పూర్తి-నిడివి mRNA సీక్వెన్సింగ్ -PacBio
సేవా ప్రయోజనాలు
● పూర్తి-నిడివి గల cDNA అణువు యొక్క ప్రత్యక్ష రీడ్-అవుట్ 3'- చివరి నుండి 5'- ముగింపు వరకు
● సీక్వెన్స్ స్ట్రక్చర్‌లో ఐసో-ఫారమ్ స్థాయి రిజల్యూషన్
● అధిక ఖచ్చితత్వం మరియు సమగ్రతతో లిప్యంతరీకరణలు
● vaiours జాతులకు అత్యంత అనుకూలత
● 4 PacBio సీక్వెల్ II సీక్వెన్సింగ్ ప్లాట్‌ఫారమ్‌లతో పెద్ద సీక్వెన్సింగ్ సామర్థ్యం
● 700 పైగా ప్యాక్బియో-ఆధారిత RNA సీక్వెన్సింగ్ ప్రాజెక్ట్‌లతో అత్యంత అనుభవం ఉంది
● BMKCloud-ఆధారిత ఫలితాల బట్వాడా: ప్లాట్‌ఫారమ్‌లో అనుకూలీకరించిన డేటా మైనింగ్ అందుబాటులో ఉంది.
● ప్రాజెక్ట్ పూర్తయిన తర్వాత 3 నెలల పాటు చెల్లుబాటు అయ్యే విక్రయం తర్వాత సేవలు
సర్వీస్ స్పెసిఫికేషన్స్
వేదిక: PacBio సీక్వెల్ II
సీక్వెన్సింగ్ లైబ్రరీ: పాలీ A- సుసంపన్నమైన mRNA లైబ్రరీ
సిఫార్సు చేయబడిన డేటా దిగుబడి: 20 Gb/నమూనా (జాతుల ఆధారంగా)
FLNC (%): ≥75%
*FLNC: పూర్తి-నిడివి నాన్-చిమెరిక్ ట్రాన్స్‌సిప్ట్‌లు
బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ విశ్లేషణలు
● ముడి డేటా ప్రాసెసింగ్
● ట్రాన్స్క్రిప్ట్ గుర్తింపు
● క్రమం నిర్మాణం
● వ్యక్తీకరణ పరిమాణం
● ఫంక్షన్ ఉల్లేఖన
నమూనా అవసరాలు మరియు డెలివరీ
నమూనా అవసరాలు:
న్యూక్లియోటైడ్లు:
| Conc.(ng/μl) | మొత్తం (μg) | స్వచ్ఛత | సమగ్రత |
| ≥ 120 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 జెల్‌పై చూపబడిన ప్రోటీన్ లేదా DNA కాలుష్యం పరిమితం లేదా లేదు. | మొక్కల కోసం: RIN≥7.5; జంతువుల కోసం: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; పరిమిత లేదా బేస్‌లైన్ ఎలివేషన్ లేదు |
కణజాలం: బరువు(పొడి):≥1 గ్రా
*5 mg కంటే చిన్న కణజాలం కోసం, ఫ్లాష్ స్తంభింపచేసిన (ద్రవ నత్రజనిలో) కణజాల నమూనాను పంపమని మేము సిఫార్సు చేస్తున్నాము.
సెల్ సస్పెన్షన్:సెల్ కౌంట్ = 3×106- 1×107
*ఘనీభవించిన సెల్ లైసేట్‌ను రవాణా చేయాలని మేము సిఫార్సు చేస్తున్నాము.ఒకవేళ ఆ గడి 5×10 కంటే తక్కువగా ఉంటే5, ద్రవ నత్రజనిలో స్తంభింపచేసిన ఫ్లాష్ సిఫార్సు చేయబడింది, ఇది సూక్ష్మ సంగ్రహణకు ప్రాధాన్యతనిస్తుంది.
రక్త నమూనాలు:వాల్యూమ్≥1 మి.లీ
సూక్ష్మజీవి:ద్రవ్యరాశి ≥ 1 గ్రా
సిఫార్సు చేయబడిన నమూనా డెలివరీ
కంటైనర్:
2 ml సెంట్రిఫ్యూజ్ ట్యూబ్ (టిన్ ఫాయిల్ సిఫారసు చేయబడలేదు)
నమూనా లేబులింగ్: సమూహం+ప్రతిరూపం ఉదా A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
రవాణా:
1. డ్రై-ఐస్: నమూనాలను సంచుల్లో ప్యాక్ చేసి డ్రై-ఐస్‌లో పాతిపెట్టాలి.
2. RNA స్టేబుల్ ట్యూబ్‌లు: RNA నమూనాలను RNA స్టెబిలైజేషన్ ట్యూబ్‌లో ఎండబెట్టి (ఉదా RNAstable®) గది ఉష్ణోగ్రతలో రవాణా చేయవచ్చు.
సర్వీస్ వర్క్ ఫ్లో
ప్రయోగ రూపకల్పన
నమూనా డెలివరీ
RNA వెలికితీత
లైబ్రరీ నిర్మాణం
సీక్వెన్సింగ్
డేటా విశ్లేషణ
అమ్మకం తర్వాత సేవలు
1.FLNC పొడవు పంపిణీ
పూర్తి-నిడివి నాన్-చిమెరిక్ రీడ్ (FLNC) యొక్క పొడవు లైబ్రరీ నిర్మాణంలో cDNA యొక్క పొడవును సూచిస్తుంది.లైబ్రరీ నిర్మాణ నాణ్యతను అంచనా వేయడంలో FLNC పొడవు పంపిణీ కీలకమైన సూచిక.
FLNC రీడ్ లెంగ్త్ పంపిణీ
2.పూర్తి ORF ప్రాంతం పొడవు పంపిణీ
యూనిజీన్ సెట్‌లను రూపొందించడానికి ప్రోటీన్ కోడింగ్ ప్రాంతాలను మరియు సంబంధిత అమైనో ఆమ్ల శ్రేణులను అంచనా వేయడానికి మేము TransDecoderని ఉపయోగిస్తాము, ఇది అన్ని నమూనాలలో పూర్తి అనవసరమైన ట్రాన్స్క్రిప్ట్ సమాచారాన్ని కలిగి ఉంటుంది.
ORF రీజియన్ పొడవు పంపిణీని పూర్తి చేయండి
3.KEGG పాత్వే సుసంపన్నత విశ్లేషణ
PacBio సీక్వెన్సింగ్ డేటా ద్వారా రూపొందించబడిన పూర్తి-నిడివి ట్రాన్స్క్రిప్ట్ సెట్‌లపై NGS-ఆధారిత RNA సీక్వెన్సింగ్ డేటాను సమలేఖనం చేయడం ద్వారా విభిన్నంగా వ్యక్తీకరించబడిన ట్రాన్స్‌క్రిప్ట్‌లను (DETలు) గుర్తించవచ్చు.ఈ DETలు వివిధ ఫంక్షనల్ విశ్లేషణ కోసం మరింత ప్రాసెస్ చేయబడతాయి, ఉదా KEGG పాత్వే ఎన్‌రిచ్‌మెంట్ అనాలిసిస్.
DET KEGG పాత్వే ఎన్‌రిచ్‌మెంట్ -డాట్ ప్లాట్
BMK కేసు
పాపులస్ స్టెమ్ ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ యొక్క డెవలప్‌మెంటల్ డైనమిక్స్
ప్రచురించబడింది: ప్లాంట్ బయోటెక్నాలజీ జర్నల్, 2019
సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహం:
నమూనా సేకరణ:కాండం ప్రాంతాలు: నాన్లిన్895 నుండి అపెక్స్, మొదటి ఇంటర్నోడ్(IN1), రెండవ ఇంటర్నోడ్(IN2), మూడవ ఇంటర్నోడ్(IN3), ఇంటర్నోడ్(IN4) మరియు ఇంటర్నోడ్(IN5)
NGS-క్రమం:15 మంది వ్యక్తుల RNA ఒక జీవ నమూనాగా పూల్ చేయబడింది.ప్రతి పాయింట్ల యొక్క మూడు జీవ ప్రతిరూపాలు NGS సీక్వెన్స్ కోసం ప్రాసెస్ చేయబడ్డాయి
TGS-క్రమం:కాండం ప్రాంతాలు మూడు ప్రాంతాలుగా విభజించబడ్డాయి, అనగా అపెక్స్, IN1-IN3 మరియు IN4-IN5.ప్రతి ప్రాంతం నాలుగు రకాల లైబ్రరీలతో PacBio సీక్వెన్సింగ్ కోసం ప్రాసెస్ చేయబడింది: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb మరియు 3-10 kb.
కీలక ఫలితాలు
1.మొత్తం 87150 పూర్తి-నిడివి ట్రాన్‌స్క్రిప్ట్‌లు గుర్తించబడ్డాయి, ఇందులో 2081 నవల ఐసోఫామ్‌లు మరియు 62058 నవల ప్రత్యామ్నాయ స్ప్లైస్డ్ ఐసోఫామ్‌లు గుర్తించబడ్డాయి.
2.1187 lncRNA మరియు 356 ఫ్యూజన్ జన్యువులు గుర్తించబడ్డాయి.
3.ప్రాథమిక పెరుగుదల నుండి ద్వితీయ వృద్ధి వరకు, 995 విభిన్నంగా వ్యక్తీకరించబడిన జన్యువుల నుండి 15838 భేదాత్మకంగా వ్యక్తీకరించబడిన ట్రాన్‌స్క్రిప్ట్‌లు గుర్తించబడ్డాయి.అన్ని DEGలలో, 1216 ట్రాన్స్క్రిప్షన్ కారకాలు, వీటిలో చాలా వరకు ఇంకా నివేదించబడలేదు.
4.GO సుసంపన్నత విశ్లేషణ ప్రాథమిక మరియు ద్వితీయ వృద్ధిలో కణ విభజన మరియు ఆక్సీకరణ-తగ్గింపు ప్రక్రియ యొక్క ప్రాముఖ్యతను వెల్లడించింది.
ప్రత్యామ్నాయ స్ప్లికింగ్ ఈవెంట్‌లు మరియు విభిన్న ఐసోఫామ్‌లు
ట్రాన్స్క్రిప్షన్ కారకాలపై WGCNA విశ్లేషణ
సూచన
చావో Q, గావో ZF, జాంగ్ D, మరియు ఇతరులు.పాపులస్ స్టెమ్ ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ యొక్క డెవలప్‌మెంటల్ డైనమిక్స్.ప్లాంట్ బయోటెక్నాల్ J. 2019;17(1):206-219.doi:10.1111/pbi.12958
