సింగిల్-న్యూక్లియై RNA సీక్వెన్సింగ్
సాంకేతిక పథకం
న్యూక్లియైల ఐసోలేషన్ 10× జెనోమిక్స్ క్రోమియం™ ద్వారా సాధించబడుతుంది, ఇది డబుల్ క్రాసింగ్లతో ఎనిమిది-ఛానల్ మైక్రోఫ్లూయిడిక్స్ వ్యవస్థను కలిగి ఉంటుంది. ఈ వ్యవస్థలో, బార్కోడ్లు మరియు ప్రైమర్, ఎంజైమ్లు మరియు ఒకే న్యూక్లియస్తో కూడిన జెల్ పూసలు నానోలిటర్-పరిమాణ ఆయిల్ డ్రాప్లో కప్పబడి, జెల్ బీడ్-ఇన్-ఎమల్షన్ (GEM)ను ఉత్పత్తి చేస్తాయి. GEM ఏర్పడిన తర్వాత, ప్రతి GEMలో సెల్ లైసిస్ మరియు బార్కోడ్ల విడుదల జరుగుతుంది. mRNA 10× బార్కోడ్లు మరియు UMIతో cDNA అణువులలోకి రివర్స్ ట్రాన్స్క్రిప్ట్ చేయబడుతుంది, ఇవి మరింత ప్రామాణిక సీక్వెన్సింగ్ లైబ్రరీ నిర్మాణానికి లోబడి ఉంటాయి.
లక్షణాలు
● ఘనీభవించిన కణజాలాల నుండి సింగిల్-న్యూక్లియై సస్పెన్షన్ తయారీ
● జెల్ బీడ్-ఇన్-ఎమల్షన్ (GEM) నిర్మాణం తరువాత cDNA సంశ్లేషణ
● ఒక GEM లోని ప్రతి పూస 4 విభాగాలతో కూడిన ప్రైమర్లతో లోడ్ చేయబడింది:
mRNA ప్రైమింగ్ మరియు cDNA సంశ్లేషణ కోసం పాలీ(dT) టెయిల్,
యాంప్లిఫికేషన్ బయాస్ను సరిచేయడానికి యూనిక్ మాలిక్యులర్ ఐడెంటిఫైయర్ (UMI)
10x బార్కోడ్
పాక్షిక రీడ్ 1 సీక్వెన్సింగ్ ప్రైమర్ యొక్క బైండింగ్ సీక్వెన్స్
ప్రయోజనాలు
సింగిల్-న్యూక్లియస్ RNA సీక్వెన్సింగ్ సింగిల్-సెల్ RNA సీక్వెన్సింగ్ యొక్క పరిమితులను అధిగమిస్తుంది, ఇది అనుమతిస్తుంది:
● తాజా నమూనాలకే పరిమితం కాకుండా ఘనీభవించిన నమూనాల వాడకం
● తాజా కణాల ఎంజైమాటిక్ చికిత్సతో పోల్చినప్పుడు ఘనీభవించిన కణాల తక్కువ ఒత్తిడి, ట్రాన్స్క్రిప్ట్ డేటాలో తక్కువ ఒత్తిడి-ప్రేరిత జన్యువుల రూపంలో ప్రతిబింబిస్తుంది.
● ఎర్ర రక్త కణాలను ముందుగా తొలగించాల్సిన అవసరం లేదు
● అపరిమిత సెల్ వ్యాసం
● విశ్లేషణకు అర్హత ఉన్న నమూనాల పెద్ద శ్రేణి, కణజాల విచ్ఛేదనం సమయంలో కణాలు గుమిగూడడం లేదా నాశనం అయ్యే అవకాశం ఉన్న సంక్లిష్టమైన మరియు పెళుసైన కణజాల రకాలు కూడా ఉన్నాయి.
సింగిల్-సెల్ RNA సీక్వెన్సింగ్ ద్వారా విశ్లేషించలేని మరియు సింగిల్ న్యూక్లియై RNA సీక్వెన్సింగ్కు అర్హత కలిగిన నమూనాలు:
| కణం / కణజాలం | కారణం |
| తాజాగా ఉంచని ఘనీభవించిన కణజాలం | కొత్త లేదా చాలా కాలంగా సేవ్ చేయబడిన సంస్థలను పొందడం సాధ్యం కాలేదు. |
| కండర కణం, మెగాకార్యోసైట్, కొవ్వు... | పరికరంలోకి ప్రవేశించడానికి సెల్ వ్యాసం చాలా పెద్దది. |
| కాలేయం... | విచ్ఛిన్నం చేయడానికి చాలా పెళుసుగా ఉంటుంది, ఒకే కణాలను వేరు చేయలేకపోతుంది. |
| న్యూరాన్ సెల్, మెదడు... | మరింత సున్నితమైనది, ఒత్తిడికి గురికావడం సులభం, సీక్వెన్సింగ్ ఫలితాలను మారుస్తుంది |
| క్లోమం, థైరాయిడ్... | ఎండోజెనస్ ఎంజైమ్లతో సమృద్ధిగా ఉంటుంది, సింగిల్ సెల్ సస్పెన్షన్ ఉత్పత్తిని ప్రభావితం చేస్తుంది. |
సింగిల్-న్యూక్లియస్ vs సింగిల్-సెల్
| ఏక కేంద్రకం | సింగిల్-సెల్ |
| అపరిమిత సెల్ వ్యాసం | కణ వ్యాసం: 10-40 μm |
| ఈ పదార్థాన్ని ఘనీభవించిన కణజాలం కావచ్చు | పదార్థం తాజా కణజాలం అయి ఉండాలి. |
| ఘనీభవించిన కణాల తక్కువ ఒత్తిడి | ఎంజైమ్ చికిత్స కణ ఒత్తిడి ప్రతిచర్యకు కారణం కావచ్చు |
| ఎర్ర రక్త కణాలను తొలగించాల్సిన అవసరం లేదు. | ఎర్ర రక్త కణాలను తొలగించాల్సిన అవసరం ఉంది |
| అణు జీవ సమాచారాన్ని వ్యక్తపరుస్తుంది | మొత్తం కణం జీవ సమాచారాన్ని వ్యక్తపరుస్తుంది |
లక్షణాలు
| నమూనా అవసరాలు | లైబ్రరీ | సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహం | సిఫార్సు చేయబడిన డేటా | నాణ్యత నియంత్రణ |
| జంతు కణజాలం ≥ 200 మి.గ్రా. మొక్కల కణజాలం ≥ 400 మి.గ్రా. | 10x జెనోమిక్స్ SN cDNA లైబ్రరీ | ఇల్యూమినా PE150 | ప్రతి సెల్కు 100K PE రీడ్లు (100-200 జిబి) | సూక్ష్మదర్శిని క్రింద గమనించిన 700-1200 కేంద్రకాలు/μl మరియు కేంద్రకాల సమగ్రత |
నమూనా తయారీ మార్గదర్శకత్వం మరియు సేవా వర్క్ఫ్లో గురించి మరిన్ని వివరాల కోసం, దయచేసి సంకోచించకండి aBMKGENE నిపుణుడు
సర్వీస్ వర్క్ ఫ్లో
కింది విశ్లేషణను కలిగి ఉంటుంది:
● నాణ్యత నియంత్రణ: కణాల సంఖ్య, జన్యు గుర్తింపు, కణాల ఖచ్చితమైన గుర్తింపు, RNA అణువులు మరియు వ్యక్తీకరణ పరిమాణీకరణ
● అంతర్గత నమూనా విశ్లేషణ:
సెల్ క్లస్టరింగ్ మరియు క్లస్టర్ ఉల్లేఖనం
అవకలన వ్యక్తీకరణ విశ్లేషణ: సమూహాలలో DEG ల గుర్తింపు
క్లస్టర్ DEG ల యొక్క క్రియాత్మక ఉల్లేఖనం మరియు సుసంపన్నం
● ఇంటర్-గ్రూప్ విశ్లేషణ:
డేటా కలయిక
అవకలన వ్యక్తీకరణ విశ్లేషణ: సమూహాలలో DEG ల గుర్తింపు
సమూహ DEG ల యొక్క క్రియాత్మక ఉల్లేఖనం మరియు సుసంపన్నత
● అధునాతన విశ్లేషణ:
కణ చక్ర విశ్లేషణ
సూడోటైమ్ విశ్లేషణ
సెల్ కమ్యూనికేషన్ విశ్లేషణ (సెల్ఫోన్డిబి)
జీన్ సెట్ ఎన్రిచ్మెంట్ అనాలిసిస్ (GSEA)
అంతర్గత నమూనా విశ్లేషణ
సెల్ క్లస్టరింగ్:
అవకలన వ్యక్తీకరణ విశ్లేషణ: క్లస్టర్ DEGలు
ఇంటర్-గ్రూప్ విశ్లేషణ
అవకలన వ్యక్తీకరణ విశ్లేషణ: సమూహ DEGలు
అధునాతన విశ్లేషణ:
సూడోటైమ్ విశ్లేషణ:
కణ చక్ర విశ్లేషణ:
10X Chromium ద్వారా BMKGene యొక్క సింగిల్-న్యూక్లియస్ RNA సీక్వెన్సింగ్ సేవల ద్వారా సులభతరం చేయబడిన పురోగతులను ఈ ఫీచర్ చేసిన ప్రచురణలలో అన్వేషించండి:
వాంగ్, ఎల్. మరియు ఇతరులు (2021) 'స్టెరాయిడ్-నిరోధక ఆస్తమా తీవ్రతరంలో ఊపిరితిత్తుల రోగనిరోధక ప్రకృతి దృశ్యాన్ని సింగిల్-సెల్ ట్రాన్స్క్రిప్టోమిక్ విశ్లేషణ వెల్లడిస్తుంది',అమెరికా సంయుక్త రాష్ట్రాల జాతీయ శాస్త్రాల అకాడమీ యొక్క ప్రొసీడింగ్స్, 118(2), పేజీ e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
జెంగ్, హెచ్. మరియు ఇతరులు (2022) 'గ్రేవ్స్ వ్యాధి మరియు హషిమోటోస్ థైరాయిడిటిస్ యొక్క సూక్ష్మ వాతావరణంలో రోగనిరోధక కణాలలో క్రమరహిత జన్యు వ్యక్తీకరణ మరియు అసాధారణ జీవక్రియ సిగ్నలింగ్ కోసం ఒక ప్రపంచ నియంత్రణ నెట్వర్క్',ఇమ్యునాలజీలో సరిహద్దులు, 13, p. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
టియాన్, హెచ్. మరియు ఇతరులు (2023) 'ఫ్లౌండర్ (పారాలిచ్తిస్ ఆలివేసియస్) లో నిష్క్రియం చేయబడిన ఎడ్వర్డ్సియెల్లా టార్డాతో టీకాలు వేసిన తర్వాత సింగిల్-సెల్ ట్రాన్స్క్రిప్టోమ్ ల్యూకోసైట్ల యొక్క వైవిధ్యత మరియు రోగనిరోధక ప్రతిస్పందనలను కనుగొంటుంది',ఆక్వాకల్చర్, 566, పేజీ 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.
యు, వై. మరియు ఇతరులు (2023) 'గ్యాస్ట్రిక్ క్యాన్సర్ ఉన్న రోగులలో యాంటీ-ట్యూమర్ రోగనిరోధక శక్తిని పునర్నిర్మించడం ద్వారా ఫోటోడైనమిక్ థెరపీ రోగనిరోధక తనిఖీ కేంద్రం నిరోధకాల ఫలితాన్ని మెరుగుపరుస్తుంది',గ్యాస్ట్రిక్ క్యాన్సర్, 26(5), పేజీలు 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/మెట్రిక్స్.
