10x Транскриптоми фазоии визуалии Genomics
Нақшаи техникӣ
Вижагиҳо
● Қарор: 100 µM
● Диаметри нуқта: 55 µM
● Шумораи ҷойҳо: 4992
● Майдони сабт: 6.5 x 6.5 мм
● Ҳар як нуқтаи штрих-кодшуда бо праймерҳои иборат аз 4 қисм пур карда шудааст:
- думи поли(dT) барои прайминги mRNA ва синтези cDNA
- Муайянкунандаи беназири молекулавӣ (UMI) барои ислоҳи майли амплификация
- Штрих-коди фазоӣ
- Пайдарпайии пайвандкунии дастури пайдарпайии қисман хондани 1
● Рангкунии қисмҳо бо H&E
Бартариҳо
●Хизматрасонии ягона: ҳамаи қадамҳои таҷриба ва маҳоратро, аз ҷумла криобуриш, рангкунӣ, беҳсозии бофтаҳо, штрихкодгузории фазоӣ, омодасозии китобхона, пайдарпайӣ ва биоинформатикаро муттаҳид мекунад.
● Гурӯҳи техникии баландихтисосбо таҷриба дар зиёда аз 250 намуди бофтаҳо ва зиёда аз 100 намуд, аз ҷумла инсон, муш, ширхӯр, моҳӣ ва растаниҳо.
●Навсозии вақти воқеӣ дар тамоми лоиҳа: бо назорати пурраи пешрафти таҷрибавӣ.
●Биоинформатикаи стандартии ҳамаҷониба:Баста 29 таҳлил ва зиёда аз 100 рақамҳои баландсифатро дар бар мегирад.
●Таҳлили маълумот ва визуализатсияи фармоишӣ: барои дархостҳои гуногуни тадқиқотӣ дастрас аст.
●Таҳлили муштараки ихтиёрӣ бо пайдарпайии mRNA-и якҳуҷайраӣ
Мушаххасот
| Талаботи намунавӣ | Китобхона | Стратегияи пайдарпайӣ | Маълумоти тавсияшуда | Назорати сифат |
| Намунаҳои криои дарунсохти OCT (Диаметри оптималӣ: тақрибан 6x6x6 мм³) 2 блок барои як намуна | Китобхонаи кДНК-и 10X Visium | Иллюмина PE150 | 50 ҳазор хониши PE барои як нуқта (60 ГБ) | RIN > 7 |
Барои гирифтани маълумоти бештар дар бораи роҳнамоии омодасозии намуна ва ҷараёни кори хидматрасонӣ, лутфан бокоршиноси BMKGENE
Ҷараёни кори хидматрасонӣ
Дар марҳилаи омодасозии намуна, озмоиши ибтидоии истихроҷи РНК-и ҳаҷмии калон барои таъмини дастрасии РНК-и босифат анҷом дода мешавад. Дар марҳилаи оптимизатсияи бофтаҳо қисматҳо ранг карда ва тасвир карда мешаванд ва шароити гузарандагӣ барои раҳоӣ аз mRNA аз бофта оптимизатсия карда мешаванд. Сипас, протоколи оптимизатсияшуда ҳангоми сохтани китобхона истифода мешавад ва баъдан пайдарпайӣ ва таҳлили маълумот анҷом дода мешавад.
Ҷараёни пурраи хидматрасонӣ навсозиҳои вақти воқеӣ ва тасдиқи муштариёнро дар бар мегирад, то ҳалқаи бозхондани посухро нигоҳ дорад ва иҷрои бефосилаи лоиҳаро таъмин намояд.
Таҳлили зеринро дар бар мегирад:
Назорати сифати маълумот:
o Баромади маълумот ва тақсимоти холҳои сифат
o Муайян кардани ген дар як нуқта
o Пӯшиши бофтаҳо
Таҳлили намунаи дохилӣ:
o Сарватмандии ген
o Кластеризатсияи нуқтаҳо, аз ҷумла таҳлили андозаи камшуда
o Таҳлили ифодаи дифференсиалӣ байни кластерҳо: муайян кардани генҳои маркерӣ
o Аннотатсияи функсионалӣ ва ғанӣ гардонидани генҳои маркерӣ
Таҳлили байнигурӯҳӣ
o Аз нав якҷоя кардани доғҳо аз ҳарду намуна (масалан, бемор ва назоратӣ) ва аз нав кластер кардан
o Муайян кардани генҳои маркер барои ҳар як кластер
o Аннотатсияи функсионалӣ ва ғанӣ гардонидани генҳои маркерӣ
o Ифодаи дифференсиалии як кластер байни гурӯҳҳо
Таҳлили намунаҳои дохилӣ
Гурӯҳбандии нуқтаҳо
Муайян кардани генҳои маркер ва тақсимоти фазоӣ
Таҳлили байнигурӯҳӣ
Якҷоякунии маълумот аз ҳарду гурӯҳ ва аз нав кластерсозӣ
Генҳои маркерии кластерҳои нав
Пешрафтҳоеро, ки аз ҷониби хидмати транскриптомикаи фазоии BMKGene аз ҷониби 10X Visium ба даст оварда шудаанд, омӯзед. Дар ин нашрияҳои барҷаста:
Чен, Д. ва дигарон (2023) 'mthl1, гомологи эҳтимолии Drosophila барои GPCR-ҳои часпандагии ширхӯрон, дар аксуламалҳои зиддитуморӣ ба ҳуҷайраҳои онкогении тазриқшуда дар пашшаҳо иштирок мекунад',Маҷаллаи Академияи миллии илмҳои Иёлоти Муттаҳидаи Амрико, 120(30), саҳ. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Чен, Ю. ва дигарон (2023) 'ПӮЛОД имкон медиҳад, ки маълумоти транскриптомии фазоӣ ва замонӣ муайян карда шаванд',Брифинги илмӣ дар биоинформатика, 24(2), саҳ. 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. ва дигарон (2022) 'Атласи фазоӣ-замонии органогенез дар рушди гулҳои орхидея',Тадқиқоти кислотаҳои нуклеинӣ, 50(17), саҳ. 9724–9737. doi: 10.1093 / NAR / GKAC773.
Ванг, Ҷ. ва дигарон (2023) 'Ҳамгироии транскриптомикаи фазоӣ ва пайдарпайии РНК-и якядроӣ стратегияҳои эҳтимолии табобатиро барои лейомиомаи бачадон ошкор мекунад',Маҷаллаи байналмилалии илмҳои биологӣ, 19(8), сах. 2515-2530. дои: 10.7150 / IJBS.83510.
