మొక్క/జంతువుల మొత్తం జీనోమ్ సీక్వెన్సింగ్
సేవా లక్షణాలు
డి నోవో
ఈ సాంకేతికత ముఖ్యంగా అధిక స్థాయి హెటెరోజైగోసిటీ, పునరావృత ప్రాంతాలు, పాలీపోలాయిడ్ జన్యువులు, అసాధారణ CG కంటెంట్లు మొదలైన సవాలుతో కూడిన జన్యువులకు ఉపయోగపడుతుంది.
మా వన్-స్టాప్ సొల్యూషన్ ఇంటిగ్రేటెడ్ సీక్వెన్సింగ్ సేవలు మరియు బయోఇన్ఫర్మేటిక్ విశ్లేషణలను అందిస్తుంది, ఇవి అధిక-నాణ్యత డి నోవో అసెంబుల్డ్ జీనోమ్ను అందిస్తాయి. ఇల్యూమినాతో ప్రారంభ జీనోమ్ సర్వే జన్యు పరిమాణం మరియు సంక్లిష్టత యొక్క అంచనాలను అందిస్తుంది మరియు ఈ సమాచారం ప్యాక్బయో హైఫైతో దీర్ఘ-చదివిన సీక్వెన్సింగ్ యొక్క తదుపరి దశకు మార్గనిర్దేశం చేయడానికి ఉపయోగించబడుతుంది, తరువాతకొత్తగాకాంటిగ్ల అసెంబ్లీ. HiC అసెంబ్లీని తరువాత ఉపయోగించడం వలన కాంటిగ్లు జన్యువుకు లంగరు వేయబడతాయి, క్రోమోజోమ్-స్థాయి అసెంబ్లీని పొందుతాయి. చివరగా, జన్యు అంచనా ద్వారా మరియు వ్యక్తీకరించబడిన జన్యువులను క్రమం చేయడం ద్వారా, చిన్న మరియు పొడవైన రీడ్లతో ట్రాన్స్క్రిప్టోమ్లను ఆశ్రయించడం ద్వారా జన్యువు వ్యాఖ్యానించబడుతుంది.
-- ఒకే చోట పరిష్కారంలో బహుళ సీక్వెన్సింగ్ మరియు బయోఇన్ఫర్మేటిక్ సేవల ఏకీకరణ.నిర్మాణ నవలకు తగిన సేవ
-- ఆసక్తి ఉన్న జాతుల కోసం జన్యువులు లేదా ఇప్పటికే ఉన్న సూచన జన్యువుల మెరుగుదల.
సారూప్యత
-- లైబ్రరీ తయారీ ప్రామాణికంగా లేదా PCR రహితంగా ఉండవచ్చు
-- 4 సీక్వెన్సింగ్ ప్లాట్ఫామ్లలో లభిస్తుంది: ఇల్యూమినా నోవాసెక్, MGI T7, నానోపోర్ ప్రోమెథియాన్ P48 లేదా ప్యాక్బయో రెవియో.
-- బయోఇన్ఫర్మేటిక్ విశ్లేషణ వేరియంట్ కాలింగ్పై దృష్టి పెట్టింది: SNP, InDel, SV మరియు CNV
సేవా ప్రయోజనాలు
●విస్తృతమైన నైపుణ్యం మరియు ప్రచురణ రికార్డు: కోసంకొత్తగాసేవలతో, డిప్లాయిడ్ జన్యువులు మరియు పాలీప్లాయిడ్ మరియు అల్లోపాలిప్లోయిడ్ జాతుల అత్యంత సంక్లిష్టమైన జన్యువులతో సహా విభిన్న జాతుల అధిక-నాణ్యత జన్యు అసెంబ్లీలో మేము భారీ అనుభవాన్ని సేకరించాము. 2018 నుండి, మేము 300 కంటే ఎక్కువ అధిక-ప్రభావ ప్రచురణలకు దోహదపడ్డాము మరియు వాటిలో 20+ నేచర్ జెనెటిక్స్లో ప్రచురించబడ్డాయి. జన్యు పునః శ్రేణిలో, మేము 1000 కంటే ఎక్కువ జాతులను సేకరించాము, దీని ఫలితంగా 5000 కంటే ఎక్కువ సంచిత ప్రభావ కారకంతో 1000 కంటే ఎక్కువ ప్రచురించబడిన కేసులు ఏర్పడ్డాయి.
●వన్-స్టాప్ సొల్యూషన్: ఆన్కొత్తగాసీక్వెన్సింగ్లో, మా ఇంటిగ్రేటెడ్ విధానం బహుళ సీక్వెన్సింగ్ టెక్నాలజీలను మరియు బయోఇన్ఫర్మేటిక్ విశ్లేషణలను ఒక సమన్వయ వర్క్ఫ్లోగా మిళితం చేస్తుంది, ఇది అధిక-నాణ్యతతో కూడిన జీనోమ్ను అందిస్తుంది.
●మీ అవసరాలకు అనుగుణంగా: మా సేవా వర్క్ఫ్లో అనుకూలీకరించదగినది, విభిన్న లక్షణాలు మరియు నిర్దిష్ట పరిశోధన అవసరాలతో జన్యువులకు అనుగుణంగా ఉండటానికి వీలు కల్పిస్తుంది.
●అత్యంత నైపుణ్యం కలిగిన బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ మరియు ప్రయోగశాల బృందం: అది కోసమోకొత్తగాసీక్వెన్సింగ్ లేదా రీ-సీక్వెన్సింగ్ విషయంలో, ప్రాజెక్ట్ విజయానికి హామీ ఇవ్వడానికి మా బృందంలో నైపుణ్యం కలిగిన సాధనాలు మరియు జ్ఞానం ఉన్నాయి. వారు అభివృద్ధి చేసిన పేటెంట్లు మరియు సాఫ్ట్వేర్ కాపీరైట్ల శ్రేణితో దీనిని ధృవీకరించవచ్చు.
● అమ్మకాల తర్వాత మద్దతు:మా నిబద్ధత ప్రాజెక్ట్ పూర్తి కాకుండా 3 నెలల అమ్మకాల తర్వాత సేవా వ్యవధిని అందిస్తుంది. ఈ సమయంలో, ఫలితాలకు సంబంధించిన ఏవైనా ప్రశ్నలను పరిష్కరించడానికి మేము ప్రాజెక్ట్ ఫాలో-అప్, ట్రబుల్షూటింగ్ సహాయం మరియు ప్రశ్నోత్తరాల సెషన్లను అందిస్తున్నాము.
●సమగ్ర బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ విశ్లేషణ: వేరియేషన్ కాలింగ్ మరియు ఫంక్షన్ ఉల్లేఖనంతో సహా.
●సీక్వెన్సింగ్ కోసం సమగ్ర వ్యాఖ్యానం: గుర్తించబడిన వైవిధ్యాలతో జన్యువులను క్రియాత్మకంగా వ్యాఖ్యానించడానికి మరియు సంబంధిత సుసంపన్న విశ్లేషణను నిర్వహించడానికి, మీ పరిశోధన ప్రాజెక్టులపై అంతర్దృష్టులను అందించడానికి మేము బహుళ డేటాబేస్లను ఉపయోగిస్తాము.
సేవా లక్షణాలు
| గుర్తించాల్సిన వైవిధ్యాలు | సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహం | సిఫార్సు చేయబడిన లోతు |
| SNP మరియు InDel | ఇల్యూమినా నోవాసెక్ PE150 లేదా MGI T7 | 10x (10x) समानी |
| SV మరియు CNV (తక్కువ ఖచ్చితత్వం) | 30x (30x) | |
| SV మరియు CNV (మరింత ఖచ్చితమైనది) | నానోపోర్ ప్రోమ్ P48 | 20x |
| SNPలు, ఇండెల్స్, SV మరియు CNVలు | ప్యాక్బయో రెవియో | 10x (10x) समानी |
నమూనా అవసరాలు
| కణజాలం లేదా సంగ్రహించిన న్యూక్లియిక్ ఆమ్లాలు | ఇల్యూమినా/MGI | నానోపోర్ | ప్యాక్బయో
| ||
| జంతు విసెరా | 0.5-1 గ్రా | ≥ 3.5 గ్రా
| ≥ 3.5 గ్రా
| ||
| జంతు కండరం | ≥ 5 గ్రా
| ≥ 5 గ్రా
| |||
| క్షీరద రక్తం | 1.5 మి.లీ. | ≥ 0.5 మి.లీ.
| ≥ 5 మి.లీ.
| ||
| పౌల్ట్రీ/చేప రక్తం | ≥ 0.1 మి.లీ.
| ≥ 0.5 మి.లీ.
| |||
| మొక్క- తాజా ఆకు | 1-2 గ్రా | ≥ 2 గ్రా
| ≥ 5 గ్రా
| ||
| కల్చర్డ్ సెల్స్ |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| కీటకాల మృదు కణజాలం/వ్యక్తి | 0.5-1 గ్రా | ≥ 1 గ్రా
| ≥ 3 గ్రా
| ||
| సంగ్రహించిన DNA
| ఏకాగ్రత: ≥ 1 ng/ µL మొత్తం: ≥ 30 ng క్షీణత లేదా కాలుష్యం పరిమితంగా లేదా అస్సలు లేదు
| ఏకాగ్రత మొత్తం
ఓడి260/280
ఓడి260/230
క్షీణత లేదా కాలుష్యం పరిమితంగా లేదా అస్సలు లేదు
| ≥ 40 ng/ μL 4 µg/ఫ్లో సెల్/నమూనా
1.7-2.2
≥1.5 ≥1.5 | ఏకాగ్రత మొత్తం
ఓడి260/280
ఓడి260/230
క్షీణత లేదా కాలుష్యం పరిమితంగా లేదా అస్సలు లేదు | ≥ 50 ng/ μL 10 µg/ఫ్లో సెల్/నమూనా
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| PCR రహిత లైబ్రరీ తయారీ: ఏకాగ్రత≥ 40 ng/ µL మొత్తం≥ 500 ng | |||||
సర్వీస్ వర్క్ ఫ్లో
నమూనా డెలివరీ
DNA వెలికితీత
లైబ్రరీ నిర్మాణం
సీక్వెన్సింగ్
డేటా విశ్లేషణ
డేటా డెలివరీ
డి నోవోబయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ పైప్లైన్
అసెంబ్లీ కోసం మా విభిన్న పైప్లైన్ల అవలోకనాన్ని మీరు చూడాలనుకుంటే:
పూర్తి బయోఇన్ఫర్మేటిక్ విశ్లేషణ, 4 దశలుగా విభజించబడింది:
1. NGS రీడ్లతో k-mer విశ్లేషణ ఆధారంగా జీనోమ్ సర్వే.ఇది మాకు దీనిపై సమాచారాన్ని అందిస్తుంది:
- జన్యు పరిమాణం అంచనా
- హెటెరోజైగోసిటీ అంచనా
- పునరావృత ప్రాంతాల అంచనా
2. ప్యాక్బయో హైఫైతో జీనోమ్ అసెంబ్లీ.దీర్ఘ రీడ్లను ఉపయోగించడం వల్ల మనకు ఇవి లభిస్తాయి:
- డి నోవోఅసెంబ్లీ
- అసెంబ్లీ అంచనా: జన్యు పరిపూర్ణత కోసం BUSCO విశ్లేషణ మరియు NGS మరియు PacBio HiFi రీడ్ల మ్యాపింగ్ బ్యాక్తో సహా.
3. హై-సి అసెంబ్లీ.ఒకసారి మనం అసెంబ్లీని ఏర్పాటు చేసుకున్న తర్వాత, జీనోమ్ 3D నిర్మాణంపై సమాచారాన్ని కలిగి ఉండటం వలన మనం నిర్మిస్తున్న రిఫరెన్స్ జీనోమ్ మరింత జ్ఞానాన్ని పొందుతుంది మరియు దానిని సుసంపన్నం చేస్తుంది.
- చెల్లుబాటు అయ్యే Hi-C పరస్పర చర్యలను అంచనా వేయడానికి Hi-C లైబ్రరీ QC.
- హై-సి అసెంబ్లీ. మేము సమూహాలలో కాంటిగ్లను క్లస్టరింగ్ చేస్తాము, తరువాత ప్రతి సమూహంలో కాంటిగ్ ఆర్డరింగ్ మరియు కాంటిగ్ ఓరియంటేషన్ను కేటాయిస్తాము.
- హై-సి మూల్యాంకనం
4. జీనోమ్ వ్యాఖ్యానం:
- కోడింగ్ కాని RNA అంచనా
- పునరావృత శ్రేణుల గుర్తింపు (ట్రాన్స్పోజన్లు మరియు టాండమ్ రిపీట్లు)
- జన్యు అంచనా
- డి నోవో: ప్రారంభ అల్గోరిథంలు
- సమజాతత్వం ఆధారంగా
- ట్రాన్స్క్రిప్టోమ్ ఆధారంగా, దీర్ఘ మరియు చిన్న రీడ్లతో: రీడ్లుకొత్తగాడ్రాఫ్ట్ జీనోమ్కు సమీకరించబడింది లేదా మ్యాప్ చేయబడింది
- బహుళ డేటాబేస్లతో అంచనా వేసిన జన్యువుల వ్యాఖ్యానం
పునః క్రమంబయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ పైప్లైన్
కింది విశ్లేషణను కలిగి ఉంటుంది:
- ముడి డేటా నాణ్యత నియంత్రణ
- రిఫరెన్స్ జీనోమ్కు అమరిక యొక్క గణాంకాలు
- వేరియంట్ గుర్తింపు: SNP, InDel, SV మరియు CNV
- వైవిధ్యాల యొక్క క్రియాత్మక ఉల్లేఖనం
రిఫరెన్స్ జీనోమ్కు అమరిక యొక్క గణాంకాలు - లోతు పంపిణీని క్రమం చేయడం
బహుళ నమూనాలలో SNP కాలింగ్
ఇన్డెల్ గుర్తింపు - CDS ప్రాంతం మరియు జన్యు-వ్యాప్త ప్రాంతంలో ఇన్డెల్ పొడవు యొక్క గణాంకాలు
జన్యువు అంతటా వేరియంట్ పంపిణీ - సర్కోస్ ప్లాట్
గుర్తించబడిన వైవిధ్యాలతో జన్యువుల క్రియాత్మక ఉల్లేఖనం - జీన్ ఒంటాలజీ
చాయ్, క్యూ. మరియు ఇతరులు (2023) 'పత్తిలో ఆంథోసైనిన్ చేరడం నియంత్రించడం ద్వారా గ్లూటాతియోన్ S-ట్రాన్స్ఫేరేస్ GhTT19 పూల రేకుల వర్ణద్రవ్యాన్ని నిర్ణయిస్తుంది',ప్లాంట్ బయోటెక్నాలజీ జర్నల్, 21(2), p. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
చెంగ్, హెచ్. మరియు ఇతరులు (2023) 'క్రోమోజోమ్-స్థాయి వైల్డ్ హెవియా బ్రసిలియెన్సిస్ జన్యువు జన్యు-సహాయక పెంపకం కోసం కొత్త సాధనాలను మరియు రబ్బరు దిగుబడిని పెంచడానికి విలువైన లోకీని అందిస్తుంది',ప్లాంట్ బయోటెక్నాలజీ జర్నల్, 21(5), పేజీలు 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
లి, సి. మరియు ఇతరులు (2021) 'జీనోమ్ సీక్వెన్సులు ప్రపంచ వ్యాప్తి మార్గాలను వెల్లడిస్తాయి మరియు సముద్ర గుర్రాల పరిణామంలో కన్వర్జెంట్ జన్యు అనుసరణలను సూచిస్తాయి',నేచర్ కమ్యూనికేషన్స్, 12(1). డిఓఐ: 10.1038/ఎస్41467-021-21379-ఎక్స్.
లి, వై. మరియు ఇతరులు (2023) 'పెద్ద-స్థాయి క్రోమోజోమల్ మార్పులు గయాల్ (బోస్ ఫ్రంటాలిస్)లో జీనోమ్-స్థాయి వ్యక్తీకరణ మార్పులు, పర్యావరణ అనుకూలత మరియు స్పెసియేషన్కు దారితీస్తాయి',మాలిక్యులర్ బయాలజీ మరియు పరిణామం, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
టియాన్, టి. మరియు ఇతరులు (2023) 'ప్రముఖ కరువు-నిరోధక మొక్కజొన్న జెర్మ్ప్లాజమ్ యొక్క జన్యు అసెంబ్లీ మరియు జన్యు విచ్ఛేదనం',నేచర్ జెనెటిక్స్ 202355:3, 55(3), పేజీలు. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
జాంగ్, ఎఫ్. మరియు ఇతరులు (2023) 'సోలనేసి కుటుంబంలోని రెండు జన్యువులను విశ్లేషించడం ద్వారా ట్రోపేన్ ఆల్కలాయిడ్ బయోసింథసిస్ పరిణామాన్ని వెల్లడిస్తున్నారు',నేచర్ కమ్యూనికేషన్స్2023 14:1, 14(1), పేజీలు 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
జెంగ్, టి. మరియు ఇతరులు (2022) 'కాలక్రమేణా చైనీస్ దేశీయ కోళ్లలో జన్యురాశి మరియు మిథైలేషన్ మార్పుల విశ్లేషణ జాతుల పరిరక్షణపై అంతర్దృష్టిని అందిస్తుంది',కమ్యూనికేషన్స్ బయాలజీ, 5(1), పేజీలు 1–12. డిఓఐ: 10.1038/s42003-022-03907-7.
సవాలుతో కూడిన కేస్-స్టడీలు:
టెలోమీర్-టు-టెలోమీర్ అసెంబ్లీ:ఫూ, ఎ. మరియు ఇతరులు (2023) 'చేదు పుచ్చకాయ యొక్క టెలోమీర్-టు-టెలోమీర్ జీనోమ్ అసెంబ్లీ (మోమోర్డికా చరంటియా ఎల్. వర్. అబ్రేవియాటా సెర్.) పండ్ల అభివృద్ధి, కూర్పు మరియు పండిన జన్యు లక్షణాలను వెల్లడిస్తుంది',ఉద్యానవన పరిశోధన, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
హాప్లోటైప్ అసెంబ్లీ:హు, డబ్ల్యూ. మరియు ఇతరులు (2021) 'కాసావా పరిణామ సమయంలో అల్లెల్-నిర్వచించిన జన్యువు ద్విపద భేదాన్ని వెల్లడిస్తుంది',మాలిక్యులర్ ప్లాంట్, 14(6), పేజీలు. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
జెయింట్ జీనోమ్ అసెంబ్లీ:యువాన్, జె. మరియు ఇతరులు (2022) 'గిగా-క్రోమోజోమ్ల జన్యు ఆధారం మరియు చెట్టు పియోని పేయోనియా ఓస్టి యొక్క గిగా-జీనోమ్',నేచర్ కమ్యూనికేషన్స్2022 13:1, 13(1), పేజీలు 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
పాలీప్లాయిడ్ జన్యు కూర్పు:జాంగ్, క్యూ. మరియు ఇతరులు (2022) 'ఆటోపాలిప్లోయిడ్ చెరకు సాచరమ్ స్పాంటేనియం యొక్క ఇటీవలి క్రోమోజోమ్ తగ్గింపుపై జన్యుపరమైన అంతర్దృష్టులు',నేచర్ జెనెటిక్స్ 202254:6, 54(6), పేజీలు 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
