Upangaji wa muda mrefu usio na usimbaji-Illumina
Faida za Huduma
● Faida za Huduma
● Seli na tishu maalum
● Hatua mahususi huonyesha na kuwasilisha mabadiliko yanayobadilika ya usemi
● Mifumo sahihi ya nyakati na usemi wa anga
● Uchambuzi wa pamoja na data ya mRNA.
● Uwasilishaji wa matokeo kulingana na BMKCloud: Uchimbaji data uliobinafsishwa unapatikana kwenye jukwaa.
● Huduma za baada ya kuuza zitatumika kwa miezi 3 mradi kukamilika
Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji
| Maktaba | Jukwaa | Data iliyopendekezwa | Data QC |
| Upungufu wa rRNA | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Conc.(ng/μl) | Kiasi (μg) | Usafi | Uadilifu |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Uchafuzi wa protini au DNA umepunguzwa au haujaonyeshwa kwenye jeli. | Kwa mimea: RIN≥6.5; Kwa wanyama: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; mwinuko mdogo au hakuna msingi |
Nucleotides:
Kiini: Uzito(kavu): ≥1 g
*Kwa tishu ndogo kuliko miligramu 5, tunapendekeza kutuma sampuli ya tishu iliyogandishwa (katika nitrojeni kioevu).
Kusimamishwa kwa seli: Idadi ya seli = 3 × 107
*Tunapendekeza kusafirisha lisate ya seli iliyoganda.Ikiwa seli itahesabu ndogo kuliko 5x105, flash iliyogandishwa katika nitrojeni ya kioevu inapendekezwa.
Sampuli za damu:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzoli na damu 2mL(TRIzol:Blood=3:1)
Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa
Chombo: 2 ml centrifuge tube (bati foil haifai)
Sampuli ya kuweka lebo: Kundi+ kunakili mfano A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Usafirishaji:
1. Barafu-kavu: Sampuli zinahitaji kuingizwa kwenye mifuko na kuzikwa kwenye barafu kavu.
2.RNAstable tubes: Sampuli RNA inaweza kukaushwa katika RNA utulivu tube (km RNAstable®) na kusafirishwa katika joto la kawaida.
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Muundo wa majaribio
Utoaji wa sampuli
Uchimbaji wa RNA
Ujenzi wa maktaba
Kufuatana
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya kuuza
Bioinformatics
Uainishaji wa 1.LncRNA
LncRNA iliyotabiriwa na programu nne hapo juu ziliainishwa katika kategoria 4: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;maana-LncRNA.Uainishaji wa LncRNA ulionyeshwa kwenye histogram hapa chini.
Uainishaji wa LncRNA
2.Jeni zinazolengwa na Cis za uchanganuzi wa uboreshaji wa DE-lncRNA
ClusterProfiler iliajiriwa katika uchanganuzi wa uboreshaji wa GO kwenye jeni zinazolengwa na cis za lncRNA iliyoonyeshwa kwa njia tofauti (DE-lncRNA), kulingana na michakato ya kibiolojia, utendaji wa molekuli na vijenzi vya seli.Uchanganuzi wa uboreshaji wa GO ni mchakato wa kutambua masharti ya GO yaliyoboreshwa kwa kiasi kikubwa yanayoelekezwa na DEG ikilinganishwa na jenomu zima.Masharti yaliyoboreshwa yaliwasilishwa katika histogram, chati ya viputo, n.k. kama inavyoonyeshwa hapa chini.
Jeni zinazolengwa na Cis za uchanganuzi wa uboreshaji wa DE-lncRNA -Chati ya Bubble
3. Kwa kulinganisha urefu, nambari ya exon, ORF na kiasi cha kujieleza cha mRNA na lncRNA, tunaweza kuelewa tofauti za muundo, mlolongo na kadhalika kati yao, na pia kuthibitisha ikiwa riwaya lncRNA iliyotabiriwa na sisi inapatana na sifa za jumla.
Kesi ya BMK
Wasifu wa usemi wa lncRNA ambao umepunguzwa udhibiti katika adenocarcinoma ya mapafu ya panya yenye mabadiliko ya KRAS‐G12D na mtoano wa P53.
Iliyochapishwa:Jarida la Tiba ya Seli na Masi,2019
Mkakati wa mpangilio
Illumina
Mkusanyiko wa sampuli
Seli za NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) na seli za udhibiti hasi (sh-Scr) zilipatikana siku ya 6 ya maambukizi maalum ya virusi.
Matokeo muhimu
Utafiti huu unachunguza lncRNA zilizoonyeshwa isivyofaa katika adenocarcinoma ya mapafu ya panya yenye mtoano wa P53 na mabadiliko ya KrasG12D.
1.6424 lncRNAs zilionyeshwa tofauti (≥ mabadiliko ya mara 2, P <0.05).
2.Kati ya lncRNA zote 210(FC≥8), usemi wa lncRNAs 11 ulidhibitiwa na P53, lncRNAs 33 na KRAS na lncRNA 13 na hypoxia katika seli za msingi za KP, mtawalia.
3.NONMMUT015812, ambayo ilidhibitiwa kwa namna ya ajabu katika adenocarcinoma ya mapafu ya panya na kudhibitiwa vibaya na kujieleza upya kwa P53, iligunduliwa ili kuchanganua utendakazi wake wa seli.
4.Kuporomoka kwa NONMMUT015812 na shRNAs kulipunguza uwezo wa ueneaji na uhamiaji wa seli za KP.NONMMUT015812 ilikuwa onkojeni inayoweza kutokea.
 Uchambuzi wa njia ya KEGG ya jeni zilizoonyeshwa kwa njia tofauti katika seli za KP za NONMMUT015812-knockdown |  Uchambuzi wa Ontolojia ya jeni wa jeni zilizoonyeshwa kwa njia tofauti katika seli za KP za NONMMUT015812-knockdown |
Rejea
Wasifu wa mwonekano wa lncRNA ulioacha kudhibitiwa katika adenocarcinoma ya mapafu ya kipanya yenye mabadiliko ya KRAS‐G12D na mtoano wa P53[J].Jarida la Tiba ya Seli na Masi, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
