Mpangilio wa mRNA usiotegemea marejeleo-NGS
Vipengele
● Kukamata mRNA ya poli kabla ya maandalizi ya maktaba
● Haitegemei jenomu yoyote ya marejeleo: kulingana na mkusanyiko mpya wa nakala, ikitoa orodha ya jeni moja ambazo zimeorodheshwa na hifadhidata nyingi (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Uchambuzi kamili wa kibiolojia wa usemi wa jeni na muundo wa nakala
Faida za Huduma
●Utaalamu wa Kina: ikiwa na rekodi ya usindikaji zaidi ya sampuli 600,000 katika BMKGENE, ikijumuisha aina mbalimbali za sampuli kama vile tamaduni za seli, tishu, na majimaji ya mwili, timu yetu huleta uzoefu mwingi kwa kila mradi. Tumefanikiwa kufunga zaidi ya miradi 100,000 ya mRNA-Seq katika nyanja mbalimbali za utafiti.
●Udhibiti Mkali wa Ubora: tunatekeleza vipengele vya udhibiti wa msingi katika hatua zote, kuanzia utayarishaji wa sampuli na maktaba hadi mpangilio na bioinformatiki. Ufuatiliaji huu wa kina unahakikisha utoaji wa matokeo ya ubora wa hali ya juu kila mara.
● Maelezo Kamili: tunatumia hifadhidata nyingi ili kufafanua kivitendo Jeni Zilizoonyeshwa Tofauti (DEGs) na kufanya uchanganuzi unaolingana wa uboreshaji, tukitoa maarifa kuhusu michakato ya seli na molekuli inayoongoza mwitikio wa transcriptome.
●Usaidizi wa Baada ya Mauzo: ahadi yetu inaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi kwa kipindi cha miezi 3 baada ya mauzo. Wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, usaidizi wa utatuzi wa matatizo, na vipindi vya Maswali na Majibu ili kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.
Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji
| Maktaba | Mkakati wa mpangilio | Data iliyopendekezwa | Udhibiti wa Ubora |
| Poly A iliyoboreshwa | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | Gb 6-10 | Q30≥85% |
Mahitaji ya Mfano:
Nyukleotidi:
| Kikomo (ng/μl) | Kiasi (μg) | Usafi | Uadilifu |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Uchafuzi mdogo au hakuna protini au DNA unaoonyeshwa kwenye jeli. | Kwa mimea: RIN≥4.0; Kwa wanyama: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; mwinuko mdogo au hakuna msingi |
● Mimea:
Mzizi, Shina au Petali: 450 mg
Jani au Mbegu: 300 mg
Matunda: 1.2 g
● Mnyama:
Moyo au Utumbo: 300 mg
Viscera au Ubongo: 240 mg
Misuli: 450 mg
Mifupa, Nywele au Ngozi: 1g
● Arthropodi:
Wadudu: 6g
Krustasia: 300 mg
● Damu nzima: Mrija 1
● Seli: 106 seli
Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa
Chombo: Mrija wa sentrifuge wa mililita 2 (Foili ya bati haipendekezwi)
Uwekaji lebo wa sampuli: Kundi+nakili k.m. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Usafirishaji:
1. Barafu kavu: Sampuli zinahitaji kupakiwa kwenye mifuko na kuzikwa kwenye barafu kavu.
2. Mirija ya RNAstable: Sampuli za RNA zinaweza kukaushwa kwenye mrija wa uthabiti wa RNA (km RNAstable®) na kusafirishwa kwenye halijoto ya kawaida.
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Ubunifu wa majaribio
Uwasilishaji wa sampuli
Uchimbaji wa RNA
Ujenzi wa maktaba
Mfuatano
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya mauzo
Bioinformatiki
Mkusanyiko wa transcriptome na uteuzi wa unigene
Maelezo ya Unigene
Uwiano wa sampuli na tathmini ya nakala za kibiolojia
Jeni Zilizoonyeshwa Tofauti (DEGs)
Maelezo ya Utendaji ya DEGs
Uboreshaji wa Utendaji wa DEG
Chunguza maendeleo yaliyowezeshwa na huduma za upangaji wa mRNA za BMKGene za yukariyoti NGS kupitia mkusanyiko wa machapisho yaliyochaguliwa.
Shen, F. et al. (2020) 'Mkusanyiko mpya wa transcriptome na usemi wa jeni unaopendelea jinsia katika gonads za Amur catfish (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), uk. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Uchambuzi wa maandishi ya kimetaboliki ya sucrose wakati wa uvimbe na ukuaji wa balbu katika kitunguu (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7(Septemba), uk. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'Mkusanyiko mpya, uainishaji na maelezo ya nakala ya Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'Uchambuzi mpya wa transcriptome hutoa maarifa kuhusu uvumilivu wa chumvi wa Podocarpus macrophyllus chini ya msongo wa chumvi', BMC Plant Biology, 21(1), uk. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
