-
క్రోమాటిన్ ఇమ్యునోప్రెసిపిటేషన్ సీక్వెన్సింగ్ (ChIP-seq)
ChIP-Seq హిస్టోన్ సవరణ, ట్రాన్స్‌క్రిప్షన్ కారకాలు మరియు ఇతర DNA-అనుబంధ ప్రోటీన్‌ల కోసం DNA లక్ష్యాల జన్యు-వ్యాప్త ప్రొఫైలింగ్‌ను అందిస్తుంది.ఇది నిర్దిష్ట ప్రోటీన్-DNA కాంప్లెక్స్‌లను పునరుద్ధరించడానికి క్రోమాటిన్ ఇమ్యునో-ప్రెసిపిటేషన్ (ChIP) ఎంపికను మిళితం చేస్తుంది, కోలుకున్న DNA యొక్క అధిక-నిర్గమాంశ సీక్వెన్సింగ్ కోసం తదుపరి తరం సీక్వెన్సింగ్ (NGS) శక్తితో ఉంటుంది.అదనంగా, ప్రోటీన్-DNA కాంప్లెక్స్‌లు సజీవ కణాల నుండి తిరిగి పొందబడినందున, బైండింగ్ సైట్‌లను వివిధ కణ రకాలు మరియు కణజాలాలలో లేదా వివిధ పరిస్థితులలో పోల్చవచ్చు.అప్లికేషన్‌లు ట్రాన్స్‌క్రిప్షనల్ రెగ్యులేషన్ నుండి డెవలప్‌మెంటల్ పాత్‌వేస్ వరకు డిసీజ్ మెకానిజమ్స్ మరియు అంతకు మించి ఉంటాయి.
ప్లాట్‌ఫారమ్: ఇల్యూమినా నోవాసెక్ 6000
-
మొత్తం జీనోమ్ బైసల్ఫైట్ సీక్వెన్సింగ్
సైటోసిన్ (5-mC)లో ఐదవ స్థానంలో ఉన్న DNA మిథైలేషన్ జన్యు వ్యక్తీకరణ మరియు సెల్యులార్ కార్యకలాపాలపై ప్రాథమిక ప్రభావాన్ని చూపుతుంది.అసాధారణమైన మిథైలేషన్ నమూనాలు క్యాన్సర్ వంటి అనేక పరిస్థితులు మరియు వ్యాధులతో సంబంధం కలిగి ఉన్నాయి.సింగిల్ బేస్ రిజల్యూషన్‌లో జీనోమ్-వైడ్ మిథైలేషన్‌ను అధ్యయనం చేయడానికి WGBS బంగారు ప్రమాణంగా మారింది.
ప్లాట్‌ఫారమ్: Illumina NovaSeq6000
-
హై త్రూపుట్ సీక్వెన్సింగ్ (ATAC-seq)తో ట్రాన్స్‌పోసేస్-యాక్సెసిబుల్ క్రోమాటిన్ కోసం విశ్లేషణ
ATAC-seq అనేది జీనోమ్-వైడ్ క్రోమాటిన్ యాక్సెసిబిలిటీని విశ్లేషించడానికి హై-త్రూపుట్ సీక్వెన్సింగ్ పద్ధతి, ఇది జన్యు వ్యక్తీకరణ యొక్క ప్రపంచ బాహ్యజన్యు నియంత్రణకు ముఖ్యమైనది.హైపర్యాక్టివ్ Tn5 ట్రాన్స్‌పోసేస్ ద్వారా సీక్వెన్సింగ్ ఎడాప్టర్‌లు ఓపెన్ క్రోమాటిన్ ప్రాంతాలలోకి చొప్పించబడతాయి.PCR విస్తరణ తర్వాత, సీక్వెన్సింగ్ లైబ్రరీ నిర్మించబడింది.అన్ని ఓపెన్ క్రోమాటిన్ ప్రాంతాలు ఒక నిర్దిష్ట స్పేస్-టైమ్ కండిషన్‌లో పొందవచ్చు, కేవలం ట్రాన్స్‌క్రిప్షన్ ఫ్యాక్టర్ లేదా నిర్దిష్ట హిస్టోన్ సవరించిన ప్రాంతం యొక్క బైండింగ్ సైట్‌లకు మాత్రమే పరిమితం కాదు.
-
తగ్గిన ప్రాతినిధ్యం బైసల్ఫైట్ సీక్వెన్సింగ్ (RRBS)
DNA మిథైలేషన్ పరిశోధన అనేది వ్యాధి పరిశోధనలో ఎల్లప్పుడూ చర్చనీయాంశంగా ఉంటుంది మరియు జన్యు వ్యక్తీకరణ మరియు ఫినో-టైపిక్ లక్షణాలకు దగ్గరి సంబంధం కలిగి ఉంటుంది.DNA మిథైలేషన్ పరిశోధన కోసం RRBS ఖచ్చితమైన, సమర్థవంతమైన మరియు ఆర్థిక పద్ధతి.ఎంజైమాటిక్ క్లీవేజ్ (Msp I) ద్వారా ప్రమోటర్ మరియు CpG ద్వీప ప్రాంతాలను మెరుగుపరచడం, బైసల్ఫైట్ సీక్వెన్సింగ్‌తో కలిపి, అధిక రిజల్యూషన్ DNA మిథైలేషన్ గుర్తింపును అందిస్తుంది.
ప్లాట్‌ఫారమ్: ఇల్యూమినా నోవాసెక్ 6000
