Bidhaa

Isiyo ya Marejeleo ya mRNA Sequencing-Illumina

Picha Iliyoangaziwa ya mRNA ya Mipangilio-Illumina isiyo ya Marejeleo

Upangaji wa mRNA hutumia mbinu ya kizazi kijacho ya kupanga mpangilio (NGS) ili kunasa fomu ya RNA(mRNA) ya mjumbe ya Eukaryote katika kipindi mahususi ambacho baadhi ya vipengele maalum vinawashwa.Nakala ndefu zaidi iliyogawanywa iliitwa 'Unigene' na kutumika kama mfuatano wa marejeleo kwa uchanganuzi uliofuata, ambayo ni njia mwafaka ya kusoma utaratibu wa molekuli na mtandao wa udhibiti wa spishi bila marejeleo.

Baada ya mkusanyiko wa data ya nakala na ufafanuzi wa utendaji wa unigene

(1) Uchambuzi wa SSR, utabiri wa CDS na muundo wa jeni utarekebishwa mapema.

(2)Ukadiriaji wa usemi wa aina moja katika kila sampuli utafanywa.

(3) Unigene zilizoonyeshwa kwa njia tofauti kati ya sampuli (au vikundi) zitagunduliwa kulingana na usemi wa unigene.

(4) Kuunganisha, ufafanuzi wa utendaji na uchanganuzi wa uboreshaji wa unigene zilizoonyeshwa tofauti utafanywa.

Wasiliana nasi

Maelezo ya Huduma

Bioinformatics

Matokeo ya Onyesho

Uchunguzi kifani

Vipengele

● Kutotegemea jenomu yoyote ya marejeleo,

● Data inaweza kutumika kuchanganua muundo na usemi wa nakala

● Tambua tovuti za kunakili zinazobadilika

Faida za Huduma

● Uwasilishaji wa matokeo kulingana na BMKCloud: Matokeo hutolewa kama faili ya data na ripoti wasilianifu kupitia jukwaa la BMKCloud, ambalo huruhusu usomaji rahisi wa matokeo changamano ya uchanganuzi na uchimbaji wa data uliobinafsishwa kulingana na uchambuzi wa kawaida wa bioinformatics.

● Huduma za baada ya mauzo: Huduma za baada ya mauzo zitatumika kwa miezi 3 mradi kukamilika, ikijumuisha ufuatiliaji wa miradi, utatuzi wa matatizo, Maswali na Majibu ya matokeo, n.k.

Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji

Mahitaji ya Sampuli:

Nucleotides:

Conc.(ng/μl)

Kiasi (μg)

Usafi

Uadilifu

≥ 20

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Uchafuzi wa protini au DNA umepunguzwa au haujaonyeshwa kwenye jeli.

Kwa mimea: RIN≥6.5;

Kwa wanyama: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

mwinuko mdogo au hakuna msingi

Kiini: Uzito(kavu): ≥1 g
*Kwa tishu ndogo kuliko miligramu 5, tunapendekeza kutuma sampuli ya tishu iliyogandishwa (katika nitrojeni kioevu).

Kusimamishwa kwa seli: Idadi ya seli = 3 × 10⁷
*Tunapendekeza kusafirisha lisate ya seli iliyoganda.Ikiwa seli itahesabu ndogo kuliko 5x10⁵, flash iliyogandishwa katika nitrojeni ya kioevu inapendekezwa.

Sampuli za damu:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzoli na damu 2mL(TRIzol:Blood=3:1)

Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa

Chombo:
2 ml centrifuge tube (bati foil haifai)
Sampuli ya kuweka lebo: Kundi+ kunakili mfano A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Usafirishaji:
1. Barafu-kavu: Sampuli zinahitaji kuingizwa kwenye mifuko na kuzikwa kwenye barafu kavu.
2.RNAstable tubes: Sampuli RNA inaweza kukaushwa katika RNA utulivu tube (km RNAstable®) na kusafirishwa katika joto la kawaida.

Mtiririko wa Kazi ya Huduma

Muundo wa majaribio

Utoaji wa sampuli

Uchimbaji wa RNA

Ujenzi wa maktaba

Kufuatana

Uchambuzi wa data

Huduma za baada ya kuuza

Iliyotangulia: Upangaji wa muda mrefu usio na usimbaji-Illumina

Inayofuata: Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina

Bioinformatics

1.mRNA(denovo) Kanuni ya Bunge

Kwa Utatu, usomaji umegawanywa katika vipande vidogo, vinavyojulikana kama K-mer.Hizi K-mers kisha hutumika kama mbegu za kupanuliwa kuwa contig na kisha sehemu kulingana na mwingiliano wa contig.Hatimaye, De Bruijn alitumiwa hapa kutambua nakala katika vipengele.

mRNA-(De-novo)-Muhtasari-wa-Utatu

mRNA (De novo) Muhtasari wa Utatu

2.mRNA (De novo) Usambazaji wa Kiwango cha Usemi wa Jeni

RNA-Seq inaweza kufikia makadirio nyeti sana ya usemi wa jeni.Kwa kawaida, safu inayoweza kutambulika ya usemi wa nakala FPKM ni kuanzia 10^-2 hadi 10^6

mRNA-(De-novo)-Usambazaji-wa-FPKM-wiani-katika-kila-sampuli

mRNA (De novo) Usambazaji wa msongamano wa FPKM katika kila sampuli

3.mRNA (De novo) Uchambuzi wa Uboreshaji wa GO wa DEGs

Hifadhidata ya GO (Gene Ontology) ni mfumo wa ufafanuzi wa kibayolojia ulioundwa ulio na msamiati wa kawaida wa kazi za jeni na bidhaa za jeni.Ina viwango vingi, ambapo kiwango cha chini ni, kazi maalum zaidi ni.

mRNA-(De-novo)-GO-uainishaji-wa-DEGs-kiwango-pili

mRNA (De novo) GO uainishaji wa DEGs katika ngazi ya pili

Kesi ya BMK

Uchambuzi wa Nakala wa Metabolism ya Sucrose wakati wa Kuvimba kwa Balbu na Maendeleo katika Kitunguu (Allium cepa L.)

Iliyochapishwa: mipaka katika sayansi ya mimea,2016

Mkakati wa mpangilio

Illumina HiSeq2500

Mkusanyiko wa sampuli

Aina ya Utah Yellow Sweet Spain "Y1351" ilitumika katika utafiti huu.Idadi ya sampuli zilizokusanywa ilikuwa
Siku ya 15 baada ya uvimbe (DAS) ya balbu (kipenyo cha 2-cm na uzito wa g 3-4), DAS ya 30 (kipenyo cha 5-cm na uzito wa g 100-110), na ~3 kwenye DAS ya 40 (kipenyo cha 7-cm na Gramu 260-300).

Matokeo muhimu

1. katika mchoro wa Venn, jumla ya DEGs 146 ziligunduliwa katika jozi zote tatu za hatua za ukuaji.
2.“Usafiri wa wanga na kimetaboliki” uliwakilishwa na unigenes 585 pekee (yaani, 7% ya COG iliyofafanuliwa).
3.Unigenes zilizofafanuliwa kwenye hifadhidata ya GO ziliainishwa katika kategoria tatu kuu kwa hatua tatu tofauti za ukuzaji wa balbu.Wengi waliowakilishwa katika kitengo kikuu cha "mchakato wa kibiolojia" walikuwa "mchakato wa kimetaboliki", ikifuatiwa na "mchakato wa seli".Katika kategoria kuu ya "kazi ya molekuli" kategoria mbili zilizowakilishwa zaidi zilikuwa "shughuli za kichocheo" na "kichocheo".

Utafiti wa PB-full-length-RNA-Sequencing-kesi

Histogram ya vikundi vya uainishaji wa vikundi vya orthologous (COG).

Histogramu ya ontolojia ya jeni (GO) ya unijeni inayotokana na balbu katika hatua tatu za ukuaji

Mchoro wa Venn unaoonyesha jeni zilizoonyeshwa kwa njia tofauti katika hatua zozote mbili za ukuzaji wa balbu ya vitunguu

Rejea

Zhang C, Zhang H , Zhan Z , et al.Uchambuzi wa Nakala wa Umetaboli wa Sucrose wakati wa Kuvimba kwa Balbu na Maendeleo katika Tunguu (Allium cepa L.)[J].Mipaka katika Sayansi ya Mimea, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425