16S/18S/ITS యాంప్లికాన్ సీక్వెన్సింగ్-PacBio
సేవా ప్రయోజనాలు
● 16S/18S/ITS యొక్క పూర్తి-నిడివి క్రమాన్ని బహిర్గతం చేసే దీర్ఘ-రీడ్‌లు
● PacBio CCS మోడ్ సీక్వెన్సింగ్‌తో అత్యంత ఖచ్చితమైన బేస్ కాలింగ్
● OTU/ASV ఉల్లేఖనంలో జాతుల-స్థాయి రిజల్యూషన్
● తాజా QIIME2 డేటాబేస్, ఉల్లేఖన, OTU/ASV పరంగా విభిన్న విశ్లేషణలతో ఫ్లోను విశ్లేషిస్తుంది.
● విభిన్న సూక్ష్మజీవుల సంఘం అధ్యయనాలకు వర్తిస్తుంది
● BMK 100,000 నమూనాలు/సంవత్సరానికి పైగా విస్తృత అనుభవాన్ని కలిగి ఉంది, నేల, నీరు, గ్యాస్, బురద, మలం, ప్రేగులు, చర్మం, కిణ్వ ప్రక్రియ రసం, కీటకాలు, మొక్కలు మొదలైన వాటిని కవర్ చేస్తుంది.
● BMKCloud 45 వ్యక్తిగతీకరించిన విశ్లేషణ సాధనాలను కలిగి ఉన్న డేటా వివరణను సులభతరం చేసింది
సర్వీస్ స్పెసిఫికేషన్స్
| సీక్వెన్సింగ్వేదిక | గ్రంధాలయం | సిఫార్సు చేయబడిన డేటా | టర్నరౌండ్ సమయం |
| ప్యాక్‌బయో సీక్వెల్ II | SMRT-బెల్ | 5K/10K/20K ట్యాగ్‌లు | 44 పని దినాలు |
బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ విశ్లేషణలు
● ముడి డేటా నాణ్యత నియంత్రణ
● OTU క్లస్టరింగ్/డీ-నాయిస్(ASV)
● OTU ఉల్లేఖన
● ఆల్ఫా వైవిధ్యం
● బీటా వైవిధ్యం
● ఇంటర్-గ్రూప్ విశ్లేషణ
● ప్రయోగాత్మక కారకాలకు వ్యతిరేకంగా అసోసియేషన్ విశ్లేషణ
● ఫంక్షన్ జీన్ ప్రిడిక్షన్
నమూనా అవసరాలు మరియు డెలివరీ
నమూనా అవసరాలు:
కోసంDNA పదార్దాలు:
| నమూనా రకం | మొత్తం | ఏకాగ్రత | స్వచ్ఛత |
| DNA పదార్దాలు | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
పర్యావరణ నమూనాల కోసం:
| నమూనా రకం | సిఫార్సు చేయబడిన నమూనా విధానం |
| మట్టి | నమూనా మొత్తం: సుమారు.5 గ్రా;మిగిలిన ఎండిపోయిన పదార్థాన్ని ఉపరితలం నుండి తీసివేయాలి;పెద్ద ముక్కలు రుబ్బు మరియు 2 mm వడపోత ద్వారా పాస్;రిజర్వేషన్ కోసం స్టెరైల్ EP-ట్యూబ్ లేదా సైరోట్యూబ్‌లో ఆల్కాట్ నమూనాలు. |
| మలం | నమూనా మొత్తం: సుమారు.5 గ్రా;రిజర్వేషన్ కోసం స్టెరైల్ EP-ట్యూబ్ లేదా క్రయోట్యూబ్‌లో ఆల్కాట్ నమూనాలను సేకరించి, సేకరించండి. |
| ప్రేగు సంబంధిత విషయాలు | అసెప్టిక్ స్థితిలో నమూనాలను ప్రాసెస్ చేయాలి.సేకరించిన కణజాలాన్ని PBSతో కడగాలి;PBSను సెంట్రిఫ్యూజ్ చేయండి మరియు EP-ట్యూబ్‌లలో అవక్షేపణను సేకరించండి. |
| బురద | నమూనా మొత్తం: సుమారు.5 గ్రా;రిజర్వేషన్ కోసం స్టెరైల్ EP-ట్యూబ్ లేదా క్రయోట్యూబ్‌లో ఆల్కాట్ బురద నమూనాను సేకరించి, సేకరించండి |
| జలధార | పంపు నీరు, బావి నీరు మొదలైన పరిమిత మొత్తంలో సూక్ష్మజీవుల నమూనా కోసం, కనీసం 1 లీటర్ నీటిని సేకరించి, పొరపై సూక్ష్మజీవులను మెరుగుపరచడానికి 0.22 μm ఫిల్టర్‌ని పంపండి.స్టెరైల్ ట్యూబ్‌లో పొరను నిల్వ చేయండి. |
| చర్మం | శుభ్రమైన పత్తి శుభ్రముపరచు లేదా సర్జికల్ బ్లేడ్‌తో చర్మ ఉపరితలాన్ని జాగ్రత్తగా గీరి, శుభ్రమైన ట్యూబ్‌లో ఉంచండి. |
సిఫార్సు చేయబడిన నమూనా డెలివరీ
3-4 గంటల పాటు ద్రవ నత్రజనిలో నమూనాలను స్తంభింపజేయండి మరియు ద్రవ నత్రజనిలో లేదా -80 డిగ్రీలో నిల్వ ఉంచి దీర్ఘకాల రిజర్వేషన్‌లో ఉంచండి.డ్రై-ఐస్‌తో నమూనా షిప్పింగ్ అవసరం.
సర్వీస్ వర్క్ ఫ్లో
నమూనా డెలివరీ
లైబ్రరీ నిర్మాణం
సీక్వెన్సింగ్
డేటా విశ్లేషణ
అమ్మకం తర్వాత సేవలు
1.V3+V4(ఇల్యూమినా) ఆధారిత మైక్రోబియల్ కమ్యూనిటీ ప్రొఫైలింగ్ వర్సెస్ ఫుల్ లెంగ్త్ (PacBio) ఆధారిత ప్రొఫైలింగ్ యొక్క ఉల్లేఖన రేటు.
(గణాంకాల కోసం యాదృచ్ఛికంగా ఎంపిక చేయబడిన 30 ప్రాజెక్ట్‌ల డేటా వర్తించబడింది)
2.వివిధ నమూనా రకాల్లో జాతుల స్థాయిలో పూర్తి-నిడివి యాంప్లికాన్ సీక్వెన్సింగ్ యొక్క ఉల్లేఖన రేటు
3.జాతుల పంపిణీ
4.ఫైలోజెనెటిక్ చెట్టు
BMK కేసు
ఆర్సెనిక్ ఎక్స్పోజర్ పేగు అవరోధ నష్టాన్ని ప్రేరేపిస్తుంది మరియు బాతులలో కాలేయం యొక్క వాపు మరియు పైరోప్టోసిస్‌కు దారితీసే గట్-లివర్ యాక్సిస్ యొక్క పర్యవసానంగా క్రియాశీలమవుతుంది
ప్రచురించబడింది:మొత్తం పర్యావరణ శాస్త్రం,2021
సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహం:
నమూనాలు: నియంత్రణ vs 8 mg/kg ATO బహిర్గత సమూహం
సీక్వెన్సింగ్ డేటా దిగుబడి: మొత్తం 102,583 ముడి CCS సీక్వెన్సులు
నియంత్రణ: 54,518 ± 747 ప్రభావవంతమైన CCS
ATO-బహిర్గతం : 45,050 ± 1675 ప్రభావవంతమైన CCS
కీలక ఫలితాలు
ఆల్ఫా వైవిధ్యం:ATO బహిర్గతం బాతులలోని పేగు సూక్ష్మజీవుల సమృద్ధి మరియు వైవిధ్యాన్ని గణనీయంగా మార్చింది.
మెటాస్టాట్స్ విశ్లేషణ:
ఫైలమ్ స్థాయిలో: 2 బాక్టీరియల్ ఫైలా నియంత్రణ సమూహాలలో మాత్రమే కనుగొనబడింది
జాతి స్థాయిలో: సాపేక్ష సమృద్ధిలో 6 జాతులు గణనీయంగా భిన్నంగా కనుగొనబడ్డాయి
జాతుల స్థాయిలో: మొత్తంగా 36 జాతులు గుర్తించబడ్డాయి, వాటిలో 6 రిలేవ్ సమృద్ధిలో గణనీయంగా భిన్నంగా ఉన్నాయి
సూచన
థింగ్‌హోమ్, LB, మరియు ఇతరులు."టైప్ 2 డయాబెటిస్ ఉన్న మరియు లేని ఊబకాయం ఉన్న వ్యక్తులు వివిధ గట్ మైక్రోబియల్ ఫంక్షనల్ కెపాసిటీ మరియు కంపోజిషన్‌ను చూపుతారు."సెల్ హోస్ట్ & మైక్రోబ్26.2(2019)
