నిర్దిష్ట-లోకస్ యాంప్లిఫైడ్ ఫ్రాగ్మెంట్ సీక్వెన్సింగ్ (SLAF-Seq)
సర్వీస్ వివరాలు
సాంకేతిక పథకం
పని ప్రవాహం
సేవా ప్రయోజనాలు
అధిక మార్కర్ ఆవిష్కరణ సామర్థ్యం- హై-త్రూపుట్ సీక్వెన్సింగ్ టెక్నాలజీ మొత్తం జీనోమ్‌లో వందల వేల ట్యాగ్‌లను కనుగొనడంలో SLAF-Seqకి సహాయపడుతుంది.
జన్యువుపై తక్కువ ఆధారపడటం- ఇది రిఫరెన్స్ జీనోమ్‌తో లేదా లేకుండా జాతులకు వర్తించవచ్చు.
సౌకర్యవంతమైన పథకం రూపకల్పన- సింగిల్-ఎంజైమ్, డ్యూయల్-ఎంజైమ్, మల్టీ-ఎంజైమ్ డైజెషన్ మరియు వివిధ రకాల ఎంజైమ్‌లు, అన్నింటినీ విభిన్న పరిశోధన లక్ష్యం లేదా జాతులను తీర్చడానికి ఎంచుకోవచ్చు.సిలికోలో ముందస్తు మూల్యాంకనం సరైన ఎంజైమ్ రూపకల్పనకు భరోసా ఇవ్వడానికి ఉపయోగించబడుతుంది.
సమర్థవంతమైన ఎంజైమాటిక్ జీర్ణక్రియ- షరతులను ఆప్టిమైజ్ చేయడానికి ముందస్తు ప్రయోగం జరిగింది, ఇది అధికారిక ప్రయోగాన్ని స్థిరంగా మరియు నమ్మదగినదిగా చేస్తుంది.ఫ్రాగ్మెంట్ సేకరణ సామర్థ్యం 95% పైగా సాధించవచ్చు.
సమానంగా పంపిణీ చేయబడిన SLAF ట్యాగ్‌లు- SLAF ట్యాగ్‌లు అన్ని క్రోమోజోమ్‌లలో చాలా వరకు సమానంగా పంపిణీ చేయబడతాయి, సగటున 4 kbకి 1 SLAFని సాధిస్తాయి.
పునరావృతాలను సమర్థవంతంగా నివారించడం- SLAF-Seq డేటాలో పునరావృత క్రమం 5% కంటే తక్కువకు తగ్గించబడింది, ముఖ్యంగా గోధుమ, మొక్కజొన్న మొదలైన అధిక స్థాయి పునరావృతమయ్యే జాతులలో.
విస్తృత అనుభవం- మొక్కలు, క్షీరదాలు, పక్షులు, కీటకాలు, ఆక్వా-జీవులు మొదలైన వందలాది జాతులపై 2000 పైగా మూసివేసిన SLAF-Seq ప్రాజెక్ట్‌లు.
స్వీయ-అభివృద్ధి చెందిన బయోఇన్ఫర్మేటిక్ వర్క్‌ఫ్లో- తుది అవుట్‌పుట్ యొక్క విశ్వసనీయత మరియు ఖచ్చితత్వాన్ని నిర్ధారించడానికి BMKGENE ద్వారా SLAF-Seq కోసం సమగ్ర బయోఇన్ఫర్మేటిక్ వర్క్‌ఫ్లో అభివృద్ధి చేయబడింది.
సర్వీస్ స్పెసిఫికేషన్స్
| వేదిక | Conc.(ng/gl) | మొత్తం (ug) | OD260/280 |
| ఇల్యూమినా నోవాసెక్ | >35 | >1.6(వాల్యూమ్>15μl) | 1.6-2.5 |
సిఫార్సు చేయబడిన సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహం
సీక్వెన్సింగ్ డెప్త్: 10X/ట్యాగ్
| జీనోమ్ పరిమాణం | సిఫార్సు చేయబడిన SLAF ట్యాగ్‌లు |
| < 500 Mb | 100K లేదా WGS |
| 500 Mb- 1 Gb | 100 కె |
| 1 Gb -2 Gb | 200 కె |
| జెయింట్ లేదా కాంప్లెక్స్ జన్యువులు | 300 - 400K |
| అప్లికేషన్లు
| సిఫార్సు చేయబడింది జనాభా స్కేల్
| సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహం మరియు లోతు
| |
| లోతు
| ట్యాగ్ సంఖ్య
| ||
| GWAS
| నమూనా సంఖ్య ≥ 200
| 10X
|
ప్రకారం జన్యు పరిమాణం
|
| జన్యు పరిణామం
| ఒక్కొక్కరి వ్యక్తులు ఉప సమూహం ≥ 10; మొత్తం నమూనాలు ≥ 30
| 10X
| |
సిఫార్సు చేయబడిన నమూనా డెలివరీ
కంటైనర్: 2 ml సెంట్రిఫ్యూజ్ ట్యూబ్
చాలా నమూనాల కోసం, ఇథనాల్‌లో భద్రపరచవద్దని మేము సిఫార్సు చేస్తున్నాము.
నమూనా లేబులింగ్: నమూనాలను స్పష్టంగా లేబుల్ చేయాలి మరియు సమర్పించిన నమూనా సమాచార ఫారమ్‌తో సమానంగా ఉండాలి.
రవాణా: డ్రై-ఐస్: నమూనాలను ముందుగా సంచుల్లో ప్యాక్ చేయాలి మరియు డ్రై-ఐస్‌లో పాతిపెట్టాలి.
సర్వీస్ వర్క్‌ఫ్లో
నమూనా QC
పైలట్ ప్రయోగం
SLAF-ప్రయోగం
లైబ్రరీ తయారీ
సీక్వెన్సింగ్
డేటా విశ్లేషణ
అమ్మకం తర్వాత సేవలు
1. మ్యాప్ ఫలితం యొక్క గణాంకాలు
2. SLAF మార్కర్ అభివృద్ధి
3. వైవిధ్య ఉల్లేఖన
| సంవత్సరం | జర్నల్ | IF | శీర్షిక | అప్లికేషన్లు |
| 2022 | ప్రకృతి కమ్యూనికేషన్స్ | 17.694 | గిగా-క్రోమోజోమ్‌ల జన్యుపరమైన ఆధారం మరియు చెట్టు పియోని గిగా-జీనోమ్ పెయోనియా ఓస్టి | SLAF-GWAS |
| 2015 | కొత్త ఫైటాలజిస్ట్ | 7.433 | దేశీయ పాదముద్రలు వ్యవసాయ శాస్త్ర ప్రాముఖ్యత కలిగిన జన్యుసంబంధ ప్రాంతాలను ఎంకరేజ్ చేస్తాయి సోయాబీన్స్ | SLAF-GWAS |
| 2022 | జర్నల్ ఆఫ్ అడ్వాన్స్‌డ్ రీసెర్చ్ | 12.822 | G. హిర్సుటమ్‌లోకి గాసిపియం బార్బడెన్స్ యొక్క జీనోమ్-వైడ్ కృత్రిమ ప్రవేశాలు పత్తి ఫైబర్ నాణ్యత మరియు దిగుబడిని ఏకకాలంలో మెరుగుపరచడానికి ఉన్నతమైన స్థానాన్ని వెల్లడిస్తుంది లక్షణాలు | SLAF-ఎవల్యూషనరీ జెనెటిక్స్ |
| 2019 | మాలిక్యులర్ ప్లాంట్ | 10.81 | పాపులేషన్ జెనోమిక్ అనాలిసిస్ మరియు డి నోవో అసెంబ్లీ వీడీ యొక్క మూలాన్ని వెల్లడిస్తున్నాయి ఎవల్యూషనరీ గేమ్‌గా బియ్యం | SLAF-ఎవల్యూషనరీ జెనెటిక్స్ |
| 2019 | ప్రకృతి జన్యుశాస్త్రం | 31.616 | సాధారణ కార్ప్, సైప్రినస్ కార్పియో యొక్క జీనోమ్ సీక్వెన్స్ మరియు జన్యు వైవిధ్యం | SLAF-లింకేజ్ మ్యాప్ |
| 2014 | ప్రకృతి జన్యుశాస్త్రం | 25.455 | పండించిన వేరుశెనగ యొక్క జన్యువు లెగ్యూమ్ కార్యోటైప్‌లు, పాలీప్లాయిడ్‌పై అంతర్దృష్టిని అందిస్తుంది పరిణామం మరియు పంట పెంపకం. | SLAF-లింకేజ్ మ్యాప్ |
| 2022 | ప్లాంట్ బయోటెక్నాలజీ జర్నల్ | 9.803 | ST1 యొక్క గుర్తింపు విత్తన స్వరూపం యొక్క హిచ్‌హైకింగ్‌తో కూడిన ఎంపికను వెల్లడిస్తుంది మరియు సోయాబీన్ పెంపకం సమయంలో నూనె కంటెంట్ | SLAF-మార్కర్ అభివృద్ధి |
| 2022 | ఇంటర్నేషనల్ జర్నల్ ఆఫ్ మాలిక్యులర్ సైన్సెస్ | 6.208 | గోధుమ-లేమస్ మోల్లిస్ 2Ns (2D) కోసం గుర్తింపు మరియు DNA మార్కర్ అభివృద్ధి డిసోమిక్ క్రోమోజోమ్ ప్రత్యామ్నాయం | SLAF-మార్కర్ అభివృద్ధి |
