-
సింగిల్-న్యూక్లియై RNA సీక్వెన్సింగ్
సింగిల్-సెల్ క్యాప్చర్ మరియు కస్టమ్ లైబ్రరీ నిర్మాణ పద్ధతుల అభివృద్ధి, అధిక-త్రూపుట్ సీక్వెన్సింగ్తో కలిపి, సెల్ స్థాయిలో జన్యు వ్యక్తీకరణ అధ్యయనాలను విప్లవాత్మకంగా మార్చింది. ఈ పురోగతి సంక్లిష్ట కణ జనాభా యొక్క లోతైన మరియు మరింత సమగ్ర విశ్లేషణకు అనుమతిస్తుంది, అన్ని కణాలపై సగటు జన్యు వ్యక్తీకరణతో సంబంధం ఉన్న పరిమితులను అధిగమించి మరియు ఈ జనాభాలోని నిజమైన వైవిధ్యతను కాపాడుతుంది. సింగిల్-సెల్ RNA సీక్వెన్సింగ్ (scRNA-seq) కాదనలేని ప్రయోజనాలను కలిగి ఉన్నప్పటికీ, ఇది కొన్ని కణజాలాలలో సవాళ్లను ఎదుర్కొంటుంది, ఇక్కడ సింగిల్-సెల్ సస్పెన్షన్ను సృష్టించడం కష్టమని నిరూపించబడుతుంది మరియు తాజా నమూనాలు అవసరం. BMKGene వద్ద, అత్యాధునిక 10X జెనోమిక్స్ క్రోమియం టెక్నాలజీని ఉపయోగించి సింగిల్-న్యూక్లియస్ RNA సీక్వెన్సింగ్ (snRNA-seq) ను అందించడం ద్వారా మేము ఈ అడ్డంకిని పరిష్కరిస్తాము. ఈ విధానం సింగిల్-సెల్ స్థాయిలో ట్రాన్స్క్రిప్ట్ విశ్లేషణకు అనుకూలమైన నమూనాల వర్ణపటాన్ని విస్తృతం చేస్తుంది.
న్యూక్లియైల ఐసోలేషన్ వినూత్నమైన 10X జెనోమిక్స్ క్రోమియం చిప్ ద్వారా సాధించబడుతుంది, ఇది డబుల్ క్రాసింగ్లతో కూడిన ఎనిమిది-ఛానల్ మైక్రోఫ్లూయిడిక్స్ వ్యవస్థను కలిగి ఉంటుంది. ఈ వ్యవస్థలో, బార్కోడ్లు, ప్రైమర్లు, ఎంజైమ్లు మరియు ఒకే న్యూక్లియస్ను కలిగి ఉన్న జెల్ పూసలు నానోలిటర్-పరిమాణ నూనె చుక్కలలో కప్పబడి, జెల్ బీడ్-ఇన్-ఎమల్షన్ (GEM) ను ఏర్పరుస్తాయి. GEM ఏర్పడిన తరువాత, ప్రతి GEM లోపల సెల్ లైసిస్ మరియు బార్కోడ్ విడుదల జరుగుతుంది. తదనంతరం, mRNA అణువులు cDNAలలోకి రివర్స్ ట్రాన్స్క్రిప్షన్కు లోనవుతాయి, 10X బార్కోడ్లు మరియు యూనిక్ మాలిక్యులర్ ఐడెంటిఫైయర్లను (UMIలు) కలుపుతాయి. ఈ cDNAలు అప్పుడు ప్రామాణిక సీక్వెన్సింగ్ లైబ్రరీ నిర్మాణానికి లోబడి ఉంటాయి, సింగిల్-సెల్ స్థాయిలో జన్యు వ్యక్తీకరణ ప్రొఫైల్ల యొక్క బలమైన మరియు సమగ్ర అన్వేషణను సులభతరం చేస్తాయి.
ప్లాట్ఫామ్: 10× జెనోమిక్స్ క్రోమియం మరియు ఇల్యూమినా నోవాసెక్ ప్లాట్ఫామ్
-
10x జెనోమిక్స్ విజియం స్పేషియల్ ట్రాన్స్క్రిప్టోమ్
స్పేషియల్ ట్రాన్స్క్రిప్టోమిక్స్ అనేది అత్యాధునిక సాంకేతికత, ఇది పరిశోధకులు కణజాలాలలో జన్యు వ్యక్తీకరణ నమూనాలను పరిశోధించడానికి మరియు వాటి ప్రాదేశిక సందర్భాన్ని కాపాడుకోవడానికి అనుమతిస్తుంది. ఈ డొమైన్లో ఒక శక్తివంతమైన వేదిక 10x జెనోమిక్స్ విసియం ఇల్యూమినా సీక్వెన్సింగ్తో జతచేయబడింది. 10X విసియం సూత్రం కణజాల విభాగాలు ఉంచబడిన నియమించబడిన సంగ్రహ ప్రాంతంతో కూడిన ప్రత్యేక చిప్పై ఉంది. ఈ సంగ్రహ ప్రాంతంలో బార్కోడ్ చేసిన మచ్చలు ఉంటాయి, ప్రతి ఒక్కటి కణజాలంలో ఒక ప్రత్యేకమైన ప్రాదేశిక స్థానానికి అనుగుణంగా ఉంటుంది. కణజాలం నుండి సంగ్రహించబడిన RNA అణువులను రివర్స్ ట్రాన్స్క్రిప్షన్ ప్రక్రియలో ప్రత్యేకమైన మాలిక్యులర్ ఐడెంటిఫైయర్లతో (UMIలు) లేబుల్ చేస్తారు. ఈ బార్కోడ్ చేసిన మచ్చలు మరియు UMIలు ఒకే-సెల్ రిజల్యూషన్లో జన్యు వ్యక్తీకరణ యొక్క ఖచ్చితమైన ప్రాదేశిక మ్యాపింగ్ మరియు పరిమాణీకరణను అనుమతిస్తాయి. స్పేషియల్ బార్కోడ్ చేసిన నమూనాలు మరియు UMIల కలయిక ఉత్పత్తి చేయబడిన డేటా యొక్క ఖచ్చితత్వం మరియు విశిష్టతను నిర్ధారిస్తుంది. ఈ స్పేషియల్ ట్రాన్స్క్రిప్టోమిక్స్ సాంకేతికతను ఉపయోగించడం ద్వారా, పరిశోధకులు కణాల ప్రాదేశిక సంస్థ మరియు కణజాలాలలో సంభవించే సంక్లిష్ట పరమాణు పరస్పర చర్యల గురించి లోతైన అవగాహనను పొందవచ్చు, ఆంకాలజీ, న్యూరోసైన్స్, డెవలప్మెంటల్ బయాలజీ, ఇమ్యునాలజీ మరియు బొటానికల్ అధ్యయనాలతో సహా బహుళ రంగాలలో జీవ ప్రక్రియల అంతర్లీన విధానాలపై అమూల్యమైన అంతర్దృష్టులను అందిస్తారు.
ప్లాట్ఫామ్: 10X జెనోమిక్స్ విసియం మరియు ఇల్యూమినా నోవాసెక్
-
పూర్తి-పొడవు mRNA సీక్వెన్సింగ్-నానోపోర్
NGS-ఆధారిత mRNA సీక్వెన్సింగ్ జన్యు వ్యక్తీకరణను లెక్కించడానికి ఒక బహుముఖ సాధనం అయినప్పటికీ, దాని చిన్న రీడ్లపై ఆధారపడటం సంక్లిష్టమైన ట్రాన్స్క్రిప్టోమిక్ విశ్లేషణలలో దాని సామర్థ్యాన్ని పరిమితం చేస్తుంది. మరోవైపు, నానోపోర్ సీక్వెన్సింగ్ లాంగ్-రీడ్ టెక్నాలజీని ఉపయోగిస్తుంది, పూర్తి-నిడివి గల mRNA ట్రాన్స్క్రిప్ట్ల సీక్వెన్సింగ్ను అనుమతిస్తుంది. ఈ విధానం ప్రత్యామ్నాయ స్ప్లిసింగ్, జన్యు ఫ్యూజన్లు, పాలీ-అడెనిలేషన్ మరియు mRNA ఐసోఫామ్ల పరిమాణీకరణ యొక్క సమగ్ర అన్వేషణను సులభతరం చేస్తుంది.
నానోపోర్ సీక్వెన్సింగ్, నానోపోర్ సింగిల్-మాలిక్యూల్ రియల్-టైమ్ ఎలక్ట్రికల్ సిగ్నల్స్పై ఆధారపడే పద్ధతి, రియల్-టైమ్లో ఫలితాలను అందిస్తుంది. మోటారు ప్రోటీన్లచే మార్గనిర్దేశం చేయబడి, డబుల్-స్ట్రాండెడ్ DNA బయోఫిల్మ్లో పొందుపరచబడిన నానోపోర్ ప్రోటీన్లతో బంధిస్తుంది, వోల్టేజ్ వ్యత్యాసంతో నానోపోర్ ఛానల్ గుండా వెళుతున్నప్పుడు విడదీయబడుతుంది. DNA స్ట్రాండ్పై వేర్వేరు స్థావరాల ద్వారా ఉత్పత్తి చేయబడిన విలక్షణమైన విద్యుత్ సంకేతాలను గుర్తించి నిజ-సమయంలో వర్గీకరిస్తారు, ఖచ్చితమైన మరియు నిరంతర న్యూక్లియోటైడ్ సీక్వెన్సింగ్ను సులభతరం చేస్తారు. ఈ వినూత్న విధానం స్వల్ప-పఠన పరిమితులను అధిగమిస్తుంది మరియు తక్షణ ఫలితాలతో సంక్లిష్టమైన ట్రాన్స్క్రిప్టోమిక్ అధ్యయనాలతో సహా సంక్లిష్టమైన జన్యు విశ్లేషణకు డైనమిక్ ప్లాట్ఫామ్ను అందిస్తుంది.
వేదిక: నానోపోర్ ప్రోమెథియాన్ 48
-
పూర్తి-నిడివి mRNA సీక్వెన్సింగ్ -PacBio
NGS-ఆధారిత mRNA సీక్వెన్సింగ్ జన్యు వ్యక్తీకరణను లెక్కించడానికి ఒక బహుముఖ సాధనం అయితే, దాని చిన్న రీడ్లపై ఆధారపడటం సంక్లిష్టమైన ట్రాన్స్క్రిప్టోమిక్ విశ్లేషణలలో దాని వినియోగాన్ని పరిమితం చేస్తుంది. మరోవైపు, ప్యాక్బయో సీక్వెన్సింగ్ (ఐసో-సీక్) లాంగ్-రీడ్ టెక్నాలజీని ఉపయోగిస్తుంది, ఇది పూర్తి-నిడివి గల mRNA ట్రాన్స్క్రిప్ట్ల సీక్వెన్సింగ్ను అనుమతిస్తుంది. ఈ విధానం ప్రత్యామ్నాయ స్ప్లిసింగ్, జీన్ ఫ్యూజన్లు మరియు పాలీ-అడెనిలేషన్ యొక్క సమగ్ర అన్వేషణను సులభతరం చేస్తుంది. అయితే, అవసరమైన అధిక మొత్తంలో డేటా కారణంగా జన్యు వ్యక్తీకరణ పరిమాణీకరణకు ఇతర ఎంపికలు ఉన్నాయి. ప్యాక్బయో సీక్వెన్సింగ్ టెక్నాలజీ సింగిల్-మాలిక్యూల్, రియల్-టైమ్ (SMRT) సీక్వెన్సింగ్పై ఆధారపడుతుంది, ఇది పూర్తి-నిడివి గల mRNA ట్రాన్స్క్రిప్ట్లను సంగ్రహించడంలో ప్రత్యేక ప్రయోజనాన్ని అందిస్తుంది. ఈ వినూత్న విధానంలో జీరో-మోడ్ వేవ్గైడ్లు (ZMWలు) మరియు మైక్రోఫ్యాబ్రికేటెడ్ బావులను ఉపయోగించడం జరుగుతుంది, ఇవి సీక్వెన్సింగ్ సమయంలో DNA పాలిమరేస్ కార్యాచరణ యొక్క నిజ-సమయ పరిశీలనను ప్రారంభిస్తాయి. ఈ ZMWలలో, ప్యాక్బయో యొక్క DNA పాలిమరేస్ DNA యొక్క పరిపూరకరమైన స్ట్రాండ్ను సంశ్లేషణ చేస్తుంది, mRNA ట్రాన్స్క్రిప్ట్ల మొత్తాన్ని విస్తరించి ఉన్న లాంగ్ రీడ్లను ఉత్పత్తి చేస్తుంది. సర్క్యులర్ కాన్సెన్సస్ సీక్వెన్సింగ్ (CCS) మోడ్లో ప్యాక్బయో ఆపరేషన్ ఒకే అణువును పదే పదే క్రమం చేయడం ద్వారా ఖచ్చితత్వాన్ని పెంచుతుంది. ఉత్పత్తి చేయబడిన హైఫై రీడ్లు NGSతో పోల్చదగిన ఖచ్చితత్వాన్ని కలిగి ఉంటాయి, సంక్లిష్టమైన ట్రాన్స్క్రిప్టోమిక్ లక్షణాల సమగ్ర మరియు నమ్మదగిన విశ్లేషణకు మరింత దోహదపడతాయి.
వేదిక: PacBio సీక్వెల్ II; ప్యాక్బయో రివియో
-
యూకారియోటిక్ mRNA సీక్వెన్సింగ్-NGS
mRNA సీక్వెన్సింగ్ అనేది ఒక జీవ నమూనాలో RNA అణువుల ఉనికి మరియు పరిమాణాన్ని వెల్లడించడానికి తదుపరి తరం సీక్వెన్సింగ్ను ఉపయోగించే ఒక సాంకేతికత, ఇది నమూనాలో జన్యు వ్యక్తీకరణ యొక్క స్నాప్షాట్ను అందిస్తుంది.
ఈ అత్యాధునిక సాధనం దాని విస్తృత శ్రేణి అనువర్తనాలతో, సంక్లిష్టమైన జన్యు వ్యక్తీకరణ ప్రొఫైల్లు, జన్యు నిర్మాణాలు మరియు విభిన్న జీవ ప్రక్రియలతో అనుబంధించబడిన పరమాణు విధానాలను ఆవిష్కరిస్తుంది.
ఈ సాంకేతికత పరిశోధన, క్లినికల్ డయాగ్నస్టిక్స్ మరియు ఔషధ అభివృద్ధిలో విస్తృతంగా స్వీకరించబడింది, ఎందుకంటే ఇది సెల్యులార్ డైనమిక్స్ మరియు జన్యు నియంత్రణ యొక్క చిక్కుముడులపై అంతర్దృష్టులను అందిస్తుంది, వివిధ రంగాలలో దాని సామర్థ్యం గురించి ఉత్సుకతను రేకెత్తించడానికి బలమైన ఆధారాన్ని అందిస్తుంది.
అందుబాటులో ఉన్న ప్లాట్ఫామ్లు: ఇల్యూమినా నోవాసెక్ X; DNBSEQ-T7
-
నాన్-రిఫరెన్స్ ఆధారిత mRNA సీక్వెన్సింగ్-NGS
mRNA సీక్వెన్సింగ్ నిర్దిష్ట పరిస్థితులలో కణాలలోని అన్ని mRNA ట్రాన్స్క్రిప్ట్ల సమగ్ర ప్రొఫైలింగ్కు అధికారం ఇస్తుంది. ఈ అత్యాధునిక సాంకేతికత ఒక శక్తివంతమైన సాధనంగా పనిచేస్తుంది, విభిన్న జీవ ప్రక్రియలతో అనుబంధించబడిన సంక్లిష్టమైన జన్యు వ్యక్తీకరణ ప్రొఫైల్లు, జన్యు నిర్మాణాలు మరియు పరమాణు విధానాలను ఆవిష్కరిస్తుంది. ప్రాథమిక పరిశోధన, క్లినికల్ డయాగ్నస్టిక్స్ మరియు ఔషధ అభివృద్ధిలో విస్తృతంగా స్వీకరించబడిన mRNA సీక్వెన్సింగ్ సెల్యులార్ డైనమిక్స్ మరియు జన్యు నియంత్రణ యొక్క చిక్కులపై అంతర్దృష్టులను అందిస్తుంది.
ప్లాట్ఫామ్: ఇల్యూమినా నోవాసెక్ X; DNBSEQ-T7
-
లాంగ్ నాన్-కోడింగ్ సీక్వెన్సింగ్-ఇల్యూమినా
పొడవైన నాన్-కోడింగ్ RNAలు (lncRNAలు) 200 కంటే ఎక్కువ న్యూక్లియోటైడ్లు, ఇవి కనీస కోడింగ్ సామర్థ్యాన్ని కలిగి ఉంటాయి మరియు కోడింగ్ కాని RNAలో కీలకమైన అంశాలు. న్యూక్లియస్ మరియు సైటోప్లాజంలో కనిపించే ఈ RNAలు బాహ్యజన్యు, ట్రాన్స్క్రిప్షనల్ మరియు పోస్ట్-ట్రాన్స్క్రిప్షనల్ నియంత్రణలో కీలక పాత్ర పోషిస్తాయి, సెల్యులార్ మరియు మాలిక్యులర్ ప్రక్రియలను రూపొందించడంలో వాటి ప్రాముఖ్యతను నొక్కి చెబుతాయి. సెల్ డిఫరెన్సియేషన్, ఆంటోజెనిసిస్ మరియు హ్యూమన్ డిసీజెస్లో LncRNA సీక్వెన్సింగ్ ఒక శక్తివంతమైన సాధనం.
ప్లాట్ఫామ్: ఇల్యూమినా నోవాసెక్ ఎక్స్
-
చిన్న RNA సీక్వెన్సింగ్-ఇల్యూమినా
చిన్న RNA అనేది RNA అణువుల సమూహం, ఇందులో మైక్రోRNAలు (miRNAలు), చిన్న జోక్యం చేసుకునే RNAలు (siRNAలు) మరియు పివి-ఇంటరాక్టింగ్ RNAలు (piRNAలు) ఉంటాయి. వీటిలో, 18-25 న్యూక్లియోటైడ్ల పొడవున్న miRNAలు, వివిధ సెల్యులార్ ప్రక్రియలలో వాటి కీలకమైన నియంత్రణ పాత్రలకు ప్రత్యేకంగా గుర్తించదగినవి. కణజాల-నిర్దిష్ట మరియు దశ-నిర్దిష్ట వ్యక్తీకరణ నమూనాలతో, miRNAలు వివిధ జాతులలో అధిక పరిరక్షణను ప్రదర్శిస్తాయి.
ప్లాట్ఫామ్: ఇల్యూమినా నోవాసెక్
-
సర్క్ఆర్ఎన్ఎ సీక్వెన్సింగ్-ఇల్యూమినా
సర్క్యులర్ RNA సీక్వెన్సింగ్ (circRNA-seq) ప్రొఫైల్స్ మరియు విశ్లేషణలు వృత్తాకార RNAలు, నాన్-కానానికల్ స్ప్లిసింగ్ ఈవెంట్స్ కారణంగా క్లోజ్డ్ లూప్లను ఏర్పరుస్తున్న RNA అణువుల తరగతి, ఈ RNAకు పెరిగిన స్థిరత్వాన్ని అందిస్తాయి. కొన్ని సర్క్యులర్ RNAలు మైక్రోRNA స్పాంజ్లుగా పనిచేస్తాయని, మైక్రోRNAలను సీక్వెస్టరింగ్ చేయడం మరియు వాటి లక్ష్య mRNAలను నియంత్రించకుండా నిరోధించడం వంటివి చూపబడినప్పటికీ, ఇతర సర్క్యులర్ RNAలు ప్రోటీన్లతో సంకర్షణ చెందుతాయి, జన్యు వ్యక్తీకరణను మాడ్యులేట్ చేస్తాయి లేదా సెల్యులార్ ప్రక్రియలలో పాత్రలను కలిగి ఉంటాయి. సర్క్యులర్ RNA వ్యక్తీకరణ విశ్లేషణ ఈ అణువుల నియంత్రణ పాత్రలు మరియు వివిధ సెల్యులార్ ప్రక్రియలు, అభివృద్ధి దశలు మరియు వ్యాధి పరిస్థితులలో వాటి ప్రాముఖ్యతపై అంతర్దృష్టులను అందిస్తుంది, జన్యు వ్యక్తీకరణ సందర్భంలో RNA నియంత్రణ యొక్క సంక్లిష్టతను లోతుగా అర్థం చేసుకోవడానికి దోహదం చేస్తుంది.
ప్లాట్ఫామ్: ఇల్యూమినా నోవాసెక్ X
-
హోల్ ట్రాన్స్క్రిప్టోమ్ సీక్వెన్సింగ్ – ఇల్యూమినా
వోల్ ట్రాన్స్క్రిప్టోమ్ సీక్వెన్సింగ్ అనేది కోడింగ్ (mRNA) మరియు నాన్-కోడింగ్ RNAలను (lncRNA, circRNA, మరియు miRNA) కలుపుకొని విభిన్న RNA అణువులను ప్రొఫైలింగ్ చేయడానికి సమగ్ర విధానాన్ని అందిస్తుంది. ఈ సాంకేతికత నిర్దిష్ట కణాల మొత్తం ట్రాన్స్క్రిప్టోమ్ను ఒక నిర్దిష్ట సమయంలో సంగ్రహిస్తుంది, ఇది సెల్యులార్ ప్రక్రియల యొక్క సమగ్ర అవగాహనను అనుమతిస్తుంది.
అందుబాటులో ఉన్న ప్లాట్ఫామ్లు: ఇల్యూమినా నోవాసెక్ X
