Таҳлили хроматини дастрас ба транспозаза бо секвенсияи баланди гузариш (ATAC-seq)
Хусусиятҳои хидматрасонӣ
● Барои нигоҳ доштани таъсири мутақобилаи ДНК-сафеда, ба ҷои кислотаҳои нуклеинии истихроҷшуда, хидматрасонӣ намунаҳои бофтаро талаб мекунад.
● Усули ATAC ҷудошавии бофтаҳо, баъдан ҷудо кардани ядроҳо, коркард ва тозакунии Tn5, тақвияти PCR, интихоби андоза ва пайдарпайиро дар бар мегирад.
● Сиквенсия дар Illumina NovaSeq
Бартариятҳои хизматрасонӣ
●Ҳассосияти баланд:Миқдори ками ҳуҷайраҳои ибтидоӣ барои омодасозӣ ва пайдарпайии китобхона кофӣ аст.
●Техникаи хеле иттилоотӣ: ҳамзамон маконҳои геномии хроматини кушода ва унсурҳои танзимкунандаи фаъол, ба монанди сайтҳои пайвастшавии омили транскрипсияро ошкор мекунад.
●Такрорпазирии хуби таҷрибавӣ: такрорҳои техникӣ такрорпазирии аълоро нишон медиҳанд.
●Таҷрибаи васеъБо садҳо лоиҳаҳои пайдарпайии ATAC, BMKGENE беш аз даҳ сол таҷриба, як гурӯҳи таҳлилии баландихтисос, мундариҷаи ҳамаҷониба ва дастгирии аълои пас аз фурӯшро пешниҳод мекунад.
●Имконияти ҳамроҳ шудан ба таҳлили транскриптомика: имкон медиҳад, ки таҳлили ҳамгирошудаи ATAC seq бо дигар маълумоти омикӣ, ба монанди RNA-seq, анҷом дода шавад.
● Таҳлили ҳамаҷонибаи биоинформатсионӣимкон медиҳад, ки на танҳо минтақаҳои кушодаи хроматин ва функсияҳои мувофиқи онҳо (промотерҳо, UT-ҳо, экзонҳо, интронҳо) муайян карда шаванд, балки таҳлили фарқиятҳо байни минтақаҳои кушодаи хроматин дар байни намунаҳо низ анҷом дода шавад.
Мушаххасоти хидматрасонӣ
| Китобхона | Стратегияи пайдарпайӣ | Баромади маълумоти тавсияшуда | Назорати сифат |
| ATAC-seq | Иллюмина PE150 | > 20 миллион хониш Вобаста аз андозаи геном (Инсон: 50 миллион хониш) | Q30≥85% |
Талаботи намунавӣ
Навъи намунаҳо: Бофтаҳо, ҳуҷайраҳои зинда ё яхкардашуда, хун
● Рақами ҳуҷайра: ≥ 106ҳуҷайраҳо
● Вазни бофта: ≥ 200 мг бофтаи тару тоза
● Хун: ≥ 4 мл
Ҷараёни кори хидматрасонӣ
Тарроҳии таҷрибавӣ
Таҳвили намуна
истихроҷи ДНК
Сохтмони китобхона
Сиквенсия
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
Таҳлили зеринро дар бар мегирад:
● Назорати сифати маълумоти хом;
● Қуллаи даъват дар асоси харитасозӣ ба геноми истинодӣ;
● Аннотатсияи ген дар бораи макони қулла;
● Таҳлили мотив: муайян кардани сайтҳои пайвастшавии омили транскрипсия (TFBS);
● Таҳлили қуллаҳои дифференсиалӣ ва шарҳдиҳӣ.
1. Харитаи гармӣ дар тақсимоти хонишҳои ATAC дар TSS ва минтақаҳои ҳамшафат (±3 кб)
2. Тақсимоти минтақаи кушодаи хроматин дар ҷузъҳои гуногуни геном
3. Даъвати қуллаҳои дифференсиалӣ байни гурӯҳҳо
Пешрафтҳои тадқиқотиро, ки аз ҷониби хидматҳои пайдарпайии ATAC-и BMKGene тавассути маҷмӯаи нашрияҳои интихобшуда ба даст оварда шудаанд, омӯзед.
Фу, А.ва дигарон.(2023) 'Маҷмӯаи геноми теломер-ба-теломери харбузаи талх (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) инкишоф, таркиб ва хусусиятҳои генетикии пухта расидани меваро ошкор мекунад',Таҳқиқоти боғдорӣ, 10(1). doi: 10.1093 / HR / UHAC228.
Гонг, Б.ва дигарон.(2023) «Фаъолсозии эпигенетикӣ ва транскрипсионии киназаи секреторӣ FAM20C ҳамчун онкоген дар глиома»,Маҷаллаи генетика ва геномика, 50(6), саҳ. 422–433. дои: 10.1016 / J.JGG.2023.01.008.
Ӯ, Ю.ва дигарон.(2023) «Бутират муқовимати ферроптозро дар саратони колоректалӣ тавассути ба вуҷуд овардани саркӯбии xCT вобаста ба c-Fos баръакс мекунад»,Биологияи оксиду барқароршавӣ, 65, саҳ. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
