MABADILIKO YA GENOME
Genome De novo
Mkutano|Uamuzi wa jinsia Kazi zote za mfuatano na huduma zisizo za kibayolojia zilitolewa na Biomarker Techonologies.
Muhtasari
"Mfano wa kitabia wa joka wa baharini unatia ndani viambatisho vinavyofanana na majani, mdomo usio na mrija usio na meno, na mimba ya kiume inayohusisha kuangukiwa na mayai yaliyorutubishwa kwenye “kipande cha vifaranga” wazi.Sisi de novo–mfuatano wa jenomu za kiume na za kike za joka wa kawaida wa baharini (Phyllopteryx taeniolatus) na spishi zake zinazohusiana kwa karibu, alligator pipefish (Syngnathoides biaculeatus).Wasifu wa maandishi kutoka kwa uvumbuzi mpya, viambatisho vinavyofanana na jani, vinaonyesha kuwa seti ya jeni zinazohusika kwa kawaida katika ukuzaji wa mwisho zimechaguliwa pamoja na uboreshaji wa maandishi kwa ajili ya ukarabati wa tishu na jeni za ulinzi wa kinga.Mutants wa pundamilia wa scpp5, ambao hupotea katika syngnathidi zote, walionekana kukosa au kuwa na meno yenye ulemavu wa koromeo, na hivyo kuunga mkono dhana kwamba upotevu wa scpp5 umechangia kupotea kwa meno katika syngnathidi.Lokasi inayobainisha jinsia inayoweka jeni maalum ya amhr2y inayoshirikiwa na common seadragon na alligator pipefish ilitambuliwa. ”
Nyenzo na njia:
Nyenzo
Fbahari yetu ya kawaida (P. taeniolatus) na samaki aina ya mamba wawili (S. biaculeatus) vielelezo.Joka la baharini la kawaida (mmoja dume na jike) na mamba wawili (mmoja wa kiume na mmoja wa kike) walitumiwa kwa mpangilio wa jenomu zima, na watu wengine wawili wa kiume wa joka la kawaida walitumika kwa ufuataji wa jenomu.
Mkakati wa Kufuatana kwa Jenomu
2maktaba ya 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Muendelezo) au Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000). mfuatano, na watu wengine wawili wa kawaida wa seadragon walitumiwa kwa ufuataji wa jenomu.
Mfuatano wa Nakala
Fau joka la kawaida la baharini, ubongo, jicho, gill, ini, moyo, figo, mesentery, utumbo, misuli, fin, ngozi, viambatisho vinavyofanana na jani, testis, na ovari vilikusanywa.
Mkakati wa mkutano wa genome de novo
Canu (Marekebisho) + WTDBG2 (Mkutano) + Pilon(Kipolishi) + Lachesis (Hi-C).
Matokeo Kuu
Kielelezo 1. Vipengele muhimu vya joka la kawaida la bahari (P. taeniolatus) na alligator pipefish (S. biaculeatus) na nafasi zao za phylogenetic.
Mtini. 2. Mofolojia na muundo wa kijeni wa viambatisho vinavyofanana na jani katika joka la kawaida la bahari (P. taeniolatus).
Kielelezo 3. Jeni la kubainisha jinsia katika joka la kawaida la baharini (P. taeniolatus) na alligator pipefish (S. biaculeatus).
Kielelezo 4. Phenotypes za meno ya koromeo katika pundamilia scpp5 mutants homozygous.
Muda wa kutuma: Jan-08-2022