Mkutano wa Genome wa Hi-C
Faida za Huduma
Muhtasari wa Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Sayansi, 2009)
● Hakuna haja ya kuunda idadi ya kinasaba kwa ajili ya kutia nanga;
● Msongamano mkubwa zaidi wa alama unaopelekea uwiano wa juu wa kuweka nanga kwa zaidi ya 90%;
● Huwasha tathmini na masahihisho kwenye mikusanyiko iliyopo ya jenomu;
● Muda mfupi wa kugeuza na usahihi wa hali ya juu katika mkusanyiko wa jenomu;
● Uzoefu mwingi na zaidi ya maktaba 1000 za Hi-C zilizoundwa kwa zaidi ya spishi 500;
● Zaidi ya kesi 100 zilizofaulu na matokeo yaliyolimbikizwa yaliyochapishwa ya zaidi ya 760;
● Mkusanyiko wa jenomu kwa msingi wa Hi-C kwa genomu ya poliploidi, kiwango cha uungaji 100% kilifikiwa katika mradi uliopita;
● Hakimiliki za ndani na hakimiliki za programu za majaribio ya Hi-C na uchanganuzi wa data;
● Programu ya urekebishaji wa data iliyojitengeneza yenye taswira, huwezesha uzuiaji kusonga, kutendua, kubatilisha na kufanya upya.
Vipimo vya huduma
|
Aina ya Maktaba
|
Jukwaa | Urefu wa Kusoma | Pendekeza Mkakati |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Uchambuzi wa Bioinformatics
● Udhibiti wa ubora wa data ghafi
● Udhibiti wa ubora wa maktaba ya Hi-C
● Kukusanya jenomu kwa msingi wa Hi-C
● Tathmini ya baada ya mkusanyiko
Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji
Mahitaji ya Sampuli:
| Mnyama | Kuvu | Mimea
|
| Tishu zilizogandishwa: 1-2g kwa kila maktaba Visanduku: seli 1x 10^7 kwa kila maktaba | Tishu zilizogandishwa: 1g kwa kila maktaba | Tishu zilizogandishwa: 1-2g kwa kila maktaba
|
| *Tunapendekeza sana utume angalau aliquots 2 (gramu 1 kila moja) kwa jaribio la Hi-C. | ||
Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa
Chombo: 2 ml centrifuge tube (bati foil haifai)
Kwa sampuli nyingi, tunapendekeza usihifadhi katika ethanol.
Sampuli za kuweka lebo: Sampuli zinahitaji kuwekewa lebo wazi na kufanana na fomu ya maelezo ya sampuli iliyowasilishwa.
Usafirishaji: Barafu kavu: Sampuli zinahitaji kuingizwa kwenye mifuko kwanza na kuzikwa kwenye barafu kavu.
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Muundo wa majaribio
Utoaji wa sampuli
Uchimbaji wa DNA
Ujenzi wa maktaba
Kufuatana
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya kuuza
*Matokeo ya onyesho yanayoonyeshwa hapa yote yanatoka kwa jenomu zilizochapishwa na Biomarker Technologies
1.Hi-C mwingiliano ramani ya joto yaCamptotheca acuminatajenomu.Kama inavyoonyeshwa kwenye ramani, ukubwa wa mwingiliano unahusiana vibaya na umbali wa mstari, ambao unaonyesha mkusanyiko wa kiwango cha kromosomu sahihi zaidi.(Uwiano wa kutia nanga: 96.03%)
Kang M et al.,Mawasiliano ya asili, 2021
2.Hi-C iliwezesha uthibitishaji wa ubadilishaji kati yaGossypium hirsutumL. TM-1 A06 naG. arboreumChr06
Yang Z et al.,Mawasiliano ya Mazingira, 2019
3.Mkusanyiko na utofautishaji wa biallelic wa jenomu ya muhogo SC205.Ramani ya joto ya Hi-C imeonyeshwa mgawanyiko wazi katika kromosomu zenye homologous.
Hu W na al.,Kiwanda cha Masi, 2021
Ramani ya joto ya 4.Hi-C kwenye mkusanyiko wa jenomu za aina mbili za Ficus:F.microcarpa(uwiano wa kutia nanga: 99.3%) naF.hispida (uwiano wa kutia nanga: 99.7%)
Zhang X na wenzake,Kiini, 2020
Kesi ya BMK
Jenomu za Mti wa Banyan na Nyigu wa Kuchavusha Hutoa Maarifa Kuhusu Ubadilishaji wa Fig-Nyigu
Iliyochapishwa: Kiini, 2020
Mkakati wa mpangilio:
F. microcarpa jenomu: takriban.84 X PacBio RSII (Gb 36.87) + Hi-C (Gb 44)
F. hispidajenomu: takriban.97 X PacBio RSII (Gb 36.12) + Hi-C (Gb 60)
Elatinina verticillatajenomu: takriban.170 X PacBio RSII (Gb 65)
Matokeo muhimu
1.Jenomu mbili za miti ya banyan na jenomu moja ya nyigu ya pollinator ziliundwa kwa kutumia mpangilio wa PacBio, Hi-C na ramani ya uhusiano.
(1)F. microcarpaJenomu: Mkusanyiko wa 426 Mb (97.7% ya makadirio ya ukubwa wa jenomu) ulianzishwa na contig N50 ya 908 Kb, alama ya BUSCO ya 95.6%.Kwa jumla ya mifuatano ya Mb 423 iliunganishwa kwa kromosomu 13 na Hi-C.Ufafanuzi wa jenomu ulitoa jeni 29,416 za usimbaji wa protini.
(2)F. Hispidajenomu: Mkusanyiko wa 360 Mb (97.3% ya makadirio ya ukubwa wa jenomu) ulipatikana kwa contig N50 ya 492 Kb na alama ya BUSCO ya 97.4%.Jumla ya mifuatano ya Mb 359 iliwekwa kwenye kromosomu 14 na Hi-C na inafanana sana na ramani ya uhusiano wa msongamano wa juu.
(3)Elatinina verticillataJenomu: Mkusanyiko wa 387 Mb (Ukubwa uliokadiriwa wa jenomu: 382 Mb) ulianzishwa na contig N50 ya 3.1 Mb na alama ya BUSCO ya 97.7%.
2.Uchanganuzi wa kulinganisha wa jenomiki ulifunua idadi kubwa ya tofauti za muundo kati ya mbiliFicusjenomu, ambayo ilitoa rasilimali ya kijeni yenye thamani sana kwa masomo ya mageuzi yanayoweza kubadilika.Utafiti huu, kwa mara ya kwanza, ulitoa umaizi juu ya mabadiliko ya nyigu wa Fig-wasp katika kiwango cha genomic.
 Mchoro wa Circos juu ya sifa za genomic za mbiliFicusjenomu, ikijumuisha kromosomu, urudufishaji wa sehemu (SDs), transposons(LTR, TEs, DNA TEs), usemi wa jeni na sinteni. |  Utambulisho wa kromosomu Y na jeni la mgombea wa kuamua jinsia |
Zhang, X. na wengine."Genomes za Mti wa Banyan na Nyigu wa Kuchavusha Hutoa Maarifa juu ya Mageuzi ya Fig-Nyigu."Simu 183.4(2020).
