-
Mpangilio wa RNA ya viini kimoja
Ukuzaji wa mbinu za kukamata seli moja na ujenzi wa maktaba maalum, pamoja na mpangilio wa kiwango cha juu, umebadilisha masomo ya usemi wa jeni katika kiwango cha seli. Mafanikio haya yanaruhusu uchambuzi wa kina na wa kina zaidi wa idadi changamano ya seli, kushinda mapungufu yanayohusiana na wastani wa usemi wa jeni juu ya seli zote na kuhifadhi tofauti za kweli ndani ya idadi hizi. Ingawa mpangilio wa RNA ya seli moja (scRNA-seq) una faida zisizopingika, hukutana na changamoto katika tishu fulani ambapo uundaji wa kusimamishwa kwa seli moja unathibitika kuwa mgumu na unahitaji sampuli mpya. Katika BMKGene, tunashughulikia kikwazo hiki kwa kutoa mpangilio wa RNA ya kiini kimoja (snRNA-seq) kwa kutumia teknolojia ya kisasa ya Chromium ya Genomics ya 10X. Mbinu hii inapanua wigo wa sampuli zinazoweza kutumika kwa uchambuzi wa transcriptome katika kiwango cha seli moja.
Kutengwa kwa viini kunafanywa kupitia chipu bunifu ya 10X Genomics Chromium, yenye mfumo wa microfluidics wa njia nane wenye viunganishi viwili. Ndani ya mfumo huu, shanga za jeli zinazojumuisha barcode, primers, vimeng'enya, na kiini kimoja hufunikwa katika matone ya mafuta yenye ukubwa wa nanolita, na kutengeneza Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Kufuatia uundaji wa GEM, lysis ya seli na kutolewa kwa barcode hutokea ndani ya kila GEM. Baadaye, molekuli za mRNA hupitia unukuzi wa kinyume katika cDNA, zikijumuisha barcode 10X na Vitambulisho vya Masi vya Kipekee (UMI). Kisha cDNA hizi huwekwa chini ya ujenzi wa maktaba ya mpangilio wa kawaida, na kuwezesha uchunguzi thabiti na wa kina wa wasifu wa usemi wa jeni katika kiwango cha seli moja.
Jukwaa: 10× Jukwaa la Jenomu la Chromium na Illumina NovaSeq
-
Mpangilio wa mRNA wa Urefu Kamili-Nanopore
Ingawa mpangilio wa mRNA unaotegemea NGS ni zana inayoweza kutumika kwa wingi kwa ajili ya kupima usemi wa jeni, kutegemea kwake usomaji mfupi kunazuia ufanisi wake katika uchanganuzi tata wa transcriptomic. Kwa upande mwingine, mpangilio wa nanopores hutumia teknolojia ya kusoma kwa muda mrefu, kuwezesha mpangilio wa nakala za mRNA zenye urefu kamili. Mbinu hii inawezesha uchunguzi kamili wa uunganishaji mbadala, miunganiko ya jeni, utenganishaji wa poli, na upimaji wa isoforms za mRNA.
Mpangilio wa nanopore, mbinu inayotegemea ishara za umeme za nanopore moja kwa wakati halisi, hutoa matokeo kwa wakati halisi. Ikiongozwa na protini za injini, DNA yenye nyuzi mbili hufungamana na protini za nanopore zilizowekwa kwenye biofilm, ikifunguka inapopita kwenye njia ya nanopore chini ya tofauti ya volteji. Ishara tofauti za umeme zinazozalishwa na besi tofauti kwenye nyuzi ya DNA hugunduliwa na kuainishwa kwa wakati halisi, kuwezesha mpangilio sahihi na endelevu wa nyukleotidi. Mbinu hii bunifu hushinda mapungufu ya kusoma kwa ufupi na hutoa jukwaa linalobadilika la uchambuzi tata wa kijenomu, ikiwa ni pamoja na tafiti tata za transcriptomic, na matokeo ya haraka.
Jukwaa: Nanopore PromethION 48
-
Mpangilio kamili wa mRNA -PacBio
Ingawa mpangilio wa mRNA unaotegemea NGS ni zana inayoweza kutumika kwa ajili ya kupima usemi wa jeni, kutegemea kwake usomaji mfupi kunazuia matumizi yake katika uchanganuzi tata wa transcriptomic. Kwa upande mwingine, mpangilio wa PacBio (Iso-Seq) hutumia teknolojia ya kusoma kwa muda mrefu, kuwezesha mpangilio wa nakala za mRNA zenye urefu kamili. Mbinu hii inawezesha uchunguzi kamili wa uunganishaji mbadala, muunganiko wa jeni, na utenganishaji wa poli. Hata hivyo, kuna chaguo zingine za upimaji wa usemi wa jeni kutokana na kiasi kikubwa cha data kinachohitajika. Teknolojia ya mpangilio wa PacBio inategemea mpangilio wa molekuli moja, wakati halisi (SMRT), ikitoa faida dhahiri katika kunasa nakala za mRNA zenye urefu kamili. Mbinu hii bunifu inahusisha kutumia miongozo ya mawimbi ya hali sifuri (ZMWs) na visima vidogo vilivyotengenezwa ambavyo vinawezesha uchunguzi wa wakati halisi wa shughuli za polimerasi ya DNA wakati wa mpangilio. Ndani ya ZMW hizi, polimerasi ya DNA ya PacBio hutengeneza nyuzi inayosaidiana ya DNA, ikitoa usomaji mrefu unaojumuisha ukamilifu wa nakala za mRNA. Uendeshaji wa PacBio katika hali ya Mfuatano wa Makubaliano ya Mviringo (CCS) huongeza usahihi kwa kupanga mfuatano mara kwa mara wa molekuli ile ile. Visomaji vya HiFi vilivyozalishwa vina usahihi unaofanana na NGS, na kuchangia zaidi katika uchanganuzi kamili na wa kuaminika wa vipengele tata vya maandishi.
Jukwaa: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Mpangilio wa mRNA ya Yukariyoti-NGS
Mpangilio wa mRNA ni mbinu inayotumia mpangilio wa kizazi kijacho ili kufichua uwepo na wingi wa molekuli za RNA katika sampuli ya kibiolojia, na kutoa picha ya usemi wa jeni katika sampuli.
Kwa matumizi yake mapana, kifaa hiki cha kisasa hufunua wasifu tata wa usemi wa jeni, miundo ya jeni, na mifumo ya molekuli inayohusiana na michakato mbalimbali ya kibiolojia.
Mbinu hii inatumika sana katika utafiti, uchunguzi wa kimatibabu, na ukuzaji wa dawa, kwa kuwa inatoa ufahamu kuhusu ugumu wa mienendo ya seli na udhibiti wa kijenetiki, na kutoa msingi imara wa kuchochea udadisi kuhusu uwezo wake katika nyanja tofauti.
Mifumo inayopatikana: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Mpangilio wa mRNA usiotegemea marejeleo-NGS
Mpangilio wa mRNA huwezesha uundaji wa kina wa nakala zote za mRNA ndani ya seli chini ya hali maalum. Teknolojia hii ya kisasa hutumika kama zana yenye nguvu, ikifunua wasifu tata wa usemi wa jeni, miundo ya jeni, na mifumo ya molekuli inayohusiana na michakato mbalimbali ya kibiolojia. Ikitumika sana katika utafiti wa kimsingi, uchunguzi wa kimatibabu, na maendeleo ya dawa, mpangilio wa mRNA hutoa ufahamu kuhusu ugumu wa mienendo ya seli na udhibiti wa kijenetiki.
Jukwaa: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Mpangilio Mrefu Usiotumia Msimbo-Illumina
RNA ndefu zisizo na usimbaji (lncRNAs) zina urefu wa zaidi ya nyukleotidi 200 ambazo zina uwezo mdogo wa usimbaji na ni vipengele muhimu ndani ya RNA isiyo na usimbaji. Zikipatikana katika kiini na saitoplazimu, RNA hizi zina jukumu muhimu katika udhibiti wa epijenetiki, unukuzi, na baada ya unukuzi, zikisisitiza umuhimu wao katika kuunda michakato ya seli na molekuli. Mfuatano wa LncRNA ni zana yenye nguvu katika utofautishaji wa seli, Ontogenesis, na magonjwa ya binadamu.
Jukwaa: Illumina NovaSeq X
-
Mfuatano Ndogo wa RNA-Illumina
RNA Ndogo ni kundi la molekuli za RNA zinazojumuisha mikroRNA (miRNA), RNA ndogo zinazoingiliana (siRNA), na RNA zinazoingiliana na piwi (piRNA). Miongoni mwa hizi, miRNA, zenye urefu wa takriban nyukleotidi 18-25, zinajulikana sana kwa majukumu yao muhimu ya udhibiti katika michakato mbalimbali ya seli. Kwa mifumo ya usemi maalum ya tishu na hatua maalum, miRNA huonyesha uhifadhi mkubwa katika spishi tofauti.
Jukwaa: Illumina NovaSeq
-
Mfuatano wa CircRNA-Illumina
Mfuatano wa RNA ya duara (circRNA-seq) hueleza na kuchambua RNA za duara, kundi la molekuli za RNA zinazounda vitanzi vilivyofungwa kutokana na matukio yasiyo ya kisheria ya uunganishaji, na kuipa RNA hii uthabiti ulioongezeka. Ingawa baadhi ya circRNA zimeonyeshwa kufanya kazi kama sifongo za microRNA, kutenganisha microRNA na kuzizuia kudhibiti mRNA zao lengwa, circRNA zingine zinaweza kuingiliana na protini, kurekebisha usemi wa jeni, au kuwa na majukumu katika michakato ya seli. Uchambuzi wa usemi wa circRNA hutoa ufahamu kuhusu majukumu ya udhibiti wa molekuli hizi na umuhimu wake katika michakato mbalimbali ya seli, hatua za ukuaji, na hali za magonjwa, na kuchangia uelewa wa kina wa ugumu wa udhibiti wa RNA katika muktadha wa usemi wa jeni.
Jukwaa: Illumina Novaseq X
-
Mfuatano Mzima wa Transcriptome - Illumina
Mfuatano wa transcriptome ya Wole hutoa mbinu kamili ya kuorodhesha molekuli mbalimbali za RNA, zinazojumuisha usimbaji (mRNA) na RNA zisizo na usimbaji (lncRNA, circRNA, na miRNA). Mbinu hii inakamata transcriptome nzima ya seli maalum kwa wakati fulani, ikiruhusu uelewa kamili wa michakato ya seli.
Majukwaa yanayopatikana: Illumina Novaseq X
