-
Hi-C அடிப்படையிலான குரோமாடின் தொடர்பு
ஹை-சி (Hi-C) என்பது அருகாமை அடிப்படையிலான இடைவினைகளை ஆராய்வதையும், அதிவேக வரிசைப்படுத்தலையும் இணைப்பதன் மூலம் மரபணு அமைப்பைப் படம்பிடிக்க வடிவமைக்கப்பட்ட ஒரு முறையாகும். இந்த முறையானது ஃபார்மால்டிஹைடுடன் குரோமாடினைக் குறுக்கிணைப்பதை அடிப்படையாகக் கொண்டது. அதனைத் தொடர்ந்து, சகப்பிணைப்புடன் இணைக்கப்பட்ட துண்டுகள் மட்டுமே இணைப்பு விளைபொருட்களை உருவாக்கும் வகையில் செரிமானம் மற்றும் மறு-இணைப்பு செய்யப்படுகிறது. இந்த இணைப்பு விளைபொருட்களை வரிசைப்படுத்துவதன் மூலம், மரபணுவின் முப்பரிமாண அமைப்பைப் பற்றி ஆய்வு செய்ய முடியும். ஹை-சி, மரபணுவின் இலேசான அடர்த்தியுடன் (A பகுதிகள், யூகுரோமாடின்) மற்றும் படியெடுத்தல் செயல்பாட்டில் அதிக வாய்ப்புள்ள பகுதிகளின் பரவலையும், மேலும் இறுக்கமாகப் பொதிந்துள்ள (B பகுதிகள், ஹெட்டிரோகுரோமாடின்) பகுதிகளையும் ஆய்வு செய்ய உதவுகிறது. ஹை-சி முறையானது, மடிந்த அமைப்புகளைக் கொண்ட மற்றும் ஒத்த வெளிப்பாட்டு வடிவங்களைக் கொண்டிருக்க வாய்ப்புள்ள மரபணுவின் பகுதிகளான இடவியல் ரீதியாகத் தொடர்புடைய களங்களை (TADs) துல்லியமாகக் கண்டறியவும், புரதங்களால் ஒன்றாகப் பிணைக்கப்பட்டு, பெரும்பாலும் ஒழுங்குபடுத்தும் கூறுகளால் செறிவூட்டப்பட்ட டிஎன்ஏ பகுதிகளான குரோமாடின் வளையங்களை அடையாளம் காணவும் பயன்படுத்தப்படலாம். BMKGene-இன் Hi-C வரிசைப்படுத்தல் சேவையானது, மரபணுவியலின் இடஞ்சார்ந்த பரிமாணங்களை ஆராய ஆராய்ச்சியாளர்களுக்கு அதிகாரம் அளித்து, மரபணு ஒழுங்குமுறை மற்றும் ஆரோக்கியம் மற்றும் நோய்களில் அதன் தாக்கங்களைப் புரிந்துகொள்வதற்கான புதிய வழிகளைத் திறக்கிறது.
-
குரோமாடின் இம்யூனோபிரெசிபிடேஷன் சீக்வென்சிங் (ChIP-seq)
குரோமாடின் இம்யூனோபிரெசிபிடேஷன் (CHIP) என்பது, டிஎன்ஏ-பிணைப்புப் புரதங்களையும் அவற்றின் தொடர்புடைய மரபணு இலக்குகளையும் தேர்ந்தெடுத்துச் செறிவூட்டுவதற்காக ஆன்டிபாடிகளைப் பயன்படுத்தும் ஒரு நுட்பமாகும். NGS உடனான இதன் ஒருங்கிணைப்பு, ஹிஸ்டோன் மாற்றம், படியெடுத்தல் காரணிகள் மற்றும் பிற டிஎன்ஏ-பிணைப்புப் புரதங்களுடன் தொடர்புடைய டிஎன்ஏ இலக்குகளின் மரபணு முழுமையான விவரக்குறிப்பைச் சாத்தியமாக்குகிறது. இந்த ஆற்றல்மிக்க அணுகுமுறை, பல்வேறு செல் வகைகள், திசுக்கள் அல்லது நிலைகளில் உள்ள பிணைப்புத் தளங்களை ஒப்பிட்டுப் பார்க்க உதவுகிறது. ChIP-Seq-இன் பயன்பாடுகள், படியெடுத்தல் ஒழுங்குமுறை மற்றும் வளர்ச்சிப் பாதைகளைப் படிப்பது முதல் நோய்களின் வழிமுறைகளை விளக்குவது வரை பரந்துள்ளன. இதனால், மரபணு ஒழுங்குமுறை நிலப்பரப்புகளைப் புரிந்துகொள்வதற்கும் சிகிச்சை குறித்த நுண்ணறிவுகளை மேம்படுத்துவதற்கும் இது ஒரு இன்றியமையாத கருவியாக விளங்குகிறது.
தளம்: இல்லுமினா நோவாசீக்
-
முழு மரபணு பைசல்பைட் வரிசைமுறைப்படுத்தல் (WGBS)
மெத்திலேற்றம் செய்யப்படாத சைட்டோசின்களை யுராசிலாக (C-இலிருந்து U-ஆக) மாற்றுவதற்கும், அதே சமயம் மெத்திலேற்றம் செய்யப்பட்ட சைட்டோசின்களை மாற்றமின்றி விட்டுவிடுவதற்கும் டிஎன்ஏ-வை பைசல்பைட் கொண்டு செயலாக்குவதை அடிப்படையாகக் கொண்ட இந்த நுட்பம், டிஎன்ஏ மெத்திலேற்றத்தை, குறிப்பாக மரபணு வெளிப்பாடு மற்றும் செல் செயல்பாட்டின் முக்கிய ஒழுங்குபடுத்தியான சைட்டோசினின் ஐந்தாவது நிலையை (5-mC) ஆழமாக ஆராய்வதற்கான ஒரு சிறந்த வழிமுறையாகத் திகழ்கிறது.
இந்த நுட்பம் ஒற்றை-அடிப்படைத் தெளிவுத்திறனை வழங்குகிறது, இது ஆராய்ச்சியாளர்களை மெத்திலோமை முழுமையாக ஆய்வு செய்யவும், மாதிரிகளுக்குள் உள்ள அசாதாரண மெத்திலேஷன் வடிவங்களைக் கண்டறியவும் அனுமதிக்கிறது. WGBS-ஐப் பயன்படுத்துவதன் மூலம், விஞ்ஞானிகள் மரபணுத்தொகுதி முழுவதுமான மெத்திலேஷன் நிலப்பரப்புகள் குறித்த இணையற்ற நுண்ணறிவைப் பெற முடியும், இது பல்வேறு உயிரியல் செயல்முறைகள் மற்றும் நோய்களுக்கு அடிப்படையாக உள்ள எபிஜெனெடிக் வழிமுறைகள் பற்றிய நுணுக்கமான புரிதலை வழங்குகிறது.
-
அதிக செயல்திறன் வரிசைமுறைப்படுத்தல் (ATAC-seq) மூலம் டிரான்ஸ்போசேஸ்-அணுகக்கூடிய குரோமாடினுக்கான பகுப்பாய்வு
ATAC-seq என்பது மரபணுத்தொகுதி முழுவதுமான குரோமாடின் அணுகல்தன்மை பகுப்பாய்விற்காகப் பயன்படுத்தப்படும் ஒரு அதிவேக வரிசைப்படுத்தல் நுட்பமாகும். இதன் பயன்பாடு, மரபணு வெளிப்பாட்டின் மீதான உலகளாவிய புறமரபணு கட்டுப்பாட்டின் சிக்கலான வழிமுறைகள் குறித்த ஆழமான புரிதலை வழங்குகிறது. இந்த முறையானது, வரிசைப்படுத்தல் அடாப்டர்களைச் செருகுவதன் மூலம், திறந்த குரோமாடின் பகுதிகளை ஒரே நேரத்தில் துண்டாக்கி குறியிடுவதற்கு, அதிசெயல்பாட்டு Tn5 டிரான்ஸ்போசேஸைப் பயன்படுத்துகிறது. அதைத் தொடர்ந்து செய்யப்படும் PCR பெருக்கமானது, ஒரு வரிசைப்படுத்தல் நூலகத்தை உருவாக்குகிறது. இது, குறிப்பிட்ட வெளி-கால நிலைமைகளின் கீழ் திறந்த குரோமாடின் பகுதிகளை முழுமையாக அடையாளம் காண அனுமதிக்கிறது. படியெடுத்தல் காரணி பிணைப்பு தளங்கள் அல்லது குறிப்பிட்ட ஹிஸ்டோன்-மாற்றப்பட்ட பகுதிகள் மீது மட்டுமே கவனம் செலுத்தும் முறைகளைப் போலல்லாமல், ATAC-seq அணுகக்கூடிய குரோமாடின் நிலப்பரப்புகளின் ஒரு முழுமையான பார்வையை வழங்குகிறது. இந்த திறந்த குரோமாடின் பகுதிகளை வரிசைப்படுத்துவதன் மூலம், ATAC-seq ஆனது, ஒழுங்குமுறை வரிசைகளைச் செயல்படுத்த அதிக வாய்ப்புள்ள பகுதிகளையும், சாத்தியமான படியெடுத்தல் காரணி பிணைப்பு தளங்களையும் வெளிப்படுத்துகிறது. இது, மரபணுத்தொகுதி முழுவதும் மரபணு வெளிப்பாட்டின் மாறும் பண்பேற்றம் குறித்த மதிப்புமிக்க நுண்ணறிவுகளை வழங்குகிறது.
-
குறைக்கப்பட்ட பிரதிநிதித்துவ பைசல்பைட் வரிசைமுறை (RRBS)
குறைக்கப்பட்ட பிரதிநிதித்துவ பைசல்பைட் வரிசைமுறைப்படுத்தல் (RRBS) முறையானது, MspI பிளவு மூலம் CpG தீவுகள் நிறைந்த பகுதிகளைச் செறிவூட்டுவதையும், அதைத் தொடர்ந்து 200-500/600 bps துண்டுகளின் அளவுத் தேர்வையும் சார்ந்துள்ளது. இதன் விளைவாக, CpG தீவுகளுக்கு அருகிலுள்ள பகுதிகள் மட்டுமே வரிசைப்படுத்தப்படுகின்றன, அதே சமயம் தொலைவில் உள்ள CpG தீவுகளைக் கொண்ட பகுதிகள் பகுப்பாய்விலிருந்து விலக்கப்படுகின்றன. இந்த செயல்முறை, பைசல்பைட் வரிசைமுறைப்படுத்தலுடன் இணைந்து, டிஎன்ஏ மெத்திலேஷனை உயர்-தெளிவுத்திறனுடன் கண்டறிய அனுமதிக்கிறது. மேலும், PE150 என்ற வரிசைமுறைப்படுத்தல் அணுகுமுறையானது, செருகல்களின் நடுப்பகுதியை விட அவற்றின் முனைகளில் குறிப்பாக கவனம் செலுத்துவதால், மெத்திலேஷன் விவரக்குறிப்பின் செயல்திறனை அதிகரிக்கிறது.
டிஎன்ஏ மெத்திலேஷன் ஆராய்ச்சியில், முழு மரபணு பைசல்பைட் வரிசைமுறைக்கு (WGBS) ஒரு செலவு குறைந்த மற்றும் திறமையான மாற்றாக இந்த நுட்பம் உருவெடுத்துள்ளது. WGBS முழு மரபணுவையும் ஒற்றை அடிப்படைத் துல்லியத்தில் ஆராய்வதன் மூலம் விரிவான நுண்ணறிவுகளை வழங்கினாலும், அதன் அதிக செலவு ஒரு வரம்புக்குட்பட்ட காரணியாக இருக்கலாம். ஆனால், RRBS மரபணுவின் ஒரு பிரதிநிதித்துவப் பகுதியைத் தேர்ந்தெடுத்துப் பகுப்பாய்வு செய்வதன் மூலம் இந்தச் சவாலைத் திறமையாகத் தணிக்கிறது. இந்த வழிமுறை, செலவு குறைந்த டிஎன்ஏ மெத்திலேஷன் ஆராய்ச்சியைச் சாத்தியமாக்கி, எபிஜெனெடிக் வழிமுறைகள் குறித்த அறிவை மேம்படுத்தும் ஒரு விலைமதிப்பற்ற கருவியாகும்.
