లాంగ్ నాన్-కోడింగ్ సీక్వెన్సింగ్-ఇల్యూమినా
సేవా ప్రయోజనాలు
● సేవా ప్రయోజనాలు
● సెల్యులార్ మరియు టిష్యూ నిర్దిష్ట
● నిర్దిష్ట దశ డైనమిక్ వ్యక్తీకరణ మార్పును వ్యక్తపరుస్తుంది మరియు అందిస్తుంది
● సమయం మరియు స్పేస్ వ్యక్తీకరణ యొక్క ఖచ్చితమైన నమూనాలు
● mRNA డేటాతో ఉమ్మడి విశ్లేషణ.
● BMKCloud-ఆధారిత ఫలితాల బట్వాడా: ప్లాట్‌ఫారమ్‌లో అనుకూలీకరించిన డేటా మైనింగ్ అందుబాటులో ఉంది.
● ప్రాజెక్ట్ పూర్తయిన తర్వాత 3 నెలల పాటు చెల్లుబాటు అయ్యే విక్రయం తర్వాత సేవలు
నమూనా అవసరాలు మరియు డెలివరీ
| గ్రంధాలయం | వేదిక | సిఫార్సు చేయబడిన డేటా | డేటా QC |
| rRNA క్షీణత | ఇల్యూమినా PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Conc.(ng/μl) | మొత్తం (μg) | స్వచ్ఛత | సమగ్రత |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 జెల్‌పై చూపబడిన ప్రోటీన్ లేదా DNA కాలుష్యం పరిమితం లేదా లేదు. | మొక్కల కోసం: RIN≥6.5; జంతువుల కోసం: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; పరిమిత లేదా బేస్‌లైన్ ఎలివేషన్ లేదు |
న్యూక్లియోటైడ్లు:
కణజాలం: బరువు(పొడి): ≥1 గ్రా
*5 mg కంటే చిన్న కణజాలం కోసం, ఫ్లాష్ స్తంభింపచేసిన (ద్రవ నత్రజనిలో) కణజాల నమూనాను పంపమని మేము సిఫార్సు చేస్తున్నాము.
సెల్ సస్పెన్షన్: సెల్ కౌంట్ = 3×107
*ఘనీభవించిన సెల్ లైసేట్‌ను రవాణా చేయాలని మేము సిఫార్సు చేస్తున్నాము.ఒకవేళ ఆ గడి 5×10 కంటే తక్కువగా ఉంటే5, ద్రవ నత్రజనిలో స్తంభింపచేసిన ఫ్లాష్ సిఫార్సు చేయబడింది.
రక్త నమూనాలు:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol మరియు 2mL రక్తం(TRIzol:బ్లడ్=3:1)
సిఫార్సు చేయబడిన నమూనా డెలివరీ
కంటైనర్: 2 ml సెంట్రిఫ్యూజ్ ట్యూబ్ (టిన్ ఫాయిల్ సిఫార్సు చేయబడదు)
నమూనా లేబులింగ్: సమూహం+ప్రతిరూపం ఉదా A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
రవాణా:
1.డ్రై-ఐస్: నమూనాలను సంచుల్లో ప్యాక్ చేసి డ్రై-ఐస్‌లో పాతిపెట్టాలి.
2.RNA స్టేబుల్ ట్యూబ్‌లు: RNA నమూనాలను RNA స్టెబిలైజేషన్ ట్యూబ్‌లో ఎండబెట్టి (ఉదా RNAstable®) గది ఉష్ణోగ్రతలో రవాణా చేయవచ్చు.
సర్వీస్ వర్క్ ఫ్లో
ప్రయోగ రూపకల్పన
నమూనా డెలివరీ
RNA వెలికితీత
లైబ్రరీ నిర్మాణం
సీక్వెన్సింగ్
డేటా విశ్లేషణ
అమ్మకం తర్వాత సేవలు
బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్
1.LncRNA వర్గీకరణ
పైన పేర్కొన్న నాలుగు సాఫ్ట్‌వేర్‌ల ద్వారా అంచనా వేయబడిన LncRNA 4 వర్గాలుగా వర్గీకరించబడింది: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;భావం-LncRNA.LncRNA వర్గీకరణ క్రింది హిస్టోగ్రామ్‌లో చూపబడింది.
LncRNA వర్గీకరణ
2. DE-lncRNA సుసంపన్నత విశ్లేషణ యొక్క Cis-లక్ష్య జన్యువులు
జీవ ప్రక్రియలు, పరమాణు విధులు మరియు సెల్యులార్ భాగాల పరంగా విభిన్నంగా వ్యక్తీకరించబడిన lncRNA (DE-lncRNA) యొక్క సిస్-టార్గెటెడ్ జన్యువులపై GO ఎన్‌రిచ్‌మెంట్ విశ్లేషణలో ClusterProfiler ఉపయోగించబడింది.GO ఎన్‌రిచ్‌మెంట్ అనాలిసిస్ అనేది మొత్తం జీనోమ్‌తో పోలిస్తే DEG-డైరెక్ట్ చేయబడిన గణనీయంగా సుసంపన్నమైన GO నిబంధనలను గుర్తించే ప్రక్రియ.సుసంపన్నమైన నిబంధనలు క్రింద చూపిన విధంగా హిస్టోగ్రాం, బబుల్ చార్ట్ మొదలైన వాటిలో ప్రదర్శించబడ్డాయి.
DE-lncRNA సుసంపన్నత విశ్లేషణ యొక్క Cis-టార్గెటెడ్ జన్యువులు -బబుల్ చార్ట్
3. mRNA మరియు lncRNA యొక్క పొడవు, ఎక్సాన్ సంఖ్య, ORF మరియు వ్యక్తీకరణ మొత్తాన్ని పోల్చడం ద్వారా, మేము వాటి మధ్య నిర్మాణం, క్రమం మరియు మొదలైన వాటిలో తేడాలను అర్థం చేసుకోవచ్చు మరియు మేము అంచనా వేసిన నవల lncRNA సాధారణ లక్షణాలకు అనుగుణంగా ఉందో లేదో కూడా ధృవీకరించవచ్చు.
BMK కేసు
KRAS-G12D మ్యుటేషన్ మరియు P53 నాకౌట్‌తో మౌస్ లంగ్ అడెనోకార్సినోమాస్‌లో నియంత్రణ లేని lncRNA వ్యక్తీకరణ ప్రొఫైల్
ప్రచురించబడింది:జర్నల్ ఆఫ్ సెల్యులార్ అండ్ మాలిక్యులర్ మెడిసిన్,2019
సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహం
ఇల్యూమినా
నమూనా సేకరణ
NONMMUT015812-నాక్‌డౌన్ KP (shRNA-2) కణాలు మరియు ప్రతికూల నియంత్రణ (sh-Scr) కణాలు నిర్దిష్ట వైరల్ ఇన్‌ఫెక్షన్ యొక్క 6వ రోజున పొందబడ్డాయి.
కీలక ఫలితాలు
ఈ అధ్యయనం P53 నాకౌట్ మరియు KrasG12D మ్యుటేషన్‌తో మౌస్ లంగ్ అడెనోకార్సినోమాలో అసహజంగా వ్యక్తీకరించబడిన lncRNA లను పరిశోధిస్తుంది.
1.6424 lncRNAలు భేదాత్మకంగా వ్యక్తీకరించబడ్డాయి (≥ 2-రెట్లు మార్పు, P <0.05).
2.మొత్తం 210 lncRNAలలో (FC≥8), 11 lncRNAల వ్యక్తీకరణ P53చే నియంత్రించబడుతుంది, 33 lncRNAలు KRAS ద్వారా మరియు 13 lncRNAలు ప్రాథమిక KP కణాలలో హైపోక్సియా ద్వారా వరుసగా నియంత్రించబడ్డాయి.
3.NONMMUT015812, ఇది మౌస్ లంగ్ అడెనోకార్సినోమాలో అసాధారణంగా నియంత్రించబడింది మరియు P53 రీ-ఎక్స్‌ప్రెషన్ ద్వారా ప్రతికూలంగా నియంత్రించబడుతుంది, దాని సెల్యులార్ పనితీరును విశ్లేషించడానికి కనుగొనబడింది.
4. shRNAల ద్వారా NONMMUT015812 యొక్క నాక్‌డౌన్ KP కణాల విస్తరణ మరియు వలస సామర్థ్యాలను తగ్గించింది.NONMMUT015812 సంభావ్య ఆంకోజీన్.
 NONMMUT015812-నాక్‌డౌన్ KP కణాలలో విభిన్నంగా వ్యక్తీకరించబడిన జన్యువుల KEGG పాత్వే విశ్లేషణ |  NONMMUT015812-నాక్‌డౌన్ KP కణాలలో భేదాత్మకంగా వ్యక్తీకరించబడిన జన్యువుల జన్యు ఒంటాలజీ విశ్లేషణ |
సూచన
KRAS-G12D మ్యుటేషన్ మరియు P53 నాకౌట్[J]తో మౌస్ ఊపిరితిత్తుల అడెనోకార్సినోమాస్‌లో నియంత్రణ లేని lncRNA వ్యక్తీకరణ ప్రొఫైల్.జర్నల్ ఆఫ్ సెల్యులార్ అండ్ మాలిక్యులర్ మెడిసిన్, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
