హై-సి ఆధారిత జీనోమ్ అసెంబ్లీ
సేవా ప్రయోజనాలు
హై-సి యొక్క అవలోకనం
(లీబెర్మాన్-ఐడెన్ ఇ మరియు ఇతరులు.,సైన్స్, 2009)
● కాంటిగ్ యాంకరింగ్ కోసం జన్యు జనాభాను నిర్మించాల్సిన అవసరం లేదు;
● అధిక మార్కర్ సాంద్రత 90% కంటే ఎక్కువ కాంటిగ్స్ యాంకరింగ్ నిష్పత్తికి దారి తీస్తుంది;
● ఇప్పటికే ఉన్న జీనోమ్ అసెంబ్లీలపై మూల్యాంకనం మరియు దిద్దుబాట్లను ప్రారంభిస్తుంది;
● జీనోమ్ అసెంబ్లీలో అధిక ఖచ్చితత్వంతో తక్కువ మలుపు తిరిగే సమయం;
● 500 కంటే ఎక్కువ జాతుల కోసం నిర్మించిన 1000 హై-సి లైబ్రరీలతో సమృద్ధి అనుభవం;
● 760 కంటే ఎక్కువ సంచిత ప్రచురించబడిన ప్రభావ కారకంతో 100 విజయవంతమైన కేసులు;
● పాలీప్లాయిడ్ జీనోమ్ కోసం హై-సి ఆధారిత జీనోమ్ అసెంబ్లీ, మునుపటి ప్రాజెక్ట్‌లో 100% యాంకరింగ్ రేటు సాధించబడింది;
● హై-సి ప్రయోగాలు మరియు డేటా విశ్లేషణ కోసం అంతర్గత పేటెంట్లు మరియు సాఫ్ట్‌వేర్ కాపీరైట్‌లు;
● స్వీయ-అభివృద్ధి చెందిన విజువలైజ్డ్ డేటా ట్యూనింగ్ సాఫ్ట్‌వేర్, మాన్యువల్ బ్లాక్ మూవింగ్, రివర్సింగ్, రివోకింగ్ మరియు రీడూయింగ్‌ని ఎనేబుల్ చేస్తుంది.
సర్వీస్ స్పెసిఫికేషన్స్
|
లైబ్రరీ రకం
|
వేదిక | రీడ్ లెంగ్త్ | వ్యూహాన్ని సిఫార్సు చేయండి |
| హై-సి | ఇల్యూమినా నోవాసెక్ | PE150 | ≥ 100X |
బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ విశ్లేషణలు
● ముడి డేటా నాణ్యత నియంత్రణ
● హై-సి లైబ్రరీ నాణ్యత నియంత్రణ
● హై-సి ఆధారిత జీనోమ్ అసెంబ్లీ
● అసెంబ్లీ అనంతర మూల్యాంకనం
నమూనా అవసరాలు మరియు డెలివరీ
నమూనా అవసరాలు:
| జంతువు | ఫంగస్ | మొక్కలు
|
| ఘనీభవించిన కణజాలం: లైబ్రరీకి 1-2గ్రా సెల్‌లు: ఒక్కో లైబ్రరీకి 1x 10^7 సెల్‌లు | ఘనీభవించిన కణజాలం: లైబ్రరీకి 1గ్రా | ఘనీభవించిన కణజాలం: లైబ్రరీకి 1-2గ్రా
|
| *హై-సి ప్రయోగం కోసం కనీసం 2 ఆల్కాట్‌లను (ఒక్కొక్కటి 1 గ్రా) పంపాలని మేము గట్టిగా సిఫార్సు చేస్తున్నాము. | ||
సిఫార్సు చేయబడిన నమూనా డెలివరీ
కంటైనర్: 2 ml సెంట్రిఫ్యూజ్ ట్యూబ్ (టిన్ ఫాయిల్ సిఫార్సు చేయబడదు)
చాలా నమూనాల కోసం, ఇథనాల్‌లో భద్రపరచవద్దని మేము సిఫార్సు చేస్తున్నాము.
నమూనా లేబులింగ్: నమూనాలను స్పష్టంగా లేబుల్ చేయాలి మరియు సమర్పించిన నమూనా సమాచార ఫారమ్‌తో సమానంగా ఉండాలి.
రవాణా: డ్రై-ఐస్: నమూనాలను ముందుగా సంచుల్లో ప్యాక్ చేయాలి మరియు డ్రై-ఐస్‌లో పాతిపెట్టాలి.
సర్వీస్ వర్క్ ఫ్లో
ప్రయోగ రూపకల్పన
నమూనా డెలివరీ
DNA వెలికితీత
లైబ్రరీ నిర్మాణం
సీక్వెన్సింగ్
డేటా విశ్లేషణ
అమ్మకం తర్వాత సేవలు
*ఇక్కడ చూపిన డెమో ఫలితాలు బయోమార్కర్ టెక్నాలజీస్‌తో ప్రచురించబడిన జీనోమ్‌ల నుండి వచ్చినవి
1.హై-సి ఇంటరాక్షన్ హీట్ మ్యాప్Camptotheca acuminataజీనోమ్.మ్యాప్‌లో చూపినట్లుగా, పరస్పర చర్యల తీవ్రత సరళ దూరంతో ప్రతికూలంగా సంబంధం కలిగి ఉంటుంది, ఇది అత్యంత ఖచ్చితమైన క్రోమోజోమ్-స్థాయి అసెంబ్లీని సూచిస్తుంది.(యాంకరింగ్ నిష్పత్తి: 96.03%)
కాంగ్ M మరియు ఇతరులు.,నేచర్ కమ్యూనికేషన్స్, 2021
2.Hi-C మధ్య విలోమాలను ధ్రువీకరించడం సులభతరం చేసిందిగోసిపియం హిర్సుటమ్L. TM-1 A06 మరియుజి. ఆర్బోరియంChr06
యాంగ్ Z మరియు ఇతరులు.,నేచర్ కమ్యూనికేషన్స్, 2019
3. కాసావా జీనోమ్ SC205 యొక్క అసెంబ్లీ మరియు బియాలిలిక్ డిఫరెన్సియేషన్.హై-సి హీట్‌మ్యాప్ హోమోలాగస్ క్రోమోజోమ్‌లలో స్పష్టమైన విభజన చూపబడింది.
హు W మరియు ఇతరులు.,మాలిక్యులర్ ప్లాంట్, 2021
4.రెండు ఫికస్ జాతుల జీనోమ్ అసెంబ్లీపై హై-సి హీట్‌మ్యాప్:F.మైక్రోకార్పా(యాంకరింగ్ నిష్పత్తి: 99.3%) మరియుF.hispida (యాంకరింగ్ నిష్పత్తి: 99.7%)
జాంగ్ X మరియు ఇతరులు.,సెల్, 2020
BMK కేసు
మర్రి చెట్టు మరియు పరాగ సంపర్క కందిరీగ యొక్క జన్యువులు అత్తి-కందిరీగ సహజీవనం గురించి అంతర్దృష్టులను అందిస్తాయి
ప్రచురించబడింది: సెల్, 2020
సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహం:
F. మైక్రోకార్పా జన్యువు: సుమారు.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. హిస్పిడాజన్యువు: సుమారు.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
యుప్రిస్టినా వెర్టిసిల్లాటాజన్యువు: సుమారు.170 X ప్యాక్‌బయో RSII (65 Gb)
కీలక ఫలితాలు
1.PacBio సీక్వెన్సింగ్, హై-సి మరియు లింకేజ్ మ్యాప్‌ని ఉపయోగించి రెండు మర్రి చెట్టు జన్యువులు మరియు ఒక పరాగ సంపర్క కందిరీగ జన్యువు నిర్మించబడ్డాయి.
(1)F. మైక్రోకార్పాజన్యువు: 908 Kb యొక్క కాంటిగ్ N50, 95.6% BUSCO స్కోర్‌తో 426 Mb (అంచనా వేయబడిన జీనోమ్ పరిమాణంలో 97.7%) అసెంబ్లీ స్థాపించబడింది.మొత్తంగా 423 Mb సీక్వెన్సులు 13 క్రోమోజోమ్‌లకు హై-సి ద్వారా ఎంకరేజ్ చేయబడ్డాయి.జీనోమ్ ఉల్లేఖనం 29,416 ప్రోటీన్-కోడింగ్ జన్యువులను అందించింది.
(2)F. హిస్పిడాజన్యువు: 492 Kb యొక్క కాంటిగ్ N50 మరియు 97.4% BUSCO స్కోర్‌తో 360 Mb (అంచనా వేయబడిన జీనోమ్ పరిమాణంలో 97.3%) యొక్క అసెంబ్లింగ్ వచ్చింది.మొత్తం 359 Mb సీక్వెన్సులు 14 క్రోమోజోమ్‌లపై హై-సి ద్వారా ఎంకరేజ్ చేయబడ్డాయి మరియు అధిక-సాంద్రత అనుసంధాన మ్యాప్‌తో సమానంగా ఉంటాయి.
(3)యుప్రిస్టినా వెర్టిసిల్లాటాజన్యువు: 387 Mb (అంచనా జీనోమ్ పరిమాణం: 382 Mb) యొక్క అసెంబ్లీ 3.1 Mb యొక్క కాంటిగ్ N50 మరియు 97.7% BUSCO స్కోర్‌తో స్థాపించబడింది.
2. తులనాత్మక జెనోమిక్స్ విశ్లేషణ రెండింటి మధ్య అనేక నిర్మాణ వైవిధ్యాలను వెల్లడించిందిఫికస్అనుకూల పరిణామ అధ్యయనాల కోసం అమూల్యమైన జన్యు వనరులను అందించిన జన్యువులు.ఈ అధ్యయనం, మొదటిసారిగా, జన్యు-స్థాయి వద్ద ఫిగ్-కందిరీగ సహజీవనంపై అంతర్దృష్టులను అందించింది.
 రెండు జన్యు లక్షణాలపై సర్కోస్ రేఖాచిత్రంఫికస్క్రోమోజోమ్‌లు, సెగ్మెంటల్ డూప్లికేషన్స్ (SDలు), ట్రాన్స్‌పోజన్‌లు(LTR, TEలు, DNA TEలు), జన్యు వ్యక్తీకరణ మరియు సంశ్లేషణతో సహా జన్యువులు |  Y క్రోమోజోమ్ మరియు లింగ నిర్ధారణ అభ్యర్థి జన్యువు యొక్క గుర్తింపు |
జాంగ్, X. మరియు ఇతరులు."మర్రి చెట్టు మరియు పరాగ సంపర్క కందిరీగ యొక్క జన్యువులు అత్తి-కందిరీగ సహజీవనంపై అంతర్దృష్టులను అందిస్తాయి."సెల్ 183.4(2020).
