Mfuatano wa Bisulfite Uliopunguzwa wa Uwakilishi (RRBS)
Uainishaji wa bisulfite uliopunguzwa (RRBS) hutegemea utajiri wa maeneo yenye visiwa vingi vya CpG kwa mgawanyiko wa MspI ikifuatiwa na uteuzi wa ukubwa wa vipande vya bps 200-500/600. Kwa hivyo, ni maeneo yaliyo karibu na visiwa vya CpG pekee yanayopangwa kwa mpangilio, huku yale yenye visiwa vya CpG vya mbali yakitengwa kwenye uchanganuzi. Mchakato huu, pamoja na mpangilio wa bisulfite, huruhusu ugunduzi wa methylation ya DNA kwa ubora wa juu, na mbinu ya mpangilio, PE150, huzingatia haswa ncha za viingilio badala ya katikati, na kuongeza ufanisi wa uainishaji wa methylation.
Mbinu hii imeibuka kama njia mbadala yenye gharama nafuu na ufanisi wa Mfuatano wa Genome Nzima ya Bisulfite (WGBS) katika utafiti wa methylation ya DNA. Ingawa WGBS inatoa maarifa kamili kwa kuchunguza jenomu nzima katika azimio moja la msingi, gharama yake kubwa inaweza kuwa kikwazo, ambacho RRBS hupunguza changamoto hii kimkakati kwa kuchanganua kwa uangalifu sehemu inayowakilisha jenomu. Mbinu hii ni zana muhimu sana inayowezesha utafiti wa methylation ya DNA yenye gharama nafuu na kuendeleza maarifa ya mifumo ya epigenetic.
Vipengele vya Huduma
● Mfuatano kwenye Illumina NovaSeq.
● Inahitaji jenomu ya marejeleo.
● DNA ya Lambda hutumika kufuatilia ufanisi wa ubadilishaji wa bisulfite.
● Ufanisi wa usagaji chakula wa MspI pia unafuatiliwa.
● Usagaji wa vimeng'enya mara mbili kwa sampuli za mimea.
Faida za Huduma
●Mbadala wa Gharama Nafuu na Ufanisi badala ya WGBS: Inawezesha uchanganuzi kufanywa kwa gharama ya chini na kwa mahitaji ya chini ya sampuli.
●Jukwaa Kamili:Tunatoa huduma bora ya kituo kimoja kuanzia usindikaji wa sampuli, ujenzi wa maktaba, na mpangilio hadi uchambuzi wa bioinformatiki.
●Utaalamu wa Kina: Tuna mafanikio katika aina mbalimbali za spishi. BMKGENE ina uzoefu wa zaidi ya muongo mmoja, timu ya uchambuzi yenye ujuzi wa hali ya juu, maudhui kamili, na usaidizi bora baada ya mauzo.
Vipimo vya Huduma
| Maktaba | Mkakati wa Mfuatano | Matokeo ya data yaliyopendekezwa | Udhibiti wa ubora |
| Maktaba iliyochimbwa na kusafishwa kwa Bisulfite | Illumina PE150 | Gb 8 | Q30 ≥ 85% Ubadilishaji wa Bisulfite > 99% Ufanisi wa kukata MspI > 95% |
Mahitaji ya Sampuli
| Mkusanyiko (ng/µL) | Jumla ya kiasi (µg) |
| |
| DNA ya kijenomu | ≥ 30 | ≥ 1 | Uharibifu mdogo au uchafuzi |
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Uwasilishaji wa sampuli
Ujenzi wa maktaba
Mfuatano
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya mauzo
Uchambuzi wa BI unajumuisha:
● Udhibiti wa ubora wa mpangilio mbichi;
● Kuchora ramani ya jenomu ya marejeleo;
● Ugunduzi wa besi zenye methili 5mC na utambuzi wa motifu;
● Uchambuzi wa usambazaji wa methylation na ulinganisho wa sampuli;
● Uchambuzi wa Mikoa yenye Methili Tofauti (DMRs);
● Maelezo ya utendaji kazi wa jeni zinazohusiana na DMR.
Udhibiti wa ubora: ufanisi wa usagaji chakula (katika uchoraji ramani wa jenomu)
Udhibiti wa ubora: ubadilishaji wa bisulfite (katika uchimbaji wa taarifa za methylation)
Ramani ya Methili: Usambazaji wa jenomu ya methylation ya 5mC kote
Ulinganisho wa sampuli: Uchambuzi wa Vipengele Vikuu
Uchambuzi wa Mikoa ya Methili Tofauti (DMRs): ramani ya joto
Chunguza maendeleo ya utafiti yaliyowezeshwa na huduma zote za mpangilio wa jenomu za BMKGene kupitia mkusanyiko wa machapisho yaliyoratibiwa.
Li, Z. et al. (2022) 'Upangaji upya wa hali ya juu katika seli zinazofanana na Leydig kwa uanzishaji wa CRISPR na vipengele vya paracrine',Nembo ya PNAS, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) 'Uchambuzi wa methylation ya DNA nzima ya jeni ya muundo wa mwili katika mapacha wa Kichina wenye monozygotic',Jarida la Ulaya la Uchunguzi wa Kliniki, 53(11), uk. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'Methylation ya DNA na uwiano wa kiuno-hadi-kiuno: utafiti wa uhusiano wa epigenomu kwa mapacha wa Kichina wenye monozygotic',Jarida la Uchunguzi wa Endokrini, 45(12), ukurasa wa 2365-2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
