10x Genomics Visium Spatial Transscriptome
Вижагиҳо
● Ҳалли: 100 μM
● Диаметри нуқта: 55 μM
● Шумораи нуқтаҳо: 4992
● Майдони аксбардорӣ: 6,5 x 6,5 мм
● Ҳар як нуқтаи штрих-код бо праймерҳо пур карда мешавад, ки аз 4 бахш иборат аст:
- думи поли(дТ) барои омодасозии mRNA ва синтези cDNA
- Идентификатори беназири молекулавӣ (UMI) барои ислоҳи ғарази амплификация
- Штрих-коди фазоӣ
- пайдарпаии ҳатмӣ қисман хонда 1 секвенсияи ибтидоӣ
● ранг кардани бахшҳои H&E
Афзалиятҳо
●Хадамоти ягона: ҳама таҷриба ва қадамҳои бар асоси маҳоратро муттаҳид мекунад, аз ҷумла ҷудокунии крио, рангкунӣ, оптимизатсияи бофтаҳо, штрих-кодгузории фазоӣ, омодасозии китобхона, пайдарпайӣ ва биоинформатика.
● Дастаи техникии баландихтисос: бо таҷриба дар зиёда аз 250 намуди бофтаҳо ва 100+ намудҳо, аз ҷумла инсон, муш, ширхӯр, моҳӣ ва растаниҳо.
●Навсозии вақти воқеӣ дар тамоми лоиҳа: бо назорати пурраи пешрафти тачриба.
●Биоинформатикаи ҳамаҷонибаи стандартӣ:Маҷмӯа 29 таҳлил ва 100+ рақамҳои баландсифатро дар бар мегирад.
●Таҳлили фармоишӣ ва визуализатсияи маълумот: барои дархостҳои гуногуни тадқиқот дастрас аст.
●Таҳлили муштараки ихтиёрӣ бо пайдарпаии як ҳуҷайраи mRNA
Мушаххасоти
| Талаботи намунавӣ | Китобхона | Стратегияи пайдарпай | Маълумот тавсия дода мешавад | Назорати сифат |
| Намунаҳои крио дар OCT, намунаҳои FFPE (Диаметри беҳтарин: тақрибан 6x6x6 мм3) 3 блок барои як намуна | Китобхонаи 10X Visium cDNA | Illumina PE150 | 50K PE хондан дар як нуқта ( 60 Гб ) | РИН>7 |
Барои гирифтани тафсилоти бештар дар бораи роҳнамоии омодасозии намуна ва ҷараёни кори хидмат, лутфан бо як сӯҳбат кунедкоршиноси BMKGEN
Раванди кори хидмат
Дар марҳилаи омодасозии намуна, озмоиши ибтидоии истихроҷи РНК гузаронида мешавад, то ки РНК-и баландсифат ба даст оварда шавад.Дар марҳилаи оптимизатсияи матоъ бахшҳо доғдор ва визуалӣ карда мешаванд ва шароити гузариши mRNA аз бофта оптимизатсия карда мешавад.Пас аз он протоколи оптимизатсияшуда ҳангоми сохтани китобхона истифода мешавад, пас пайдарпай ва таҳлили додаҳо.
Ҷараёни мукаммали хидматрасонӣ дар вақти воқеӣ навсозиҳо ва тасдиқи муштариро дар бар мегирад, то ҳалқаи посухи посухгӯиро нигоҳ дошта, иҷрои ҳамворро таъмин кунад.
Таҳлили зеринро дар бар мегирад:
Назорати сифати маълумот:
o Натиҷаи маълумот ва тақсимоти холҳои сифат
o Муайян кардани ген дар як нуқта
o Фарогирии бофтаҳо
Таҳлили намунаи дохилӣ:
o Сарвати ген
o Гурӯҳбандии нуқтаҳо, аз ҷумла таҳлили андозагирии камшуда
o Таҳлили ифодаи дифференсиалӣ байни кластерҳо: муайян кардани генҳои маркер
o Аннотацияи функсионалӣ ва ғанисозии генҳои маркер
Таҳлили байни гурӯҳҳо
o Аз нав омезиши доғҳо аз ҳар ду намуна (масалан, бемор ва назорат) ва дубора кластер
o Муайян кардани генҳои маркер барои ҳар як кластер
o Аннотацияи функсионалӣ ва ғанисозии генҳои маркер
o Ифодаи дифференсиалии як кластер байни гурӯҳҳо
Таҳлили намунаи дохилӣ
Кластеркунии нуқта
Муайян кардани генҳои маркер ва тақсимоти фазоӣ
Таҳлили байни гурӯҳҳо
Омезиши маълумот аз ҳарду гурӯҳ ва аз нав кластер
Генҳои маркерии кластерҳои нав
Пешрафтҳоеро, ки тавассути хидмати транскриптомияи фазоии BMKGene тавассути 10X Visium мусоидат мекунад, омӯзед Дар ин нашрияҳои барҷаста:
Чен, Д.(2023) 'mthl1, як гомологи потенсиалии Дрозофила аз GPCR-ҳои пайвастшавии ширхӯрон, дар аксуламалҳои зиддитуморӣ ба ҳуҷайраҳои онкогении тазриқӣ дар пашшаҳо иштирок мекунад', Мақолаҳои Академияи Миллии Илмҳои Иёлоти Муттаҳидаи Амрико, 120(30), саҳ.e2303462120.дои: /10.1073/pnas.2303462120
Чен, Ю ва дигарон.(2023) "STEEL имкон медиҳад, ки таснифоти баландсифати маълумоти транскриптомии фазоӣ-вақтӣ", Брифингҳо дар Биоинформатика, 24(2), саҳ. 1–10.doi: 10.1093 / BIB / BBAD068.
Лю, C. ва дигарон.(2022) 'Атласи фазои-вақтии органогенез дар рушди гулҳои орхидея', Тадқиқоти кислотаҳои нуклеинӣ, 50(17), саҳ. 9724–9737.doi: 10.1093 / NAR / GKAC773.
Ванг, J. ва дигарон.(2023) 'Интегратсияи транскриптомияи фазоӣ ва пайдарпайии як ядрои РНК стратегияҳои потенсиалии терапевтӣ барои лейомиомаи бачадонро ошкор мекунад', Маҷаллаи байналмилалии илмҳои биологӣ, 19(8), саҳ. 2515–2530.дои: 10.7150 / IJBS.83510.
