డి నోవో ఫంగల్ జీనోమ్ అసెంబ్లీ
BMKGENE విభిన్న పరిశోధన అవసరాలు మరియు కావలసిన జన్యు పరిపూర్ణతను తీర్చడం ద్వారా శిలీంధ్ర జన్యువులకు బహుముఖ పరిష్కారాలను అందిస్తుంది. స్వల్ప-చదివిన ఇల్యూమినా సీక్వెన్సింగ్ను మాత్రమే ఉపయోగించడం వల్ల డ్రాఫ్ట్ జన్యువు ఉత్పత్తి అవుతుంది. నానోపోర్ లేదా ప్యాక్బియోను ఉపయోగించి స్వల్ప-చదివిన మరియు దీర్ఘ-చదివిన సీక్వెన్సింగ్ను కలిపి పొడవైన కాంటిగ్లతో మరింత శుద్ధి చేసిన శిలీంధ్ర జన్యువును తయారు చేస్తారు. అంతేకాకుండా, హై-సి సీక్వెన్సింగ్ను సమగ్రపరచడం వల్ల సామర్థ్యాలు మరింత పెరుగుతాయి, పూర్తి క్రోమోజోమ్-స్థాయి జన్యువును సాధించడానికి వీలు కల్పిస్తుంది.
సేవా లక్షణాలు
కావలసిన జన్యు పరిపూర్ణత స్థాయిని బట్టి ఎంచుకోవడానికి మూడు సాధ్యమైన ఎంపికలు ఉన్నాయి:
● డ్రాఫ్ట్ జీనోమ్ ఎంపిక: ఇల్యూమినా నోవాసెక్ PE150 తో షార్ట్-రీడ్ సీక్వెన్సింగ్.
● ఫంగల్ ఫైన్ జీనోమ్ ఎంపిక:
జీనోమ్ సర్వే: ఇల్యూమినా నోవాసెక్ PE150.
జీనోమ్ అసెంబ్లీ: ప్యాక్బయో రెవియో (హైఫై రీడ్లు) లేదా నానోపోర్ ప్రోమెథియాన్ 48.
● క్రోమోజోమ్-స్థాయి శిలీంధ్ర జీనోమ్:
జీనోమ్ సర్వే: ఇల్యూమినా నోవాసెక్ PE150.
జీనోమ్ అసెంబ్లీ: ప్యాక్బయో రెవియో (హైఫై రీడ్లు) లేదా నానోపోర్ ప్రోమెథియాన్ 48.
హై-సి అసెంబ్లీతో కాంటిగ్ యాంకరింగ్.
సేవా ప్రయోజనాలు
●బహుళ శ్రేణి వ్యూహాలు అందుబాటులో ఉన్నాయి: వివిధ పరిశోధన లక్ష్యాలు మరియు జన్యు పరిపూర్ణత అవసరాల కోసం
●పూర్తి బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ వర్క్ఫ్లో:ఇందులో జీనోమ్ అసెంబ్లీ మరియు బహుళ జన్యు మూలకాల అంచనా, క్రియాత్మక జన్యు వ్యాఖ్యానం మరియు కాంటిగ్ యాంకరింగ్ ఉన్నాయి.
●విస్తృతమైన నైపుణ్యం: 12,000 కంటే ఎక్కువ సూక్ష్మజీవుల జన్యువులను సమీకరించడంతో, మేము దశాబ్దానికి పైగా అనుభవాన్ని, అత్యంత నైపుణ్యం కలిగిన విశ్లేషణ బృందాన్ని, సమగ్రమైన కంటెంట్ను మరియు అద్భుతమైన అమ్మకాల తర్వాత మద్దతును అందిస్తున్నాము.
●అమ్మకాల తర్వాత మద్దతు:మా నిబద్ధత ప్రాజెక్ట్ పూర్తి కాకుండా 3 నెలల అమ్మకాల తర్వాత సేవా వ్యవధిని అందిస్తుంది. ఈ సమయంలో, ఫలితాలకు సంబంధించిన ఏవైనా ప్రశ్నలను పరిష్కరించడానికి మేము ప్రాజెక్ట్ ఫాలో-అప్, ట్రబుల్షూటింగ్ సహాయం మరియు ప్రశ్నోత్తరాల సెషన్లను అందిస్తున్నాము.
సేవా లక్షణాలు
| సేవ | సీక్వెన్సింగ్ స్ట్రాటజీ | నాణ్యత నియంత్రణ |
| డ్రాఫ్ట్ జీనోమ్ | ఇల్యూమినా PE150 100x | క్యూ30≥85% |
| ఫైన్ జీనోమ్ | జీనోమ్ సర్వే: ఇల్యూమినా PE150 50 x అసెంబ్లీ: ప్యాక్బయో హైఫై 30x లేదా నానోపోర్ 100x | కాంటిగ్ N50 ≥1Mb (ప్యాక్బియో యూనిసెల్యులర్) కాంటిగ్ N50 ≥2Mb (ONT ఏకకణ) కాంటిగ్ N50 ≥500kb (ఇతరాలు) |
| క్రోమోజోమ్-స్థాయి జన్యువు | జీనోమ్ సర్వే: ఇల్యూమినా PE150 50 x అసెంబ్లీ: ప్యాక్బయో హైఫై 30x లేదా నానోపోర్ 100x హై-సి అసెంబ్లీ 100x | కాంటిగ్ యాంకరింగ్ నిష్పత్తి>90%
|
సేవా అవసరాలు
| గాఢత (ng/µL) | మొత్తం పరిమాణం (µg) | వాల్యూమ్ (μL) | ఓడి260/280 | ఓడి260/230 | |
| ప్యాక్బయో | ≥20 ≥20 | ≥2 | ≥20 ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 అనేది ≥1.6. |
| నానోపోర్ | ≥40 ≥40 | ≥2 | ≥20 ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| ఇల్యూమినా | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 ≥20 | - | - |
ఏకకణ శిలీంధ్రం: ≥3.5x1010 కణాలు
మాక్రో ఫంగస్: ≥10 గ్రా
సర్వీస్ వర్క్ ఫ్లో
నమూనా డెలివరీ
లైబ్రరీ నిర్మాణం
సీక్వెన్సింగ్
డేటా విశ్లేషణ
అమ్మకాల తర్వాత సేవలు
కింది విశ్లేషణను కలిగి ఉంటుంది:
జీనోమ్ సర్వే:
- డేటా నాణ్యత నియంత్రణను క్రమం చేయడం
- జీనోమ్ అంచనా: పరిమాణం, హెటెరోజైగోసిటీ, పునరావృత మూలకాలు
ఫైన్ జీనోమ్ అసెంబ్లీ:
- డేటా నాణ్యత నియంత్రణను క్రమం చేయడం
- డి నోవోఅసెంబ్లీ
- జీనోమ్ కాంపోనెంట్ విశ్లేషణ: CDS మరియు బహుళ జన్యు మూలకాల అంచనా
- బహుళ సాధారణ డేటాబేస్లు (GO, KEGG, మొదలైనవి) మరియు అధునాతన డేటాబేస్లు (CARD, VFDB, మొదలైనవి) తో ఫంక్షనల్ ఉల్లేఖనం.
హై-సి అసెంబ్లీ:
- హై-సి లైబ్రరీ అసెస్మెంట్.
- కాంటిగ్స్ యాంకరింగ్ క్లస్టరింగ్, ఆర్డరింగ్ మరియు ఓరియంటింగ్
- HI-C అసెంబ్లీ మూల్యాంకనం: రిఫరెన్స్ జీనోమ్ మరియు హీట్ మ్యాప్ ఆధారంగా
జీనోమ్ సర్వే: k-mer పంపిణీ
జీనోమ్ అసెంబ్లీ: జీన్ హోమోలాగస్ అనొటేషన్ (NR డేటాబేస్)
జీనోమ్ అసెంబ్లీ: ఫంక్షనల్ జీన్ అనొటేషన్ (GO)
BMKGene యొక్క ఫంగల్ జీనోమ్ అసెంబ్లీ సేవల ద్వారా సులభతరం చేయబడిన పురోగతులను ప్రచురణల సేకరణ ద్వారా అన్వేషించండి.
హావో, జె. మరియు ఇతరులు (2023) 'మునిగిపోయిన పరిస్థితులలో ఔషధ పుట్టగొడుగు ఇనోనోటస్ ఆబ్లిక్వస్ యొక్క ఇంటిగ్రేటెడ్ ఓమిక్ ప్రొఫైలింగ్',BMC జెనోమిక్స్, 24(1), పేజీలు 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
లు, ఎల్. మరియు ఇతరులు (2023) 'జీనోమ్ సీక్వెన్సింగ్ గోధుమ పదునైన ఐస్పాట్ వ్యాధికారక రైజోక్టోనియా సెరియాలిస్ యొక్క పరిణామం మరియు వ్యాధికారక విధానాలను వెల్లడిస్తుంది',ది క్రాప్ జర్నల్, 11(2), పేజీలు. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
జాంగ్, హెచ్. మరియు ఇతరులు (2023) 'విభిన్నమైన పచ్చిక బయళ్లపై డాలర్ స్పాట్ను కలిగించే నాలుగు క్లారిరీడియా జాతులకు జీనోమ్ వనరులు',మొక్కల వ్యాధి, 107(3), పేజీలు 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
జాంగ్, SS మరియు ఇతరులు (2023) 'తినదగిన పుట్టగొడుగు గ్రిఫోలా ఫ్రోండోసాలో టెట్రాపోలార్ సంభోగ వ్యవస్థ యొక్క జన్యు మరియు పరమాణు ఆధారాలు',జర్నల్ ఆఫ్ ఫంగీ, 9(10), పేజీ 959. డిఓఐ: 10.3390/JOF9100959/S1.
