16S/18S/ITS యాంప్లికాన్ సీక్వెన్సింగ్-NGS
సేవా ప్రయోజనాలు
● పర్యావరణ నమూనాలలో సూక్ష్మజీవుల కూర్పు యొక్క ఐసోలేషన్-రహిత మరియు వేగవంతమైన గుర్తింపు
● పర్యావరణ నమూనాలలో తక్కువ సమృద్ధిగా ఉండే భాగాలలో అధిక రిజల్యూషన్
● తాజా QIIME2 డేటాబేస్, ఉల్లేఖన, OTU/ASV పరంగా విభిన్న విశ్లేషణలతో ఫ్లోను విశ్లేషిస్తుంది.
● అధిక-నిర్గమాంశ, అధిక ఖచ్చితత్వం
● విభిన్న సూక్ష్మజీవుల సంఘం అధ్యయనాలకు వర్తిస్తుంది
● BMK 100,000 నమూనాలు/సంవత్సరానికి పైగా విస్తృత అనుభవాన్ని కలిగి ఉంది, నేల, నీరు, గ్యాస్, బురద, మలం, ప్రేగులు, చర్మం, కిణ్వ ప్రక్రియ రసం, కీటకాలు, మొక్కలు మొదలైన వాటిని కవర్ చేస్తుంది.
● BMKCloud 45 వ్యక్తిగతీకరించిన విశ్లేషణ సాధనాలను కలిగి ఉన్న డేటా వివరణను సులభతరం చేసింది
సర్వీస్ స్పెసిఫికేషన్స్
| సీక్వెన్సింగ్వేదిక | గ్రంధాలయం | సిఫార్సు చేయబడిన డేటా రాబడి | అంచనా వేసిన మలుపు సమయం |
| ఇల్యూమినా నోవాసెక్ ప్లాట్‌ఫారమ్ | PE250 | 50K/100K/300K ట్యాగ్‌లు | 30 రోజులు |
బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ విశ్లేషణలు
● ముడి డేటా నాణ్యత నియంత్రణ
● OTU క్లస్టరింగ్/డీ-నాయిస్(ASV)
● OTU ఉల్లేఖన
● ఆల్ఫా వైవిధ్యం
● బీటా వైవిధ్యం
● ఇంటర్-గ్రూప్ విశ్లేషణ
● ప్రయోగాత్మక కారకాలకు వ్యతిరేకంగా అసోసియేషన్ విశ్లేషణ
● ఫంక్షన్ జీన్ ప్రిడిక్షన్
నమూనా అవసరాలు మరియు డెలివరీ
నమూనా అవసరాలు:
కోసంDNA పదార్దాలు:
| నమూనా రకం | మొత్తం | ఏకాగ్రత | స్వచ్ఛత |
| DNA పదార్దాలు | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
పర్యావరణ నమూనాల కోసం:
| నమూనా రకం | సిఫార్సు చేయబడిన నమూనా విధానం |
| మట్టి | నమూనా మొత్తం: సుమారు.5 గ్రా;మిగిలిన ఎండిపోయిన పదార్థాన్ని ఉపరితలం నుండి తీసివేయాలి;పెద్ద ముక్కలు రుబ్బు మరియు 2 mm వడపోత ద్వారా పాస్;రిజర్వేషన్ కోసం స్టెరైల్ EP-ట్యూబ్ లేదా సైరోట్యూబ్‌లో ఆల్కాట్ నమూనాలు. |
| మలం | నమూనా మొత్తం: సుమారు.5 గ్రా;రిజర్వేషన్ కోసం స్టెరైల్ EP-ట్యూబ్ లేదా క్రయోట్యూబ్‌లో ఆల్కాట్ నమూనాలను సేకరించి, సేకరించండి. |
| ప్రేగు సంబంధిత విషయాలు | అసెప్టిక్ స్థితిలో నమూనాలను ప్రాసెస్ చేయాలి.సేకరించిన కణజాలాన్ని PBSతో కడగాలి;PBSను సెంట్రిఫ్యూజ్ చేయండి మరియు EP-ట్యూబ్‌లలో అవక్షేపణను సేకరించండి. |
| బురద | నమూనా మొత్తం: సుమారు.5 గ్రా;రిజర్వేషన్ కోసం స్టెరైల్ EP-ట్యూబ్ లేదా క్రయోట్యూబ్‌లో ఆల్కాట్ బురద నమూనాను సేకరించి, సేకరించండి |
| జలధార | పంపు నీరు, బావి నీరు మొదలైన పరిమిత మొత్తంలో సూక్ష్మజీవుల నమూనా కోసం, కనీసం 1 లీటర్ నీటిని సేకరించి, పొరపై సూక్ష్మజీవులను మెరుగుపరచడానికి 0.22 μm ఫిల్టర్‌ని పంపండి.స్టెరైల్ ట్యూబ్‌లో పొరను నిల్వ చేయండి. |
| చర్మం | శుభ్రమైన పత్తి శుభ్రముపరచు లేదా సర్జికల్ బ్లేడ్‌తో చర్మ ఉపరితలాన్ని జాగ్రత్తగా గీరి, శుభ్రమైన ట్యూబ్‌లో ఉంచండి. |
సిఫార్సు చేయబడిన నమూనా డెలివరీ
3-4 గంటల పాటు ద్రవ నత్రజనిలో నమూనాలను స్తంభింపజేయండి మరియు ద్రవ నత్రజనిలో లేదా -80 డిగ్రీలో నిల్వ ఉంచి దీర్ఘకాల రిజర్వేషన్‌లో ఉంచండి.డ్రై-ఐస్‌తో నమూనా షిప్పింగ్ అవసరం.
సర్వీస్ వర్క్ ఫ్లో
నమూనా డెలివరీ
లైబ్రరీ నిర్మాణం
సీక్వెన్సింగ్
డేటా విశ్లేషణ
అమ్మకం తర్వాత సేవలు
1.జాతుల పంపిణీ
2.హీట్ మ్యాప్: జాతుల రిచ్‌నెస్ క్లస్టరింగ్
3.అరుదైన ఫ్యాక్షన్ వక్రత
4.NMDS విశ్లేషణ
5. Lefse విశ్లేషణ
BMK కేసు
టైప్ 2 డయాబెటిస్ ఉన్న మరియు లేని ఊబకాయం ఉన్న వ్యక్తులు వివిధ గట్ మైక్రోబియల్ క్రియాత్మక సామర్థ్యం మరియు కూర్పును చూపుతారు
ప్రచురించబడింది:సెల్ హోస్ట్ & మైక్రోబ్, 2019
సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహం:
లీన్ నాన్-డయాబెటిస్ (n=633);ఊబకాయం లేని మధుమేహం (n=494);ఊబకాయం-టైప్ 2 మధుమేహం (n=153);
లక్ష్య ప్రాంతం: 16S rDNA V1-V2
వేదిక: ఇల్యూమినా మిసెక్ (NGS-ఆధారిత యాంప్లికాన్ సీక్వెన్సింగ్)
DNA ఎక్స్‌ట్రాక్ట్‌ల ఉపసమితి ఇల్యూమినా హిసెక్‌లో మెటాజెనోమిక్ సీక్వెన్సింగ్‌కు లోబడి ఉంది
కీలక ఫలితాలు
ఈ జీవక్రియ వ్యాధుల యొక్క సూక్ష్మజీవుల ప్రొఫైలింగ్‌లు విజయవంతంగా వేరు చేయబడ్డాయి.
16S సీక్వెన్సింగ్ ద్వారా ఉత్పత్తి చేయబడిన సూక్ష్మజీవుల లక్షణాలను పోల్చడం ద్వారా, స్థూలకాయం సూక్ష్మజీవుల కూర్పులో మార్పులతో సంబంధం కలిగి ఉన్నట్లు కనుగొనబడింది, వ్యక్తిగత లక్షణాలు, ప్రత్యేకించి అక్కర్‌మాన్సియా, ఫెకాలిబాక్టీరియం, ఓసిల్లిబాక్టర్, అలిస్టిపెస్ మొదలైన వాటిలో గణనీయమైన తగ్గుదల. అదనంగా, T2D ఎస్చెరిచియా/షిగెల్లా పెరుగుదలతో సంబంధం కలిగి ఉన్నట్లు కనుగొనబడింది. .
సూచన
థింగ్‌హోమ్, LB, మరియు ఇతరులు."టైప్ 2 డయాబెటిస్ ఉన్న మరియు లేని ఊబకాయం ఉన్న వ్యక్తులు వివిధ గట్ మైక్రోబియల్ ఫంక్షనల్ కెపాసిటీ మరియు కంపోజిషన్‌ను చూపుతారు."సెల్ హోస్ట్ & మైక్రోబ్26.2(2019)
