Bidhaa

Mpangilio Maalum wa Kipande Kilichokuzwa cha Locus (SLAF-Seq)

Utapeli wa ubora wa juu, hasa kwa idadi kubwa ya watu, ni hatua ya kimsingi katika tafiti za uhusiano wa kijenetiki, ambayo hutoa msingi wa kijenetiki wa ugunduzi wa jeni amilifu, uchanganuzi wa mabadiliko, n.k. Badala ya upangaji upya wa kina wa jenomu, kupunguza uwakilishi wa mpangilio wa jenomu (RRGS). ) inaletwa ili kupunguza gharama ya upangaji kwa kila sampuli, huku ikidumisha ufanisi wa kuridhisha katika ugunduzi wa alama za kijeni.Hii kawaida hupatikana kwa kutoa kipande cha kizuizi ndani ya safu ya saizi fulani, ambayo inaitwa maktaba ya uwakilishi iliyopunguzwa (RRL).Upangaji wa vipande vilivyokuzwa vya locus maalum (SLAF-Seq) ni mkakati uliojitayarisha wa uandishi wa genoti wa SNP kwa kutumia au bila jenomu ya marejeleo.
Jukwaa: Jukwaa la Illumina NovaSeq

Wasiliana nasi

Maelezo ya Huduma

Matokeo ya Onyesho

Machapisho Yanayoangaziwa

Maelezo ya Huduma

Mpango wa Kiufundi

Mtiririko wa kazi

Faida za Huduma

Ufanisi wa juu wa ugunduzi wa alama- Teknolojia ya upangaji matokeo ya hali ya juu husaidia SLAF-Seq kugundua mamia ya maelfu ya lebo ndani ya jenomu nzima.

Utegemezi mdogo kwenye genome- Inaweza kutumika kwa spishi zilizo na au bila jenomu ya marejeleo.

Muundo wa mpango rahisi- Kimeng'enya kimoja, kimeng'enya-mbili, usagaji wa vimeng'enya vingi na aina mbalimbali za vimeng'enya, vyote vinaweza kuchaguliwa ili kukidhi lengo au spishi tofauti za utafiti.Tathmini ya awali katika siliko hutumiwa kuhakikisha muundo bora wa kimeng'enya.

Usagaji mzuri wa enzymatic- Majaribio ya awali yalifanywa ili kuboresha hali, ambayo hufanya jaribio rasmi kuwa thabiti na la kuaminika.Ufanisi wa ukusanyaji wa vipande unaweza kufikia zaidi ya 95%.

Lebo za SLAF zilizosambazwa sawasawa- Lebo za SLAF husambazwa kwa usawa katika kromosomu zote kwa kiwango kikubwa zaidi, kufikia wastani wa SLAF 1 kwa kila kb 4.

Kuepuka kwa ufanisi kurudia- Mfuatano unaorudiwa katika data ya SLAF-Seq umepunguzwa hadi chini ya 5%, haswa katika spishi zilizo na kiwango cha juu cha marudio, kama vile ngano, mahindi, n.k.

Uzoefu wa kina-Zaidi ya miradi 2000 iliyofungwa ya SLAF-Seq juu ya mamia ya spishi zinazofunika mimea, mamalia, ndege, wadudu, viumbe vya majini, n.k.

Mtiririko wa kazi wa kibayolojia uliojiendeleza- Mtiririko uliojumuishwa wa kibayolojia wa SLAF-Seq ulitengenezwa na BMKGENE ili kuhakikisha kutegemewa na usahihi wa matokeo ya mwisho.

Vipimo vya huduma

Jukwaa	Conc.(ng/gl)	Jumla (ug)	OD260/280
Illumina NovaSeq	>35	>1.6(Juzuu> 15μl)	1.6-2.5

Kumbuka: Sampuli tatu, kila moja ikiwa na mifumo mitatu ya kimeng'enya, itafanywa kwa majaribio ya awali.

Mkakati wa Kufuatana Uliopendekezwa

Kina cha mpangilio: 10X/Tag

Ukubwa wa Genome	Lebo za SLAF zinazopendekezwa
< 500 Mb	100K au WGS
500 Mb- 1 Gb	100 K
Gb 1 -2 Gb	200 K
Jenomu kubwa au ngumu	300 - 400K

Maombi

Imependekezwa

Idadi ya Watu

Mpangilio wa mkakati na kina

Kina

Nambari ya Tag

GWAS

Nambari ya mfano ≥200

10X

Kulingana na

saizi ya jenomu

Mageuzi ya Kijeni

Watu binafsi wa kila mmoja

kikundi kidogo ≥ 10;

jumla ya sampuli ≥30

10X

Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa

Chombo: 2 ml centrifuge tube

Kwa sampuli nyingi, tunapendekeza usihifadhi katika ethanol.

Sampuli za kuweka lebo: Sampuli zinahitaji kuwekewa lebo wazi na kufanana na fomu ya maelezo ya sampuli iliyowasilishwa.

Usafirishaji: Barafu kavu: Sampuli zinahitaji kuingizwa kwenye mifuko kwanza na kuzikwa kwenye barafu kavu.

Mtiririko wa kazi wa huduma

Sampuli ya QC

Jaribio la majaribio

Jaribio la SLAF

Maandalizi ya Maktaba

Kufuatana

Uchambuzi wa Data

Huduma baada ya kuuza

Iliyotangulia: Mpangilio wa DNA/RNA - Nanopore Sequencer

Inayofuata: Mpangilio wa Utoaji Mzima wa Binadamu

1. Takwimu za matokeo ya ramani

2. Ukuzaji wa alama za SLAF

3. Ufafanuzi wa kutofautiana

Mwaka	Jarida	IF	Kichwa	Maombi
2022	Mawasiliano ya asili	17.694	Msingi wa genomic wa giga-chromosomes na giga-genome ya peony ya mti Paeonia ostii	SLAF-GWAS
2015	Mwanafitolojia Mpya	7.433	Alama za unyumba huimarisha maeneo ya jeni yenye umuhimu wa kilimo soya	SLAF-GWAS
2022	Jarida la Utafiti wa Juu	12.822	Uingizaji bandia wa genome kote wa Gossypium barbadense kwenye G. hirsutum onyesha loci bora kwa uboreshaji wa wakati mmoja wa ubora wa nyuzi za pamba na mavuno sifa	Jenetiki ya SLAF-Mageuzi
2019	Kiwanda cha Masi	10.81	Uchambuzi wa Genomic ya Idadi ya Watu na Bunge la De Novo Yafichua Asili ya Weedy Mchele kama Mchezo wa Mageuzi	Jenetiki ya SLAF-Mageuzi
2019	Jenetiki za asili	31.616	Mlolongo wa jenomu na utofauti wa maumbile ya carp ya kawaida, Cyprinus carpio	Ramani ya SLAF-Linkage
2014	Jenetiki za asili	25.455	Jenomu ya karanga iliyolimwa hutoa ufahamu juu ya karyotypes ya kunde, polyploid. mageuzi na ufugaji wa mazao.	Ramani ya SLAF-Linkage
2022	Jarida la Bioteknolojia ya mmea	9.803	Utambulisho wa ST1 unaonyesha uteuzi unaohusisha kupanda kwa kupanda kwa mofolojia ya mbegu na maudhui ya mafuta wakati wa ufugaji wa soya	Maendeleo ya SLAF-Alama
2022	Jarida la Kimataifa la Sayansi ya Masi	6.208	Utambulisho na Ukuzaji wa Alama ya DNA kwa Ngano-Leymus mollis 2Ns (2D) Ubadilishaji wa Kromosomu ya Disomic	Maendeleo ya SLAF-Alama