-
பேக்பையோ - முழு நீள 16S/18S/ITS ஆம்ப்ளிகான் வரிசைமுறை
ஆம்ப்ளிகான் (16S/18S/ITS) தளம், நுண்ணுயிரிப் பன்முகத்தன்மை திட்டப் பகுப்பாய்வில் பல வருட அனுபவத்துடன் உருவாக்கப்பட்டுள்ளது. இதில் தரப்படுத்தப்பட்ட அடிப்படைப் பகுப்பாய்வு மற்றும் தனிப்பயனாக்கப்பட்ட பகுப்பாய்வு ஆகியவை அடங்கும்: அடிப்படைப் பகுப்பாய்வானது தற்போதைய நுண்ணுயிரி ஆராய்ச்சியின் முக்கிய பகுப்பாய்வு உள்ளடக்கங்களை உள்ளடக்கியது, இதன் பகுப்பாய்வு உள்ளடக்கம் செழுமையானது மற்றும் விரிவானது, மேலும் பகுப்பாய்வு முடிவுகள் திட்ட அறிக்கைகளின் வடிவில் வழங்கப்படுகின்றன; தனிப்பயனாக்கப்பட்ட பகுப்பாய்வின் உள்ளடக்கம் பன்முகத்தன்மை வாய்ந்தது. தனிப்பயனாக்கப்பட்ட தேவைகளைப் பூர்த்தி செய்யும் வகையில், அடிப்படைப் பகுப்பாய்வு அறிக்கை மற்றும் ஆராய்ச்சி நோக்கத்திற்கு ஏற்ப மாதிரிகளைத் தேர்ந்தெடுக்கலாம் மற்றும் அளவுருக்களை நெகிழ்வாக அமைக்கலாம். விண்டோஸ் இயக்க முறைமை, எளிமையானது மற்றும் வேகமானது.
-
PacBio-முழு நீள டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் (குறிப்பு அல்லாதது)
பசிபிக் பயோசயின்சஸ் (PacBio) ஐசோஃபார்ம் வரிசைப்படுத்தல் தரவை உள்ளீடாக எடுத்துக்கொண்டு, இந்தச் செயலி முழு நீள டிரான்ஸ்கிரிப்ட் வரிசைகளை (அசெம்பிளி இல்லாமல்) அடையாளம் காணும் திறன் கொண்டது. முழு நீள வரிசைகளை ரெஃபரன்ஸ் ஜீனோமுடன் பொருத்துவதன் மூலம், அறியப்பட்ட மரபணுக்கள், டிரான்ஸ்கிரிப்டுகள், குறியீட்டுப் பகுதிகள் போன்றவற்றின் அடிப்படையில் டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளை மேம்படுத்த முடியும். இதன் மூலம், ஆல்டர்நேட்டிவ் ஸ்ப்ளைசிங் போன்ற mRNA கட்டமைப்புகளை மிகவும் துல்லியமாக அடையாளம் காண முடியும். NGS டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் வரிசைப்படுத்தல் தரவுடனான கூட்டுப் பகுப்பாய்வானது, டிரான்ஸ்கிரிப்ட் மட்டத்தில் வெளிப்பாட்டில் மிகவும் விரிவான விளக்கத்தையும் துல்லியமான அளவீட்டையும் செயல்படுத்துகிறது, இது பிற்கால வேறுபட்ட வெளிப்பாடு மற்றும் செயல்பாட்டுப் பகுப்பாய்விற்குப் பெரிதும் பயனளிக்கிறது.
-
கருவித் தொகுப்புகள்
BMKCloud என்பது மரபணு நிரல்களுக்கு ஒரே இடத்தில் தீர்வு வழங்கும் ஒரு முன்னணி உயிரித் தகவல் தளமாகும். இது மருத்துவம், விவசாயம், சுற்றுச்சூழல் போன்ற பல்வேறு துறைகளில் உள்ள ஆராய்ச்சியாளர்களால் பரவலாக நம்பப்படுகிறது. BMKCloud, உயிரித் தகவல் பகுப்பாய்வு தளங்கள் மற்றும் கருவிகள், கணினி வளங்கள், பொதுத் தரவுத்தளம், உயிரித் தகவல் இணையவழிப் படிப்புகள் போன்ற ஒருங்கிணைந்த, நம்பகமான மற்றும் திறமையான சேவைகளை வழங்க உறுதிபூண்டுள்ளது. BMKCloud-இல் மரபணுக் குறிப்பீடு, பரிணாம மரபணு கருவிகள், ncRNA, தரவுத் தரக் கட்டுப்பாடு, தொகுப்பு, சீரமைப்பு, தரவுப் பிரித்தெடுத்தல், சடுதி மாற்றங்கள், புள்ளிவிவரங்கள், வரைபட உருவாக்குநர், வரிசைமுறைப் பகுப்பாய்வு போன்ற அடிக்கடி பயன்படுத்தப்படும் பல்வேறு உயிரித் தகவல் கருவிகள் உள்ளன.
-
சிறிய ஆர்.என்.ஏ.
சிறிய ஆர்.என்.ஏ-க்கள் என்பவை, miRNA, siRNA மற்றும் piRNA ஆகியவற்றை உள்ளடக்கிய, சராசரியாக 18-30 நியூக்ளியோடைடுகள் (nt) நீளம் கொண்ட ஒரு வகை குறுகிய குறியீடற்ற ஆர்.என்.ஏ-க்கள் ஆகும். இந்த சிறிய ஆர்.என்.ஏ-க்கள், mRNA சிதைவு, மொழிபெயர்ப்புத் தடுப்பு, ஹெட்டிரோகுரோமாடின் உருவாக்கம் போன்ற பல்வேறு உயிரியல் செயல்முறைகளில் ஈடுபடுவதாகப் பெருமளவில் அறிவிக்கப்பட்டுள்ளன. சிறிய ஆர்.என்.ஏ வரிசைமுறைப் பகுப்பாய்வானது, விலங்கு/தாவர வளர்ச்சி, நோய், வைரஸ் போன்ற ஆய்வுகளில் பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படுகிறது. சிறிய ஆர்.என்.ஏ வரிசைமுறைப் பகுப்பாய்வுத் தளமானது, தரநிலை பகுப்பாய்வு மற்றும் மேம்பட்ட தரவு அகழ்வு ஆகியவற்றைக் கொண்டுள்ளது. ஆர்.என்.ஏ-சீக் தரவுகளின் அடிப்படையில், தரநிலை பகுப்பாய்வானது miRNA அடையாளம் காணுதல் மற்றும் கணித்தல், miRNA இலக்கு மரபணு கணித்தல், விளக்கக்குறிப்பு மற்றும் வெளிப்பாட்டுப் பகுப்பாய்வு ஆகியவற்றை அடைய முடியும். மேம்பட்ட பகுப்பாய்வானது, தனிப்பயனாக்கப்பட்ட miRNA தேடல் மற்றும் பிரித்தெடுத்தல், வென் வரைபட உருவாக்கம், miRNA மற்றும் இலக்கு மரபணு வலையமைப்புக் கட்டமைப்பு ஆகியவற்றைச் செயல்படுத்துகிறது.
-
NGS-WGS (இலுமினா/BGI)
NGS-WGS என்பது பயோமார்க்கர் தொழில்நுட்பங்களில் உள்ள செழுமையான அனுபவத்தின் அடிப்படையில் உருவாக்கப்பட்ட ஒரு முழு மரபணு மறுவரிசைப்படுத்தல் பகுப்பாய்வுத் தளமாகும். பயன்படுத்த எளிதான இந்தத் தளம், சில அடிப்படை அளவுருக்களை அமைப்பதன் மூலம் ஒரு ஒருங்கிணைந்த பகுப்பாய்வுப் பணிப்பாய்வை விரைவாகச் சமர்ப்பிக்க அனுமதிக்கிறது. இது இல்லுமினா தளம் மற்றும் BGI வரிசைப்படுத்தல் தளம் ஆகிய இரண்டிலிருந்தும் உருவாக்கப்படும் டிஎன்ஏ வரிசைப்படுத்தல் தரவுகளுக்குப் பொருந்தும். இந்தத் தளம் உயர் செயல்திறன் கணினி சேவையகத்தில் நிறுவப்பட்டுள்ளது, இது மிகக் குறைந்த நேரத்தில் மிகவும் திறமையான தரவுப் பகுப்பாய்வைச் சாத்தியமாக்குகிறது. பிறழ்ந்த மரபணு வினவல், PCR பிரைமர் வடிவமைப்பு போன்றவற்றை உள்ளடக்கிய நிலையான பகுப்பாய்வின் அடிப்படையில் தனிப்பயனாக்கப்பட்ட தரவு அகழ்வு கிடைக்கிறது.
-
mRNA (குறிப்பு)
டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் என்பது மரபணுத் தகவல்களுக்கும் உயிரியல் செயல்பாட்டின் புரோட்டியோமிற்கும் இடையிலான ஒரு இணைப்பாகும். படியெடுத்தல் நிலை ஒழுங்குமுறை என்பது உயிரினங்களின் மிக முக்கியமான மற்றும் பரவலாக ஆராயப்பட்ட ஒழுங்குமுறை முறையாகும். டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் வரிசைப்படுத்தல், எந்த நேரத்திலும் அல்லது எந்த நிலையிலும், ஒற்றை நியூக்ளியோடைடு வரையிலான துல்லியத்துடன் டிரான்ஸ்கிரிப்டோமை வரிசைப்படுத்த முடியும். இது மரபணுப் படியெடுத்தலின் அளவை மாறும் தன்மையுடன் பிரதிபலிக்கவும், அரிதான மற்றும் இயல்பான டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளை ஒரே நேரத்தில் அடையாளம் கண்டு அளவிடவும், மேலும் மாதிரி சார்ந்த டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளின் கட்டமைப்புத் தகவல்களை வழங்கவும் முடியும்.
தற்போது, டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் வரிசைப்படுத்தல் தொழில்நுட்பமானது, விலங்கு மற்றும் தாவர வளர்ச்சி ஒழுங்குமுறை, சுற்றுச்சூழல் தகவமைப்பு, நோயெதிர்ப்பு இடைவினை, மரபணு இடங்காணல், சிற்றின மரபணுப் பரிணாமம் மற்றும் கட்டி மற்றும் மரபணு நோய் கண்டறிதல் உள்ளிட்ட வேளாண்மை, மருத்துவம் மற்றும் பிற ஆராய்ச்சித் துறைகளில் பரவலாகப் பயன்படுத்தப்பட்டு வருகிறது.
-
மெட்டாஜெனோமிக்ஸ் (NGS)
இந்தப் பகுப்பாய்வுத் தளம், பல ஆண்டுகால அனுபவத்தின் அடிப்படையில், ஷாட்கன் மெட்டாஜீனமிக் தரவுப் பகுப்பாய்விற்காக வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளது. இதில் தரவுச் செயலாக்கம், சிற்றின அளவிலான ஆய்வுகள், மரபணுச் செயல்பாட்டு அளவிலான ஆய்வுகள், மெட்டாஜீனோம் வகைப்படுத்தல் போன்ற பொதுவாகத் தேவைப்படும் பல்வேறு மெட்டாஜீனமிக்ஸ் பகுப்பாய்வுகளை உள்ளடக்கிய ஒருங்கிணைந்த பணிப்பாய்வு உள்ளது. மேலும், மரபணு மற்றும் சிற்றின வினவல், அளவுரு அமைத்தல், தனிப்பயனாக்கப்பட்ட வரைபட உருவாக்கம் போன்ற தனிப்பயனாக்கப்பட்ட தரவுச் சுரண்டல் கருவிகள், நிலையான பகுப்பாய்வுப் பணிப்பாய்வின் அடிப்படையில் கிடைக்கின்றன.
-
LncRNA
நீண்ட குறியீடற்ற ஆர்.என்.ஏ-க்கள் (lncRNA) என்பவை 200 நியூக்ளியோடைடுகளுக்கு (nt) மேல் நீளம் கொண்ட, புரதங்களைக் குறியீடு செய்ய இயலாத ஒரு வகை படியெடுத்தல்கள் ஆகும். திரட்டப்பட்ட சான்றுகள், பெரும்பாலான lncRNA-க்கள் செயல்பாட்டுத் திறன் கொண்டவையாக இருப்பதற்கு அதிக வாய்ப்புள்ளது என்பதைக் காட்டுகின்றன. அதிவேக வரிசைப்படுத்தல் தொழில்நுட்பங்களும் உயிரித் தகவல் பகுப்பாய்வுக் கருவிகளும், lncRNA வரிசைகளையும் அவற்றின் இருப்பிடத் தகவல்களையும் மிகவும் திறமையாக வெளிக்கொணர நமக்கு உதவுகின்றன; மேலும், முக்கியமான ஒழுங்குமுறைச் செயல்பாடுகளைக் கொண்ட lncRNA-க்களைக் கண்டறியவும் வழிவகுக்கின்றன. வேகமான, நம்பகமான மற்றும் நெகிழ்வான lncRNA பகுப்பாய்வை அடைவதற்காக, எங்கள் வாடிக்கையாளர்களுக்கு lncRNA வரிசைப்படுத்தல் பகுப்பாய்வுத் தளத்தை வழங்குவதில் BMKCloud பெருமை கொள்கிறது.
-
GWAS
மரபணுத்தொகுதி முழுமை சங்க ஆய்வு (GWAS) என்பது, குறிப்பிட்ட பண்புகளுடன் (தோற்றப்பண்பு) தொடர்புடைய மரபணு மாறுபாடுகளை (மரபணுவகை) அடையாளம் காண்பதை நோக்கமாகக் கொண்டுள்ளது. GWAS ஆய்வுகள், அதிக எண்ணிக்கையிலான தனிநபர்களின் முழு மரபணுத்தொகுதியிலும் உள்ள மரபணு குறிப்பான்களை ஆராய்ந்து, மக்கள் தொகை மட்டத்தில் புள்ளிவிவரப் பகுப்பாய்வு மூலம் மரபணுவகை-தோற்றப்பண்பு சங்கங்களை முன்னறிவிக்கின்றன. முழு மரபணுத்தொகுதி மறுவரிசைப்படுத்தல் அனைத்து மரபணு மாறுபாடுகளையும் கண்டறியும் ஆற்றலைக் கொண்டுள்ளது. தோற்றப்பண்புத் தரவுகளுடன் இணைத்து, தோற்றப்பண்பு தொடர்பான SNP-கள், QTL-கள் மற்றும் சாத்தியமான மரபணுக்களை அடையாளம் காண GWAS-ஐ செயலாக்க முடியும், இது நவீன விலங்கு/தாவர இனப்பெருக்கத்திற்கு வலுவான ஆதரவை அளிக்கிறது. SLAF என்பது சுயமாக உருவாக்கப்பட்ட ஒரு எளிமைப்படுத்தப்பட்ட மரபணுத்தொகுதி வரிசைப்படுத்தல் உத்தியாகும், இது மரபணுத்தொகுதி முழுவதும் பரவியுள்ள குறிப்பான்களான SNP-களைக் கண்டறிகிறது. இந்த SNP-கள், மூலக்கூறு மரபணு குறிப்பான்களாக, இலக்கு வைக்கப்பட்ட பண்புகளுடனான சங்க ஆய்வுகளுக்காக செயலாக்கப்படலாம். சிக்கலான பண்புகளுடன் தொடர்புடைய மரபணு மாறுபாடுகளை அடையாளம் காண்பதில் இது ஒரு செலவு குறைந்த உத்தியாகும்.
-
நானோபோர் முழு நீள டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக்ஸ்
உயிரினங்களில் உள்ள சிக்கலான மற்றும் மாறுபடும் மாற்று ஐசோஃபார்ம்கள், மரபணு வெளிப்பாடு மற்றும் புரதப் பன்முகத்தன்மையை ஒழுங்குபடுத்துவதற்கான முக்கியமான மரபணு வழிமுறைகளாகும். டிரான்ஸ்கிரிப்ட் கட்டமைப்புகளைத் துல்லியமாக அடையாளம் காண்பது, மரபணு வெளிப்பாடு ஒழுங்குமுறை வடிவங்களைப் பற்றிய ஆழமான ஆய்வுக்கு அடிப்படையாகும். நானோபோர் வரிசைப்படுத்தல் தளம், டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் ஆய்வை ஐசோஃபார்ம் நிலைக்கு வெற்றிகரமாகக் கொண்டு வந்துள்ளது. இந்த பகுப்பாய்வுத் தளம், குறிப்பு மரபணுத்தொகுப்பின் அடிப்படையில் நானோபோர் தளத்தில் உருவாக்கப்பட்ட RNA-Seq தரவை பகுப்பாய்வு செய்ய வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளது. இது மரபணு நிலை மற்றும் டிரான்ஸ்கிரிப்ட் நிலை ஆகிய இரண்டிலும் பண்புசார் மற்றும் அளவுசார் பகுப்பாய்வுகளை மேற்கொள்கிறது.
-
சர்க்-ஆர்என்ஏ
வட்ட ஆர்.என்.ஏ (circRNA) என்பது ஒரு வகை குறியீடற்ற ஆர்.என்.ஏ ஆகும். இது சமீபத்தில் வளர்ச்சி, சுற்றுச்சூழல் எதிர்ப்பு போன்றவற்றில் ஈடுபட்டுள்ள ஒழுங்குமுறை வலைப்பின்னல்களில் முக்கியப் பங்கு வகிப்பது கண்டறியப்பட்டுள்ளது. எம்.ஆர்.என்.ஏ (mRNA), எல்.என்.சி.ஆர்.என்.ஏ (lncRNA) போன்ற நேரியல் ஆர்.என்.ஏ மூலக்கூறுகளிலிருந்து வேறுபட்டு, circRNA-வின் 3′ மற்றும் 5′ முனைகள் ஒன்றாக இணைந்து ஒரு வட்ட அமைப்பை உருவாக்குகின்றன. இது அவற்றை எக்ஸோநியூக்ளியேஸ் செரிமானத்திலிருந்து பாதுகாப்பதோடு, பெரும்பாலான நேரியல் ஆர்.என்.ஏ-க்களை விட அதிக நிலைத்தன்மை கொண்டதாகவும் உள்ளது. மரபணு வெளிப்பாட்டை ஒழுங்குபடுத்துவதில் circRNA-க்கள் பல்வேறு செயல்பாடுகளைக் கொண்டிருப்பது கண்டறியப்பட்டுள்ளது. circRNA-க்கள், miRNA-க்களுடன் போட்டித்தன்மையுடன் பிணைக்கும் ceRNA-வாக செயல்பட முடியும், இது miRNA ஸ்பாஞ்ச் என்று அழைக்கப்படுகிறது. circRNA வரிசைமுறை பகுப்பாய்வுத் தளம், circRNA-வின் அமைப்பு மற்றும் வெளிப்பாட்டுப் பகுப்பாய்வு, இலக்குக் கணிப்பு மற்றும் பிற வகை ஆர்.என்.ஏ மூலக்கூறுகளுடனான கூட்டுப் பகுப்பாய்வு ஆகியவற்றைச் சாத்தியமாக்குகிறது.
-
பிஎஸ்ஏ
மொத்தப் பிரிப்புப் பகுப்பாய்வுத் தளம் (Bulked Segregant Analysis platform) என்பது ஒரு-படி தரநிலை பகுப்பாய்வு மற்றும் தனிப்பயனாக்கப்பட்ட அளவுரு அமைப்புகளுடன் கூடிய மேம்பட்ட பகுப்பாய்வு ஆகியவற்றைக் கொண்டுள்ளது. BSA என்பது புறத்தோற்றத்துடன் தொடர்புடைய மரபணு குறிப்பான்களை விரைவாக அடையாளம் காணப் பயன்படுத்தப்படும் ஒரு நுட்பமாகும். BSA-இன் முக்கிய பணிப்பாய்வு பின்வருவனவற்றை உள்ளடக்கியது: 1. முற்றிலும் மாறுபட்ட புறத்தோற்றங்களைக் கொண்ட இரண்டு தனிநபர்களின் குழுக்களைத் தேர்ந்தெடுத்தல்; 2. அனைத்து தனிநபர்களின் டிஎன்ஏ, ஆர்என்ஏ அல்லது SLAF-seq (உயிரிக்குறியீட்டால் உருவாக்கப்பட்டது) ஆகியவற்றை ஒன்றிணைத்து இரண்டு மொத்த டிஎன்ஏ-க்களை உருவாக்குதல்; 3. குறிப்பு மரபணுத்தொகுதிக்கு எதிராக அல்லது அவற்றுக்கு இடையில் உள்ள வேறுபட்ட வரிசைகளை அடையாளம் காணுதல், 4. ED மற்றும் SNP-குறியீட்டு வழிமுறை மூலம் சாத்தியமான தொடர்புடைய பகுதிகளைக் கணித்தல்; 5. சாத்தியமான பகுதிகளில் உள்ள மரபணுக்களின் செயல்பாட்டுப் பகுப்பாய்வு மற்றும் செறிவூட்டல் போன்றவை. மரபணு குறிப்பான் திரையிடல் மற்றும் பிரைமர் வடிவமைப்பு உள்ளிட்ட தரவுகளில் மேலும் மேம்பட்ட அகழ்வாராய்ச்சிகளும் கிடைக்கின்றன.
-
ஆம்ப்ளிகான் (16S/18S/ITS)
ஆம்ப்ளிகான் (16S/18S/ITS) தளம், நுண்ணுயிரிப் பன்முகத்தன்மை திட்டப் பகுப்பாய்வில் பல வருட அனுபவத்துடன் உருவாக்கப்பட்டுள்ளது. இதில் தரப்படுத்தப்பட்ட அடிப்படைப் பகுப்பாய்வு மற்றும் தனிப்பயனாக்கப்பட்ட பகுப்பாய்வு ஆகியவை அடங்கும்: அடிப்படைப் பகுப்பாய்வானது தற்போதைய நுண்ணுயிரி ஆராய்ச்சியின் முக்கிய பகுப்பாய்வு உள்ளடக்கங்களை உள்ளடக்கியது, இதன் பகுப்பாய்வு உள்ளடக்கம் செழுமையானது மற்றும் விரிவானது, மேலும் பகுப்பாய்வு முடிவுகள் திட்ட அறிக்கைகளின் வடிவில் வழங்கப்படுகின்றன; தனிப்பயனாக்கப்பட்ட பகுப்பாய்வின் உள்ளடக்கம் பன்முகத்தன்மை வாய்ந்தது. தனிப்பயனாக்கப்பட்ட தேவைகளைப் பூர்த்தி செய்யும் வகையில், அடிப்படைப் பகுப்பாய்வு அறிக்கை மற்றும் ஆராய்ச்சி நோக்கத்திற்கு ஏற்ப மாதிரிகளைத் தேர்ந்தெடுக்கலாம் மற்றும் அளவுருக்களை நெகிழ்வாக அமைக்கலாம். விண்டோஸ் இயக்க முறைமை, எளிமையானது மற்றும் வேகமானது.
