Mkusanyiko wa Jenomu Unaotegemea Hi-C
Hi-C ni mbinu iliyoundwa ili kunasa usanidi wa kromosomu kwa kuchanganya mwingiliano unaotegemea ukaribu na mpangilio wa matokeo ya juu. Ukali wa mwingiliano huu unaaminika kuwa una uhusiano hasi na umbali wa kimwili kwenye kromosomu. Kwa hivyo, data ya Hi-C hutumika kuongoza mkusanyiko, mpangilio, na mwelekeo wa mfuatano uliokusanywa katika jenomu ya rasimu na kuziweka kwenye idadi fulani ya kromosomu. Teknolojia hii huwezesha mkusanyiko wa jenomu wa kiwango cha kromosomu bila ramani ya kijenetiki inayotegemea idadi ya watu. Kila jenomu inahitaji Hi-C.
Vipengele vya Huduma
● Mpangilio kwenye Illumina NovaSeq na PE150.
● Huduma inahitaji sampuli za tishu, badala ya asidi za kiini zilizotolewa, ili kuungana na formaldehyde na kuhifadhi mwingiliano wa DNA-protini.
● Jaribio la Hi-C linahusisha uzuiaji na ukarabati wa ncha zinazonata kwa kutumia biotini, ikifuatiwa na mzunguko wa ncha butu zinazotokana huku zikihifadhi mwingiliano. Kisha DNA huvutwa chini kwa kutumia shanga za streptavidin na kusafishwa kwa ajili ya maandalizi ya maktaba yanayofuata.
Faida za Huduma
Muhtasari wa Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Sayansi, 2009)
●Kuondoa Uhitaji wa Data ya Idadi ya Jeni:Hi-C hubadilisha taarifa muhimu zinazohitajika kwa ajili ya kuunganisha nanga.
●Uzito wa alama ya juu:na kusababisha uwiano wa juu wa nanga unaozunguka zaidi ya 90%.
●Utaalamu wa Kina na Kumbukumbu za Uchapishaji:BMKGene ina uzoefu mkubwa na zaidi ya visa 2000 vya Mkutano wa Jenomu wa Hi-C kutoka spishi 1000 tofauti na hati miliki mbalimbali. Zaidi ya visa 200 vilivyochapishwa vina kipengele cha athari cha mkusanyiko cha zaidi ya 2000.
●Timu ya bioinformatiki yenye ujuzi wa hali ya juu:Kwa hati miliki za ndani na hakimiliki za programu kwa ajili ya majaribio ya Hi-C na uchambuzi wa data, programu ya data ya taswira iliyotengenezwa yenyewe huwezesha kusogeza, kurudisha nyuma, kubatilisha, na kufanya upya vizuizi kwa mikono.
●Usaidizi wa Baada ya Mauzo:Ahadi yetu inaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi kwa kipindi cha miezi 3 baada ya mauzo. Wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, usaidizi wa utatuzi wa matatizo, na vipindi vya Maswali na Majibu ili kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.
●Maelezo Kamili: tunatumia hifadhidata nyingi ili kufafanua jeni kwa utendaji kazi kwa kutumia tofauti zilizotambuliwa na kufanya uchanganuzi unaolingana wa uboreshaji, tukitoa maarifa kuhusu miradi mingi ya utafiti.
Vipimo vya Huduma
| Maandalizi ya maktaba | Mkakati wa mpangilio | Matokeo ya data yaliyopendekezwa | Udhibiti wa ubora |
| Maktaba ya Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Mahitaji ya Sampuli
| Tishu | Kiasi kinachohitajika |
| Viti vya Ndani vya Mnyama | ≥ 2 g |
| Misuli ya Wanyama | |
| Damu ya Mamalia | ≥ 2 mL |
| Kuku/Damu ya Samaki | |
| Mmea- Jani Jipya | ≥ 3 g |
| Seli Zilizokuzwa | ≥ 1x107 |
| Mdudu | ≥ 2 g |
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Ubunifu wa majaribio
Uwasilishaji wa sampuli
Ujenzi wa maktaba
Mfuatano
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya mauzo
1) QC ya data ghafi
2) QC ya maktaba ya Hi-C: makadirio ya mwingiliano halali wa Hi-C
3) Mkusanyiko wa Hi-C: mkusanyiko wa makundi katika vikundi, ikifuatiwa na mpangilio wa makundi ndani ya kila kikundi na kugawa mwelekeo wa makundi
4) Tathmini ya Hi-C
QC ya Maktaba ya Hi-C - makadirio ya jozi halali za mwingiliano wa Hi-C
Mkutano wa Hi-C - takwimu
Tathmini ya baada ya mkusanyiko - ramani ya joto ya nguvu ya ishara kati ya mapipa
Gundua maendeleo yaliyowezeshwa na huduma za uundaji wa BMKGene's Hi-C kupitia mkusanyiko wa machapisho yaliyochaguliwa.
Tian, T. et al. (2023) 'Mkusanyiko wa jeni na ugawanyaji wa kijenetiki wa kijenetiki maarufu cha mahindi kinachostahimili ukame', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), uk. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'Mkusanyiko wa Kiwango cha Kromosomu cha Jenomu ya Nyuki wa Asali wa Asia Apis cerana', Frontiers in Genetics, 11, uk. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Kufichua mageuko ya usanisinuru wa alkaloidi ya tropane kwa kuchambua jenomu mbili katika familia ya Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), uk. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Jenomu za Mti wa Banyan na Nyigu wa Mchavushaji Hutoa Maarifa kuhusu Ubadilishaji wa Nyigu wa Fig-Nyigu', Cell, 183(4), uk. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
