Ingia kwenye BMKCloud

Bidhaa

Mwingiliano wa Chromatin unaotegemea Hi-C

Hi-C ni mbinu iliyoundwa ili kunasa usanidi wa jenomu kwa kuchanganya mwingiliano unaotegemea ukaribu na mpangilio wa kiwango cha juu cha matokeo. Mbinu hii inategemea kuunganisha kromatini na formaldehyde, ikifuatiwa na usagaji na uunganishaji upya kwa njia ambayo vipande vilivyounganishwa kwa ushirikiano pekee ndivyo vitaunda bidhaa za uunganishaji. Kwa kupanga bidhaa hizi za uunganishaji, inawezekana kusoma mpangilio wa 3D wa jenomu. Hi-C huwezesha kusoma usambazaji wa sehemu za jenomu ambazo zimejaa kidogo (vipande vya A, euchromatin) na ambazo zina uwezekano mkubwa wa kuwa na kazi ya kunakili, na maeneo ambayo yamejaa zaidi (vipande vya B, Heterochromatin). Hi-C pia inaweza kutumika kubainisha Vikoa Vinavyohusiana na Kitopolojia (TAD), maeneo ya jenomu ambayo yana miundo iliyokunjwa na yana uwezekano wa kuwa na mifumo sawa ya usemi, na kutambua vitanzi vya kromatini, maeneo ya DNA ambayo yameunganishwa pamoja na protini na ambayo mara nyingi yametajiriwa katika vipengele vya udhibiti. Huduma ya ufuatiliaji wa Hi-C ya BMKGene inawawezesha watafiti kuchunguza vipimo vya anga vya jenomu, na kufungua njia mpya za kuelewa udhibiti wa jenomu na athari zake katika afya na magonjwa.

Wasiliana Nasi

Maelezo ya Huduma

Bioinformatiki

Matokeo ya onyesho

Machapisho yaliyoangaziwa

Vipengele vya Huduma

● Mpangilio kwenye Illumina NovaSeq na PE150.

● Huduma inahitaji sampuli za tishu, badala ya asidi za kiini zilizotolewa, ili kuungana na formaldehyde na kuhifadhi mwingiliano wa DNA-protini.

● Jaribio la Hi-C linahusisha uzuiaji na ukarabati wa ncha zinazonata kwa kutumia biotini, ikifuatiwa na mzunguko wa ncha butu zinazotokana huku zikihifadhi mwingiliano. Kisha DNA huvutwa chini kwa kutumia shanga za streptavidin na kusafishwa kwa ajili ya maandalizi ya maktaba yanayofuata.

Faida za Huduma

●Ubunifu Bora wa Kizuizi cha Enzimu: kuhakikisha ufanisi wa juu wa Hi-C kwenye spishi tofauti zenye hadi 93% ya jozi halali za mwingiliano.

●Kumbukumbu za Utaalamu na Uchapishaji wa Kina:BMKGene ina uzoefu mkubwa na miradi ya ufuatiliaji wa Hi-C zaidi ya 2000 kutoka kwa spishi 800 tofauti na hataza mbalimbali. Zaidi ya kesi 100 zilizochapishwa zenye kipengele cha athari cha mkusanyiko cha zaidi ya 900.

●Timu ya Bioinformatiki yenye ujuzi wa hali ya juu:pamoja na hati miliki za ndani na hakimiliki za programu kwa ajili ya majaribio ya Hi-C na uchambuzi wa data na programu ya data ya taswira iliyotengenezwa yenyewe.

●Usaidizi wa Baada ya Mauzo:Ahadi yetu inaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi kwa kipindi cha miezi 3 baada ya mauzo. Wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, usaidizi wa utatuzi wa matatizo, na vipindi vya Maswali na Majibu ili kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.

●Maelezo Kamili: tunatumia hifadhidata nyingi ili kufafanua jeni kwa utendaji kazi kwa kutumia tofauti zilizotambuliwa na kufanya uchanganuzi unaolingana wa uboreshaji, tukitoa maarifa kuhusu miradi mingi ya utafiti.

Vipimo vya Huduma

Maktaba

Mkakati wa Mfuatano

Matokeo ya data yaliyopendekezwa

Azimio la Ishara la Hi-C

Maktaba ya Hi-C

Illumina PE150

Kitanzi cha Kromatini: 150x

TAD: 50x

Kitanzi cha Kromatini: 10Kb

TAD: 40Kb

Mahitaji ya Huduma

Aina ya sampuli	Kiasi kinachohitajika
Tishu za wanyama	≥2g
Damu Nzima	≥2mL
Kuvu	≥1g
Tishu changa za mimea	1g/aliquot, aliquot 2-4 zilizopendekezwa
Seli Zilizokuzwa	≥1x10⁷

Iliyotangulia: Kifaa cha DNA cha Mimea ya Sumaku Mahiri cha TGuide

Inayofuata: Maktaba zilizotengenezwa tayari za DNBSEQ

Inajumuisha Uchambuzi Ufuatao:

● QC ya data ghafi;

● Ramani na Maktaba ya Hi-C QC: jozi halali za mwingiliano na Vielekezi vya Kuoza kwa Mwingiliano (IDEs);

● Uainishaji wa Mwingiliano wa Jenomu kwa Upana: uchambuzi wa cis/trans na ramani ya mwingiliano wa Hi-C;

● Uchambuzi wa usambazaji wa sehemu ya A/B;

● Utambuzi wa TAD na vitanzi vya kromatini;

● Uchambuzi tofauti kuhusu vipengele vya muundo wa kromatini ya 3D miongoni mwa sampuli na maelezo ya utendaji kazi yanayolingana ya jeni zinazohusiana.

Usambazaji wa uwiano wa Cis na trans

Ramani ya joto ya mwingiliano wa kromosomu kati ya sampuli

Usambazaji wa jenomu wa sehemu za A/B kwa ujumla

Usambazaji wa vitanzi vya kromatini kwa jeni nzima

Taswira ya TAD

Chunguza maendeleo ya utafiti yaliyowezeshwa na huduma za ufuatiliaji wa BMKGene za Hi-C kupitia mkusanyiko wa machapisho yaliyochaguliwa.

Meng, T. et al. (2021) 'Uchambuzi linganishi wa omiki nyingi unaojumuisha unatambua CA2 kama shabaha mpya ya chordoma',Neuro-Oncology, 23(10), ukurasa wa 1709-1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.

Xu, L. et al. (2021) 'Uharibifu wa mpangilio wa 3D na upangaji upya wa jenomu hutoa maarifa kuhusu pathogenesis ya NAFLD kwa kutumia mpangilio jumuishi wa Hi-C, Nanopore, na RNA',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), ukurasa wa 3150-3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.