DNA/RNA సీక్వెన్సింగ్ -PacBio సీక్వెన్సర్
లక్షణాలు
ప్యాక్‌బయో సీక్వెన్సర్‌లో రెండు సీక్వెన్సింగ్ మోడ్‌లు: కంటిన్యూయస్ లాంగ్ రీడ్ (CLR) మరియు సర్క్యులర్ కాన్సెన్సస్ రీడ్ (CCS)
| సీక్వెన్సింగ్ మోడ్ | లైబ్రరీ పరిమాణం | సైద్ధాంతిక డేటాదిగుబడి (ప్రతి సెల్) | సింగిల్-బేస్ఖచ్చితత్వం | అప్లికేషన్లు |
| CLR | 20Kb, 30Kb, మొదలైనవి. | 80 Gb నుండి 130 Gb | సుమారు85% | డి నోవో, SV కాలింగ్, మొదలైనవి. |
| CCS | 15-20 Kb | 14 నుండి 40 Gb/సెల్ (సీక్వెల్ II) 70 నుండి 110 Gb/సెల్ (Revio) నమూనాలపై ఆధారపడి ఉంటుంది | సుమారు99% | డి నోవో, SNP/Indel/SV కాలింగ్, Iso-Seq, |
Revio మరియు సీక్వెల్ II యొక్క పనితీరు మరియు లక్షణాల పోలిక
| నిబంధనలు | సీక్వెల్ II సిస్టమ్ | రివియో సిస్టమ్ | పెంచు |
| అధిక సాంద్రత | 8 మిలియన్ ZMWలు | 25 మిలియన్ ZMWలు | 3x |
| స్వతంత్ర దశలు | 1 | 4 | 4x |
| తక్కువ రన్ టైమ్స్ | 30 గంటలు | 24 గంటలు | 1.25x |
| 30X HiFi మానవ జన్యువులు / సంవత్సరం | 88 | 1,300 | 1మొత్తం 5x |
సేవా ప్రయోజనాలు
● వివిధ జాతులతో వేలకొద్దీ క్లోజ్డ్ ప్రాజెక్ట్‌లతో PacBio సీక్వెన్సింగ్ ప్లాట్‌ఫారమ్‌లో 8 సంవత్సరాల అనుభవం.
● తాజా PacBio సీక్వెన్సింగ్ ప్లాట్‌ఫారమ్‌లతో పూర్తిగా అమర్చబడి ఉంది, తగినంత సీక్వెన్సింగ్ త్రూపుట్‌కు హామీ ఇవ్వడానికి Revio.
● వేగవంతమైన టర్న్-అరౌండ్ సమయం, అధిక డేటా దిగుబడి మరియు మరింత ఖచ్చితమైన డేటా.
● వందలాది అధిక-ప్రభావ PacBio-ఆధారిత ప్రచురణలలో అందించబడింది.
నమూనా అవసరాలు
| నమూనా రకం | మొత్తం | ఏకాగ్రత (Qubit®) | వాల్యూమ్ | స్వచ్ఛత | ఇతరులు |
| జన్యుసంబంధమైన DNA | డేటా ఆవశ్యకతపై ఆధారపడి ఉంటుంది | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230=1.8-2.5; 260 nm వద్ద క్లియర్ పీక్,కాలుష్యాలు లేవు | ఏకాగ్రతను Qubit మరియు Qubit/Nanopore = 0.8-2.5 ద్వారా కొలవాలి |
| మొత్తం RNA | ≥1.2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5;కాలుష్యాలు లేవు | RIN విలువ ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
సర్వీస్ వర్క్‌ఫ్లో
నమూనా తయారీ
లైబ్రరీ నిర్మాణం
సీక్వెన్సింగ్
డేటా విశ్లేషణ
ప్రాజెక్ట్ డెలివరీ
1.ఇన్-హౌస్ డేటా దిగుబడి
63 CCS కణాల నుండి రూపొందించబడిన డేటా (26 జాతుల నుండి)
| సమాచారం-PacBio-CCS-15 Kb | సగటు | గరిష్టంగా | కనిష్ట | మధ్యస్థ |
| దిగుబడి - సబ్‌రెడ్‌లు (Gb) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| యిల్డ్ - CCS(Gb) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| పాలిమరేస్ N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| సబ్‌రెడ్‌లు N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| సగటు పొడవు-పాలిమరేస్ | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| సగటు పొడవు-సబ్‌రెడ్‌లు | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| సగటు పొడవు-CCS | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
16 CLR కణాల నుండి రూపొందించబడిన డేటా (76 జాతుల నుండి)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | సగటు | గరిష్టంగా | కనిష్ట | మధ్యస్థ |
| దిగుబడి - సబ్‌రెడ్‌లు (Gb) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| పాలిమరేస్ N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| సబ్‌రెడ్‌లు N50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| సగటు పొడవు-పాలిమరేస్ | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| సగటు పొడవు-సబ్‌రెడ్‌లు | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2.డేటా QC – డెమోడేటా దిగుబడిపై గణాంకాలు
| నమూనా | ccs చదివిన సంఖ్య | మొత్తం ccs బేస్‌లు (bp) | ccs రీడ్‌లు N50 (bp) | ccs మీన్ పొడవు (bp) | ccs లాంగెస్ట్ రీడ్ (bp) | సబ్‌రీడ్ బేస్‌లు (bp) | ccs రేటు(%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
