mRNA-seq (NGS) – డి నోవో

mRNA సీక్వెన్సింగ్ అనేది నిర్దిష్ట పరిస్థితులలో కణాలలోని అన్ని mRNA ట్రాన్స్క్రిప్ట్‌ల ప్రొఫైలింగ్‌ను అనుమతిస్తుంది మరియు ఇది వివిధ పరిశోధనా రంగాలలో విస్తృతంగా ఉపయోగించబడే సాంకేతికత. రిఫరెన్స్ జీనోమ్ అందుబాటులో లేనప్పుడు పాలి-ఎ ఎన్రిచ్డ్ సీక్వెన్సింగ్ లైబ్రరీలను విశ్లేషించడానికి BMKCloud డి నోవో mRNA-seq పైప్‌లైన్ రూపొందించబడింది. ఈ పైప్‌లైన్ నాణ్యత నియంత్రణతో ప్రారంభమై, ఆ తర్వాత...డి నోవోట్రాన్స్క్రిప్ట్ అసెంబ్లీ మరియు యూనిజీన్ సెట్ ఎంపిక. యూనిజీన్ నిర్మాణ విశ్లేషణ కోడింగ్ సీక్వెన్స్ (CDS) మరియు సింపుల్ సీక్వెన్స్ రిపీట్స్ (SSR) లను అంచనా వేస్తుంది. తదనంతరం, డిఫరెన్షియల్ ఎక్స్‌ప్రెషన్ విశ్లేషణ పరీక్షించిన పరిస్థితులలో విభిన్నంగా వ్యక్తమయ్యే జన్యువులను (DEGs) కనుగొంటుంది, దాని తర్వాత జీవసంబంధమైన అంతర్దృష్టులను సంగ్రహించడానికి DEGs యొక్క ఫంక్షనల్ అనోటేషన్ మరియు ఎన్రిచ్మెంట్ జరుగుతుంది.