Mfuatano wa Vipande Vilivyoongezwa Mahali Maalum (SLAF-Seq)
Mtiririko wa kazi
Huduma hii ina muundo wa awali katika siliko ili kuhakikisha uteuzi bora wa vimeng'enya katika utayarishaji wa maktaba.
Mpango wa Kiufundi
Vipengele vya Huduma
● Mpangilio kwenye NovaSeq na PE150.
● Maandalizi ya maktaba yenye msimbo wa pau mbili, kuwezesha mkusanyiko wa sampuli zaidi ya 1000.
● Bila kujali jenomu ya marejeleo:
Kwa jenomu ya marejeleo: Ugunduzi wa SNP na InDel
Bila jenomu ya marejeleo: mkusanyiko wa sampuli na ugunduzi wa SNP
● Katikandani ya silikoMichanganyiko ya vimeng'enya vingi vya kizuizi katika hatua ya awali ya uundaji huchunguzwa ili kupata vile vinavyozalisha usambazaji sawa wa lebo za SLAF kando ya jenomu.
● Wakati wa majaribio ya kabla, michanganyiko mitatu ya vimeng'enya hupimwa katika sampuli 3 ili kutoa maktaba 9 za SLAF, na taarifa hii hutumika kuchagua mchanganyiko bora wa vimeng'enya vya kizuizi kwa mradi huo.
Faida za Huduma
●Ugunduzi wa Alama ya Jeni ya Juu: Tunaunganisha mfumo wa msimbopau maradufu wenye uwezo wa juu unaoruhusu mpangilio wa wakati mmoja wa idadi kubwa ya watu, na ukuzaji maalum wa eneo husika unaoongeza ufanisi, kuhakikisha kwamba nambari za lebo zinakidhi mahitaji mbalimbali ya maswali mbalimbali ya utafiti.
● Utegemezi Mdogo wa Jenomu: Inaweza kutumika kwa spishi zenye au zisizo na jenomu ya marejeleo.
●Ubunifu wa Mpango Unaonyumbulika: Kimeng'enya kimoja, kimeng'enya chenye pande mbili, usagaji wa vimeng'enya vingi, na aina mbalimbali za vimeng'enya vyote vinaweza kuchaguliwa ili kukidhi malengo au spishi tofauti za utafiti.
● Ufanisi wa Juu katika Usagaji wa Kimeng'enya: Uendeshaji wandani ya silikoUbunifu wa awali na jaribio la awali huhakikisha muundo bora zaidi kwa usambazaji sawa wa lebo za SLAF kwenye kromosomu (lebo 1 ya SLAF/4Kb) na mfuatano mdogo wa kurudia (<5%).
●Utaalamu wa Kina: Tunaleta uzoefu mwingi kwa kila mradi, tukiwa na rekodi ya kufunga zaidi ya miradi 5000 ya SLAF-Seq kwenye mamia ya spishi, ikiwa ni pamoja na mimea, mamalia, ndege, wadudu, na viumbe vya majini.
● Mtiririko wa Kazi wa Bioinformatiki uliojiendeleza: Tulitengeneza mtiririko wa kazi jumuishi wa kibiolojia kwa ajili ya SLAF-Seq ili kuhakikisha uaminifu na usahihi wa matokeo ya mwisho.
Vipimo vya Huduma
| Aina ya uchambuzi | Kiwango cha idadi ya watu kinachopendekezwa | Mkakati wa mpangilio | |
| Kina cha mpangilio wa lebo | Nambari ya lebo | ||
| Ramani za Jeni | Wazazi 2 na watoto zaidi ya 150 | Wazazi: 20x WGS Utoaji: mara 10 | Ukubwa wa jenomu: <400 Mb: WGS inapendekezwa <1Gb: lebo 100K 1-2Gb:: lebo 200K >2Gb: lebo 300K Lebo za juu zaidi za 500k |
| Masomo ya Ushirika wa Jenomu kwa Upana (GWAS) | Sampuli ≥200 | 10x | |
| Mageuzi ya Kijeni | Sampuli ≥30, zenye sampuli >10 kutoka kila kundi dogo | 10x | |
Mahitaji ya Huduma
Mkusanyiko ≥ 5 ng/µL
Jumla ya kiasi ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Jeli ya agarose: hakuna uharibifu au uchafuzi mdogo
Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa
Chombo: 2 ml bomba la sentrifuge
(Kwa sampuli nyingi, tunapendekeza zisihifadhiwe kwenye ethanoli)
Uwekaji lebo wa sampuli: Sampuli zinahitaji kuwekwa lebo wazi na kufanana na fomu ya taarifa ya sampuli iliyowasilishwa.
Usafirishaji: Barafu kavu: Sampuli zinahitaji kupakiwa kwenye mifuko kwanza na kuzikwa kwenye barafu kavu.
Mtiririko wa Huduma
Mfano wa QC
Jaribio la majaribio
Jaribio la SLAF
Maandalizi ya Maktaba
Mfuatano
Uchambuzi wa Data
Huduma za Baada ya Mauzo
Uchambuzi wetu wa kibiolojia unajumuisha:
Ubora wa data na upunguzaji wa data ili kuondoa usomaji wa N-rich, usomaji wa adapta au usomaji wa ubora wa chini.
Udhibiti wa pili wa ubora wa usomaji safi ili kuangalia usambazaji wa msingi, ubora wa mlolongo na tathmini ya data, lakini pia kuangalia ufanisi wa usagaji chakula na viingizo vilivyopatikana.
Mara tu usomaji utakapohakikiwa, kuna chaguzi mbili:
- Ramani ya jenomu ya marejeleo
- Bila jenomu ya marejeleo: mkusanyiko
Baada yake, uchambuzi wa lebo za SLAF hutumika kufanya aina fulani za wito ili kusaidia katika ugunduzi wa alama: SNP, InDel, SNV, wito wa CV na ufafanuzi.
Usambazaji wa lebo za SLAF kwenye kromosomu:
Usambazaji wa SNP kwenye kromosomu:
Maelezo ya SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X na Shi C (2023) Uchambuzi wa ramani ya QTL na nakala ya maudhui ya sukari wakati wa kukomaa kwa matundaPirus pyrifolia.Mbele. Sayansi ya Mimea.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Utambuzi wa st1 unaonyesha uteuzi unaohusisha upigaji gitaa wa mofolojia ya mbegu na kiwango cha mafuta wakati wa ufugaji wa soya.Jarida la Bioteknolojia ya Mimea, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.na wengine.Mfuatano wa jeni na utofauti wa kijenetiki wa karpu ya kawaida,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.na wengine.Jenomu ya karanga zinazolimwa hutoa ufahamu kuhusu aina za kunde, mageuko ya poliploidi na ufugaji wa mazao.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Mwaka | Jarida | IF | Kichwa | Maombi |
| 2022 | Mawasiliano ya asili | 17.694 | Msingi wa jenomu wa kromosomu za giga na jenomu ya giga ya peoni ya mti Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Mtaalamu Mpya wa Fizikia | 7.433 | Nyayo za ufugaji huimarisha maeneo ya kijenetiki yenye umuhimu wa kilimo katika soya | SLAF-GWAS |
| 2022 | Jarida la Utafiti wa Kina | 12.822 | Utangulizi bandia wa Gossypium barbadense katika G. hirsutum katika jeni nzima huonyesha eneo bora kwa ajili ya uboreshaji wa ubora na mavuno ya nyuzi za pamba kwa wakati mmoja sifa | SLAF-Jenetiki ya mageuzi |
| 2019 | Mmea wa Masi | 10.81 | Uchambuzi wa Jenomu ya Idadi ya Watu na Mkutano wa De Novo Wafichua Asili ya Weedy Mchele kama Mchezo wa Mageuzi | SLAF-Jenetiki ya mageuzi |
| 2019 | Jenetiki ya Asili | 31.616 | Mfuatano wa jeni na utofauti wa kijenetiki wa mzoga wa kawaida, Cyprinus carpio | Ramani ya SLAF-Linkage |
| 2014 | Jenetiki ya Asili | 25.455 | Jenomu ya karanga zilizopandwa hutoa ufahamu kuhusu karyotypes za kunde, polyploid mageuzi na ufugaji wa mazao. | Ramani ya SLAF-Linkage |
| 2022 | Jarida la Bioteknolojia ya Mimea | 9.803 | Utambuzi wa ST1 unaonyesha uteuzi unaohusisha upigaji gitaa wa mofolojia ya mbegu na kiwango cha mafuta wakati wa ufugaji wa soya | Maendeleo ya Alama ya SLAF |
| 2022 | Jarida la Kimataifa la Sayansi ya Masi | 6.208 | Utambuzi na Ukuzaji wa Alama za DNA kwa mollis ya Ngano-Leymus 2Ns (2D) Ubadilishaji wa Kromosomu ya Disomic | Maendeleo ya Alama ya SLAF |
| Mwaka | Jarida | IF | Kichwa | Maombi |
| 2023 | Mipaka katika sayansi ya mimea | 6.735 | Uchambuzi wa ramani ya QTL na uandishi wa nakala ya sukari wakati wa kukomaa kwa matunda ya Pyrus pyrifolia | Ramani ya Jeni |
| 2022 | Jarida la Bioteknolojia ya Mimea | 8.154 | Utambuzi wa ST1 unaonyesha uteuzi unaohusisha upigaji gitaa wa mofolojia ya mbegu na kiwango cha mafuta wakati wa ufugaji wa soya.
| Simu ya SNP |
| 2022 | Mipaka katika sayansi ya mimea | 6.623 | Ramani ya Uhusiano wa Jenomu kwa Upana wa Aina za Hulless Barely katika Mazingira ya Ukame.
| GWAS |
