தயாரிப்புகள்

*இங்கே காட்டப்பட்டுள்ள டெமோ முடிவுகள் அனைத்தும் BMKGENE உடன் வெளியிடப்பட்ட மரபணுக்களிலிருந்து வந்தவை

1.எவல்யூஷன் பகுப்பாய்வில் மரபணு மாறுபாடுகளின் அடிப்படையில் பைலோஜெனடிக் மரம், மக்கள்தொகை அமைப்பு மற்றும் பிசிஏ ஆகியவற்றின் கட்டுமானம் உள்ளது.

பைலோஜெனடிக் மரம் பொதுவான மூதாதையருடன் இனங்களுக்கிடையில் வகைபிரித்தல் மற்றும் பரிணாம உறவுகளைக் குறிக்கிறது.
துணை மக்கள்தொகைகளுக்கு இடையே உள்ள நெருக்கத்தைக் காட்சிப்படுத்துவதை PCA நோக்கமாகக் கொண்டுள்ளது.
மக்கள்தொகை அமைப்பு அலீல் அதிர்வெண்களின் அடிப்படையில் மரபணு ரீதியாக வேறுபட்ட துணை மக்கள்தொகை இருப்பதைக் காட்டுகிறது.

சென், மற்றும்.அல்.,PNAS, 2020

2.தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட ஸ்வீப்

செலக்டிவ் ஸ்வீப் என்பது ஒரு சாதகமான தளத்தைத் தேர்ந்தெடுத்து இணைக்கப்பட்ட நடுநிலைத் தளங்களின் அதிர்வெண்கள் அதிகரிக்கப்பட்டு, இணைக்கப்படாத தளங்களின் அதிர்வெண்கள் குறைக்கப்பட்டு, பிராந்தியத்தைக் குறைக்கும் செயல்முறையைக் குறிக்கிறது.

குறிப்பிட்ட படியில் (10 Kb) ஒரு நெகிழ் சாளரத்தில் (100 Kb) அனைத்து SNP களின் மக்கள்தொகை மரபணு குறியீட்டு（π，Fst, Tajima's D) கணக்கிடுவதன் மூலம் தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட ஸ்வீப் பகுதிகளில் மரபணு அளவிலான கண்டறிதல் செயலாக்கப்படுகிறது.

நியூக்ளியோடைடு பன்முகத்தன்மை (π)

தாஜிமாவின் டி

நிர்ணய குறியீடு(Fst)

வூ, மற்றும்அல்.,மூலக்கூறு ஆலை, 2018

3.மரபணு ஓட்டம்

வூ, மற்றும்அல்.,மூலக்கூறு ஆலை, 2018

4.மக்கள்தொகை வரலாறு

ஜாங், மற்றும்.அல்.,இயற்கை சூழலியல் & பரிணாமம், 2021

5.வேறுபாடு நேரம்

ஜாங், மற்றும்.அல்.,இயற்கை சூழலியல் & பரிணாமம், 2021

BMK வழக்கு

ஒரு மரபியல் மாறுபாடு வரைபடம், ஸ்பிரிங் சீன முட்டைக்கோஸ் (பிராசிகா ராபா எஸ்எஸ்பி. பெகினென்சிஸ்) தேர்வின் மரபணு அடிப்படையைப் பற்றிய நுண்ணறிவுகளை வழங்குகிறது.

வெளியிடப்பட்டது: மூலக்கூறு ஆலை, 2018

வரிசைப்படுத்தும் உத்தி:

வரிசைப்படுத்துதல்: வரிசைப்படுத்துதல் ஆழம்: 10×

முக்கிய முடிவுகள்

இந்த ஆய்வில், 194 சீன முட்டைக்கோசுகள் சராசரியாக 10× ஆழத்துடன் மறு-வரிசைப்படுத்துவதற்காக செயலாக்கப்பட்டன, இது 1,208,499 SNPகள் மற்றும் 416,070 InDels ஐ அளித்தது.இந்த 194 வரிகளில் உள்ள பைலோஜெனடிக் பகுப்பாய்வு, இந்த வரிகளை வசந்தம், கோடை மற்றும் இலையுதிர் காலம் என மூன்று சுற்றுச்சூழல் வகைகளாகப் பிரிக்கலாம் என்பதைக் காட்டுகிறது.கூடுதலாக, மக்கள்தொகை அமைப்பு மற்றும் பிசிஏ பகுப்பாய்வு, சீனாவின் ஷான்டாங்கில் இலையுதிர்கால முட்டைக்கோசிலிருந்து வசந்த கால சீன முட்டைக்கோசு உருவானது என்பதைக் குறிக்கிறது.இவை பின்னர் கொரியா மற்றும் ஜப்பானுக்கு அறிமுகப்படுத்தப்பட்டன, உள்ளூர் கோடுகளுடன் கடந்து, அவற்றில் சில தாமதமாக-போல்டிங் வகைகள் சீனாவிற்கு மீண்டும் அறிமுகப்படுத்தப்பட்டு இறுதியாக வசந்த கால சீன முட்டைக்கோஸ் ஆனது.

ஸ்பிரிங் சைனீஸ் முட்டைக்கோஸ் மற்றும் இலையுதிர் கால முட்டைக்கோசுகளில் மரபணு அளவிலான ஸ்கேனிங் 23 ஜெனோமிக் லோகிகளை வெளிப்படுத்தியது, அவை வலுவான தேர்வின் மூலம் சென்றன, அவற்றில் இரண்டு க்யூடிஎல்-மேப்பிங்கின் அடிப்படையில் போல்டிங்-டைம் கட்டுப்பாட்டு பகுதியுடன் ஒன்றுடன் ஒன்று இணைக்கப்பட்டுள்ளன.இந்த இரண்டு பகுதிகளிலும் BrVIN3.1 மற்றும் BrFLC1 ஆகியவற்றைக் கட்டுப்படுத்தும் முக்கிய மரபணுக்கள் இருப்பது கண்டறியப்பட்டது.டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் ஆய்வு மற்றும் டிரான்ஸ்ஜெனிக் சோதனைகள் மூலம் இந்த இரண்டு மரபணுக்களும் போல்டிங் நேரத்தில் ஈடுபட்டிருப்பது மேலும் உறுதிப்படுத்தப்பட்டது.

சீன முட்டைக்கோசுகளில் மக்கள்தொகை அமைப்பு பகுப்பாய்வு

சீன முட்டைக்கோஸ் தேர்வு பற்றிய மரபணு தகவல்கள்