தயாரிப்புகள்

டிஎன்ஏ/ஆர்என்ஏ வரிசைமுறை -PacBio சீக்வென்சர்

PacBio சீக்வென்சிங் பிளாட்ஃபார்ம் என்பது ஒரு நீண்ட-வாசிப்பு வரிசைமுறை தளமாகும், இது மூன்றாம் தலைமுறை வரிசைமுறை (TGS) தொழில்நுட்பங்களில் ஒன்றாகவும் அறியப்படுகிறது.முக்கிய தொழில்நுட்பம், ஒற்றை-மூலக்கூறு நிகழ்நேரம் (SMRT), பல்லாயிரக்கணக்கான கிலோ-அடிப்படை நீளத்துடன் வாசிப்புகளை உருவாக்க உதவுகிறது."சீக்வென்சிங்-பை-சின்தசிஸ்" அடிப்படையில், ஒற்றை நியூக்ளியோடைடு தெளிவுத்திறன் ஜீரோ-மோட் அலை வழிகாட்டி (ZMW) மூலம் அடையப்படுகிறது, அங்கு குறைந்த அளவு (மூலக்கூறு தொகுப்பின் தளம்) மட்டுமே ஒளிரும்.கூடுதலாக, SMRT வரிசைமுறையானது NGS அமைப்பில் வரிசை-குறிப்பிட்ட சார்புகளை பெருமளவில் தவிர்க்கிறது, இதில் பெரும்பாலான PCR பெருக்கப் படிகள் நூலகக் கட்டுமானச் செயல்பாட்டில் தேவையில்லை.

தளம்: தொடர்ச்சி II, ரெவியோ

எங்களை தொடர்பு கொள்ள

சேவை விவரங்கள்

டெமோ முடிவுகள்

அம்சங்கள்

PacBio சீக்வென்சரில் இரண்டு வரிசை முறைகள்: தொடர்ச்சியான நீண்ட வாசிப்பு (CLR) மற்றும் சுற்றறிக்கை ஒருமித்த வாசிப்பு (CCS)

வரிசைமுறை முறை

நூலக அளவு

தத்துவார்த்த தரவுமகசூல் (ஒரு கலத்திற்கு)

ஒற்றை-அடிப்படைதுல்லியம்

விண்ணப்பங்கள்

CLR

20Kb, 30Kb, முதலியன

80 ஜிபி முதல் 130 ஜிபி வரை

தோராயமாக85%

டி நோவோ, SV அழைப்பு, போன்றவை.

CCS

15-20 Kb

14 முதல் 40 ஜிபி/செல் (தொடர்ச்சி II)

70 முதல் 110 ஜிபி/செல் (ரெவியோ)

மாதிரிகளைப் பொறுத்தது

தோராயமாக99%

டி நோவோ, SNP/Indel/SV அழைப்பு, Iso-Seq,

Revio மற்றும் தொடர்ச்சி II இன் செயல்திறன் மற்றும் அம்சங்களின் ஒப்பீடு

விதிமுறை	தொடர் II அமைப்பு	ரெவியோ அமைப்பு	அதிகரி
அதிக அடர்த்தி	8 மில்லியன் ZMWகள்	25 மில்லியன் ZMWகள்	3x
சுயாதீன நிலைகள்	1	4	4x
குறுகிய ஓட்ட நேரங்கள்	30 மணிநேரம்	24 மணி நேரம்	1.25x
30X HiFi மனித மரபணுக்கள் / ஆண்டு	88	1,300	15x ஒட்டுமொத்த

சேவை நன்மைகள்

● பல்வேறு இனங்கள் கொண்ட ஆயிரக்கணக்கான மூடிய திட்டங்களுடன் PacBio வரிசைப்படுத்தல் தளத்தில் 8 ஆண்டுகளுக்கும் மேலான அனுபவம்.

● சமீபத்திய PacBio சீக்வென்சிங் இயங்குதளங்களுடன் முழுமையாகப் பொருத்தப்பட்டுள்ளது, போதுமான வரிசைப்படுத்தல் செயல்பாட்டிற்கு உத்தரவாதம் அளிக்க Revio.

● வேகமாக திரும்பும் நேரம், அதிக டேட்டா விளைச்சல் மற்றும் துல்லியமான தரவு.

● நூற்றுக்கணக்கான உயர் தாக்கம் கொண்ட PacBio அடிப்படையிலான வெளியீடுகளில் பங்களித்தது.

மாதிரி தேவைகள்

மாதிரி வகை

தொகை

செறிவு (Qubit®)

தொகுதி

தூய்மை

மற்றவைகள்

மரபணு DNA

தரவு தேவையைப் பொறுத்து

≥50 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.2;
OD260/230=1.8-2.5;
260 nm இல் தெளிவான உச்சம்,அசுத்தங்கள் இல்லை

குவிட் மற்றும் Qubit/Nanopore = 0.8-2.5 மூலம் செறிவு அளவிடப்பட வேண்டும்

மொத்த ஆர்.என்.ஏ

≥1.2μg

≥120 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.5;
OD260/230=0.5-2.5;அசுத்தங்கள் இல்லை

RIN மதிப்பு ≥7.5

5≥28S/18S≥1

சேவை பணிப்பாய்வு

மாதிரி தயாரிப்பு

நூலக கட்டுமானம்

வரிசைப்படுத்துதல்

தரவு பகுப்பாய்வு

திட்ட விநியோகம்

முந்தைய: OEM உற்பத்தியாளர் Mrna சீக்வென்சிங் சேவை - நீண்ட குறியீட்டு அல்லாத வரிசைமுறை-இலுமினா - பயோமார்க்கர்

அடுத்தது: இல்லுமினா மற்றும் பிஜிஐ

1.இன்-ஹவுஸ் டேட்டா விளைச்சல்

63 CCS கலங்களில் இருந்து உருவாக்கப்பட்ட தரவு (26 இனங்களிலிருந்து)

தகவல்கள்-PacBio-CCS-15 Kb	சராசரி	அதிகபட்சம்	குறைந்தபட்சம்	இடைநிலை
மகசூல் - துணைவாசிகள் (ஜிபி)	421.12	544.27	221.38	426.58
Yiled - CCS(Gb)	25.93	38.59	10.86	25.43
பாலிமரேஸ் N50	145,651	175,430	118,118	144,689
துணைப் பகுதிகள் N50	17,509	23,924	12,485	17,584
CCS N50	14,490	19,034	9,876	14,747
சராசரி நீளம்-பாலிமரேஸ்	67,995	89,379	49,664	66,433
சராசரி நீளம் - துணைப் பகுதிகள்	15,866	21,036	11,657	16,012
சராசரி நீளம்-CCS	14,489	19,074	8,575	14,655

16 CLR கலங்களில் இருந்து உருவாக்கப்பட்ட தரவு (76 இனங்களிலிருந்து)

DATA-PacBio-CLR-30Kb	சராசரி	அதிகபட்சம்	குறைந்தபட்சம்	இடைநிலை
மகசூல் - துணைவாசிகள் (ஜிபி)	142.20	291.40	50.55	142.49
பாலிமரேஸ் N50	39,456	121,191	15,389	35,231
துணைப் பகுதிகள் N50	28,490	41,012	14,430	29,063
சராசரி நீளம்-பாலிமரேஸ்	22,063	48,886	8,747	21,555
சராசரி நீளம் - துணைப் பகுதிகள்	17,720	27,225	8,293	17,779

2.தரவு QC - டெமோதரவு விளைச்சல் பற்றிய புள்ளிவிவரங்கள்

மாதிரி	ccs படிக்கும் எண்	மொத்த ccs அடிப்படைகள் (bp)	ccs படிகள் N50 (bp)	ccs சராசரி நீளம் (bp)	ccs நீண்ட வாசிப்பு (bp)	துணை வாசிப்பு அடிப்படைகள் (பிபி)	ccs விகிதம்(%)
PB_BMKxxx	3,444,159	54,164,122,586	15,728	15,726	36,110	863,326,330,465	6.27