Bidhaa

Suluhisho la mRNA la Urefu Kamili la PacBio 2+3

Ingawa mpangilio wa mRNA unaotegemea NGS ni zana inayoweza kutumika kwa ajili ya kupima usemi wa jeni, kutegemea kwake usomaji mfupi kunazuia ufanisi wake katika uchanganuzi tata wa transcriptomic. Kwa upande mwingine, mpangilio wa PacBio (Iso-Seq) hutumia teknolojia ya kusoma kwa muda mrefu, kuwezesha mpangilio wa nakala za mRNA zenye urefu kamili. Mbinu hii inawezesha uchunguzi kamili wa uunganishaji mbadala, muunganiko wa jeni, na utenganishaji wa poli, ingawa sio chaguo kuu la upimaji wa usemi wa jeni. Mchanganyiko wa 2+3 unaziba pengo kati ya Illumina na PacBio kwa kutegemea usomaji wa PacBio HiFi ili kutambua seti kamili ya isoforms za nakala na mpangilio wa NGS ili kupima isoforms zinazofanana.

Majukwaa: PacBio Revio na Illumina NovaSeq

Wasiliana Nasi

Maelezo ya Huduma

Mtiririko wa Kazi wa Uchambuzi wa Bioinformatiki

Matokeo ya Onyesho

Machapisho Yaliyoangaziwa

Vipengele

● Muundo wa masomo:

Sampuli zilizounganishwa pamoja zilizopangwa kwa kutumia PacBio ili kutambua isoforms za nakala
Sampuli tofauti (nakala na hali zinazopaswa kupimwa) zilizopangwa kwa mpangilioNGS ili kupima usemi wa nakala

● Mfuatano wa PacBio katika hali ya CCS, na kutoa usomaji wa HiFi
● Mfuatano wa nakala kamili
● Uchambuzi hauhitaji jenomu ya marejeleo; hata hivyo, inaweza kutumika
● Uchambuzi wa kibiolojia haujumuishi tu usemi katika kiwango cha jeni na isoform lakini pia uchanganuzi wa lncRNA, miunganiko ya jeni, poli-adenylation, na muundo wa jeni

Faida

● Usahihi wa JuuHiFi inasoma kwa usahihi >99.9% (Q30), sawa na NGS
● Uchambuzi Mbadala wa Kuunganisha: Kupangilia nakala zote kwa mpangilio huwezesha utambuzi na uainishaji wa herufi za isoform.
● Mchanganyiko wa Nguvu za PacBio na NGS: Inawezesha upimaji wa usemi katika kiwango cha isoform, ikifunua mabadiliko ambayo yanaweza kufichwa wakati wa kuchanganua usemi mzima wa jeni.
● Utaalamu wa Kina: Tumechakata zaidi ya sampuli 2300, timu yetu huleta uzoefu mwingi kwa kila mradi.
● Usaidizi wa Baada ya Mauzo: ahadi yetu inaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi kwa kipindi cha miezi 3 baada ya mauzo. Wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, usaidizi wa utatuzi wa matatizo, na vipindi vya Maswali na Majibu ili kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.

Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji

Maktaba

Mkakati wa mpangilio

Data iliyopendekezwa

Udhibiti wa Ubora

Maktaba ya mRNA CCS iliyoimarishwa na PolyA

Mfuatano wa PacBio II

Tathmini ya PacBio

20/40 Gb

5/10 M CCS

Q30≥85%

Poly A iliyoboreshwa

Illumina PE150

Gb 6-10

Q30≥85%

Nyukleotidi

Kikomo (ng/μl)

Kiasi (μg)

Usafi

Uadilifu

Maktaba ya Illumina

≥ 10

≥ 0.2

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Uchafuzi mdogo au hakuna protini au DNA unaoonyeshwa kwenye jeli.

Kwa mimea: RIN≥4.0;

Kwa wanyama: RIN≥4.5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

mwinuko mdogo au hakuna msingi

Maktaba ya PacBio

≥ 100

≥ 1.0

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Uchafuzi mdogo au hakuna protini au DNA unaoonyeshwa kwenye jeli.

Mimea: RIN≥7.5

Wanyama: RIN≥8.0

5.0≥28S/18S≥1.0;

mwinuko mdogo au hakuna msingi

Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa

Chombo: Mrija wa sentrifuge wa mililita 2 (Foili ya bati haipendekezwi)

Uwekaji lebo wa sampuli: Kundi+nakili k.m. A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Usafirishaji:

1. Barafu kavu:Sampuli zinahitaji kupakiwa kwenye mifuko na kuzikwa kwenye barafu kavu.

2. Mirija ya RNAstable: Sampuli za RNA zinaweza kukaushwa kwenye mrija wa uthabiti wa RNA (km RNAstable®) na kusafirishwa kwenye halijoto ya kawaida.

Iliyotangulia: Uchambuzi wa Uhusiano wa Jenomu kwa Upana

Inayofuata: Kifaa cha DNA cha Universal Smart cha TGuide

Inajumuisha uchambuzi ufuatao:

Data ghafi
Udhibiti wa ubora
Uchambuzi Mbadala wa Poliadenili (APA)
Uchambuzi wa nakala ya mseto
Uchambuzi Mbadala wa Kuunganisha
Uchambuzi wa Vipimo vya Orthologs za Nakala Moja za Ulimwenguni (BUSCO)
Uchambuzi mpya wa nakala: utabiri wa mfuatano wa usimbaji (CDS) na maelezo ya utendaji kazi
Uchambuzi wa lncRNA: utabiri wa lncRNA na malengo
Utambulisho wa MicroSatelite (SSR)
Uchambuzi wa Nakala Zilizoonyeshwa Tofauti (DETs)
Uchambuzi wa Jeni Zilizoonyeshwa Tofauti (DEGs)
Maelezo ya utendaji kazi wa DEG na DET

Uchambuzi wa BUSCO

Uchambuzi Mbadala wa Kuunganisha

Uchambuzi Mbadala wa Poliadenili (APA)

Jeni Zilizoonyeshwa Tofauti (DEGs) na Nakala (DETs9 anlaysis)

Mitandao ya mwingiliano wa protini na protini ya DET na DEG

Chunguza maendeleo yaliyowezeshwa na mpangilio kamili wa mRNA wa BMKGene wa PacBio 2+3 kupitia mkusanyiko wa machapisho yaliyoratibiwa.

Chao, Q. et al. (2019) 'Mienendo ya ukuaji wa nakala ya shina la Populus',Jarida la Bioteknolojia ya Mimea, 17(1), uk. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.

Deng, H. et al. (2022) 'Mabadiliko Yanayobadilika katika Kiwango cha Asidi ya Askobiki Wakati wa Ukuaji na Ukomavu wa Matunda ya Actinidia latifolia (Zao la Matunda lenye Utajiri wa Askobiti) na Mifumo ya Masi Inayohusiana',Jarida la Kimataifa la Sayansi ya Masi, 23(10), uk. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.

Hua, X. et al. (2022) 'Utabiri mzuri wa jeni za njia ya kibiolojia zinazohusika katika polifilini hai katika polifilila ya Paris',Biolojia ya Mawasiliano2022 5:1, 5(1), uk. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.

Liu, M. et al. (2023) 'Uchambuzi wa Mchanganyiko wa PacBio Iso-Seq na Illumina RNA-Seq wa Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome na Jeni za Saitokromu P450',Wadudu, 14(4), uk. 363. doi: 10.3390/INSETS14040363/S1.

Wang, Lijun et al. (2019) 'Utafiti wa ugumu wa transcriptome kwa kutumia uchambuzi wa molekuli moja wa PacBio kwa wakati halisi pamoja na mpangilio wa Illumina RNA kwa uelewa bora wa usanisinuru wa asidi ya ricinoleiki katika Ricinus communis',Jenomu ya BMC, 20(1), uk. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/VIELELEZO/7.