16S/18S/ITS Ампликонҳои пайдарпайӣ-PacBio
Хусусиятҳои хидматрасонӣ
● Платформаи пайдарпайӣ: PacBio Revio
● Ҳолати пайдарпайӣ: CCS (хониши HiFi)
● Тақвияти минтақаи мақсаднок ва баъдан пайваст кардани ампликонҳои тандемӣ пеш аз омода кардани китобхонаи занги HiFi SMRT
Бартариятҳои хизматрасонӣ
●Қарори баландтари таксономӣ: Tпайдарпайии ампликони кӯтоҳи han,имкон медиҳад, ки сатҳи баланди таснифоти OTU дар сатҳи намудҳо баландтар бошад.
●Занги пойгоҳии хеле дақиқ: Тартибдиҳии ҳолати PacBio CCS (хониши HiFi).
●Бе изолятсияМуайянкунии фаврии таркиби микробҳо дар намунаҳои муҳити зист.
●Ба таври васеъ татбиқшавандаТаҳқиқоти гуногуни ҷомеаи микробҳо.
●Таҳлили ҳамаҷонибаи биоинформатсионӣБастаи охирини QIIME2 (фаҳмиши миқдорӣ ба экологияи микробҳо) бо таҳлилҳои гуногун аз ҷиҳати пойгоҳи додаҳо, аннотатсия, OTU/ASV.
●Таҷрибаи васеъБо ҳазорҳо лоиҳаҳои пайдарпайии ампликон, ки ҳамасола гузаронида мешаванд, BMKGENE беш аз даҳ сол таҷриба, як гурӯҳи таҳлилии баландихтисос, мундариҷаи ҳамаҷониба ва дастгирии аълои пас аз фурӯшро пешниҳод мекунад.
Мушаххасоти хидматрасонӣ
| Китобхона | Стратегияи пайдарпайӣ | Маълумоти тавсияшуда |
| Ампликон | ПакБио Ревио | Тегҳои 10/30/50 K (CCS) |
Талаботи намунавӣ
| Консентратсия (нг/µL) | Миқдори умумӣ (мкг) | Ҳаҷм (µL) |
| ≥5 | ≥0.3 | ≥20 |
Намунаи тавсияшудаи интиқол
Намунаҳоро дар нитрогени моеъ барои 3-4 соат ях кунед ва дар нитрогени моеъ ё дар ҳарорати -80 дараҷа то захираи дарозмуддат нигоҳ доред. Интиқоли намуна бо яхи хушк зарур аст.
Ҷараёни кори хидматрасонӣ
Таҳвили намуна
Сохтмони китобхона
Сиквенсия
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
Таҳлили зеринро дар бар мегирад:
● Назорати сифати маълумоти хом
● Гурӯҳбандии OTU/De-noise (ASV)
● Шарҳи OTU
●Таҳлили гуногунии алфа: индексҳои сершумор, аз ҷумла Шеннон, Симпсон ва ACE.
●Таҳлили гуногунии бета
● Таҳлили байнигурӯҳӣ
●Таҳлили коррелятсионӣ: байни омилҳои муҳити зист ва таркиб ва гуногунии OUT
● Пешгӯии функсионалии гени 16S
Гистограммаи тақсимоти таксономӣ
Дарахти филогенетикии тақсимоти ҷомеа
Таҳлили гуногунии алфа: ACE
индекс
Таҳлили гуногунии бета: PCoA
Таҳлили байнигурӯҳӣ: ANOVA
Пешрафтҳоеро, ки аз ҷониби хидматҳои секвенсияи ампликони BMKGene бо PacBio тавассути маҷмӯаи нашрияҳои интихобшуда ба даст оварда шудаанд, омӯзед.
Гао, Х. ва Ванг, Х. (2023) 'Таҳлили муқоисавии профилҳо ва вазифаҳои бактериявии румен ҳангоми мутобиқшавӣ ба фенологияи гуногун (Regreen vs. Grassy) дар гӯсфандони меринои алпӣ бо ду марҳилаи афзоиш дар чаманзори алпӣ', Fermentation, 9(1), саҳ. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Ли, С. ва дигарон (2023) 'Сабти моддаи торики микробӣ дар хокҳои биёбон бо истифода аз метагеномикаи асоси културомика ва таҳлили баландсифат', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), саҳ. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Му, Л. ва дигарон (2022) 'Таъсири намакҳои кислотаи равғанӣ ба хусусиятҳои ферментатсия, гуногунии бактериявӣ ва устувории аэробикии силосҳои омехта, ки бо юнучқа, коҳи биринҷ ва сабуси гандум омода карда шудаанд', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), саҳ. 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Янг, Ҷ. ва дигарон (2023) 'Ҳамкории байни биомаркерҳои стресси оксидативӣ ва микробиотаи рӯда дар таъсири антиоксидантии экстрактҳо аз Sonchus brachyotus DC. дар стресси оксидативии рӯда, ки аз ҷониби оксазолон ба вуҷуд омадааст, дар зебрафиши калонсолон', Антиоксидантҳо 2023, Ҷилди 12, Саҳифаи 192, 12(1), саҳ. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
