De novo Fungal Genome Assembly
BMKGENE hutoa suluhisho zinazofaa kwa jenomu za kuvu, ikikidhi mahitaji mbalimbali ya utafiti na ukamilifu wa jenomu unaohitajika. Kutumia mpangilio wa Illumina wa kusoma kwa ufupi pekee huruhusu uzalishaji wa jenomu ya rasimu. Usomaji mfupi na mpangilio wa kusoma kwa ufupi kwa kutumia Nanopore au Pacbio huunganishwa kwa jenomu ya kuvu iliyosafishwa zaidi yenye mikusanyiko mirefu.
Vipengele vya Huduma
Na chaguzi mbili zinazowezekana za kuchagua kulingana na kiwango kinachohitajika cha ukamilifu wa jenomu:
● Chaguo la Rasimu ya Jenomu: Mfuatano wa usomaji mfupi kwa kutumia Illumina NovaSeq PE150.
● Chaguo la Jenomu Nzuri ya Kuvu:
Utafiti wa Jenomu: Illumina NovaSeq PE150.
Mkusanyiko wa Jenomu: PacBio Revio (HiFi inasomeka) au Nanopore PromethION 48.
Faida za Huduma
●Mikakati ya Mfuatano Mingi InapatikanaKwa malengo tofauti ya utafiti na mahitaji ya ukamilifu wa jenomu
●Mtiririko Kamili wa Kazi wa Bioinformatiki:Hii inajumuisha mkusanyiko wa jenomu na utabiri wa vipengele vingi vya jenomu, maelezo ya jeni linalofanya kazi, na utiaji nanga wa pamoja.
●Utaalamu wa Kina: Kwa zaidi ya jenomu 12,000 za vijidudu zilizokusanywa, tunaleta uzoefu wa zaidi ya muongo mmoja, timu ya uchambuzi yenye ujuzi wa hali ya juu, maudhui kamili, na usaidizi bora wa baada ya mauzo.
●Usaidizi wa Baada ya Mauzo:Ahadi yetu inaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi kwa kipindi cha miezi 3 baada ya mauzo. Wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, usaidizi wa utatuzi wa matatizo, na vipindi vya Maswali na Majibu ili kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.
Vipimo vya Huduma
| Huduma | Mkakati wa Mfuatano | Udhibiti wa Ubora |
| Jenomu ya Rasimu | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Jenomu Nzuri | Utafiti wa jenomu: Illumina PE150 50 x Kiunganishi: PacBio HiFi 30x au Nanopore 100x | N50 iliyounganishwa ≥1Mb（Pacbio Unicellular） N50 iliyounganishwa ≥2Mb（ONT Seli Moja） N50 iliyounganishwa ≥500kb（Nyingine） |
Mahitaji ya Huduma
| Mkusanyiko (ng/µL) | Jumla ya kiasi (µg) | Kiasi (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Kuvu ya Seli Moja: ≥3.5x1010 seli
Kuvu ya Macro: ≥10 g
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Uwasilishaji wa sampuli
Ujenzi wa maktaba
Mfuatano
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya mauzo
Inajumuisha Uchambuzi Ufuatao:
Utafiti wa Jenomu:
- Kudhibiti ubora wa data kwa mpangilio
- Ukadiriaji wa jeni: ukubwa, heterozygosity, vipengele vinavyojirudia
Mkusanyiko Mzuri wa Jenomu:
- Udhibiti wa Ubora wa Data kwa Mfuatano
- De novoMkutano
- Uchambuzi wa Vipengele vya Jenomu: Utabiri wa CDS na vipengele vingi vya jenomu
- Maelezo ya utendaji kazi yenye hifadhidata nyingi za jumla (GO, KEGG, nk) na hifadhidata za hali ya juu (CARD, CAZy, nk)
Utafiti wa jenomu: usambazaji wa k-mer
Mkusanyiko wa jenomu: maelezo ya jeni yenye umbo la homologous (hifadhidata ya NR)
Mkusanyiko wa jenomu: maelezo ya jeni inayofanya kazi (GO)
Chunguza maendeleo yaliyowezeshwa na huduma za kukusanya jenomu za kuvu za BMKGene kupitia mkusanyiko wa machapisho yaliyochaguliwa.
Hao, J. et al. (2023) 'Utambuzi jumuishi wa omic wa uyoga wa dawa Inonotus obliquus chini ya hali ya maji',Jenomu ya BMC, 24(1), uk. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/VIELELEZO/3.
Lu, L. et al. (2023) 'Mfuatano wa jenomu unaonyesha mageuko na mifumo ya vimelea ya kisababishi magonjwa cha Rhizoctonia cerealis cha ngano',Jarida la Mazao, 11(2), ukurasa wa 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Rasilimali za Jenomu kwa Spishi Nne za Clarireedia Zinazosababisha Doa la Dola kwenye Nyasi Mbalimbali za Turf',Magonjwa ya Mimea, 107(3), uk. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'Ushahidi wa Kijeni na Masi wa Mfumo wa Kujamiiana wa Tetrapolar katika Grifola frondosa ya Uyoga wa Kuliwa',Jarida la Kuvu, 9(10), uk. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
