-
PacBio-முழு நீளம் 16S/18S/ITS ஆம்ப்ளிகான் வரிசைமுறை
ஆம்ப்ளிகான் (16S/18S/ITS) இயங்குதளமானது நுண்ணுயிர் பன்முகத்தன்மை திட்ட பகுப்பாய்வில் பல வருட அனுபவத்துடன் உருவாக்கப்பட்டது, இதில் தரப்படுத்தப்பட்ட அடிப்படை பகுப்பாய்வு மற்றும் தனிப்பயனாக்கப்பட்ட பகுப்பாய்வு உள்ளது: அடிப்படை பகுப்பாய்வு தற்போதைய நுண்ணுயிர் ஆராய்ச்சியின் முக்கிய பகுப்பாய்வு உள்ளடக்கத்தை உள்ளடக்கியது, பகுப்பாய்வு உள்ளடக்கம் பணக்கார மற்றும் விரிவானது, மற்றும் பகுப்பாய்வு முடிவுகள் திட்ட அறிக்கைகள் வடிவில் வழங்கப்படுகின்றன; தனிப்பயனாக்கப்பட்ட பகுப்பாய்வின் உள்ளடக்கம் வேறுபட்டது. தனிப்பயனாக்கப்பட்ட தேவைகளை உணர, மாதிரிகளைத் தேர்ந்தெடுக்கலாம் மற்றும் அடிப்படை பகுப்பாய்வு அறிக்கை மற்றும் ஆராய்ச்சி நோக்கத்தின்படி அளவுருக்களை நெகிழ்வாக அமைக்கலாம். விண்டோஸ் இயங்குதளம், எளிய மற்றும் வேகமானது.
-
PacBio-முழு நீள டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் (குறிப்பு அல்லாதது)
Pacific Biosciences (PacBio) Isoform sequencing தரவுகளை உள்ளீடாக எடுத்துக் கொண்டால், இந்த ஆப்ஸ் முழு நீள டிரான்ஸ்கிரிப்ட் தொடர்களை (அசெம்பிளி இல்லாமல்) அடையாளம் காண முடியும். குறிப்பு மரபணுவிற்கு எதிராக முழு நீள தொடர்களை மேப்பிங் செய்வதன் மூலம், அறியப்பட்ட மரபணுக்கள், டிரான்ஸ்கிரிப்டுகள், குறியீட்டு பகுதிகள் போன்றவற்றின் மூலம் டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களை மேம்படுத்தலாம். இந்த விஷயத்தில், மாற்று பிளவுகள் போன்ற mRNA கட்டமைப்புகளை மிகவும் துல்லியமாக அடையாளம் காண முடியும். NGS டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் சீக்வென்சிங் தரவுகளுடன் கூட்டு பகுப்பாய்வு, டிரான்ஸ்கிரிப்ட் மட்டத்தில் வெளிப்பாட்டில் மிகவும் விரிவான சிறுகுறிப்பு மற்றும் மிகவும் துல்லியமான அளவீடுகளை செயல்படுத்துகிறது, இது பெரும்பாலும் கீழ்நிலை வேறுபாடு வெளிப்பாடு மற்றும் செயல்பாட்டு பகுப்பாய்வுக்கு பயனளிக்கிறது.
-
கருவித்தொகுப்புகள்
BMKCloud என்பது மருத்துவ, விவசாயம், சுற்றுச்சூழல் போன்ற பல்வேறு துறைகளில் உள்ள ஆராய்ச்சியாளர்களால் பரவலாக நம்பப்படும் மரபணு திட்டங்களுக்கான ஒரே-நிறுத்த தீர்வை வழங்கும் ஒரு முன்னணி உயிர் தகவல் தளமாகும். BMKCloud என்பது ஒருங்கிணைந்த, நம்பகமான மற்றும் திறமையான சேவைகளை வழங்க உறுதிபூண்டுள்ளது. , கம்ப்யூட்டிங் ஆதாரங்கள், பொது தரவுத்தளம், பயோ-இன்ஃபார்டிக் ஆன்லைன் படிப்புகள், முதலியன. BMKCloud மரபணு உள்ளிட்ட பல்வேறு உயிர் தகவல் கருவிகளைக் கொண்டுள்ளது. சிறுகுறிப்பு, பரிணாம மரபணு கருவிகள், என்சிஆர்என்ஏ, தரவு தரக் கட்டுப்பாடு, அசெம்பிளி, சீரமைப்பு, தரவு பிரித்தெடுத்தல், பிறழ்வுகள், புள்ளிவிவரங்கள், உருவ ஜெனரேட்டர், வரிசை பகுப்பாய்வு போன்றவை.
-
சிறிய ஆர்.என்.ஏ
சிறிய ஆர்என்ஏக்கள் மைஆர்என்ஏ, சிஆர்என்ஏ மற்றும் பைஆர்என்ஏ உட்பட சராசரியாக 18-30 என்டி நீளம் கொண்ட குறுகிய குறியீட்டு அல்லாத ஆர்என்ஏ வகையாகும். இந்த சிறிய ஆர்என்ஏக்கள் எம்ஆர்என்ஏ சிதைவு, மொழிமாற்றம் தடை, ஹீட்டோரோக்ரோமாடின் உருவாக்கம் போன்ற பல்வேறு உயிரியல் செயல்முறைகளில் ஈடுபட்டுள்ளதாக பெருமளவில் தெரிவிக்கப்பட்டுள்ளது. விலங்கு/தாவர வளர்ச்சி, நோய், வைரஸ் போன்றவற்றின் மீதான ஆய்வுகளில் ஸ்மால்ஆர்என்ஏ வரிசைமுறை பகுப்பாய்வு பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படுகிறது. வரிசைமுறை பகுப்பாய்வு தளம் நிலையான பகுப்பாய்வு மற்றும் மேம்பட்ட தரவுச் செயலாக்கம் ஆகியவற்றைக் கொண்டுள்ளது. RNA-seq தரவுகளின் அடிப்படையில், நிலையான பகுப்பாய்வு miRNA அடையாளம் மற்றும் கணிப்பு, miRNA இலக்கு மரபணு முன்கணிப்பு, சிறுகுறிப்பு மற்றும் வெளிப்பாடு பகுப்பாய்வு ஆகியவற்றை அடைய முடியும். மேம்பட்ட பகுப்பாய்வு தனிப்பயனாக்கப்பட்ட மைஆர்என்ஏ தேடல் மற்றும் பிரித்தெடுத்தல், வென் வரைபட உருவாக்கம், மைஆர்என்ஏ மற்றும் இலக்கு மரபணு நெட்வொர்க் கட்டிடம் ஆகியவற்றை செயல்படுத்துகிறது.
-
NGS-WGS (இல்லுமினா/BGI)
NGS-WGS என்பது ஒரு முழு மரபணு மறு வரிசை பகுப்பாய்வு தளமாகும், இது பயோமார்க்கர் தொழில்நுட்பங்களில் சிறந்த அனுபவத்தின் அடிப்படையில் உருவாக்கப்பட்டது. இலுமினா பிளாட்ஃபார்ம் மற்றும் பிஜிஐ சீக்வென்சிங் ப்ளாட்ஃபார்ம் இரண்டிலிருந்தும் உருவாக்கப்படும் டிஎன்ஏ வரிசைப்படுத்தல் தரவுகளுக்குப் பொருந்தக்கூடிய சில அடிப்படை அளவுருக்களை அமைப்பதன் மூலம் ஒருங்கிணைக்கப்பட்ட பகுப்பாய்வு பணிப்பாய்வுகளை விரைவாகச் சமர்ப்பிப்பதற்கு இந்த எளிதாகப் பயன்படுத்தக்கூடிய தளம் அனுமதிக்கிறது. இந்த இயங்குதளம் உயர் செயல்திறன் கொண்ட கணினி சேவையகத்தில் பயன்படுத்தப்படுகிறது, இது மிகக் குறைந்த நேரத்தில் மிகவும் திறமையான தரவு பகுப்பாய்வை மேம்படுத்துகிறது. பிறழ்ந்த மரபணு வினவல், PCR ப்ரைமர் வடிவமைப்பு போன்றவை உட்பட நிலையான பகுப்பாய்வின் அடிப்படையில் தனிப்பயனாக்கப்பட்ட தரவுச் செயலாக்கம் கிடைக்கிறது.
-
mRNA(குறிப்பு)
டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் என்பது மரபணு மரபணு தகவல் மற்றும் உயிரியல் செயல்பாட்டின் புரோட்டீம் ஆகியவற்றுக்கு இடையேயான இணைப்பாகும். டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் நிலை ஒழுங்குமுறை என்பது உயிரினங்களின் மிக முக்கியமான மற்றும் மிகவும் பரவலாக ஆய்வு செய்யப்பட்ட ஒழுங்குமுறை முறையாகும். டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் வரிசைமுறையானது, எந்த நேரத்திலும் அல்லது எந்த நிலையிலும், ஒற்றை நியூக்ளியோடைடுக்கு துல்லியமான தீர்மானத்துடன் டிரான்ஸ்கிரிப்டோமை வரிசைப்படுத்தலாம். இது மரபணு டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனின் அளவை மாறும் வகையில் பிரதிபலிக்கும், ஒரே நேரத்தில் அரிதான மற்றும் சாதாரண டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளைக் கண்டறிந்து அளவிடலாம் மற்றும் கட்டமைப்பு தகவலை வழங்கலாம். மாதிரி குறிப்பிட்ட டிரான்ஸ்கிரிப்டுகள்.
தற்போது, டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் வரிசைமுறை தொழில்நுட்பம் வேளாண்மை, மருத்துவம் மற்றும் விலங்கு மற்றும் தாவர வளர்ச்சி கட்டுப்பாடு, சுற்றுச்சூழல் தழுவல், நோய் எதிர்ப்பு தொடர்பு, மரபணு பரவல், இனங்கள் மரபணு பரிணாமம் மற்றும் கட்டி மற்றும் மரபணு நோய் கண்டறிதல் உள்ளிட்ட பிற ஆராய்ச்சி துறைகளில் பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படுகிறது.
-
மெட்டஜெனோமிக்ஸ் (NGS)
இந்த பகுப்பாய்வு தளம் பல வருட அனுபவத்தின் அடிப்படையில் ஷாட்கன் மெட்டஜெனோமிக் தரவு பகுப்பாய்வுக்காக வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளது. தரவு செயலாக்கம், இனங்கள்-நிலை ஆய்வுகள், மரபணு செயல்பாடு-நிலை ஆய்வுகள், மெட்டாஜெனோம் பின்னிங், முதலியன உட்பட பொதுவாக தேவைப்படும் பல்வேறு மெட்டஜெனோமிக்ஸ் பகுப்பாய்வுகளைக் கொண்ட ஒருங்கிணைந்த பணிப்பாய்வுகளைக் கொண்டுள்ளது. கூடுதலாக, தனிப்பயனாக்கப்பட்ட தரவுச் செயலாக்க கருவிகள் நிலையான பகுப்பாய்வு பணிப்பாய்வுகளில் கிடைக்கின்றன, இதில் மரபணு மற்றும் இனங்கள் வினவல் அடங்கும். , அளவுரு அமைப்பு, தனிப்பயனாக்கப்பட்ட உருவத்தை உருவாக்குதல் போன்றவை.
-
LncRNA
நீண்ட குறியீட்டு அல்லாத ஆர்என்ஏக்கள் (எல்என்சிஆர்என்ஏ) என்பது 200 என்டிக்கு மேல் நீளம் கொண்ட ஒரு வகை டிரான்ஸ்கிரிப்டுகள் ஆகும், அவை புரதங்களைக் குறியிட முடியாது. பெரும்பாலான எல்என்சிஆர்என்ஏக்கள் செயல்படுவதற்கான வாய்ப்புகள் அதிகம் என்று திரட்டப்பட்ட சான்றுகள் தெரிவிக்கின்றன. உயர்-செயல்திறன் வரிசைமுறை தொழில்நுட்பங்கள் மற்றும் உயிர் தகவலியல் பகுப்பாய்வு கருவிகள் lncRNA வரிசைகள் மற்றும் நிலைப்படுத்தல் தகவலை மிகவும் திறமையாக வெளிப்படுத்த எங்களுக்கு அதிகாரம் அளிக்கிறது மற்றும் முக்கியமான ஒழுங்குமுறை செயல்பாடுகளுடன் lncRNA களைக் கண்டறிய வழிவகுக்கிறது. வேகமான, நம்பகமான மற்றும் நெகிழ்வான எல்என்சிஆர்என்ஏ பகுப்பாய்வை அடைய எங்கள் வாடிக்கையாளர்களுக்கு lncRNA வரிசைமுறை பகுப்பாய்வு தளத்தை வழங்குவதில் BMKCloud பெருமிதம் கொள்கிறது.
-
GWAS
ஜீனோம்-வைட் அசோசியேஷன் ஸ்டடி (GWAS) குறிப்பிட்ட பண்புகளுடன் (பினோடைப்) தொடர்புடைய மரபணு மாறுபாடுகளை (மரபணு வகை) அடையாளம் காண்பதை நோக்கமாகக் கொண்டுள்ளது. GWA ஆய்வுகள் மரபணு குறிப்பான்கள் அதிக எண்ணிக்கையிலான தனிநபர்களின் முழு மரபணுக்களையும் ஆராய்கின்றன மற்றும் மக்கள்தொகை மட்டத்தில் புள்ளிவிவர பகுப்பாய்வு மூலம் மரபணு வகை-பினோடைப் சங்கங்களை கணிக்கின்றன. முழு-மரபணு வரிசைப்படுத்தல் அனைத்து மரபணு மாறுபாடுகளையும் கண்டறிய முடியும். பினோடைபிக் தரவுகளுடன் இணைத்து, பினோடைப் தொடர்பான SNPகள், QTLகள் மற்றும் வேட்பாளர் மரபணுக்களை அடையாளம் காண GWAS ஐ செயலாக்க முடியும், இது நவீன விலங்கு/தாவர இனப்பெருக்கத்தை வலுவாக ஆதரிக்கிறது. SLAF என்பது ஒரு சுய-வளர்ச்சியடைந்த எளிமைப்படுத்தப்பட்ட மரபணு வரிசைமுறை உத்தி ஆகும், இது மரபணு அளவிலான விநியோகிக்கப்பட்ட குறிப்பான்களான SNP ஐக் கண்டறியும். இந்த SNP கள், மூலக்கூறு மரபணு குறிப்பான்களாக, இலக்கு பண்புகளுடன் தொடர்பு ஆய்வுகளுக்கு செயலாக்கப்படலாம். சிக்கலான பண்புகளுடன் தொடர்புடைய மரபணு மாறுபாடுகளைக் கண்டறிவதில் இது செலவு குறைந்த உத்தியாகும்.
-
நானோபூர் முழு நீள டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக்ஸ்
உயிரினங்களில் உள்ள சிக்கலான மற்றும் மாறக்கூடிய மாற்று ஐசோஃபார்ம்கள் மரபணு வெளிப்பாடு மற்றும் புரத பன்முகத்தன்மையை ஒழுங்குபடுத்துவதற்கான முக்கியமான மரபணு வழிமுறைகள் ஆகும். டிரான்ஸ்கிரிப்ட் கட்டமைப்புகளின் துல்லியமான அடையாளம் மரபணு வெளிப்பாடு ஒழுங்குமுறை வடிவங்களின் ஆழமான ஆய்வுக்கு அடிப்படையாகும். நானோபோர் சீக்வென்சிங் இயங்குதளம் டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் ஆய்வை ஐசோஃபார்ம் நிலைக்கு வெற்றிகரமாக கொண்டு வந்துள்ளது. இந்த பகுப்பாய்வு தளம் நானோபூர் இயங்குதளத்தில் உருவாக்கப்பட்ட RNA-Seq தரவை குறிப்பு மரபணுவின் அடிப்படையில் பகுப்பாய்வு செய்ய வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளது, இது மரபணு நிலை மற்றும் டிரான்ஸ்கிரிப்ட் நிலை இரண்டிலும் தரமான மற்றும் அளவு பகுப்பாய்வுகளை அடைகிறது.
-
சர்க்-ஆர்என்ஏ
வட்ட ஆர்.என்.ஏ (சர்க்ஆர்என்ஏ) என்பது குறியீட்டு அல்லாத ஆர்என்ஏ வகையாகும், இது வளர்ச்சி, சுற்றுச்சூழல் எதிர்ப்பு போன்றவற்றில் ஈடுபட்டுள்ள ஒழுங்குமுறை நெட்வொர்க்குகளில் முக்கிய பங்கு வகிப்பதாக சமீபத்தில் கண்டறியப்பட்டது. நேரியல் ஆர்என்ஏ மூலக்கூறுகளிலிருந்து வேறுபட்டது, எ.கா. எம்ஆர்என்ஏ, எல்என்சிஆர்என்ஏ, 3′ மற்றும் 5′ சர்க்ஆர்என்ஏவின் முனைகள் ஒன்றிணைந்து ஒரு வட்ட அமைப்பை உருவாக்குகின்றன, அவை அவற்றை எக்ஸோநியூக்லீஸின் செரிமானத்திலிருந்து காப்பாற்றுகின்றன. பெரும்பாலான நேரியல் ஆர்என்ஏவை விட நிலையானது. மரபணு வெளிப்பாட்டைக் கட்டுப்படுத்துவதில் சர்க்ஆர்என்ஏ பல்வேறு செயல்பாடுகளைக் கொண்டிருப்பது கண்டறியப்பட்டுள்ளது. சர்க்ஆர்என்ஏ சிஆர்என்ஏவாக செயல்பட முடியும், இது மைஆர்என்ஏவை போட்டித்தன்மையுடன் பிணைக்கிறது, இது மைஆர்என்ஏ ஸ்பாஞ்ச் என அழைக்கப்படுகிறது. சர்க்ஆர்என்ஏ வரிசைமுறை பகுப்பாய்வு தளம் சர்க்ஆர்என்ஏ அமைப்பு மற்றும் வெளிப்பாடு பகுப்பாய்வு, இலக்கு கணிப்பு மற்றும் பிற வகை ஆர்என்ஏ மூலக்கூறுகளுடன் கூட்டு பகுப்பாய்வு ஆகியவற்றை மேம்படுத்துகிறது
-
BSA
மொத்தமாக பிரிக்கப்பட்ட பகுப்பாய்வு தளம் தனிப்பயனாக்கப்பட்ட அளவுரு அமைப்பைக் கொண்ட ஒரு-படி நிலையான பகுப்பாய்வு மற்றும் மேம்பட்ட பகுப்பாய்வு ஆகியவற்றைக் கொண்டுள்ளது. பிஎஸ்ஏ என்பது பினோடைப் தொடர்புடைய மரபணு குறிப்பான்களை விரைவாக அடையாளம் காண பயன்படுத்தப்படும் ஒரு நுட்பமாகும். BSA இன் முக்கிய பணிப்பாய்வு பின்வருவனவற்றைக் கொண்டுள்ளது: 1. மிகவும் எதிரெதிர் பினோடைப்களைக் கொண்ட தனிநபர்களின் இரண்டு குழுக்களைத் தேர்ந்தெடுப்பது; 2. டிஎன்ஏ, ஆர்என்ஏ அல்லது எஸ்எல்ஏஎஃப்-சீக் (பயோமார்க்கரால் உருவாக்கப்பட்டது) இரண்டு மொத்த டிஎன்ஏவை உருவாக்குவது; 3. குறிப்பு மரபணுவிற்கு எதிராக அல்லது இடையில் வேறுபட்ட வரிசைகளை அடையாளம் காணுதல், 4. ED மற்றும் SNP-இண்டெக்ஸ் அல்காரிதம் மூலம் வேட்பாளர் இணைக்கப்பட்ட பகுதிகளை கணித்தல்; 5. வேட்பாளர் பகுதிகளில் உள்ள மரபணுக்கள் மீதான செயல்பாட்டு பகுப்பாய்வு மற்றும் செறிவூட்டல், முதலியன. மரபணு மார்க்கர் ஸ்கிரீனிங் மற்றும் ப்ரைமர் வடிவமைப்பு உள்ளிட்ட தரவுகளில் மிகவும் மேம்பட்ட சுரங்கங்களும் கிடைக்கின்றன.
-
ஆம்ப்ளிகான் (16S/18S/ITS)
ஆம்ப்ளிகான் (16S/18S/ITS) இயங்குதளமானது நுண்ணுயிர் பன்முகத்தன்மை திட்ட பகுப்பாய்வில் பல வருட அனுபவத்துடன் உருவாக்கப்பட்டது, இதில் தரப்படுத்தப்பட்ட அடிப்படை பகுப்பாய்வு மற்றும் தனிப்பயனாக்கப்பட்ட பகுப்பாய்வு உள்ளது: அடிப்படை பகுப்பாய்வு தற்போதைய நுண்ணுயிர் ஆராய்ச்சியின் முக்கிய பகுப்பாய்வு உள்ளடக்கத்தை உள்ளடக்கியது, பகுப்பாய்வு உள்ளடக்கம் பணக்கார மற்றும் விரிவானது, மற்றும் பகுப்பாய்வு முடிவுகள் திட்ட அறிக்கைகள் வடிவில் வழங்கப்படுகின்றன; தனிப்பயனாக்கப்பட்ட பகுப்பாய்வின் உள்ளடக்கம் வேறுபட்டது. தனிப்பயனாக்கப்பட்ட தேவைகளை உணர, மாதிரிகளைத் தேர்ந்தெடுக்கலாம் மற்றும் அடிப்படை பகுப்பாய்வு அறிக்கை மற்றும் ஆராய்ச்சி நோக்கத்தின்படி அளவுருக்களை நெகிழ்வாக அமைக்கலாம். விண்டோஸ் இயங்குதளம், எளிய மற்றும் வேகமானது.
