டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக்ஸ்
இயற்கை
தொடர்புகள்
நாள்பட்ட லிம்போசைடிக் லுகேமியாவில் SF3B1 பிறழ்வின் முழு-நீள டிரான்ஸ்கிரிப்ட் குணாதிசயம் தக்கவைக்கப்பட்ட இன்ட்ரான்களைக் குறைப்பதை வெளிப்படுத்துகிறது
முழு நீள டிரான்ஸ்கிரிப்டுகள்|நானோபூர் வரிசைமுறை|மாற்று ஐசோஃபார்ம் பகுப்பாய்வு
பின்னணி
Sபிளவுபடுத்தும் காரணி SF3B1 இல் உள்ள ஓமடிக் பிறழ்வுகள், நாள்பட்ட லிம்போசைடிக் லுகேமியா(CLL), யுவல் மெலனோமா, மார்பக புற்றுநோய் போன்ற பல்வேறு புற்றுநோய்களுடன் தொடர்புடையதாக பரவலாகப் புகாரளிக்கப்பட்டுள்ளது. கூடுதலாக, குறுகிய வாசிப்பு டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் ஆய்வுகள் SF3B1 பிறழ்வுகளால் தூண்டப்பட்ட மாறுபட்ட பிளவு முறைகளை வெளிப்படுத்தியுள்ளன.எவ்வாறாயினும், இந்த மாற்று பிளவு முறைகள் பற்றிய ஆய்வுகள் நீண்ட காலமாக நிகழ்வு-நிலை மற்றும் ஐசோஃபார்ம்-நிலை பற்றிய அறிவு இல்லாததால் குறுகிய-வாசிப்பு கூடியிருந்த டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளின் வரம்புக்கு மட்டுப்படுத்தப்பட்டுள்ளது.இங்கே, முழு நீள டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளை உருவாக்க நானோபோர் சீக்வென்சிங் தளம் அறிமுகப்படுத்தப்பட்டது, இது AS ஐசோஃபார்ம்களில் இன்வெர்ஸ்டிகேஷனை மேம்படுத்துகிறது.
பரிசோதனை வடிவமைப்பு
பரிசோதனைகள்
குழுவாக்கம்:1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(K700E பிறழ்வு);3. சாதாரண பி-செல்கள்
வரிசைப்படுத்தும் உத்தி:MinION 2D நூலக வரிசைமுறை, PromethION 1D நூலக வரிசைமுறை;அதே மாதிரிகளிலிருந்து குறுகிய வாசிப்பு தரவு
வரிசைப்படுத்தும் தளம்:ONT MinION;ONT PromethION;
உயிர் தகவலியல் பகுப்பாய்வு
முடிவுகள்
ஏ6 CLL மாதிரிகள் மற்றும் 3 B-செல்களில் இருந்து மொத்தம் 257 மில்லியன் ரீட்கள் உருவாக்கப்பட்டன.சராசரியாக இந்த வாசிப்புகளில் 30.5% முழு நீள டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களாக அடையாளம் காணப்பட்டன.
FRNA (FLAIR) இன் முழு நீள மாற்று ஐசோஃபார்ம் பகுப்பாய்வு உயர்-நம்பிக்கை ஐசோஃபார்ம்களின் தொகுப்பை உருவாக்க உருவாக்கப்பட்டது.FLAIR ஐ இவ்வாறு சுருக்கமாகக் கூறலாம்:
Nanopore படிக்கிறது சீரமைப்பு: குறிப்பு மரபணு அடிப்படையில் பொது டிரான்ஸ்கிரிப்ட் கட்டமைப்பை அடையாளம்;
Splice சந்திப்புத் திருத்தம்: சிறுகுறிப்பு செய்யப்பட்ட இன்ட்ரான்கள், குறுகிய வாசிப்புத் தரவு அல்லது இரண்டிலிருந்தும் ஸ்ப்லைஸ் தளத்துடன் சரியான வரிசைப் பிழைகள்(சிவப்பு);
Collapse: ஸ்ப்லைஸ் ஜங்ஷன் சங்கிலிகள் (முதல்-பாஸ் தொகுப்பு) அடிப்படையில் பிரதிநிதித்துவ ஐசோஃபார்ம்களை சுருக்கவும்.ஆதரிக்கும் வாசிப்புகளின் எண்ணிக்கையின் அடிப்படையில் உயர்-நம்பிக்கை ஐசோஃப்ரோமைத் தேர்ந்தெடுக்கவும் (வாசல்: 3).
படம் 1. CLL இல் SF3B1 பிறழ்வுடன் தொடர்புடைய முழு நீள ஐசோஃபார்ம்களை அடையாளம் காண FLAIR பகுப்பாய்வு
FLAIR 326,699 உயர் நம்பிக்கை பிளவுபட்ட ஐசோஃபார்ம்களை அடையாளம் கண்டுள்ளது, அவற்றில் 90% நாவல் ஐசோஃபார்ம்கள்.குறிப்பிடப்படாத இந்த ஐசோஃபார்ம்களில் பெரும்பாலானவை அறியப்பட்ட பிளவு சந்திப்புகளின் (142,971) புதுமையான சேர்க்கைகளாக கண்டறியப்பட்டன, மீதமுள்ள நாவல் ஐசோஃபார்ம்களில் தக்கவைக்கப்பட்ட இன்ட்ரான் (21,700) அல்லது நாவல் எக்ஸான் (3594) உள்ளன.
Long-read sequences ஐசோஃபார்ம்-நிலையில் மாற்றப்பட்ட SF3B1-K700E-மாற்றப்பட்ட பிளவு தளங்களை அடையாளம் காண உதவுகிறது.35 மாற்று 3'SSகள் மற்றும் 10 மாற்று 5'SSகள் SF3B1-K700E மற்றும் SF3B1-WT ஆகியவற்றுக்கு இடையே குறிப்பிடத்தக்க வகையில் வேறுபட்டதாகக் கண்டறியப்பட்டது.35 மாற்றங்களில் 33 நீண்ட வாசிப்பு வரிசைகளால் புதிதாக கண்டுபிடிக்கப்பட்டது.நானோபோர் தரவுகளில், SF3B1-K700E-மாற்றப்பட்ட 3'SS களுக்கு இடையேயான தூரத்தின் விநியோகம் -20 bp ஆகும்.ERGIC3 மரபணுவின் ஐசோஃபார்ம்கள் பகுப்பாய்வு செய்யப்பட்டன, அங்கு SF3B1-K700E இல் ப்ராக்ஸிமல் பிளவு தளத்தைக் கொண்ட ஒரு புதிய ஐசோஃபார்ம் அதிகமாகக் காணப்பட்டது.ப்ராக்ஸிமல் மற்றும் டிஸ்டல் 3'SS இரண்டும் பல ஐசோஃபார்ம்களை உருவாக்கும் தனித்துவமான AS வடிவங்களுடன் தொடர்புடையது.
படம் 2. நானோபோர் வரிசைமுறை தரவுகளுடன் அடையாளம் காணப்பட்ட மாற்று 3′ பிளவு முறைகள்
ஐஆர் அடையாளம் மற்றும் அளவீட்டில் உள்ள நம்பிக்கையின் காரணமாக குறுகிய வாசிப்பு அடிப்படையிலான பகுப்பாய்வில் ஐஆர் நிகழ்வு பயன்பாட்டு பகுப்பாய்வு நீண்ட காலமாக வரையறுக்கப்பட்டுள்ளது.SF3B1-K700E மற்றும் SF3B1-WT இல் உள்ள ஐஆர் ஐசோஃபார்ம்களின் வெளிப்பாடு நானோபோர் வரிசைகளின் அடிப்படையில் அளவிடப்பட்டது, இது SF3B1-K700E இல் ஐஆர் ஐசோஃபார்ம்களின் உலகளாவிய கீழ்-கட்டுப்படுத்தலை வெளிப்படுத்துகிறது.
படம் 4. விவசாய தீவிரம் மற்றும் மூன்று விவசாய முறைகளில் (A மற்றும் B) நெட்வொர்க் இணைப்பு;சீரற்ற காடு பகுப்பாய்வு (C) மற்றும் விவசாய தீவிரம் மற்றும் AMF காலனித்துவம் (D) ஆகியவற்றுக்கு இடையேயான உறவு
படம் 3. CLL SF3B1-K700E இல் இன்ட்ரான் வாடகை நிகழ்வுகள் மிகவும் வலுவாகக் குறைக்கப்பட்டுள்ளன
தொழில்நுட்பம்
நானோபூர் நீண்ட வாசிப்பு வரிசைமுறை
Nஅனோபோர் சீக்வென்சிங் என்பது ஒற்றை மூலக்கூறு நிகழ்நேர மின் சமிக்ஞை வரிசைமுறை தொழில்நுட்பமாகும்.
Dஇரட்டை இழைகள் கொண்ட டிஎன்ஏ அல்லது ஆர்என்ஏ உயிரிப்படத்தில் பதிக்கப்பட்ட நானோபோரஸ் புரதத்துடன் பிணைக்கப்பட்டு மோட்டார் புரதத்தின் ஈயத்தின் கீழ் பிரிக்கப்படும்.
DNA/RNA இழைகள் மின்னழுத்த வேறுபாட்டின் செயல்பாட்டின் கீழ் குறிப்பிட்ட விகிதத்தில் நானோபோர் சேனல் புரதம் வழியாக செல்கின்றன.
Mவேதியியல் கட்டமைப்பின் படி பல்வேறு மின் சமிக்ஞைகளை அணுக்கள் உருவாக்குகின்றன.
Rவரிசைகளின் நிகழ்நேர கண்டறிதல் அடிப்படை அழைப்பின் மூலம் அடையப்படுகிறது.
முழு நீள டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் வரிசைமுறையின் செயல்திறன்
√ தரவு செறிவு
ஒப்பிடக்கூடிய தரவு செறிவூட்டலை அடைய 7 மடங்கு குறைவான அளவீடுகள் தேவை.
√ டிரான்ஸ்கிரிப்ட் கட்டமைப்பு அடையாளம்
ஒவ்வொரு டிரான்ஸ்கிரிப்டையும் ஒருமித்த முழு நீள வாசிப்புடன் பல்வேறு கட்டமைப்பு மாறுபாடுகளை அடையாளம் காணுதல்
√ டிரான்ஸ்கிரிப்ட்-நிலை வேறுபாடு பகுப்பாய்வு - குறுகிய வாசிப்புகளால் மறைக்கப்பட்ட மாற்றங்களை வெளிப்படுத்தவும்
குறிப்பு
டாங் AD, Soulette CM, பேரன் MJV, மற்றும் பலர்.நாள்பட்ட லிம்போசைடிக் லுகேமியாவில் உள்ள SF3B1 பிறழ்வின் முழு-நீள டிரான்ஸ்கிரிப்ட் குணாதிசயம் தக்கவைக்கப்பட்ட இன்ட்ரான்களைக் குறைப்பதை வெளிப்படுத்துகிறது[J].இயற்கை தொடர்பு.
தொழில்நுட்பம் மற்றும் சிறப்பம்சங்கள் பல்வேறு ஆராய்ச்சி அரங்கில் பல்வேறு உயர்-செயல்திறன் வரிசைமுறை தொழில்நுட்பங்களின் மிக சமீபத்திய வெற்றிகரமான பயன்பாட்டைப் பகிர்ந்துகொள்வதை நோக்கமாகக் கொண்டுள்ளது.
இடுகை நேரம்: ஜன-08-2022