స్పెసిఫిక్-లోకస్ యాంప్లిఫైడ్ ఫ్రాగ్మెంట్ సీక్వెన్సింగ్ (SLAF-Seq)
వర్క్ఫ్లో
లైబ్రరీ తయారీలో సరైన ఎంజైమ్ ఎంపికకు హామీ ఇవ్వడానికి ఈ సేవ సిలికోలో కొంత ముందస్తు రూపకల్పనను కలిగి ఉంది.
సాంకేతిక పథకం
సేవా లక్షణాలు
● PE150 తో NovaSeq పై సీక్వెన్సింగ్.
● డబుల్ బార్కోడింగ్తో లైబ్రరీ తయారీ, 1000 కంటే ఎక్కువ నమూనాలను పూల్ చేయడానికి వీలు కల్పిస్తుంది.
● రిఫరెన్స్ జీనోమ్తో సంబంధం లేకుండా:
రిఫరెన్స్ జన్యువుతో: SNP మరియు InDel ఆవిష్కరణ
రిఫరెన్స్ జీనోమ్ లేకుండా: నమూనా క్లస్టరింగ్ మరియు SNP ఆవిష్కరణ
● లోసిలికాన్ లోడిజైన్ ముందు దశలో బహుళ పరిమితి ఎంజైమ్ కలయికలు జన్యువు వెంట SLAF ట్యాగ్ల ఏకరీతి పంపిణీని ఉత్పత్తి చేసే వాటిని కనుగొనడానికి పరీక్షించబడతాయి.
● ప్రీ-ఎక్స్పెరిమెంట్ సమయంలో, 9 SLAF లైబ్రరీలను రూపొందించడానికి 3 నమూనాలలో మూడు ఎంజైమ్ కాంబినేషన్లను పరీక్షిస్తారు మరియు ఈ సమాచారం ప్రాజెక్ట్ కోసం సరైన పరిమితి ఎంజైమ్ కాంబినేషన్ను ఎంచుకోవడానికి ఉపయోగించబడుతుంది.
సేవా ప్రయోజనాలు
●అధిక జన్యు మార్కర్ ఆవిష్కరణ: పెద్ద జనాభా యొక్క ఏకకాల శ్రేణిని మరియు లోకస్-నిర్దిష్ట విస్తరణ సామర్థ్యాన్ని పెంచే అధిక-త్రూపుట్ డబుల్ బార్కోడ్ వ్యవస్థను మేము ఏకీకృతం చేస్తాము, ట్యాగ్ సంఖ్యలు వివిధ పరిశోధన ప్రశ్నల యొక్క విభిన్న అవసరాలను తీర్చగలవని నిర్ధారిస్తాము.
● జీనోమ్పై తక్కువ ఆధారపడటం: దీనిని రిఫరెన్స్ జీనోమ్ ఉన్న లేదా లేని జాతులకు అన్వయించవచ్చు.
●సౌకర్యవంతమైన స్కీమ్ డిజైన్: విభిన్న పరిశోధన లక్ష్యాలు లేదా జాతులను తీర్చడానికి సింగిల్-ఎంజైమ్, డ్యూయల్-ఎంజైమ్, మల్టీ-ఎంజైమ్ జీర్ణక్రియ మరియు వివిధ రకాల ఎంజైమ్లను ఎంచుకోవచ్చు.
● ఎంజైమాటిక్ జీర్ణక్రియలో అధిక సామర్థ్యం: ఒక యొక్క ప్రసరణసిలికాన్ లోప్రీ-డిజైన్ మరియు ప్రీ-ఎక్పెరిమెంట్ క్రోమోజోమ్పై SLAF ట్యాగ్ల సమాన పంపిణీ (1 SLAF ట్యాగ్/4Kb) మరియు తగ్గిన పునరావృత క్రమం (<5%)తో సరైన డిజైన్ను నిర్ధారిస్తుంది.
●విస్తృతమైన నైపుణ్యం: మొక్కలు, క్షీరదాలు, పక్షులు, కీటకాలు మరియు జలచరాలు సహా వందలాది జాతులపై 5000 కంటే ఎక్కువ SLAF-Seq ప్రాజెక్టులను మూసివేసిన ట్రాక్ రికార్డ్తో, మేము ప్రతి ప్రాజెక్టుకు అనుభవ సంపదను అందిస్తాము.
● స్వీయ-అభివృద్ధి చెందిన బయోఇన్ఫర్మేటిక్ వర్క్ఫ్లో: తుది అవుట్పుట్ యొక్క విశ్వసనీయత మరియు ఖచ్చితత్వాన్ని నిర్ధారించడానికి మేము SLAF-Seq కోసం ఇంటిగ్రేటెడ్ బయోఇన్ఫర్మేటిక్ వర్క్ఫ్లోను అభివృద్ధి చేసాము.
సేవా లక్షణాలు
| విశ్లేషణ రకం | సిఫార్సు చేయబడిన జనాభా స్కేల్ | సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహం | |
| ట్యాగ్ సీక్వెన్సింగ్ యొక్క లోతు | ట్యాగ్ నంబర్ | ||
| జన్యు పటాలు | 2 తల్లిదండ్రులు మరియు 150 కంటే ఎక్కువ సంతానం | తల్లిదండ్రులు: 20x WGS ఆఫ్స్పింగ్: 10x | జీనోమ్ పరిమాణం: <400 Mb: WGS సిఫార్సు చేయబడింది <1Gb: 100K ట్యాగ్లు 1-2Gb:: 200K ట్యాగ్లు >2Gb: 300K ట్యాగ్లు గరిష్టంగా 500k ట్యాగ్లు |
| జీనోమ్-వైడ్ అసోసియేషన్ స్టడీస్ (GWAS) | ≥200 నమూనాలు | 10x (10x) समानी | |
| జన్యు పరిణామం | ≥30 నమూనాలు, ప్రతి ఉప సమూహం నుండి >10 నమూనాలు | 10x (10x) समानी | |
సేవా అవసరాలు
ఏకాగ్రత ≥ 5 ng/µL
మొత్తం పరిమాణం ≥ 80 ng
నానోడ్రాప్ OD260/280=1.6-2.5
అగరోస్ జెల్: క్షీణత లేదా కాలుష్యం లేదు లేదా పరిమితంగా ఉంటుంది.
సిఫార్సు చేయబడిన నమూనా డెలివరీ
కంటైనర్: 2 మి.లీ సెంట్రిఫ్యూజ్ ట్యూబ్
(చాలా నమూనాలను, ఇథనాల్లో నిల్వ చేయవద్దని మేము సిఫార్సు చేస్తున్నాము)
నమూనా లేబులింగ్: నమూనాలను స్పష్టంగా లేబుల్ చేయాలి మరియు సమర్పించిన నమూనా సమాచార ఫారమ్కు సమానంగా ఉండాలి.
రవాణా: డ్రై-ఐస్: నమూనాలను ముందుగా సంచులలో ప్యాక్ చేసి డ్రై-ఐస్లో పాతిపెట్టాలి.
సర్వీస్ వర్క్ఫ్లో
నమూనా QC
పైలట్ ప్రయోగం
SLAF-ప్రయోగం
లైబ్రరీ తయారీ
సీక్వెన్సింగ్
డేటా విశ్లేషణ
అమ్మకాల తర్వాత సేవలు
మా బయోఇన్ఫర్మేటికల్ విశ్లేషణలో ఇవి ఉన్నాయి:
N-రిచ్ రీడ్లు, అడాప్టర్ రీడ్లు లేదా తక్కువ నాణ్యత గల రీడ్లను తొలగించడానికి డేటా QC మరియు డేటా ట్రిమ్మింగ్.
బేస్ డిస్ట్రిబ్యూషన్, సీక్వెన్స్ క్వాలిటీ మరియు డేటా అసెస్మెంట్ను తనిఖీ చేయడానికి, అలాగే జీర్ణ సామర్థ్యం మరియు పొందిన ఇన్సర్ట్లను తనిఖీ చేయడానికి క్లీన్ రీడ్ల యొక్క రెండవ నాణ్యత నియంత్రణ.
రీడ్లను తనిఖీ చేసిన తర్వాత, రెండు ఎంపికలు ఉన్నాయి:
- రిఫరెన్స్ జీనోమ్కు మ్యాపింగ్
- రిఫరెన్స్ జీనోమ్ లేకుండా: క్లస్టరింగ్
దాని తరువాత, SLAF ట్యాగ్ల విశ్లేషణ మార్కర్ ఆవిష్కరణకు సహాయపడటానికి కొన్ని వేరియంట్ కాలింగ్ చేయడానికి ఉపయోగించబడుతుంది: SNP, InDel, SNV, CV కాలింగ్ మరియు వ్యాఖ్యానం.
క్రోమోజోమ్లపై SLAF ట్యాగ్ల పంపిణీ:
క్రోమోజోమ్లపై SNPల పంపిణీ:
SNP వ్యాఖ్యానం
జియాంగ్ ఎస్, లి ఎస్, లువో జె, వాంగ్ ఎక్స్ మరియు షి సి (2023) పండ్లు పండినప్పుడు చక్కెర కంటెంట్ యొక్క QTL మ్యాపింగ్ మరియు ట్రాన్స్క్రిప్ట్ విశ్లేషణపైరస్ పైరిఫోలియా.ఫ్రంట్. ప్లాంట్ సైన్స్.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
లి, జె., జాంగ్, వై., మా, ఆర్., హువాంగ్, డబ్ల్యూ., హౌ, జె., ఫాంగ్, సి., & సన్, ఎల్. (2022). st1 యొక్క గుర్తింపు సోయాబీన్ పెంపకం సమయంలో విత్తన స్వరూపం మరియు నూనె కంటెంట్ యొక్క హిచ్హైకింగ్తో కూడిన ఎంపికను వెల్లడిస్తుంది.ప్లాంట్ బయోటెక్నాలజీ జర్నల్, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
జు, పి., జాంగ్, ఎక్స్., వాంగ్, ఎక్స్.మరియు ఇతరులు.సాధారణ కార్ప్ యొక్క జన్యు శ్రేణి మరియు జన్యు వైవిధ్యం,సైప్రినస్ కార్పియో.నాట్ జెనెట్ 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
జువాంగ్, W., చెన్, H., యాంగ్, M.మరియు ఇతరులు.పండించిన వేరుశెనగ జన్యువు చిక్కుళ్ళు కార్యోటైప్లు, పాలీప్లాయిడ్ పరిణామం మరియు పంటల పెంపకంపై అంతర్దృష్టిని అందిస్తుంది.నాట్ జెనెట్ 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| సంవత్సరం | జర్నల్ | IF | శీర్షిక | అప్లికేషన్లు |
| 2022 | ప్రకృతి సమాచార మార్పిడి | 17.694 తెలుగు | చెట్టు పియోని యొక్క గిగా-క్రోమోజోమ్లు మరియు గిగా-జీనోమ్ యొక్క జన్యు ఆధారం పేయోనియా ఓస్టి | స్లాఫ్-గ్వాస్ |
| 2015 | కొత్త ఫైటోలాజిస్ట్ | 7.433 | వ్యవసాయ ప్రాముఖ్యత కలిగిన జన్యు ప్రాంతాలను దేశీయీకరణ పాదముద్రలు ఎంకరేజ్ చేస్తాయి సోయాబీన్స్ | స్లాఫ్-గ్వాస్ |
| 2022 | జర్నల్ ఆఫ్ అడ్వాన్స్డ్ రీసెర్చ్ | 12.822 తెలుగు | జి. హిర్సుటమ్లోకి గోసిపియం బార్బడెన్స్ యొక్క జీనోమ్-వైడ్ కృత్రిమ ప్రవేశాలు పత్తి ఫైబర్ నాణ్యత మరియు దిగుబడిని ఏకకాలంలో మెరుగుపరచడానికి ఉన్నతమైన స్థానాలను బహిర్గతం చేయండి లక్షణాలు | SLAF-పరిణామ జన్యుశాస్త్రం |
| 2019 | మాలిక్యులర్ ప్లాంట్ | 10.81 తెలుగు | జనాభా జన్యు విశ్లేషణ మరియు డి నోవో అసెంబ్లీ వీడీ మూలాన్ని వెల్లడిస్తున్నాయి పరిణామాత్మక ఆటగా బియ్యం | SLAF-పరిణామ జన్యుశాస్త్రం |
| 2019 | నేచర్ జెనెటిక్స్ | 31.616 తెలుగు | సాధారణ కార్ప్, సైప్రినస్ కార్పియో యొక్క జన్యు శ్రేణి మరియు జన్యు వైవిధ్యం | SLAF-లింకేజ్ మ్యాప్ |
| 2014 | నేచర్ జెనెటిక్స్ | 25.455 (प्रिया) అనేది अनुक्� | పండించిన వేరుశెనగ జన్యువు లెగ్యూమ్ కార్యోటైప్స్, పాలీప్లాయిడ్ గురించి అంతర్దృష్టిని అందిస్తుంది. పరిణామం మరియు పంటల పెంపకం. | SLAF-లింకేజ్ మ్యాప్ |
| 2022 | ప్లాంట్ బయోటెక్నాలజీ జర్నల్ | 9.803 మోర్గాన్ | ST1 యొక్క గుర్తింపు విత్తన స్వరూప శాస్త్రాన్ని హిచ్హైకింగ్ చేయడంతో కూడిన ఎంపికను వెల్లడిస్తుంది. మరియు సోయాబీన్ పెంపకం సమయంలో నూనె శాతం | SLAF-మార్కర్ అభివృద్ధి |
| 2022 | ఇంటర్నేషనల్ జర్నల్ ఆఫ్ మాలిక్యులర్ సైన్సెస్ | 6.208 మోర్గాన్ | వీట్-లీమస్ మోలిస్ 2Ns (2D) కోసం గుర్తింపు మరియు DNA మార్కర్ అభివృద్ధి డిసోమిక్ క్రోమోజోమ్ ప్రత్యామ్నాయం | SLAF-మార్కర్ అభివృద్ధి |
| సంవత్సరం | జర్నల్ | IF | శీర్షిక | అప్లికేషన్లు |
| 2023 | వృక్ష శాస్త్రంలో సరిహద్దులు | 6.735 మోర్గాన్ | పైరస్ పైరిఫోలియా యొక్క పండ్లు పండినప్పుడు చక్కెర కంటెంట్ యొక్క QTL మ్యాపింగ్ మరియు ట్రాన్స్క్రిప్ట్ విశ్లేషణ. | జన్యు పటం |
| 2022 | ప్లాంట్ బయోటెక్నాలజీ జర్నల్ | 8.154 తెలుగు | ST1 గుర్తింపు సోయాబీన్ పెంపకం సమయంలో విత్తన పదనిర్మాణం మరియు నూనె కంటెంట్ యొక్క హిచ్హైకింగ్తో కూడిన ఎంపికను వెల్లడిస్తుంది.
| SNP కాలింగ్ |
| 2022 | వృక్ష శాస్త్రంలో సరిహద్దులు | 6.623 తెలుగు | కరువు వాతావరణంలో హల్లెస్ బేర్లీ ఫినోటైప్ల జీనోమ్-వైడ్ అసోసియేషన్ మ్యాపింగ్.
| గ్వాస్ |
