Mfuatano wa bisulfite ya jenomu nzima (WGBS)
Mbinu hii, inayotegemea matibabu ya bisulfite ya DNA ili kushawishi ubadilishaji wa saitosini zisizo na methili kuwa uracil (C hadi U), huku ikiacha saitosini zenye methili bila kubadilika, inasimama kama mbinu ya kiwango cha dhahabu cha uchunguzi wa kina wa methylation ya DNA, haswa nafasi ya tano katika saitosini (5-mC), mdhibiti muhimu wa usemi wa jeni na shughuli za seli.
Mbinu hii inatoa azimio la msingi mmoja, ikiruhusu watafiti kuchunguza kwa kina methylome na kugundua mifumo isiyo ya kawaida ya methylation ndani ya sampuli. Kwa kutumia WGBS, wanasayansi wanaweza kupata maarifa yasiyo na kifani kuhusu mandhari ya methylation ya jenomu nzima, na kutoa uelewa mpana wa mifumo ya epigenetic ambayo inasababisha michakato na magonjwa mbalimbali ya kibiolojia.
Vipengele vya Huduma
● Mfuatano kwenye Illumina NovaSeq.
● Inahitaji jenomu ya marejeleo.
● DNA ya Lambda imeongezwa ili kufuatilia ufanisi wa ubadilishaji wa bisulfite.
Faida za Huduma
●Kiwango cha Dhahabu cha Utafiti wa Methylation ya DNA: Teknolojia hii iliyokomaa ina usahihi wa hali ya juu na uwezo mzuri wa kuzaliana.
●Ufikiaji Mpana na Azimio la Msingi Mmoja:Ugunduzi wa maeneo ya methylation uko katika kiwango cha jenomu nzima.
●Jukwaa Kamili:Tunatoa huduma ya kituo kimoja kuanzia usindikaji wa sampuli, ujenzi wa maktaba, mpangilio hadi uchambuzi wa bioinformatiki.
●Utaalamu wa Kina: Tuna wigo mpana wa miradi iliyokamilishwa katika aina mbalimbali za spishi. BMKGENE ina uzoefu wa zaidi ya muongo mmoja, timu ya uchambuzi yenye ujuzi wa hali ya juu, maudhui kamili, na usaidizi bora wa baada ya mauzo.
●Uwezekano wa Kujiunga na Uchambuzi wa Transcriptomics: Kuruhusu uchanganuzi jumuishi wa WGBS na data nyingine za omics kama vile RNA-seq.
Vipimo vya Sampuli
| Maktaba | Mkakati wa Mfuatano | Matokeo ya data yaliyopendekezwa | Udhibiti wa ubora |
| Imetibiwa na Bisulfite | Illumina PE150 | Kina mara 30 | Q30 ≥ 85% Ubadilishaji wa Bisulfite > 99% |
Mahitaji ya Sampuli
| Mkusanyiko (ng/µL) | Jumla ya kiasi (µg) | Mahitaji ya ziada | |
| DNA ya kijenomu | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Uharibifu mdogo au uchafuzi |
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Uwasilishaji wa sampuli
Uchimbaji wa DNA
Ujenzi wa maktaba
Mfuatano
Uchambuzi wa data
Uwasilishaji wa data
Huduma hiyo inajumuisha uchambuzi ufuatao:
● Udhibiti wa ubora wa mpangilio mbichi;
● Kuchora ramani ya jenomu ya marejeleo;
● Ugunduzi wa besi zenye methili 5mC;
● Uchambuzi wa usambazaji wa methylation na maelezo;
● Uchambuzi wa Mikoa yenye Methili Tofauti (DMRs);
● Maelezo ya utendaji kazi wa jeni zinazohusiana na DMR.
Ugunduzi wa methylation ya 5mC: aina za maeneo yenye methylation
Ramani ya Methili. Usambazaji wa jenomu ya methylation ya 5mC kote
Maelezo ya maeneo yenye methili nyingi
Maeneo yenye Methili Tofauti: jeni zinazohusiana
Maeneo yenye Methili Tofauti: maelezo ya jeni zinazohusiana (Ontolojia ya Jeni)
Chunguza maendeleo ya utafiti yaliyowezeshwa na huduma zote za mpangilio wa jenomu za BMKGene kupitia mkusanyiko wa machapisho yaliyoratibiwa.
Fan, Y. et al. (2020) 'Uchambuzi wa wasifu wa methylation ya DNA wakati wa ukuaji wa misuli ya mifupa ya kondoo kwa kutumia mpangilio wa bisulfite ya jenomu nzima',Jenomu ya BMC, 21(1), ukurasa wa 1-15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) 'Usumbufu mpya wa methylation ya deoksiribonukleiki ya asidi kwa wafanyakazi walio wazi kwa kloridi ya vinyl',Sumu na Afya ya Viwanda, 38(7), ukurasa wa 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'Uhusiano kati ya methylation ya jenomu, viwango vya RNA zisizo na msimbo, mRNA na metaboliti katika matunda ya nyanya yanayoiva',Jarida la Mimea, 103(3), ukurasa wa 980-994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
