Mpangilio wa Jenomu Nzima ya Mimea/Wanyama
Vipengele vya Huduma
De novo
Mbinu hii ni muhimu sana kwa jenomu zenye changamoto kama vile zile zenye kiwango cha juu cha heterozigosity, maeneo yanayojirudia, jenomu za polipoloidi, maudhui yasiyo ya kawaida ya CG n.k.
Suluhisho letu la kituo kimoja hutoa huduma jumuishi za mpangilio na uchambuzi wa kibiolojia unaotoa jenomu mpya iliyokusanywa kwa ubora wa juu. Utafiti wa awali wa jenomu na Illumina hutoa makadirio ya ukubwa na ugumu wa jenomu, na taarifa hii inatumika kuongoza hatua inayofuata ya mpangilio wa kusoma kwa muda mrefu na PacBio HiFi, ikifuatiwa nade novomkusanyiko wa viunganishi. Matumizi yanayofuata ya mkusanyiko wa HiC huwezesha kushikilia viunganishi kwenye jenomu, na kupata mkusanyiko wa kiwango cha kromosomu. Hatimaye, jenomu hufafanuliwa kwa utabiri wa jeni na kwa kupanga jeni zilizoonyeshwa kwa mpangilio, ikitegemea transcriptome zenye usomaji mfupi na mrefu.
-- Ujumuishaji wa huduma nyingi za mpangilio na bioinformatiki katika suluhisho la kituo kimojaHuduma inayofaa kwa riwaya ya ujenzi
-- jenomu au uboreshaji wa jenomu za marejeleo zilizopo kwa spishi zinazovutia.
Upangaji upya
-- Maandalizi ya maktaba yanaweza kuwa ya kawaida au yasiyo na PCR
-- Inapatikana katika mifumo 4 ya ufuatiliaji: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 au PacBio Revio.
-- Uchambuzi wa kibiolojia unaolenga wito wa aina tofauti: SNP, InDel, SV na CNV
Faida za Huduma
●Utaalamu wa Kina na Rekodi ya UchapishajiKwade novoHuduma zetu, tumekusanya uzoefu mkubwa katika mkusanyiko wa jenomu wa hali ya juu wa spishi mbalimbali, ikiwa ni pamoja na jenomu za diploidi na jenomu changamano sana za spishi za poliploidi na alopoliploidi. Tangu 2018, tumechangia zaidi ya machapisho 300 yenye athari kubwa, na 20+ kati yao yamechapishwa katika Nature Genetics. Katika upangaji upya wa jenomu, tulikusanya zaidi ya spishi 1000, ambazo zilisababisha visa zaidi ya 1000 vilivyochapishwa na kipengele cha athari cha jumla cha zaidi ya 5000.
●Suluhisho la Kusimama Moja: Imewashwade novoKwa mpangilio, mbinu yetu jumuishi inachanganya teknolojia nyingi za mpangilio na uchanganuzi wa kibiolojia katika mtiririko wa kazi unaoshikamana, na kutoa jenomu iliyokusanywa yenye ubora wa hali ya juu.
●Imeundwa kwa Mahitaji Yako: Mtiririko wetu wa huduma unaweza kubadilishwa, kuruhusu marekebisho kwa jenomu zenye vipengele mbalimbali na mahitaji maalum ya utafiti.
●Timu ya Bioinformatiki na Maabara yenye Ustadi wa Juu: Kama ni kwa ajili yade novoKwa mpangilio au mpangilio upya, timu yetu ina seti ya zana na maarifa stadi ili kuhakikisha mafanikio ya mradi. Hili linaweza kuthibitishwa na mfululizo wa hati miliki na hakimiliki za programu ambazo wameziunda.
● Usaidizi wa Baada ya Mauzo:Ahadi yetu inaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi kwa kipindi cha miezi 3 baada ya mauzo. Wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, usaidizi wa utatuzi wa matatizo, na vipindi vya Maswali na Majibu ili kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.
●Uchambuzi Kamili wa Bioinformatiki: Ikiwa ni pamoja na wito wa tofauti na maelezo ya chaguo-msingi.
●Maelezo Kamili ya Mfuatano: Tunatumia hifadhidata nyingi ili kufafanua jeni kwa kutumia tofauti zilizotambuliwa na kufanya uchambuzi unaolingana wa utajiri, na kutoa maarifa kuhusu miradi yako ya utafiti.
Vipimo vya Huduma
| Vigezo vya kutambuliwa | Mkakati wa mpangilio | Kina kilichopendekezwa |
| SNP na InDel | Illumina NovaSeq PE150 au MGI T7 | 10x |
| SV na CNV (si sahihi sana) | Mara 30 | |
| SV na CNV (sahihi zaidi) | Prom ya Nanopore P48 | 20x |
| SNP, Indels, SV na CNV | Tathmini ya PacBio | 10x |
Mahitaji ya Sampuli
| Asidi za kiini zilizotolewa au tishu | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Viti vya Ndani vya Mnyama | 0.5-1 g | ≥ 3.5 g
| ≥ 3.5 g
| ||
| Misuli ya Wanyama | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Damu ya Mamalia | 1.5 mL | ≥ 0.5 mL
| ≥ 5 mL
| ||
| Kuku/Damu ya Samaki | ≥ 0.1 mL
| ≥ 0.5 mL
| |||
| Mmea- Jani Jipya | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Seli Zilizokuzwa |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Tishu laini ya wadudu/Mtu binafsi | 0.5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| DNA iliyotolewa
| Mkusanyiko: ≥ 1 ng/µL Kiasi: ≥ 30 ng Uharibifu au uchafuzi mdogo au hakuna kabisa
| Mkazo Kiasi
OD260/280
OD260/230
Uharibifu au uchafuzi mdogo au hakuna kabisa
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/seli ya mtiririko/sampuli
1.7-2.2
≥1.5 | Mkazo Kiasi
OD260/280
OD260/230
Uharibifu au uchafuzi mdogo au hakuna kabisa | ≥ 50 ng/µL 10 µg/seli ya mtiririko/sampuli
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Maandalizi ya Maktaba bila PCR: Mkusanyiko≥ 40 ng/µL Kiasi≥ 500 ng | |||||
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Uwasilishaji wa sampuli
Uchimbaji wa DNA
Ujenzi wa maktaba
Mfuatano
Uchambuzi wa data
Uwasilishaji wa data
De novobomba la bioinformatiki
Ukitaka kuona muhtasari wa mabomba yetu tofauti kwa ajili ya kusanyiko:
Uchambuzi kamili wa kibiolojia, uliogawanywa katika hatua 4:
1. Utafiti wa jenomu, kulingana na uchambuzi wa k-mer kwa kutumia NGS.Itatupatia taarifa kuhusu:
- Makadirio ya ukubwa wa jenomu
- Makadirio ya heterozygosity
- Makadirio ya maeneo yanayojirudia
2. Kusanyiko la Jenomu kwa kutumia PacBio HiFi.Kutumia usomaji mrefu kutatupatia:
- De novomkusanyiko
- Tathmini ya mkusanyiko: ikijumuisha uchanganuzi wa BUSCO kwa ukamilifu wa jenomu na uchoraji ramani nyuma ya NGS na masomo ya PacBio HiFi
3. Kiunganishi cha Hi-C.Mara tutakapokuwa na mkusanyiko, kuwa na taarifa kuhusu muundo wa jenomu wa 3D kutaongeza maarifa na kutajirisha jenomu ya marejeleo tunayoijenga.
- QC ya maktaba ya Hi-C ili kukadiria mwingiliano halali wa Hi-C.
- Mkutano wa Hi-C. Tutafanya mkusanyiko wa makundi katika vikundi, ikifuatiwa na mpangilio wa makundi ndani ya kila kikundi na kugawa mwelekeo wa makundi.
- Tathmini ya Hi-C
4. Maelezo ya jeni:
- Utabiri wa RNA usio na msimbo
- Utambuzi wa mfuatano unaorudiwa (transposons na kurudia kwa sanjari)
- Utabiri wa jeni
- De novo: algoriti za ab initio
- Kulingana na homolojia
- Kulingana na transcriptome, yenye usomaji mrefu na mfupi: usomaji nide novoimekusanywa au kupangwa kwenye jenomu ya rasimu
- Maelezo ya jeni zilizotabiriwa zenye hifadhidata nyingi
Upangaji upyabomba la bioinformatiki
Inajumuisha uchambuzi ufuatao:
- Udhibiti wa Ubora wa Data Mbichi
- Takwimu za mpangilio wa jenomu ya marejeleo
- Utambuzi wa tofauti: SNP, InDel, SV na CNV
- Maelezo ya utendaji kazi wa vibadala
Takwimu za mpangilio wa jenomu ya marejeleo - usambazaji wa kina cha mfuatano
Wito wa SNP miongoni mwa sampuli nyingi
Utambuzi wa InDel - takwimu za urefu wa InDel katika eneo la CDS na eneo lote la jenomu
Usambazaji wa tofauti katika jenomu - njama ya Circos
Maelezo ya utendaji kazi wa jeni zenye aina tofauti zilizotambuliwa - Ontolojia ya Jeni
Chai, Q. et al. (2023) 'GhTT19 ya glutathione S-transferase huamua rangi ya petali ya maua kupitia kudhibiti mkusanyiko wa anthocyanini kwenye pamba',Jarida la Bioteknolojia ya Mimea, 21(2), uk. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Jenomu ya Hevea brasiliensis ya kiwango cha kromosomu hutoa zana mpya za kuzaliana kwa usaidizi wa jenomu na loci muhimu ili kuongeza mavuno ya mpira',Jarida la Bioteknolojia ya Mimea, 21(5), uk. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, C. et al. (2021) 'Mfuatano wa jenomu huonyesha njia za kutawanyika kwa ulimwengu na kupendekeza marekebisho ya kijenetiki yanayolingana katika mageuko ya farasi wa baharini',Mawasiliano ya Mazingira, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) 'Mabadiliko Makubwa ya Kromosomu Yanasababisha Mabadiliko ya Usemi wa Kiwango cha Jenomu, Marekebisho ya Mazingira, na Utaalamu katika Gayal (Bos frontalis)',Biolojia ya Masi na Mageuko, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) 'Mkusanyiko wa jenomu na ugawanyaji wa kijenetiki wa kijenetiki maarufu cha mahindi kinachostahimili ukame',Jenetiki ya Asili 202355:3, 55(3), ukurasa wa 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Kufichua mageuko ya usanisinuru wa alkaloidi ya tropane kwa kuchanganua jenomu mbili katika familia ya Solanaceae',Mawasiliano ya Mazingira2023 14:1, 14(1), uk. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zeng, T. et al. (2022) 'Uchambuzi wa mabadiliko ya jenomu na methylation kwa kuku wa asili wa Kichina baada ya muda hutoa ufahamu kuhusu uhifadhi wa spishi',Biolojia ya Mawasiliano, 5(1), uk. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
Uchunguzi wa kesi wenye changamoto:
Mkusanyiko wa Telomere-hadi-telomere:Fu, A. et al. (2023) 'Mkusanyiko wa jenomu ya telomere-hadi-telomere ya tikitimaji chungu (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) unaonyesha ukuaji wa matunda, muundo na sifa za kijenetiki zinazoiva',Utafiti wa Kilimo cha Bustani, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Mkusanyiko wa aina ya haplotipu:Hu, W. et al. (2021) 'Jenomu iliyofafanuliwa na aleli huonyesha utofautishaji wa aleli mbili wakati wa mageuko ya mihogo',Mmea wa Masi, 14(6), ukurasa wa 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Mkusanyiko mkubwa wa jenomu:Yuan, J. et al. (2022) 'Msingi wa kijiometri wa kromosomu za giga na jeni za giga za peonia ya mti Paeonia ostii',Mawasiliano ya Mazingira2022 13:1, 13(1), uk. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Mkusanyiko wa jenomu ya poliploidi:Zhang, Q. et al. (2022) 'Ufahamu wa kijiolojia kuhusu kupungua kwa kromosomu ya hivi karibuni ya autopolyploid miwa Saccharum spontaneum',Jenetiki ya Asili 202254:6, 54(6), ukurasa wa 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
