya wastani ya ubora: Q10 |
Mahitaji ya Mfano:
Nyukleotidi:
| Kikomo (ng/μl) | Kiasi (μg) | Usafi | Uadilifu |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Uchafuzi mdogo au hakuna protini au DNA unaoonyeshwa kwenye jeli. | Kwa mimea: RIN≥7.0; Kwa wanyama: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; mwinuko mdogo au hakuna msingi |
● Mimea:
Mzizi, Shina au Petali: 450 mg
Jani au Mbegu: 300 mg
Matunda: 1.2 g
● Mnyama:
Moyo au Utumbo: 300 mg
Viscera au Ubongo: 240 mg
Misuli: 450 mg
Mifupa, Nywele au Ngozi: 1g
● Arthropodi:
Wadudu: 6g
Krustasia: 300 mg
● Damu nzima: Mrija 1
● Seli: 106 seli
Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa
Chombo: Mrija wa sentrifuge wa mililita 2 (Foili ya bati haipendekezwi)
Uwekaji lebo wa sampuli: Kundi+nakili k.m. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Usafirishaji:
1. Barafu kavu: Sampuli zinahitaji kupakiwa kwenye mifuko na kuzikwa kwenye barafu kavu.
2. Mirija ya RNAstable: Sampuli za RNA zinaweza kukaushwa kwenye mrija wa uthabiti wa RNA (km RNAstable®) na kusafirishwa kwenye halijoto ya kawaida.
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Nyukleotidi:
Uwasilishaji wa sampuli
Ujenzi wa maktaba
Mfuatano
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya mauzo
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Tishu:
Ubunifu wa majaribio
Uwasilishaji wa sampuli
Uchimbaji wa RNA
Ujenzi wa maktaba
Mfuatano
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya mauzo
● Usindikaji wa data ghafi
● Utambulisho wa nakala
● Uunganishaji mbadala
● Upimaji wa usemi katika kiwango cha jeni na kiwango cha isoform
● Uchambuzi wa usemi tofauti
● Maelezo na uboreshaji wa kazi (DEG na DET)
Uchambuzi mbadala wa kuunganisha
Uchambuzi Mbadala wa Poliadenili (APA)
Utabiri wa lncRNA
Maelezo ya jeni mpya
Ukusanyaji wa DET
Mitandao ya Protini-Protini katika DEG
Gundua maendeleo yaliyowezeshwa na huduma za mpangilio kamili wa mRNA za BMKGene za Nanopore kupitia mkusanyiko wa machapisho yaliyochaguliwa.
Gong, B. et al. (2023) 'Uanzishaji wa epigenetic na unukuzi wa kinasi ya siri ya FAM20C kama onkojeni katika glioma', Jarida la Jenetiki na Jenomics, 50(6), uk. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) 'Mfuatano kamili wa transcriptome wa limfositi hujibu IFN-γ unaonyesha mwitikio wa kinga uliopinda wa Th1 katika flounder (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, uk. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Uchambuzi wa kulinganisha wa mbinu za mpangilio wa PacBio na ONT RNA kwa ajili ya utambuzi wa sumu ya Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), uk. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Uchambuzi wa Nano-seq unaonyesha mwelekeo tofauti wa utendaji kazi kati ya exosomu na microvesicles zinazotokana na hUMSC', Utafiti na Tiba ya Seli Shina, 14(1), uk. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/MABADILIKO/6.
