பேக்பையோ 2+3 முழு நீள mRNA கரைசல்
அம்சங்கள்
● ஆய்வு வடிவமைப்பு:
டிரான்ஸ்கிரிப்ட் ஐசோஃபார்ம்களை அடையாளம் காண்பதற்காக, தொகுக்கப்பட்ட மாதிரி PacBio கொண்டு வரிசைப்படுத்தப்பட்டது.
தனித்தனி மாதிரிகள் (பிரதிகள் மற்றும் சோதிக்கப்பட வேண்டிய நிபந்தனைகள்) வரிசைப்படுத்தப்பட்டனடிரான்ஸ்கிரிப்ட் வெளிப்பாட்டை அளவிட NGS
● CCS பயன்முறையில் PacBio வரிசைப்படுத்தல், HiFi ரீடுகளை உருவாக்குதல்
● முழு நீளப் படியெடுத்தல்களின் வரிசைப்படுத்தல்
● பகுப்பாய்விற்கு ஒரு குறிப்பு மரபணுத்தொகுதி அவசியமில்லை; இருப்பினும், அது பயன்படுத்தப்படலாம்.
● உயிரித் தகவல் பகுப்பாய்வானது, மரபணு மற்றும் ஐசோஃபார்ம் மட்டத்திலான வெளிப்பாட்டை மட்டுமல்லாமல், lncRNA, மரபணு இணைவுகள், பாலி-அடினைலேஷன் மற்றும் மரபணு அமைப்பு ஆகியவற்றின் பகுப்பாய்வையும் உள்ளடக்கியது.
நன்மைகள்
● அதிக துல்லியம்: HiFi 99.9%-க்கும் அதிகமான (Q30) துல்லியத்துடன் அளவீடுகளை வழங்குகிறது, இது NGS-க்கு இணையானது.
● மாற்றுப் பிணைப்புப் பகுப்பாய்வுஅனைத்து டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளையும் வரிசைப்படுத்துவது ஐசோஃபார்ம்களை அடையாளம் காணவும் வகைப்படுத்தவும் உதவுகிறது.
● பேக்பயோ மற்றும் என்ஜிஎஸ் ஆகியவற்றின் பலங்களின் ஒருங்கிணைப்புஇது ஐசோஃபார்ம் மட்டத்தில் வெளிப்பாட்டை அளவிட உதவுகிறது, இதன் மூலம் முழு மரபணு வெளிப்பாட்டைப் பகுப்பாய்வு செய்யும்போது மறைக்கப்படக்கூடிய மாற்றத்தை வெளிக்கொணர்கிறது.
● விரிவான நிபுணத்துவம்நாங்கள் 2300-க்கும் மேற்பட்ட மாதிரிகளைப் பரிசோதித்துள்ளோம், எங்கள் குழு ஒவ்வொரு திட்டத்திற்கும் தங்களின் பரந்த அனுபவத்தைக் கொண்டுவருகிறது.
● விற்பனைக்குப் பிந்தைய ஆதரவுதிட்டம் நிறைவடைந்த பிறகும், 3 மாத விற்பனைக்குப் பிந்தைய சேவைக் காலத்துடன் எங்கள் அர்ப்பணிப்பு தொடர்கிறது. இந்தக் காலகட்டத்தில், திட்டத்தின் தொடர் கண்காணிப்பு, பழுது நீக்கும் உதவி மற்றும் முடிவுகள் தொடர்பான எந்தவொரு கேள்விகளுக்கும் பதிலளிக்கும் கேள்வி-பதில் அமர்வுகளை நாங்கள் வழங்குகிறோம்.
மாதிரி தேவை மற்றும் விநியோகம்
| நூலகம் | வரிசைப்படுத்தும் உத்தி | பரிந்துரைக்கப்பட்ட தரவு | தரக் கட்டுப்பாடு |
| பாலிஏ செறிவூட்டப்பட்ட mRNA CCS நூலகம் | பேக்பயோ இரண்டாம் பாகம் பேக்பயோ ரெவியோ | 20/40 ஜிபி 5/10 எம் சிசிஎஸ் | Q30≥85% |
| பாலி ஏ செறிவூட்டப்பட்ட | இல்லுமினா PE150 | 6-10 ஜிபி | Q30≥85% |
நியூக்ளியோடைடுகள்
|
| செறிவு (ng/μl) | அளவு (மைக்ரோகிராம்) | தூய்மை | நேர்மை |
| இலுமினா நூலகம் | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ஜெல் மீது புரதம் அல்லது டிஎன்ஏ கலப்படம் குறைவாகவோ அல்லது இல்லாமலோ இருப்பது தெரிகிறது. | தாவரங்களுக்கு: RIN≥4.0; விலங்குகளுக்கு: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; குறைந்த அல்லது அடிப்படை உயர்வு இல்லை |
| பேக்பயோ நூலகம் | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ஜெல் மீது புரதம் அல்லது டிஎன்ஏ கலப்படம் குறைவாகவோ அல்லது இல்லாமலோ இருப்பது தெரிகிறது. | தாவரங்கள்: RIN≥7.5 விலங்குகள்: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; குறைந்த அல்லது அடிப்படை உயர்வு இல்லை |
பரிந்துரைக்கப்பட்ட மாதிரி விநியோகம்
கலன்: 2 மில்லி சென்ட்ரிஃபியூஜ் குழாய் (தகரத் தகடு பரிந்துரைக்கப்படவில்லை)
மாதிரி குறியிடல்: குழு+பிரதி, எ.கா. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
சரக்கு அனுப்புதல்:
1. உலர் பனிக்கட்டி:மாதிரிகளைப் பைகளில் அடைத்து, உலர் பனிக்கட்டியில் புதைக்க வேண்டும்.
2. ஆர்.என்.ஏ ஸ்டேபிள் குழாய்கள்: ஆர்.என்.ஏ மாதிரிகளை, ஆர்.என்.ஏ நிலைப்படுத்தும் குழாயில் (எ.கா. ஆர்.என்.ஏ ஸ்டேபிள்®) உலர்த்தி, அறை வெப்பநிலையில் அனுப்பலாம்.
பின்வரும் பகுப்பாய்வை உள்ளடக்கியது:
- மூலத் தரவு
- தரக் கட்டுப்பாடு
- மாற்று பாலிஅடினைலேஷன் பகுப்பாய்வு (APA)
- இணைவு டிரான்ஸ்கிரிப்ட் பகுப்பாய்வு
- மாற்றுப் பிணைப்புப் பகுப்பாய்வு
- உலகளாவிய ஒற்றை நகல் ஆர்த்தோலாக்ஸ் (BUSCO) பகுப்பாய்வை அளவிடுதல்
- புதிய டிரான்ஸ்கிரிப்ட் பகுப்பாய்வு: குறியீட்டு வரிசைகளின் (CDS) கணிப்பு மற்றும் செயல்பாட்டு விளக்கம்
- lncRNA பகுப்பாய்வு: lncRNA மற்றும் இலக்குகளின் கணிப்பு
- மைக்ரோசாட்டிலைட் அடையாளம் (SSR)
- வேறுபட்ட வெளிப்பாட்டுப் படியெடுத்தல்கள் (DETs) பகுப்பாய்வு
- வேறுபட்ட முறையில் வெளிப்படுத்தப்பட்ட மரபணுக்கள் (DEGs) பகுப்பாய்வு
- DEGகள் மற்றும் DETகளின் செயல்பாட்டு விளக்கக்குறிப்பு
BUSCO பகுப்பாய்வு
மாற்றுப் பிணைப்புப் பகுப்பாய்வு
மாற்று பாலிஅடினைலேஷன் பகுப்பாய்வு (APA)
வேறுபட்ட முறையில் வெளிப்படுத்தப்பட்ட மரபணுக்கள் (DEGs) மற்றும் டிரான்ஸ்கிரிப்டுகள் (DETs9 பகுப்பாய்வு)
DETகள் மற்றும் DEGகளின் புரத-புரத இடைவினை வலைப்பின்னல்கள்
BMKGene-இன் PacBio 2+3 முழு நீள mRNA வரிசைப்படுத்தல் மூலம் சாத்தியமான முன்னேற்றங்களை, தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட வெளியீடுகளின் தொகுப்பின் வாயிலாக ஆராய்ந்து பாருங்கள்.
சாவோ, கியூ. மற்றும் பலர் (2019) 'பாப்புலஸ் தண்டு டிரான்ஸ்கிரிப்டோமின் வளர்ச்சி இயக்கவியல்',தாவர உயிரி தொழில்நுட்ப இதழ், 17(1), பக். 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
டெங், எச். மற்றும் பலர். (2022) 'அஸ்கார்பிக் அமிலச் சத்து நிறைந்த பழப் பயிரான ஆக்டினீடியா லேட்டிஃபோலியாவின் பழ வளர்ச்சி மற்றும் பழுக்கும்போது அஸ்கார்பிக் அமில உள்ளடக்கத்தில் ஏற்படும் இயங்கு மாற்றங்கள் மற்றும் அதனுடன் தொடர்புடைய மூலக்கூறு வழிமுறைகள்',சர்வதேச மூலக்கூறு அறிவியல் இதழ், 23(10), ப. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
ஹுவா, எக்ஸ். மற்றும் பலர் (2022) 'பாரிஸ் பாலிஃபில்லாவில் உள்ள உயிரியல் செயல்பாடுள்ள பாலிஃபில்லின்களில் ஈடுபட்டுள்ள உயிர் தொகுப்பு வழி மரபணுக்களை திறம்பட கணித்தல்',தொடர்புகள் உயிரியல்2022 5:1, 5(1), பக். 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
லியு, எம். மற்றும் பலர். (2023) 'டூட்டா அப்சொலூட்டா (மெய்ரிக்) டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் மற்றும் சைட்டோக்ரோம் பி450 மரபணுக்களின் ஒருங்கிணைந்த பேக்பயோ ஐசோ-சீக் மற்றும் இல்லுமினா ஆர்என்ஏ-சீக் பகுப்பாய்வு',பூச்சிகள், 14(4), ப. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
வாங், லிஜுன் மற்றும் பலர் (2019) 'ரிசினஸ் கம்யூனிஸில் ரிசினோலிக் அமில உயிர் தொகுப்பை நன்கு புரிந்துகொள்வதற்காக, பேக்பையோ ஒற்றை-மூலக்கூறு நிகழ்நேர பகுப்பாய்வை இல்லுமினா ஆர்.என்.ஏ வரிசைப்படுத்தலுடன் இணைத்து டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் சிக்கலான தன்மை குறித்த ஒரு ஆய்வு',பிஎம்சி மரபணுவியல், 20(1), பக். 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
