தயாரிப்புகள்

ஒற்றை உட்கரு ஆர்.என்.ஏ வரிசைப்படுத்தல்

ஒற்றை-செல் பிடிப்பு மற்றும் தனிப்பயன் லைப்ரரி கட்டுமான நுட்பங்களின் வளர்ச்சி, உயர்-செயல்திறன் வரிசைப்படுத்தலுடன் இணைந்து, செல் மட்டத்தில் மரபணு வெளிப்பாடு ஆய்வுகளில் ஒரு புரட்சியை ஏற்படுத்தியுள்ளது. இந்த முன்னேற்றம், சிக்கலான செல் தொகுதிகளின் ஆழமான மற்றும் விரிவான பகுப்பாய்வை அனுமதிக்கிறது; இது அனைத்து செல்களிலும் மரபணு வெளிப்பாட்டைச் சராசரியாகக் கணக்கிடுவதில் உள்ள வரம்புகளைக் கடந்து, இந்தத் தொகுதிகளுக்குள் இருக்கும் உண்மையான பன்முகத்தன்மையைப் பாதுகாக்கிறது. ஒற்றை-செல் ஆர்.என்.ஏ வரிசைப்படுத்தலுக்கு (scRNA-seq) மறுக்க முடியாத நன்மைகள் இருந்தாலும், சில திசுக்களில் இது சவால்களை எதிர்கொள்கிறது; அங்கு ஒற்றை-செல் சஸ்பென்ஷனை உருவாக்குவது கடினமாக உள்ளது மற்றும் புதிய மாதிரிகள் தேவைப்படுகின்றன. BMKGene-இல், அதிநவீன 10X Genomics Chromium தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்தி ஒற்றை-நியூக்ளியஸ் ஆர்.என்.ஏ வரிசைப்படுத்தலை (snRNA-seq) வழங்குவதன் மூலம் இந்தத் தடையை நாங்கள் தீர்க்கிறோம். இந்த அணுகுமுறை, ஒற்றை-செல் மட்டத்தில் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் பகுப்பாய்வுக்கு ஏற்ற மாதிரிகளின் வரம்பை விரிவுபடுத்துகிறது.

இரட்டைக் குறுக்கீடுகளைக் கொண்ட எட்டு-சேனல் நுண் பாய்மவியல் அமைப்பைக் கொண்டுள்ள புதுமையான 10X ஜெனோமிக்ஸ் குரோமியம் சிப் மூலம் உட்கருக்கள் தனிமைப்படுத்தப்படுகின்றன. இந்த அமைப்பில், பார்கோடுகள், பிரைமர்கள், நொதிகள் மற்றும் ஒரு தனி உட்கரு ஆகியவற்றைக் கொண்ட ஜெல் மணிகள், நானோலிட்டர் அளவுள்ள எண்ணெய் துளிகளில் அடைக்கப்பட்டு, ஜெல் பீட்-இன்-எமல்ஷன் (GEM) உருவாக்கப்படுகிறது. GEM உருவானதைத் தொடர்ந்து, ஒவ்வொரு GEM-இலும் செல் சிதைவும் பார்கோடு வெளியீடும் நிகழ்கின்றன. அதைத் தொடர்ந்து, mRNA மூலக்கூறுகள் தலைகீழ் படியெடுத்தலுக்கு உட்பட்டு, 10X பார்கோடுகள் மற்றும் தனித்துவமான மூலக்கூறு அடையாளங்காட்டிகளை (UMIs) உள்ளடக்கிய cDNA-க்களாக மாறுகின்றன. இந்த cDNA-க்கள் பின்னர் வழக்கமான வரிசைப்படுத்தல் நூலக உருவாக்கத்திற்கு உட்படுத்தப்படுகின்றன, இது ஒற்றை-செல் மட்டத்தில் மரபணு வெளிப்பாட்டு விவரங்களின் வலுவான மற்றும் விரிவான ஆய்வை எளிதாக்குகிறது.

தளம்: 10× ஜெனோமிக்ஸ் குரோமியம் மற்றும் இல்லுமினா நோவாசீக் தளம்

எங்களைத் தொடர்பு கொள்ளுங்கள்

சேவை விவரங்கள்

உயிரித் தகவல் அறிவியல்

டெமோ முடிவுகள்

சிறப்பு வெளியீடுகள்

தொழில்நுட்பத் திட்டம்

இரட்டைக் குறுக்கீடுகளைக் கொண்ட எட்டு-சேனல் நுண் பாய்மவியல் அமைப்பான 10× ஜெனோமிக்ஸ் குரோமியம்™ மூலம் உட்கருக்கள் தனிமைப்படுத்தப்படுகின்றன. இந்த அமைப்பில், பார்கோடுகள் மற்றும் பிரைமர், நொதிகள் மற்றும் ஒரு தனி உட்கரு ஆகியவற்றைக் கொண்ட ஜெல் மணிகள், நானோலிட்டர் அளவுள்ள எண்ணெய் துளியில் அடைக்கப்பட்டு, ஜெல் பீட்-இன்-எமல்ஷன் (GEM) உருவாக்கப்படுகிறது. GEM உருவானவுடன், ஒவ்வொரு GEM-இலும் செல் சிதைவு மற்றும் பார்கோடுகளின் வெளியீடு நிகழ்த்தப்படுகிறது. mRNA-க்கள், 10× பார்கோடுகள் மற்றும் UMI கொண்ட cDNA மூலக்கூறுகளாக ரிவர்ஸ் டிரான்ஸ்கிரைப் செய்யப்படுகின்றன, அவை மேலும் நிலையான வரிசைப்படுத்தல் நூலகக் கட்டுமானத்திற்கு உட்படுத்தப்படுகின்றன.

அம்சங்கள்

● உறைந்த திசுக்களிலிருந்து ஒற்றை உட்கரு சஸ்பென்ஷனைத் தயாரித்தல்

● ஜெல் பீட்-இன்-எமல்ஷன் (GEM) உருவாக்கம் மற்றும் அதனைத் தொடர்ந்து cDNA தொகுப்பு

● ஒரு GEM-இல் உள்ள ஒவ்வொரு மணியும், 4 பிரிவுகளைக் கொண்ட பிரைமர்களால் நிரப்பப்பட்டுள்ளது:

mRNA ப்ரைமிங் மற்றும் cDNA தொகுப்பிற்கான பாலி(dT) வால்,

பெருக்கச் சார்பைச் சரிசெய்வதற்கான தனித்துவமான மூலக்கூறு அடையாளங்காட்டி (UMI)

10x பார்கோடு

பகுதி வாசிப்பு 1 வரிசைப்படுத்தல் பிரைமரின் பிணைப்பு வரிசை

நன்மைகள்

ஒற்றை உட்கரு ஆர்.என்.ஏ வரிசைப்படுத்துதல், ஒற்றை செல் ஆர்.என்.ஏ வரிசைப்படுத்துதலின் வரம்புகளைத் தவிர்த்து, பின்வருவனவற்றைச் சாத்தியமாக்குகிறது:

● உறைந்த மாதிரிகளின் பயன்பாடு, புதிய மாதிரிகளுக்கு மட்டும் மட்டுப்படுத்தப்படவில்லை

● புதிய செல்களுக்கு அளிக்கப்படும் நொதி சிகிச்சையுடன் ஒப்பிடும்போது, உறைந்த செல்களுக்கு ஏற்படும் குறைந்த அழுத்தமானது, டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் தரவுகளில் குறைவான அழுத்தத்தால் தூண்டப்பட்ட மரபணுக்களின் வடிவத்தில் பிரதிபலிக்கிறது.

● இரத்தச் சிவப்பணுக்களை முன்கூட்டியே அகற்ற வேண்டிய அவசியமில்லை

● வரம்பற்ற செல் விட்டம்

● திசுக்களைப் பிரித்தெடுக்கும்போது, செல்கள் ஒன்றாகக் குவிவதற்கோ அல்லது அழிவதற்கோ வாய்ப்புள்ள சிக்கலான மற்றும் எளிதில் பாதிப்படையக்கூடிய திசு வகைகள் உட்பட, பகுப்பாய்வுக்குத் தகுதியான பலதரப்பட்ட மாதிரிகள்.

ஒற்றை செல் ஆர்.என்.ஏ வரிசைப்படுத்தல் மூலம் பகுப்பாய்வு செய்ய முடியாத மற்றும் ஒற்றை உட்கரு ஆர்.என்.ஏ வரிசைப்படுத்தலுக்குத் தகுதியான மாதிரிகள்:

செல் / திசு	காரணம்
உறைந்த திசுவை அகற்று	புதிய அல்லது நீண்ட காலமாக சேமிக்கப்பட்ட நிறுவனங்களைப் பெற முடியவில்லை
தசை செல், மெகாகாரியோசைட், கொழுப்பு…	கருவிக்குள் நுழைய முடியாத அளவுக்கு செல்லின் விட்டம் மிகப் பெரியதாக உள்ளது.
கல்லீரல்…	உடைக்க முடியாத அளவுக்கு மிகவும் பலவீனமானது, தனிப்பட்ட செல்களை வேறுபடுத்தி அறிய இயலாதது
நியூரான் செல், மூளை…	அதிக உணர்திறன் கொண்டது, எளிதில் மன அழுத்தத்திற்கு உள்ளாகும், வரிசைப்படுத்தல் முடிவுகளை மாற்றும்.
கணையம், தைராய்டு…	அக நொதிகள் நிறைந்து, ஒற்றை செல் கூழ்மத்தின் உற்பத்தியைப் பாதிக்கிறது.

ஒற்றை உட்கரு vs ஒற்றை செல்

ஒற்றை-கரு	ஒற்றை செல்
வரம்பற்ற செல் விட்டம்	செல் விட்டம்: 10-40 μm
அந்தப் பொருள் உறைந்த திசுவாக இருக்கலாம்	பயன்படுத்தப்படும் பொருள் புதிய திசுவாக இருக்க வேண்டும்.
உறைந்த செல்களின் குறைந்த அழுத்தம்	நொதி சிகிச்சையானது செல் அழுத்த எதிர்வினையை ஏற்படுத்தக்கூடும்.
சிவப்பு இரத்த அணுக்களை அகற்ற வேண்டிய அவசியமில்லை.	சிவப்பு இரத்த அணுக்கள் அகற்றப்பட வேண்டும்
அணுக்கரு உயிரியல் தகவல்களை வெளிப்படுத்துகிறது	முழு உயிரணுவும் உயிரியல் தகவல்களை வெளிப்படுத்துகிறது.

விவரக்குறிப்புகள்

மாதிரி தேவைகள்

நூலகம்

வரிசைப்படுத்தும் உத்தி

பரிந்துரைக்கப்பட்ட தரவு

தரக் கட்டுப்பாடு

விலங்கு திசு ≥ 200 மி.கி

தாவர திசு ≥ 400 மி.கி

10x ஜெனோமிக்ஸ் எஸ்என் சிடிஎன்ஏ நூலகம்

இல்லுமினா PE150

ஒரு செல்லுக்கு 100K PE ரீடுகள்

(100-200 ஜிபி)

நுண்ணோக்கியின் கீழ் 700-1200 உட்கருக்கள்/μl மற்றும் உட்கருக்களின் ஒருமைப்பாடு காணப்பட்டது.

மாதிரி தயாரிப்பு வழிகாட்டுதல் மற்றும் சேவைப் பணிப்பாய்வு குறித்த கூடுதல் விவரங்களுக்கு, தயவுசெய்து ஒருவரிடம் பேசத் தயங்க வேண்டாம்.BMKGENE நிபுணர்

சேவை பணிப்பாய்வு

முந்தையது: தாவர/விலங்கு முழு மரபணு வரிசைமுறை

அடுத்து: மரபணு-பரந்த தொடர்பு பகுப்பாய்வு

பின்வரும் பகுப்பாய்வை உள்ளடக்கியது:

● தரக் கட்டுப்பாடு: செல்களின் எண்ணிக்கை, மரபணு கண்டறிதல், செல்களின் துல்லியமான அடையாளம், ஆர்.என்.ஏ மூலக்கூறுகள் மற்றும் வெளிப்பாட்டின் அளவு நிர்ணயம்.

● உள் மாதிரி பகுப்பாய்வு:

செல் தொகுப்பாக்கம் மற்றும் தொகுப்புக் குறிப்புரை

வேறுபட்ட வெளிப்பாட்டுப் பகுப்பாய்வு: தொகுப்புகளில் உள்ள வேறுபட்ட வெளிப்பாட்டு மரபணுக்களைக் கண்டறிதல்

கிளஸ்டர் DEGs இன் செயல்பாட்டு விளக்கக்குறி மற்றும் செறிவூட்டல்

● குழுக்களுக்கு இடையேயான பகுப்பாய்வு:

தரவுகளின் கலவை

வேறுபட்ட வெளிப்பாட்டுப் பகுப்பாய்வு: குழுக்களில் DEG-களை அடையாளம் காணுதல்

குழு DEGs இன் செயல்பாட்டு விளக்கக்குறி மற்றும் செறிவூட்டல்

● மேம்பட்ட பகுப்பாய்வு:

செல் சுழற்சி பகுப்பாய்வு

போலிநேர பகுப்பாய்வு

செல் தொடர்பு பகுப்பாய்வு (செல்போன்டிபி)

மரபணுத் தொகுப்பு செறிவூட்டல் பகுப்பாய்வு (GSEA)

உள்-மாதிரி பகுப்பாய்வு

செல் கொத்துதல்:

வேறுபட்ட வெளிப்பாட்டுப் பகுப்பாய்வு: தொகுப்பு DEGs

குழுக்களுக்கு இடையேயான பகுப்பாய்வு

வேறுபட்ட வெளிப்பாட்டுப் பகுப்பாய்வு: குழு DEGs

மேம்பட்ட பகுப்பாய்வு:

போலி நேரப் பகுப்பாய்வு:

செல் சுழற்சி பகுப்பாய்வு:

BMKGene-இன் ஒற்றை உட்கரு ஆர்.என்.ஏ வரிசைப்படுத்தல் சேவைகளை 10X Chromium வழங்குவதன் மூலம் சாத்தியமாக்கியுள்ள முன்னேற்றங்களை, இந்தச் சிறப்பு வெளியீடுகளில் ஆராய்ந்து பாருங்கள்:

வாங், எல். மற்றும் பலர். (2021) 'ஸ்டீராய்டு எதிர்ப்பு ஆஸ்துமா தீவிரமடைதலில் நுரையீரலின் நோயெதிர்ப்பு நிலப்பரப்பை ஒற்றை-செல் டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் பகுப்பாய்வு வெளிப்படுத்துகிறது',அமெரிக்க ஐக்கிய நாடுகளின் தேசிய அறிவியல் அகாடமியின் நடவடிக்கைகள், 118(2), ப. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118

ஜெங், எச். மற்றும் பலர். (2022) 'கிரேவ்ஸ் நோய் மற்றும் ஹாஷிமோட்டோ தைராய்டிஸ் ஆகியவற்றின் நுண்ணுயிர்சூழலில் உள்ள நோயெதிர்ப்பு செல்களில் ஒழுங்கற்ற மரபணு வெளிப்பாடு மற்றும் அசாதாரண வளர்சிதை மாற்ற சமிக்ஞைக்கான ஒரு உலகளாவிய ஒழுங்குமுறை வலையமைப்பு',நோயெதிர்ப்பு அறிவியலில் எல்லைகள், 13, பக். 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.

தியான், எச். மற்றும் பலர். (2023) 'ஃப்ளௌண்டர் (Paralichthys olivaceus) மீன்களில், செயலிழக்கப்பட்ட எட்வர்ட்சியெல்லா டார்டா தடுப்பூசிக்குப் பிறகு, லியூகோசைட்டுகளின் பன்முகத்தன்மை மற்றும் நோயெதிர்ப்புத் துலங்கல்களை ஒற்றை-செல் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் வெளிப்படுத்துகிறது',மீன்வளர்ப்பு, 566, ப. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.

யு, ஒய். மற்றும் பலர். (2023) 'இரைப்பை புற்றுநோயாளிகளில் கட்டி எதிர்ப்பு நோயெதிர்ப்பு சக்தியை மறுவடிவமைப்பதன் மூலம், ஒளி இயக்கவியல் சிகிச்சையானது நோயெதிர்ப்பு சோதனைச் சாவடி தடுப்பான்களின் விளைவை மேம்படுத்துகிறது',இரைப்பை புற்றுநோய், 26(5), பக். 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.