Mpangilio wa Genome wa Mimea/Mnyama wa De Novo
Faida za Huduma
Ukuzaji wa majukwaa ya mpangilio na bioinformatics katikakwa novomkusanyiko wa genome
(Amarasinghe SL et al.,Biolojia ya Genome, 2020)
● Kuunda jenomu za riwaya na kuboresha jenomu za marejeleo zilizopo kwa spishi zinazovutia.
● Usahihi wa hali ya juu, mwendelezo na ukamilifu katika mkusanyiko
● Kuunda nyenzo za kimsingi za utafiti katika upolimishaji mfuatano, QTL, uhariri wa jeni, ufugaji n.k.
● Inayo wigo kamili wa majukwaa ya mfuatano ya kizazi cha tatu: suluhisho la mkusanyiko wa genome la kituo kimoja
● Mikakati inayonyumbulika ya kupanga na kukusanya inayotimiza jenomu tofauti zenye vipengele tofauti
● Timu ya wataalamu wa elimu ya kibayolojia wenye ujuzi wa hali ya juu na uzoefu wa hali ya juu katika mikusanyiko changamano ya jenomu, ikijumuisha poliploidi, jenomu kubwa n.k.
● Zaidi ya kesi 100 zilizofaulu na matokeo yaliyolimbikizwa yaliyochapishwa ya zaidi ya 900
● Muda wa kurejea kwa haraka haraka kama miezi 3 kwa mkusanyiko wa jenomu katika kiwango cha kromosomu.
● Usaidizi thabiti wa kiufundi wenye mfululizo wa hataza na hakimiliki za programu katika upande wa majaribio na maelezo ya kibayolojia.
Vipimo vya huduma
|
Maudhui
|
Jukwaa
|
Urefu wa Kusoma
|
Chanjo
|
| Utafiti wa Genome
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Mfuatano wa Genome
| PacBio Revio
| 15 KB Inasoma HiFi
| ≥ 30X
|
| Hi-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Mtiririko wa kazi
Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji
Mahitaji ya Sampuli:
| Aina | Tishu | Kwa PacBio | Kwa Nanopore |
| Wanyama | Visceral viungo (ini, wengu, nk). | ≥ 1.0 g | ≥ 3.5 g |
| Misuli | ≥ 1.5 g | ≥ 5.0 g | |
| Damu ya mamalia | ≥ 1.5 mL | ≥ 5.0 mL | |
| Damu ya samaki au ndege | ≥ 0.2 mL | ≥ 0.5 mL | |
| Mimea | Majani safi | ≥ 1.5 g | ≥ 5.0 g |
| Petal au shina | ≥ 3.5 g | ≥ 10.0 g | |
| Mizizi au mbegu | ≥ 7.0 g | ≥ 20.0 g | |
| Seli | Utamaduni wa seli | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa
Chombo: 2 ml centrifuge tube (bati foil haifai)
Kwa sampuli nyingi, tunapendekeza usihifadhi katika ethanol.
Sampuli za kuweka lebo: Sampuli zinahitaji kuwekewa lebo wazi na kufanana na fomu ya maelezo ya sampuli iliyowasilishwa.
Usafirishaji: Barafu kavu: Sampuli zinahitaji kuingizwa kwenye mifuko kwanza na kuzikwa kwenye barafu kavu.
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Muundo wa majaribio
Utoaji wa sampuli
Uchimbaji wa DNA
Ujenzi wa maktaba
Kufuatana
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya kuuza
*Matokeo ya onyesho yanayoonyeshwa hapa yote yametoka kwa jenomu zilizochapishwa na Biomarker Technologies
1.Circos kwenye mkusanyiko wa genomu wa kiwango cha kromosomu yaG. rotundifoliumna jukwaa la mpangilio la Nanopore
Wang M na wenzake,Biolojia ya Molekuli na Mageuzi, 2021
2.Takwimu za mkusanyiko wa jenomu la Weining rye na ufafanuzi
Li G na wengine.,Jenetiki za asili, 2021
3.Utabiri wa jeniSechium edulegenome, inayotokana na mbinu tatu za utabiri:De novoutabiri, utabiri unaotegemea Homolojia na utabiri wa data wa RNA-Seq
Fu A et al.,Utafiti wa Kilimo cha bustani, 2021
4.Utambuaji wa marudio marefu ya muda mrefu katika jenomu tatu za pamba
Wang M na wenzake,Biolojia ya Molekuli na Mageuzi, 2021
5.Hi-C ramani ya joto yaC. acuminatajenomu inayoonyesha mwingiliano wa jenomu kote kwa wote.Uzito wa mwingiliano wa Hi-C unalingana na umbali wa mstari kati ya koni.Mstari safi ulionyooka kwenye ramani hii ya joto unaonyesha uwekaji sahihi wa kontegi kwenye kromosomu.(Uwiano wa kutia nanga wa Contig: 96.03%)
kang M et al.,Mawasiliano ya asili,2021
Kesi ya BMK
Mkusanyiko wa ubora wa juu wa jenomu huangazia sifa za jenomu ya rye na jeni muhimu za kilimo
Iliyochapishwa: Jenetiki za asili, 2021
Mkakati wa mpangilio:
Mkusanyiko wa jenomu: Hali ya PacBio CLR yenye maktaba ya kb 20 (Gb 497, takriban 63×)
Marekebisho ya mlolongo: NGS yenye maktaba ya DNA ya 270 bp (Gb 430, takriban 54×) kwenye jukwaa la Illumina
Contigs inatia nanga: Maktaba ya Hi-C (560 Gb, takriban 71×) kwenye jukwaa la Illumina
Ramani ya macho: (779.55 Gb, takriban 99×) kwenye Bionano Irys
Matokeo muhimu
1.Mkusanyiko wa jenomu ya rye ya Weining ilichapishwa yenye ukubwa wa jumla wa jenomu ya 7.74 Gb (98.74% ya makadirio ya ukubwa wa jenomu kwa saitoometri ya mtiririko).Kiunzi N50 cha mkusanyiko huu kilipata Gb 1.04.93.67% ya contigs ilifanikiwa kutia nanga kwenye chromosomes 7 bandia.Mkutano huu ulitathminiwa na ramani ya uhusiano, LAI na BUSCO, ambayo ilisababisha alama za juu katika tathmini zote.
2.Tafiti zaidi juu ya linganishi za jenomiki, ramani ya uhusiano wa kijenetiki, tafiti za nakala zilifanywa kwa msingi wa jenomu hii.Msururu wa sifa zinazohusiana na vipengele vya jeni zilifichuliwa ikiwa ni pamoja na urudufishaji wa jeni kwa upana wa jenasi na athari zake kwa jeni za biosynthesis ya wanga;mpangilio halisi wa loci changamano ya prolamini, sifa za usemi wa jeni msingi wa sifa za kichwa cha mapema na maeneo ya kromosomu yanayohusiana na ufugaji na loci katika rai.
 Mchoro wa Circos juu ya sifa za jeni za Weining rye genome |  Uchambuzi wa mageuzi na sinteni ya kromosomu ya jenomu la rye |
Li, G., Wang, L., Yang, J.na wengine.Mkusanyiko wa ubora wa juu wa jenomu huangazia sifa za jenomu ya rye na jeni muhimu za kilimo.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
