Mfuatano wa RNA ya Prokaryotic
Vipengele
● Usindikaji wa sampuli za RNA ulihusisha kupungua kwa rRNA ikifuatiwa na utayarishaji wa maktaba ya RNA ya mwelekeo.
● Uchambuzi wa kibiolojia kulingana na mpangilio wa jenomu ya marejeleo
● Uchambuzi unajumuisha usemi wa jeni na DEG lakini pia muundo wa nakala na uchanganuzi wa sRNA
Faida za Huduma
●Udhibiti Mkali wa Ubora: tunatekeleza vipengele vya udhibiti wa msingi katika hatua zote, kuanzia utayarishaji wa sampuli na maktaba hadi mpangilio na bioinformatiki. Ufuatiliaji huu wa kina unahakikisha utoaji wa matokeo ya ubora wa hali ya juu kila mara.
●Data ya Mfuatano Maalum wa Strand: kutokana na utayarishaji wa maktaba ya RNA kuwa wa mwelekeo, na kuwezesha utambuzi wa nakala zisizo na maana.
●Uchambuzi Kamili Ulioundwa kwa Transcriptomes za Prokaryotic: bomba la kibiolojia linajumuisha sio tu uchambuzi wa usemi wa jeni bali pia uchambuzi wa muundo wa nakala, ikiwa ni pamoja na utambuzi wa opereni, UTR na vipandishaji. Pia linajumuisha uchambuzi wa sRNA, yaani maelezo na utabiri wa muundo wa pili na malengo.
●Usaidizi wa Baada ya Mauzo: ahadi yetu inaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi kwa kipindi cha miezi 3 baada ya mauzo. Wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, usaidizi wa utatuzi wa matatizo, na vipindi vya Maswali na Majibu ili kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.
Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji
| Maktaba | Mkakati wa mpangilio | Data iliyopendekezwa | Udhibiti wa Ubora |
| maktaba ya mwelekeo iliyopunguzwa na rRNA | Illumina PE150 | Gb 1-2 | Q30≥85% |
Mahitaji ya Mfano:
| Kikomo (ng/μl) | Kiasi (μg) | Usafi | Uadilifu |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 Uchafuzi mdogo au hakuna protini au DNA unaoonyeshwa kwenye jeli. | RIN≥6.5 |
Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa
Chombo: Mrija wa sentrifuge wa mililita 2 (Foili ya bati haipendekezwi)
Uwekaji lebo wa sampuli: Kundi+nakili k.m. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Usafirishaji:
1. Barafu kavu: Sampuli zinahitaji kupakiwa kwenye mifuko na kuzikwa kwenye barafu kavu.
2. Mirija ya RNAstable: Sampuli za RNA zinaweza kukaushwa kwenye mrija wa uthabiti wa RNA (km RNAstable®) na kusafirishwa kwenye halijoto ya kawaida.
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Uwasilishaji wa sampuli
Ujenzi wa maktaba
Mfuatano
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya mauzo
Mtiririko wa Kazi wa Uchambuzi wa Bioinformatiki
Inajumuisha Uchambuzi Ufuatao:
● Udhibiti wa ubora wa data ghafi
● Mpangilio wa jenomu ya marejeleo
● Tathmini ya Ubora wa Maktaba: Ubaguzi wa RNA, ukubwa wa viingizo na uenezaji wa mfuatano
● Maelezo ya utendaji kazi wa jeni za usimbaji zilizotabiriwa
● Uchambuzi wa Usemi: Uhusiano na Uchambuzi wa Vipengele Vikuu (PCA)
● Usemi Tofauti wa Jeni (DEGs)
● Maelezo ya utendaji kazi na uboreshaji wa DEGs
● Uchambuzi wa sRNA: utabiri, maelezo, shabaha, na utabiri wa muundo wa pili
● Uchambuzi wa Muundo wa Nakala: opereni, nafasi za kuanzia na kumalizia, eneo lisilotafsiriwa (UTS), kipandishaji, na uchambuzi wa SNP/InDel
Kueneza kwa mpangilio
Maelezo ya utendaji kazi wa jeni za usimbaji
Uwiano kati ya sampuli
Uchambuzi wa Jeni Zilizoonyeshwa Tofauti (DEGs)
Uchambuzi wa uboreshaji wa utendaji kazi
maelezo ya sRNA
Chunguza maendeleo yaliyowezeshwa na huduma za mpangilio kamili wa mRNA za BMKGene za Nanopore katika chapisho hili lililoangaziwa.
Guan, CP et al. (2018) 'Mabadiliko ya Transcriptome ya Kimataifa ya Staphylococcus Epidermidis Inayounda Biofilm Inayoitikia Jumla ya Alkaloidi za Sophorea Alopecuroides',Jarida la Kipolishi la Mikrobiolojia, 67(2), uk. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
