ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమిక్స్
ప్రకృతి
కమ్యూనికేషన్స్
దీర్ఘకాలిక లింఫోసైటిక్ లుకేమియాలో SF3B1 మ్యుటేషన్ యొక్క పూర్తి-నిడివి ట్రాన్స్క్రిప్ట్ క్యారెక్టరైజేషన్ నిలుపుకున్న ఇంట్రాన్‌లను తగ్గించడాన్ని వెల్లడిస్తుంది
పూర్తి-నిడివి ట్రాన్‌స్క్రిప్ట్‌లు|నానోపోర్ సీక్వెన్సింగ్|ప్రత్యామ్నాయ ఐసోఫార్మ్ విశ్లేషణ
నేపథ్య
Sస్ప్లికింగ్ ఫ్యాక్టర్ SF3B1లోని ఓమాటిక్ ఉత్పరివర్తనలు దీర్ఘకాలిక లింఫోసైటిక్ లుకేమియా(CLL), యూవెల్ మెలనోమా, రొమ్ము క్యాన్సర్ మొదలైన వివిధ క్యాన్సర్‌లతో సంబంధం కలిగి ఉన్నట్లు విస్తృతంగా నివేదించబడింది. అదనంగా, షార్ట్-రీడ్ ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమిక్ అధ్యయనాలు SF3B1 ఉత్పరివర్తనాల ద్వారా ప్రేరేపించబడిన అసహజమైన స్ప్లికింగ్ నమూనాలను వెల్లడించాయి.ఏదేమైనా, ఈ ప్రత్యామ్నాయ స్ప్లికింగ్ నమూనాలపై అధ్యయనాలు చాలా కాలంగా ఈవెంట్-స్థాయికి పరిమితం చేయబడ్డాయి మరియు షార్ట్-రీడ్ అసెంబుల్డ్ ట్రాన్స్‌క్రిప్ట్‌ల పరిమితి కారణంగా ఐసోఫార్మ్-స్థాయిపై జ్ఞానం లేకపోవడం.ఇక్కడ, నానోపోర్ సీక్వెన్సింగ్ ప్లాట్‌ఫారమ్ పూర్తి-నిడివి ట్రాన్‌స్క్రిప్ట్‌లను రూపొందించడానికి పరిచయం చేయబడింది, ఇది AS ఐసోఫామ్‌లపై ఇన్‌వర్స్టిగేషన్‌కు అధికారం ఇచ్చింది.
ప్రయోగాత్మక డిజైన్
ప్రయోగాలు
గ్రూపింగ్:1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(K700E మ్యుటేషన్);3. సాధారణ B-కణాలు
సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహం:MinION 2D లైబ్రరీ సీక్వెన్సింగ్, PromethION 1D లైబ్రరీ సీక్వెన్సింగ్;అదే నమూనాల నుండి షార్ట్-రీడ్ డేటా
సీక్వెన్సింగ్ ప్లాట్‌ఫారమ్:ONT MinION;ONT PromethION;
బయోఇన్ఫర్మేటిక్ విశ్లేషణ
ఫలితాలు
ఎ6 CLL నమూనాలు మరియు 3 B-కణాల నుండి మొత్తం 257 మిలియన్ రీడ్‌లు రూపొందించబడ్డాయి.ఈ రీడ్‌లలో సగటున 30.5% పూర్తి-నిడివి ట్రాన్‌స్క్రిప్ట్‌లుగా గుర్తించబడ్డాయి.
Fఅధిక-విశ్వాసం ఐసోఫామ్‌ల సమితిని రూపొందించడానికి RNA (FLAIR) యొక్క పూర్తి-నిడివి ప్రత్యామ్నాయ ఐసోఫార్మ్ విశ్లేషణ అభివృద్ధి చేయబడింది.FLAIRని ఇలా సంగ్రహించవచ్చు:
Nఅనోపోర్ అమరికను చదువుతుంది: రిఫరెన్స్ జీనోమ్ ఆధారంగా సాధారణ ట్రాన్స్క్రిప్ట్ నిర్మాణాన్ని గుర్తించండి;
Splice జంక్షన్ దిద్దుబాటు: ఉల్లేఖన ఇంట్రాన్‌ల నుండి, షార్ట్-రీడ్ డేటా నుండి ఇంట్రాన్‌లు లేదా రెండింటి నుండి స్ప్లైస్ సైట్‌తో సరైన సీక్వెన్స్ ఎర్రర్‌లు(ఎరుపు);
Collapse: స్ప్లైస్ జంక్షన్ చెయిన్‌ల ఆధారంగా (ఫస్ట్-పాస్ సెట్) ప్రాతినిధ్య ఐసోఫామ్‌లను సంగ్రహించండి.సపోర్టింగ్ రీడ్ల సంఖ్య (థ్రెషోల్డ్: 3) ఆధారంగా అధిక-విశ్వాసం ఐసోఫ్రోమ్‌ను ఎంచుకోండి.
మూర్తి 1. CLLలో SF3B1 మ్యుటేషన్‌తో అనుబంధించబడిన పూర్తి-స్థాయి ఐసోఫామ్‌లను గుర్తించడానికి FLAIR విశ్లేషణ
FLAIR 326,699 హై-కాన్ఫిడెన్స్ స్ప్లైస్డ్ ఐసోఫామ్‌లను గుర్తించింది, వీటిలో 90% నవల ఐసోఫామ్‌లు.ఈ ఉల్లేఖించని ఐసోఫామ్‌లలో ఎక్కువ భాగం తెలిసిన స్ప్లైస్ జంక్షన్‌ల (142,971) నవల కలయికగా గుర్తించబడింది, మిగిలిన నవల ఐసోఫామ్‌లలో ఇంట్రాన్ (21,700) లేదా నవల ఎక్సాన్ (3594) ఉన్నాయి.
Long-రీడ్ సీక్వెన్స్‌లు ఐసోఫార్మ్-లెవల్‌లో మార్చబడిన SF3B1-K700E-మార్చబడిన స్ప్లైస్ సైట్‌ల గుర్తింపును శక్తివంతం చేస్తాయి.35 ప్రత్యామ్నాయ 3'SSలు మరియు 10 ప్రత్యామ్నాయ 5'SSలు SF3B1-K700E మరియు SF3B1-WTల మధ్య గణనీయంగా విభిన్నంగా విభజించబడినట్లు కనుగొనబడింది.35 మార్పుల్లో 33 లాంగ్-రీడ్ సీక్వెన్స్‌ల ద్వారా కొత్తగా కనుగొనబడ్డాయి.నానోపోర్ డేటాలో, SF3B1-K700E-మార్చబడిన 3'SSల మధ్య కానానికల్ సైట్‌ల శిఖరాలకు మధ్య దూరం పంపిణీ -20 bp ఉంటుంది, ఇది CLL షార్ట్-రీడ్ సీక్వెన్స్‌లలో నివేదించబడినట్లుగానే నియంత్రణ పంపిణీ నుండి గణనీయంగా భిన్నంగా ఉంటుంది.ERGIC3 జన్యువు యొక్క ఐసోఫారమ్‌లు విశ్లేషించబడ్డాయి, ఇక్కడ SF3B1-K700Eలో ప్రాక్సిమల్ స్ప్లైస్ సైట్‌ను కలిగి ఉన్న ఒక నవల ఐసోఫామ్ ఎక్కువగా కనుగొనబడింది.ప్రాక్సిమల్ మరియు డిస్టల్ 3'SS రెండూ బహుళ ఐసోఫామ్‌లను ఉత్పత్తి చేసే విభిన్న AS నమూనాలతో అనుబంధించబడ్డాయి.
మూర్తి 2. నానోపోర్ సీక్వెన్సింగ్ డేటాతో గుర్తించబడిన ప్రత్యామ్నాయ 3′ స్ప్లికింగ్ నమూనాలు
IR గుర్తింపు మరియు పరిమాణీకరణపై విశ్వాసం కారణంగా IR ఈవెంట్ వినియోగ విశ్లేషణ స్వల్ప-పఠన ఆధారిత విశ్లేషణలో చాలా కాలం పాటు పరిమితం చేయబడింది.SF3B1-K700E మరియు SF3B1-WTలలో IR ఐసోఫామ్‌ల వ్యక్తీకరణ నానోపోర్ సీక్వెన్స్‌ల ఆధారంగా లెక్కించబడింది, SF3B1-K700Eలో IR ఐసోఫామ్‌ల యొక్క ప్రపంచ నియంత్రణను వెల్లడిస్తుంది.
మూర్తి 4. వ్యవసాయ తీవ్రత మరియు నెట్‌వర్క్ కనెక్టివిటీ మూడు వ్యవసాయ వ్యవస్థలలో (A మరియు B);యాదృచ్ఛిక అటవీ విశ్లేషణ(C) మరియు వ్యవసాయ తీవ్రత మరియు AMF వలసరాజ్యాల మధ్య సంబంధం (D)
మూర్తి 3. CLL SF3B1-K700Eలో ఇంట్రాన్ అద్దె సంఘటనలు మరింత బలంగా నియంత్రించబడ్డాయి
సాంకేతికం
నానోపోర్ లాంగ్-రీడ్ సీక్వెన్సింగ్
Nఅనోపోర్ సీక్వెన్సింగ్ అనేది ఒకే మాలిక్యూల్ రియల్ టైమ్ ఎలక్ట్రికల్ సిగ్నల్ సీక్వెన్సింగ్ టెక్నాలజీ.
Dడబుల్ స్ట్రాండెడ్ DNA లేదా RNA బయోఫిల్మ్‌లో పొందుపరిచిన నానోపోరస్ ప్రొటీన్‌తో బంధిస్తుంది మరియు మోటారు ప్రోటీన్ యొక్క సీసం కింద విడదీస్తుంది.
DNA/RNA తంతువులు నానోపోర్ ఛానల్ ప్రొటీన్ ద్వారా వోల్టేజ్ తేడా చర్యలో నిర్దిష్ట రేటుతో వెళతాయి.
Mరసాయన నిర్మాణం ప్రకారం ఒలిక్యూల్స్ వివిధ విద్యుత్ సంకేతాలను ఉత్పత్తి చేస్తాయి.
Rసీక్వెన్స్‌ల యొక్క ఎల్-టైమ్ డిటెక్షన్ బేస్ కాలింగ్ ద్వారా సాధించబడుతుంది.
పూర్తి-నిడివి ట్రాన్స్క్రిప్ట్ సీక్వెన్సింగ్ యొక్క పనితీరు
√ డేటా సంతృప్తత
పోల్చదగిన డేటా సంతృప్తతను చేరుకోవడానికి 7 రెట్లు తక్కువ రీడ్‌లు అవసరం.
√ ట్రాన్స్క్రిప్ట్ స్ట్రక్చర్ ఐడెంటిఫికేషన్
ప్రతి ట్రాన్స్క్రిప్ట్ యొక్క ఏకాభిప్రాయ పూర్తి-నిడివి రీడౌట్తో విభిన్న నిర్మాణ రూపాంతరాల గుర్తింపు
√ ట్రాన్స్క్రిప్ట్-స్థాయి అవకలన విశ్లేషణ -షార్ట్-రీడ్ల ద్వారా దాచబడిన మార్పులను బహిర్గతం చేయండి
సూచన
టాంగ్ AD , Soulette CM , బారెన్ MJV , మరియు ఇతరులు.దీర్ఘకాలిక లింఫోసైటిక్ లుకేమియాలో SF3B1 మ్యుటేషన్ యొక్క పూర్తి-నిడివి ట్రాన్స్క్రిప్ట్ క్యారెక్టరైజేషన్ నిలుపుకున్న ఇంట్రాన్స్[J] యొక్క నియంత్రణను వెల్లడిస్తుంది.నేచర్ కమ్యూనికేషన్స్.
టెక్ మరియు ముఖ్యాంశాలు వివిధ రీసీచ్ రంగంలో విభిన్న హై-త్రూపుట్ సీక్వెన్సింగ్ టెక్నాలజీల యొక్క అత్యంత ఇటీవలి విజయవంతమైన అప్లికేషన్‌ను పంచుకోవడం మరియు ప్రయోగాత్మక రూపకల్పన మరియు డేటా మైనింగ్‌లో అద్భుతమైన ఆలోచనలను పంచుకోవడం లక్ష్యంగా పెట్టుకుంది.
పోస్ట్ సమయం: జనవరి-08-2022