బల్క్డ్ సెగ్రెగెంట్ విశ్లేషణ
సేవా ప్రయోజనాలు
తకాగి మరియు ఇతరులు., ది ప్లాంట్ జర్నల్, 2013
● ఖచ్చితమైన స్థానికీకరణ: నేపథ్య శబ్దాన్ని తగ్గించడానికి 30+30 నుండి 200+200 మంది వ్యక్తులతో బల్క్‌లను కలపడం;పర్యాయపదాలు కాని ఉత్పరివర్తనాల-ఆధారిత అభ్యర్థి ప్రాంత అంచనా.
● సమగ్ర విశ్లేషణ: NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG , మొదలైన వాటితో సహా లోతైన అభ్యర్థి జన్యు పనితీరు ఉల్లేఖనం.
● వేగవంతమైన టర్నరౌండ్ సమయం: 45 పని రోజులలోపు వేగవంతమైన జన్యు స్థానికీకరణ.
● విస్తృతమైన అనుభవం: పంటలు, జల ఉత్పత్తులు, అడవులు, పూలు, పండ్లు మొదలైన విభిన్న జాతులను కవర్ చేస్తూ, BMK వేలాది లక్షణాల స్థానికీకరణలో దోహదపడింది.
సర్వీస్ స్పెసిఫికేషన్స్
జనాభా:
వ్యతిరేక సమలక్షణాలతో తల్లిదండ్రుల సంతానాన్ని వేరు చేయడం.
ఉదా F2 సంతానం, బ్యాక్‌క్రాసింగ్ (BC), రీకాంబినెంట్ ఇన్‌బ్రేడ్ లైన్(RIL)
మిక్సింగ్ పూల్
గుణాత్మక లక్షణాల కోసం: 30 నుండి 50 మంది వ్యక్తులు (కనీసం 20)/బల్క్
పరిమాణాత్మక ట్రాటిస్ కోసం: మొత్తం జనాభాలో (కనీసం 30+30) తీవ్ర సమలక్షణాలు కలిగిన టాప్ 5% నుండి 10% వ్యక్తులు.
సిఫార్సు చేయబడిన సీక్వెన్సింగ్ డెప్త్
కనీసం 20X/తల్లిదండ్రులు మరియు 1X/సంతానం వ్యక్తి (ఉదా. 30+30 వ్యక్తుల సంతానం మిక్సింగ్ పూల్ కోసం, సీక్వెన్సింగ్ డెప్త్ బల్క్‌కు 30X ఉంటుంది)
బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ విశ్లేషణలు
● మొత్తం జీనోమ్ రీసీక్వెన్సింగ్
● డేటా ప్రాసెసింగ్
● SNP/Indel కాలింగ్
● అభ్యర్థి ప్రాంత స్క్రీనింగ్
● అభ్యర్థి జన్యు పనితీరు ఉల్లేఖన
నమూనా అవసరాలు మరియు డెలివరీ
నమూనా అవసరాలు:
న్యూక్లియోటైడ్లు:
| gDNA నమూనా | కణజాల నమూనా |
| ఏకాగ్రత: ≥30 ng/μl | మొక్కలు: 1-2 గ్రా |
| మొత్తం: ≥2 μg (వాల్యూన్ ≥15 μl) | జంతువులు: 0.5-1 గ్రా |
| స్వచ్ఛత: OD260/280= 1.6-2.5 | మొత్తం రక్తం: 1.5 మి.లీ |
సర్వీస్ వర్క్ ఫ్లో
ప్రయోగ రూపకల్పన
నమూనా డెలివరీ
RNA వెలికితీత
లైబ్రరీ నిర్మాణం
సీక్వెన్సింగ్
డేటా విశ్లేషణ
అమ్మకం తర్వాత సేవలు
అభ్యర్థి ప్రాంతాన్ని గుర్తించడానికి యూక్లిడియన్ దూరం (ED)పై 1.అసోసియేషన్ విశ్లేషణ బేస్.కింది చిత్రంలో
X-అక్షం: క్రోమోజోమ్ సంఖ్య;ప్రతి చుక్క SNP యొక్క ED విలువను సూచిస్తుంది.బ్లాక్ లైన్ అమర్చిన ED విలువకు అనుగుణంగా ఉంటుంది.అధిక ED విలువ సైట్ మరియు ఫినోటైప్ మధ్య మరింత ముఖ్యమైన అనుబంధాన్ని సూచిస్తుంది.రెడ్ డాష్ లైన్ ముఖ్యమైన అనుబంధం యొక్క థ్రెషోల్డ్‌ని సూచిస్తుంది.
2.అసోసియేషన్ విశ్లేషణ SNP-ఇండెక్స్ లేదు
X-అక్షం: క్రోమోజోమ్ సంఖ్య;ప్రతి చుక్క SNP-సూచిక విలువను సూచిస్తుంది.నలుపు రేఖ అమర్చిన SNP-సూచిక విలువను సూచిస్తుంది.విలువ ఎంత పెద్దదైతే, అనుబంధం అంత ముఖ్యమైనది.
BMK కేసు
ప్రధాన-ప్రభావ పరిమాణాత్మక లక్షణం లోకస్ Fnl7.1 దోసకాయలో పండు మెడ పొడవుతో సంబంధం ఉన్న లేట్ ఎంబ్రియోజెనిసిస్ సమృద్ధిగా ఉండే ప్రోటీన్‌ను ఎన్కోడ్ చేస్తుంది
ప్రచురించబడింది: ప్లాంట్ బయోటెక్నాలజీ జర్నల్, 2020
సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహం:
తల్లిదండ్రులు (Jin5-508, YN): 34× మరియు 20× కోసం మొత్తం జీనోమ్ రీసీక్వెన్సింగ్.
DNA కొలనులు (50 పొడవాటి-మెడ మరియు 50 పొట్టి-మెడ): 61× మరియు 52×కి సమానమైనవి
కీలక ఫలితాలు
ఈ అధ్యయనంలో, పొడవాటి-మెడ దోసకాయ లైన్ Jin5-508 మరియు పొట్టి-మెడ YNని దాటడం ద్వారా జనాభా (F2 మరియు F2:3) వేరు చేయబడింది.రెండు DNA కొలనులను 50 తీవ్రమైన పొడవాటి మెడ వ్యక్తులు మరియు 50 తీవ్రమైన పొట్టి-మెడ వ్యక్తులు నిర్మించారు.BSA విశ్లేషణ మరియు సాంప్రదాయ QTL మ్యాపింగ్ ద్వారా Chr07లో ప్రధాన-ప్రభావ QTL గుర్తించబడింది.ఫైన్-మ్యాపింగ్, జీన్ ఎక్స్‌ప్రెషన్ క్వాంటిఫికేషన్ మరియు ట్రాన్స్‌జెనిక్ ప్రయోగాల ద్వారా అభ్యర్థి ప్రాంతం మరింత కుదించబడింది, ఇది మెడ-పొడవును నియంత్రించడంలో కీలకమైన జన్యువును వెల్లడించింది, CsFnl7.1.అదనంగా, CsFnl7.1 ప్రమోటర్ ప్రాంతంలోని పాలిమార్ఫిజం సంబంధిత వ్యక్తీకరణతో సంబంధం కలిగి ఉన్నట్లు కనుగొనబడింది.తదుపరి ఫైలోజెనెటిక్ విశ్లేషణ Fnl7.1 లోకస్ భారతదేశం నుండి ఉద్భవించే అవకాశం ఉందని సూచించింది.
 దోసకాయ మెడ పొడవుతో అనుబంధించబడిన అభ్యర్థి ప్రాంతాన్ని గుర్తించడానికి BSA విశ్లేషణలో QTL-మ్యాపింగ్ |  Chr07లో గుర్తించబడిన దోసకాయ మెడ పొడవు QTL యొక్క LOD ప్రొఫైల్‌లు |
జు, X. మరియు ఇతరులు."మేజర్-ఎఫెక్ట్ క్వాంటిటేటివ్ ట్రెయిట్ లోకస్ Fnl7.1 దోసకాయలో పండు మెడ పొడవుతో సంబంధం ఉన్న లేట్ ఎంబ్రియోజెనిసిస్ సమృద్ధిగా ఉండే ప్రోటీన్‌ను ఎన్కోడ్ చేస్తుంది."ప్లాంట్ బయోటెక్నాలజీ జర్నల్ 18.7(2020).
