PacBio 2+3 முழு நீள mRNA தீர்வு
அம்சங்கள்
● படிப்பு வடிவமைப்பு:
டிரான்ஸ்கிரிப்ட் ஐசோஃபார்ம்களை அடையாளம் காண PacBio உடன் வரிசைப்படுத்தப்பட்ட பூல் செய்யப்பட்ட மாதிரி.
தனித்தனி மாதிரிகள் (பிரதிகள் மற்றும் சோதிக்கப்பட வேண்டிய நிபந்தனைகள்) வரிசைப்படுத்தப்பட்டுள்ளன.டிரான்ஸ்கிரிப்ட் வெளிப்பாட்டை அளவிட NGS
● CCS பயன்முறையில் PacBio வரிசைப்படுத்துதல், HiFi வாசிப்புகளை உருவாக்குகிறது.
● முழு நீள டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளின் வரிசைமுறை
● பகுப்பாய்விற்கு ஒரு குறிப்பு மரபணு தேவையில்லை; இருப்பினும், அதைப் பயன்படுத்தலாம்.
● உயிர் தகவலியல் பகுப்பாய்வில் மரபணு மற்றும் ஐசோஃபார்ம் மட்டத்தில் வெளிப்பாடு மட்டுமல்லாமல் lncRNA, மரபணு இணைப்புகள், பாலி-அடினிலேஷன் மற்றும் மரபணு அமைப்பு ஆகியவற்றின் பகுப்பாய்வும் அடங்கும்.
நன்மைகள்
● அதிக துல்லியம்: HiFi துல்லியம் >99.9% (Q30) உடன் படிக்கிறது, NGS உடன் ஒப்பிடத்தக்கது.
● மாற்றுப் பிளவு பகுப்பாய்வு: அனைத்து டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளையும் வரிசைப்படுத்துவது ஐசோஃபார்ம் அடையாளம் காணல் மற்றும் குணாதிசயப்படுத்தலை செயல்படுத்துகிறது.
● PacBio மற்றும் NGS பலங்களின் சேர்க்கை: இது ஐசோஃபார்ம் மட்டத்தில் வெளிப்பாட்டின் அளவீட்டை செயல்படுத்துகிறது, முழு மரபணு வெளிப்பாட்டையும் பகுப்பாய்வு செய்யும் போது மறைக்கப்படக்கூடிய மாற்றத்தை வெளிப்படுத்துகிறது.
● விரிவான நிபுணத்துவம்: நாங்கள் 2300 க்கும் மேற்பட்ட மாதிரிகளைச் செயலாக்கியுள்ளோம், எங்கள் குழு ஒவ்வொரு திட்டத்திற்கும் ஏராளமான அனுபவத்தைக் கொண்டுவருகிறது.
● விற்பனைக்குப் பிந்தைய ஆதரவு: எங்கள் உறுதிப்பாடு 3 மாத விற்பனைக்குப் பிந்தைய சேவை காலத்துடன் திட்ட நிறைவுக்கு அப்பால் நீண்டுள்ளது. இந்த நேரத்தில், முடிவுகள் தொடர்பான ஏதேனும் கேள்விகளுக்கு தீர்வு காண திட்ட பின்தொடர்தல், சரிசெய்தல் உதவி மற்றும் கேள்வி பதில் அமர்வுகளை நாங்கள் வழங்குகிறோம்.
மாதிரி தேவைகள் மற்றும் விநியோகம்
| நூலகம் | வரிசைமுறை உத்தி | பரிந்துரைக்கப்பட்ட தரவு | தரக் கட்டுப்பாடு |
| PolyA வளப்படுத்தப்பட்ட mRNA CCS நூலகம் | பேக்பயோ தொடர்ச்சி II பேக்பயோ ரெவியோ | 20/40 ஜிபி 5/10 எம் சி.சி.எஸ். | கே30≥85% |
| பாலி ஏ செறிவூட்டப்பட்டது | இல்லுமினா PE150 | 6-10 ஜிபி | கே30≥85% |
நியூக்ளியோடைடுகள்
|
| சுருக்கம் (ng/μl) | அளவு (μg) | தூய்மை | நேர்மை |
| இல்லுமினா நூலகம் | ≥ 10 ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ஜெல்லில் காட்டப்பட்டுள்ள புரதம் அல்லது டிஎன்ஏ மாசுபாடு குறைவாக உள்ளது அல்லது இல்லை. | தாவரங்களுக்கு: RIN≥4.0; விலங்குகளுக்கு: RIN≥4.5; 5.0≥28எஸ்/18எஸ்≥1.0; அடிப்படை உயரம் குறைவாகவோ அல்லது இல்லாமலோ உள்ளது |
| பேக்பயோ நூலகம் | ≥ 100 (100) | ≥ 1.0 ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ஜெல்லில் காட்டப்பட்டுள்ள புரதம் அல்லது டிஎன்ஏ மாசுபாடு குறைவாக உள்ளது அல்லது இல்லை. | தாவரங்கள்: RIN≥7.5 விலங்குகள்: RIN≥8.0 5.0≥28எஸ்/18எஸ்≥1.0; அடிப்படை உயரம் குறைவாகவோ அல்லது இல்லாமலோ உள்ளது |
பரிந்துரைக்கப்பட்ட மாதிரி விநியோகம்
கொள்கலன்: 2 மில்லி மையவிலக்கு குழாய் (டின் ஃபாயில் பரிந்துரைக்கப்படவில்லை)
மாதிரி லேபிளிங்: குழு+பிரதி எ.கா. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
ஏற்றுமதி:
1. உலர் பனிக்கட்டி:மாதிரிகளை பைகளில் அடைத்து உலர் பனிக்கட்டியில் புதைக்க வேண்டும்.
2. RNA நிலைப்படுத்தக்கூடிய குழாய்கள்: RNA மாதிரிகளை RNA நிலைப்படுத்தக்கூடிய குழாயில் (எ.கா. RNA நிலைப்படுத்தக்கூடிய®) உலர்த்தி அறை வெப்பநிலையில் அனுப்பலாம்.
பின்வரும் பகுப்பாய்வுகளை உள்ளடக்கியது:
- மூல தரவு
- தரக் கட்டுப்பாடு
- மாற்று பாலிஅடினிலேஷன் பகுப்பாய்வு (APA)
- இணைவு டிரான்ஸ்கிரிப்ட் பகுப்பாய்வு
- மாற்றுப் பிளவு பகுப்பாய்வு
- தரப்படுத்தல் உலகளாவிய ஒற்றை-நகல் ஆர்த்தோலாக்ஸ் (BUSCO) பகுப்பாய்வு
- நாவல் டிரான்ஸ்கிரிப்ட் பகுப்பாய்வு: குறியீட்டு வரிசைகளின் கணிப்பு (CDS) மற்றும் செயல்பாட்டு குறிப்பு
- lncRNA பகுப்பாய்வு: lncRNA மற்றும் இலக்குகளின் கணிப்பு
- மைக்ரோ சேட்டிலைட் அடையாளம் காணல் (SSR)
- வேறுபட்ட முறையில் வெளிப்படுத்தப்பட்ட டிரான்ஸ்கிரிப்டுகள் (DETகள்) பகுப்பாய்வு
- வேறுபட்ட முறையில் வெளிப்படுத்தப்பட்ட மரபணுக்கள் (DEGகள்) பகுப்பாய்வு
- DEGகள் மற்றும் DETகளின் செயல்பாட்டு குறிப்புகள்
BUSCO பகுப்பாய்வு
மாற்றுப் பிளவு பகுப்பாய்வு
மாற்று பாலிஅடினிலேஷன் பகுப்பாய்வு (APA)
வேறுபட்ட முறையில் வெளிப்படுத்தப்பட்ட மரபணுக்கள் (DEGகள்) மற்றும் டிரான்ஸ்கிரிப்டுகள் (DETs9 பகுப்பாய்வு)
DETகள் மற்றும் DEGகளின் புரத-புரத தொடர்பு நெட்வொர்க்குகள்
BMKGene இன் PacBio 2+3 முழு நீள mRNA வரிசைமுறையால் எளிதாக்கப்பட்ட முன்னேற்றங்களை, தொகுக்கப்பட்ட வெளியீடுகளின் தொகுப்பு மூலம் ஆராயுங்கள்.
சாவோ, கே. மற்றும் பலர் (2019) 'பாப்புலஸ் ஸ்டெம் டிரான்ஸ்கிரிப்டோமின் வளர்ச்சி இயக்கவியல்',தாவர உயிரி தொழில்நுட்ப இதழ், 17(1), பக். 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
டெங், எச். மற்றும் பலர் (2022) 'ஆக்டினிடியா லாட்டிஃபோலியா (ஒரு அஸ்கார்பேட் நிறைந்த பழ பயிர்) பழ வளர்ச்சி மற்றும் பழுக்க வைக்கும் போது அஸ்கார்பிக் அமில உள்ளடக்கத்தில் ஏற்படும் மாறும் மாற்றங்கள் மற்றும் அதனுடன் தொடர்புடைய மூலக்கூறு வழிமுறைகள்',சர்வதேச மூலக்கூறு அறிவியல் இதழ், 23(10), ப. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
ஹுவா, எக்ஸ். மற்றும் பலர் (2022) 'பாரிஸ் பாலிஃபில்லாவில் உயிரியல் ரீதியாகச் செயல்படும் பாலிஃபிலின்களில் ஈடுபடும் உயிரியல் செயற்கை பாதை மரபணுக்களின் பயனுள்ள கணிப்பு',தொடர்பு உயிரியல்2022 5:1, 5(1), பக். 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
லியு, எம். மற்றும் பலர் (2023) 'டுடா அப்சலூட்டா (மெய்ரிக்) டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் மற்றும் சைட்டோக்ரோம் P450 மரபணுக்களின் ஒருங்கிணைந்த பேக்பயோ ஐசோ-சீக் மற்றும் இல்லுமினா ஆர்என்ஏ-சீக் பகுப்பாய்வு',பூச்சிகள், 14(4), ப. 363. doi: 10.3390/INESCTS14040363/S1.
வாங், லிஜுன் மற்றும் பலர். (2019) 'ரிசினஸ் கம்யூனிஸில் ரிசினோலிக் அமில உயிரியக்கவியல் பற்றிய சிறந்த புரிதலுக்காக இல்லுமினா ஆர்.என்.ஏ வரிசைமுறையுடன் இணைந்து பேக்பயோ ஒற்றை-மூலக்கூறு நிகழ்நேர பகுப்பாய்வைப் பயன்படுத்தி டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் சிக்கலான தன்மையின் ஒரு ஆய்வு',பிஎம்சி ஜீனோமிக்ஸ், 20(1), பக். 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/படங்கள்/7.
