BMKCloud Ingia

Bidhaa

PacBio 2+3 Suluhisho la Urefu Kamili la mRNA

Ingawa mpangilio wa mRNA unaotegemea NGS ni zana yenye matumizi mengi ya kukadiria usemi wa jeni, utegemezi wake katika usomaji mfupi huzuia ufanisi wake katika uchanganuzi changamano wa nukuu. Kwa upande mwingine, mpangilio wa PacBio (Iso-Seq) hutumia teknolojia iliyosomwa kwa muda mrefu, kuwezesha mpangilio wa nakala za urefu kamili za mRNA. Mbinu hii hurahisisha uchunguzi wa kina wa upatanishi mbadala, muunganisho wa jeni, na uunganishaji wa aina nyingi, ingawa si chaguo msingi la ukadiriaji wa usemi wa jeni. Mchanganyiko wa 2+3 huziba pengo kati ya Illumina na PacBio kwa kutegemea usomaji wa PacBio HiFi ili kutambua seti kamili ya isoform za nakala na mpangilio wa NGS ili kubaini isoform zinazofanana.

Majukwaa: PacBio Revio na Illumina NovaSeq

Wasiliana Nasi

Maelezo ya Huduma

Mtiririko wa kazi wa Uchambuzi wa kibayolojia

Matokeo ya Onyesho

Machapisho Yanayoangaziwa

Vipengele

● Muundo wa masomo:

Sampuli iliyounganishwa iliyopangwa na PacBio ili kutambua isoform za manukuu
Sampuli tofauti (nakili na masharti ya kujaribiwa) zikifuatana nazoNGS ili kukadiria usemi wa manukuu

● Mfuatano wa PacBio katika hali ya CCS, unaozalisha usomaji wa HiFi
● Mpangilio wa manukuu ya urefu kamili
● Uchambuzi hauhitaji jenomu ya marejeleo; hata hivyo, inaweza kuajiriwa
● Uchanganuzi wa kibiolojia haujumuishi tu kujieleza katika kiwango cha jeni na isoform bali pia uchanganuzi wa lncRNA, muunganisho wa jeni, uunganishaji wa aina nyingi na muundo wa jeni.

Faida

● Usahihi wa Juu: HiFi inasoma kwa usahihi >99.9% (Q30), kulinganishwa na NGS
● Uchanganuzi Mbadala wa Kuunganisha: Kupanga nakala zote huwezesha utambulisho wa isoform na uainishaji.
● Mchanganyiko wa Nguvu za PacBio na NGS: Huwezesha ukadiriaji wa usemi katika kiwango cha isoform, ikifunua mabadiliko ambayo yanaweza kufichwa wakati wa kuchambua usemi mzima wa jeni.
● Utaalamu wa Kina: Tumechakata zaidi ya sampuli 2300, timu yetu huleta uzoefu mwingi kwa kila mradi.
● Usaidizi wa Baada ya Mauzo: Ahadi yetu inaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi kwa kipindi cha huduma cha miezi 3 baada ya kuuza. Katika wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, usaidizi wa utatuzi, na vipindi vya Maswali na Majibu ili kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.

Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji

Maktaba

Mkakati wa mpangilio

Data ilipendekezwa

Udhibiti wa Ubora

Maktaba ya PolyA iliyoboreshwa ya mRNA CCS

Muendelezo wa PacBio II

PacBio Revio

20/40 Gb

5/10 M CCS

Q30≥85%

Poly A iliyoboreshwa

Illumina PE150

6-10 Gb

Q30≥85%

Nucleotides

Conc.(ng/μl)

Kiasi (μg)

Usafi

Uadilifu

Maktaba ya Illumina

≥ 10

≥ 0.2

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Uchafuzi wa protini au DNA umepunguzwa au haujaonyeshwa kwenye jeli.

Kwa mimea: RIN≥4.0;

Kwa wanyama: RIN≥4.5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

mwinuko mdogo au hakuna msingi

Maktaba ya PacBio

≥ 100

≥ 1.0

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Uchafuzi wa protini au DNA umepunguzwa au haujaonyeshwa kwenye jeli.

Mimea: RIN≥7.5

Wanyama: RIN≥8.0

5.0≥28S/18S≥1.0;

mwinuko mdogo au hakuna msingi

Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa

Chombo: 2 ml centrifuge tube (bati foil haifai)

Sampuli ya kuweka lebo: Kundi+ kunakili mfano A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Usafirishaji:

1. Kavu-barafu:Sampuli zinahitaji kuingizwa kwenye mifuko na kuzikwa kwenye barafu kavu.

2. Mirija ya RNAstable: Sampuli za RNA zinaweza kukaushwa kwenye mirija ya kusawazisha ya RNA (km RNAstable®) na kusafirishwa kwenye joto la kawaida.

Iliyotangulia: Uchambuzi wa Muungano wa Genome

Inayofuata: Kichunaji cha Asidi ya Nyuklia ya TGuide S16

Inajumuisha uchambuzi ufuatao:

Data ghafi
Udhibiti wa ubora
Uchambuzi Mbadala wa Polyadenylation (APA)
Uchambuzi wa manukuu ya Fusion
Uchanganuzi Mbadala wa Kuunganisha
Uchanganuzi wa Kulinganisha wa Orthologi za Nakala Moja ya Universal (BUSCO).
Uchambuzi wa manukuu ya riwaya: utabiri wa mfuatano wa usimbaji (CDS) na ufafanuzi wa kiutendaji
Uchambuzi wa lncRNA: utabiri wa lncRNA na malengo
Kitambulisho cha MicroSatelite (SSR)
Uchambuzi wa Hati Zilizoonyeshwa kwa Tofauti (DETs).
Uchambuzi wa Jeni Zilizoonyeshwa kwa Tofauti (DEGs).
Ufafanuzi wa kiutendaji wa DEGs na DETs

Uchambuzi wa BUSCO

Uchanganuzi Mbadala wa Kuunganisha

Uchambuzi Mbadala wa Polyadenylation (APA)

Jeni Zilizoonyeshwa kwa Tofauti (DEGs) na Nakala (DETs9 anlaysis

Mitandao ya mwingiliano wa protini-protini ya DET na DEGs

Gundua maendeleo yanayowezeshwa na mpangilio wa mRNA wa BMKGene wa PacBio 2+3 kupitia mkusanyo ulioratibiwa wa machapisho.

Chao, Q. et al. (2019) 'Mienendo ya maendeleo ya nakala ya shina la Populus',Jarida la Bioteknolojia ya mmea, 17(1), ukurasa wa 206-219. doi: 10.1111/PBI.12958.

Deng, H. et al. (2022) 'Mabadiliko Makubwa katika Maudhui ya Asidi ya Ascorbic wakati wa Ukuzaji wa Matunda na Uvunaji wa Actinidia latifolia (Zao la Matunda yenye Utajiri wa Ascorbate) na Mbinu Zinazohusishwa za Molekuli',Jarida la Kimataifa la Sayansi ya Molekuli, 23(10), uk. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.

Hua, X. et al. (2022) 'Utabiri mzuri wa jeni za njia ya kibayolojia inayohusika katika polyphyllins ya kibiolojia huko Paris polyphylla',Biolojia ya Mawasiliano2022 5:1, 5(1), ukurasa wa 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.

Liu, M. na wenzake. (2023) 'PacBio Iso-Seq iliyochanganywa na Illumina RNA-Seq Uchambuzi wa Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome na Cytochrome P450 Genes',Wadudu, 14(4), uk. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.

Wang, Lijun na wengine. (2019) 'Uchunguzi wa uchangamano wa maandishi kwa kutumia uchanganuzi wa wakati halisi wa PacBio pamoja na mpangilio wa Illumina RNA kwa ufahamu bora wa biosynthesis ya asidi ya ricinoleic katika Ricinus communis',BMC Genomics, 20(1), ukurasa wa 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.